Walt und Jesse realisieren den Ernst ihrer Lage, als sie miterleben, wie verrückt und gewalttätig Tuco sein kann. Sie beschließen, dass sie ihn töten müssen, bevor er sie töten kann. Unterdessen untersucht Hank den Einbruch in das Lagerhaus, ohne zu wissen, dass Walt und Jesse dahinterstecken.

Nachdem Tuco Walt und Jesse entführt und zu einem Versteck in der Wüste gebracht hat, suchen Skyler und Hank nach Walt. Indes will Tuco seine Drogenköche über die Grenze nach Mexiko bringen, wo sie rund um die Uhr Drogen für ihn produzieren sollen.

Nachdem Walt und Jesse Tuco entkommen konnten, müssen sie nach Hause zurückkehren und sich Alibis für die Zeit ihrer Abwesenheit ausdenken. Während Walt mit seiner Ausrede davonzukommen scheint, tauchen die Drogenfahnder bei Jesse auf, um ihn zu verhören.

Walt kann das Haus nicht mehr verlassen, ohne dass Skyler sich fragt, wo er ist. Sie hat von Walts Verhalten genug und beginnt, nur noch das zu machen, was sie selbst will, ohne ihn davon zu unterrichten. Unterdessen wird Jesse von seinen Eltern aus dem Haus geworfen und weiß nicht, wo er bleiben soll.

Walt und Jesse beschließen, mit der Hilfe von Jesses Freunden Skinny Pete, Combo und Badger, ein eigenes Drogen-Imperium aufzubauen. Unterdessen versucht Hank nach seiner Begegnung mit Tuco, wieder Fuß zu fassen.

Das Gerücht geht um, Jesse habe den Mann umgebracht, der Skinny Pete über den Tisch gezogen hat. Walt nutzt das zu seinem Vorteil, um ihr Gebiet auszuweiten. Unterdessen wird Hank befördert und nach El Paso versetzt, doch der neue Job ist gefährlicher, als er erwartet hatte. Skyler will wieder arbeiten und wendet sich an ihren früheren Arbeitgeber.

Hank ist traumatisiert. Badger wird von einem verdeckten Ermittler verhaftet, woraufhin Walter für ihn den abgebrühten Anwalt Saul Goodman engagiert. Dieser rät jedoch, Heisenberg zu belasten, wovon ihn Walter und Jesse erfolglos durch Bestechung wie auch Einschüchterung abzuhalten versuchen. Letztendlich wird Saul der Anwalt von Heisenberg und ein Berufs-Strafgefangener geht an Walters Stelle ins Gefängnis.

Walter denkt, dass er nicht mehr lange zu leben hat. Sein Geld geht zur Neige. Also lügt er Skyler an und fährt mit Jesse, der eigentlich Zeit mit Jane verbringen wollte, in die Wüste, um pfundweise Meth zu kochen. Dann gibt es Probleme mit der Batterie des Wohnwagens. Walter erfährt, dass der Tumor in seiner Lunge um 80 % geschrumpft ist. Jedoch bedeutet die Remission nicht die Heilung.

Walts gesundheitliche Verfassung hat sich stark verbessert. Skyler will das mit einer Party feiern. Doch Walt betrinkt sich und fängt einen Streit mit Hank an, wodurch die Stimmung einen erheblichen Dämpfer erhält. Jesses Beziehung mit Jane wird ernst, und er will ihren Vater kennenlernen.

Walts und Jesses kleines Imperium beginnt, in sich zusammenzufallen. Saul schlägt vor, dass sie sich nach neuen Vertriebswegen umsehen, und macht Walt mit Gus bekannt, der eine große Menge Meth kaufen will. Jesse hat inzwischen angefangen, Heroin zu nehmen, und Skyler bemerkt, dass ihr Boss Steuern hinterzieht.

Walt und Skyler haben eine Tochter bekommen. Walt hat jedoch wegen seiner Drogengeschäfte die Geburt verpasst. Weil Jesse nun heroinabhängig ist, weigert sich Walt, Jesse sein Geld auszuzahlen, bis er clean ist. Saul hat die Idee, dass Walt anonym über die Website seines Sohnes Walter jr. Spenden an sich selbst überweist, um später die Herkunft des Geldes erklären zu können.

Walter ist besorgt um Jesse, der sich nach Janes Tod Vorwürfe macht. Skyler verlässt Walter, weil er sie angelogen hat. Zwei Flugzeuge kollidieren über Albuquerque aufgrund eines Fehlers von Janes traumatisiertem Vater.