飛行機事故が発生。原因は航空管制官の誘導ミスだった。その管制官はジェシーの恋人の父親ドナルドだ。ウォルターは離婚調停中の妻スカイラーに麻薬製造の秘密を知られ問い詰められる。誰にも話さないという条件で離婚に応じるよう迫られる。そして麻薬常習者更生施設にいるジェシーを施設から出すよう段取りする。施設から出たジェシーは隠した金の元へ。また、ガスより麻薬の大量注文を受けるウォルターだが、引き受けを固辞する。一方、新しい殺し屋二人組が登場。この二人の目指すものは何か？

スカイラーからの離婚申し立てを受け落ち着かないウォルターは、警察官と小競り合いをして警察に逮捕されてしまう。ハンクに助けを求め、逮捕した警官に謝り署を出た。ガスからの麻薬の新しい依頼について弁護士ソウルに相談。もちろんソールは取引に応じるようアドバイスする一方ウォルターに看視役マイクをつける。ギャングのタコの叔父が高齢者施設におり、その叔父に会いにトゥコの従兄弟である殺し屋二人組が施設を訪れウォルターの名前を知る。殺し屋はウォルターを追って家に侵入。シャワーを浴びるウォルターに迫る。

スカイラーは離婚の話の中で上司テッドと関係を持ったことをウォルターに告げる。逆上するウォルターはテッドに会いに行くが、軽くいなされる。そうした一連の姿を目撃していたソウルが雇った監視役マイクはウォルターが殺し屋に狙われていることに気が付く。ジェシーは独自に麻薬製造を再び始める。ウォルターにガスを紹介するよう迫るがウォルターは拒否する。やむをえず一人でガスに接触するジェシーだが、約束の金は得られず、捜査官ハンクに手がかりを残してしまう。

ガスとの取引が不順になり、弁護士ソールはウォルターとジェシー二人を呼び出し最後の結論を迫る。ソウルはこれからも麻薬製造を続けるよう二人を脅しつけ、ガスから新しい製造施設を見せられるとウォルターは自分の行く道が一つにしかないことを悟る。スカイラーは夫の麻薬製造を幇助する疑いがあると離婚を相談中に弁護士からアドバイスされ悩むが、ちょうどその時ウォルターは離婚に応じて書類にサインをする。ハンクは捜査の新しい手がかりを得て、真相に迫る。手がかりとはウォルターとジェシーが最初に使用したキャンピングカーだった。

ハンクの執拗な捜査はウォルターとジェシーの足元まで近づいている。そんな中ウォルターは新しい作業場で新しいアシスタント、ゲールを得る。最高の品質の麻薬を作るために二人は張り切る。証拠となるキャンピングカーの処理のためウォルターはソウルに助けを求める。離婚に応じる理由をスカイラーはウォルターに問いただし、麻薬で得た金で家族を養わないように説得する。ウォルターは家を出てしまう。そのウォルターをハンクは追っていた。車工場でキャンピングカーの押収を試みる寸前、ソールの働きかけでウォルターとジェシーは難を逃れた。

大事な証拠である車を破壊されハンクは無謀にジェシーを追及し大けがをさせる。警察もハンクの過剰な行動について内部捜査を始める。ジェシーは被害にあった腹いせもあり、麻薬製造を本格的に始めるとウォルターに宣言する。ウォルターは荒れたジェシーから自分の罪が警察に漏れることを恐れ再び一緒になろうとジェシーを誘う。しかしそれにはガスの承認が必要だった。殺し屋従兄弟はタコを殺した犯人がハンクであることを知り、ウォルターではなくハンクを狙う。激しい銃撃戦の末、従兄弟の一人はハンクに撃たれる。ハンクも重傷となる。

病院にハンクと殺し屋が収容された。二人とも重傷である。ハンクの妻マリーは真相もわからずただひたすら重傷を負った夫を救うために翻弄する。ウォルターの息の根を止めるため、病院にハンクを見舞うウォルターを殺し屋が狙う。ガスも様子を見るため病院に来ており、ウォルターはギャングたちの本当の目的を察知する。目標はハンクではなく自分だったのだ。しかし、それでも納品を守るためガスへの麻薬製造を施設にこもって進める。ゲールが去ってジェシーがパートナーになり作業は行われていく。

ハンクの脊椎手術は成果が出ず長期の治療が覚悟された。マリーはリハビリなどの治療に多大な費用がかかることで保険会社と交渉するが、保健会社からの返事はＮＯだった。スカイラーは自分が医療費を払うとマリーに約束する。それはウォルターの麻薬で得た金を当てにしてのことだった。ウォルターは再びジェシーが当初の目的から外れ、製造した麻薬をガスではない別のルートでさばこうとすることに激怒する。ソウルにもそそのかされたジェシーは昔と同じ誤りの道を進んでいた。

大量の高品質麻薬製造作業で精神的に疲労したウォルター。アシスタントを雇おうと提案するジェシーだが取り合わない。ある日一匹のハエが施設に侵入し、それが製造に支障をきたすとウォルターが主張しだした。二人はハエ撃退に夢中になって一晩を過ごす。いつしかそれは二人の奇妙な関係を醸し出す夜となる。

スカイラーはソウルの狡猾な資金洗浄案に乗ることができない。ウォルターは自分でも車の駐車場経営の案を提案するなどしてスカイラーを説得する。ハンクの病状はよくならず、入院生活も長期化している。ジェシーはウォルターとは別に麻薬密売の新しい話を見つけてくる。施設で知り合いになったスキニーという男が更生中の中毒患者向けに麻薬を売るという計画だった。その計画のメンバーがかつての友人を殺した犯人だったことに気が付く。

ジェシーは友人の仇を取ろうと犯人トマスの常連客ウェンディに接触する。ジェシーのトマス殺害への執念に危険を感じたウォルターはソウルに相談し、マイクを使ってジェシーの行動を監視する。ガスもジェシーのわがままで麻薬供給の流れが止まることを恐れ暗躍する。マイクがジェシーを捕え短期間留まることを薦めた家はガスのアジトであり、ウォルターも自分に嘘をついていたことに気が付き愕然とする。トマスは別のギャングにより殺害され、更に裏切られたと感じだジェシーは一人でギャング団との決着に挑む。

安定した麻薬取引の作業が維持できないガスはついにウォルターとジェシーを抹殺することを決意する。アシスタントのゲールに麻薬製造の手順をウォルターから習得させるよう仕向けるが、ウォルターはそれに気がつく。ガスは監視役マイクを使って新たな殺し屋をメキシコから呼び、ジェシーの行方を追う。ジェシーを助けようと動くウォルターだが、先にマイクと殺し屋に拉致されてします。ジェシーの隠れ家を明かすよう脅迫されるウォルターは最後に大きな賭けに出る。