トゥコとの取引きに臨む。しかし、目の前でトゥコが子分を殺すのを見たウォルターとジェシーは手に負えない相手と手を結ぼうとしていることに気が付く。どう状況を打開するか。ジェシーは武装した。ハンクは自分の妻マリーがスカイラーの万引きの真犯人であると知り、マリーの心の病に気が付く。そして、麻薬密売ギャング殺人と、化学工場からの大量の薬品盗難の事件を追っている。その犯人こそウォルターであることも知らずに。先手必勝、トゥコは質の高いドラッグを求めウォルターの家に向かった。

ハンクはウォルターが関係し、そこに実際いたギャングの殺人現場で採取した指紋照合を行っていた。そこから容疑者としてトゥコを割り出し追跡する。そのトゥコはウォルターとジェシーを誘拐し砂漠にすむ自分の叔父の家で連れて行く。トゥコと争う中、突然ハンクが現れトゥコを銃撃した。ウォルターとジェシーはハンクに知られずにそこを脱出した。

ハンクの捜査が核心に迫り、ウォルターは策を講じた。自ら病気を理由に精神の異常をきたしたような振る舞いを行うのだ。スカイラ一はウォルターを精神病院へ入院させる。一方警察に逮捕されたジェシーは地下室の製造器材を隠しアリバイの偽装工作を行い追及をかわす。家族の信頼を得られなくなったウォルターはジェシーと再び製造再開に向けて動き出す。ハンクは捜査の過程で隠された大量の麻薬を発見し大金星を上げる。

一時は家庭の平安を取戻したかに見えたホワイト一家だが、ウォルターの努力ははかなくも消え再び家族は険悪な状況に陥る。ドラッグどころか、浮気の疑いまで持たれてしまった。ジェシーも叔母の家にドラッグ製造器材を隠していたが、両親から最後通告を受けさらに移動をしなければならなくなった。二人の家庭生活が破たんする中、改めてドラッグ製造にしか自分たちの行く道がないことを悟る。

ウォルターとジェシーの新しいドラッグビジネスの方法は無理をせず小売から始めることだった。ウォルターが少量を制作し、ジェシーが信頼できる仲間にさばく。大がかりな取引はしない。そしてそれは成功し、多大な成果を上げた。順調に進む中ある中毒者カップルに薬を盗まれてしまう。ウォルターは強気にその奪還のため銃を手にする。ハンクは一連の捜査の手腕を買われ署内で出世した。マリーは夫の成功で元気を取り戻すが、まだスカイラーは完全に万引き事件を許していなかった。

ジェシーは盗まれた薬を取り返すため中毒者カップルの家に乗り込む。ウォルターから命を奪えとまで指示されていたが、らちが明かないカップルから何とか残された薬を取戻し、最悪の事態は避けることができた。ジェシーはかつての仕事仲間シュワルツからの治療の資金援助の申し出を断っていたが、スカイラーには受けていると偽って実際の治療費はドラッグビジネスからの金で賄っていた。しかし、嘘をつき通すことは無理と考えシュワルツに頼んでスカイラーにこれ以上の援助はできないと伝えてもらう。

町の主要な売人が殺されたり消えたりしたことでジェシーに薬を求める客が増えた。ジェシーは町の大物売人として信頼をおかれる存在になっている。ウォルターは薬を盗まれた恨みでジェシーとの仕事を拒否するつもりでいたが、そういうわけにはいかなくなっていた。スカイラーはお金のこともあり、再就職をする。上司はかつて仕事以上の関係を持っていたテッドだ。

ジェシーは薬を売らせていた仲間バジャーの逮捕の弁護にソウル・グッドマンを雇う。ソウルはしたたかな怪しい弁護士だ。警察に仕入れ先を密告すれば釈放が可能だとバジャーを説得する。自分たちの名前が出ることを恐れたウォルターとジェシーはソウルを誘拐する。ソウルはウォルターたちが麻薬密売には実は素人であることを知り、今度は自分の手下を使って別の方法で彼らの上前を撥ねることを計画する。

ウォルターの病気は進行していた。家族に財産を残すことを考え、それにはドラッグ製造をするしかないと考えるに至りジェシーに必要な材料を集めさせた。製造はまた改造した車だ。砂漠に車を止め、二人で数日間引きこもって夢中でドラッグを製造した。ジェシーのミスで車のバッテリーが消耗し砂漠で立ち往生してしまう。もうここで終わりかと諦めたが、自作のバッテリーに成功しなんとか町にもどることができた。そこでウォルターを待っていたのは、がんの進行が止まり回復の兆しがみえるという医師からの説明だった。

病気回復のホームパーティは悲惨な終焉となった。逆上したウォルターに皆呆れ果ててしまう。スカイラーも夫が健康になったことも素直に喜べなくなり、職場の仕事に打ち込むことで気を晴らす。ジェシーは恋人ジェーンとの関係に夢を描くが、ジェーンの父親の来訪から事態が急変していく。ウォルターは罪滅ぼしで息子と自宅の改修を自ら行う。日曜大工店でドラッグの話をしている若者に、この町は俺のシマだから入ってくるなと厳しく啖呵を切るウォルターだった。

麻薬密売の新しい勢力争いで仲間が敵の手に落ちた。ジェシーは自分の限界を知り、弁護士ソウルに相談を持ちかける。紹介された買い手にウォルターは100万ドル規模のドラッグの話を持ちかける。商談に成功したウォルターは薬を届けなければならずジェシーの元に引き取りに出向くが、ジェシーと恋人ジェーンは自らヘロインで幻覚症状に陥っていた。ちょうどそのときスカイラーの出産の連絡を受ける。薬を運ばねばならぬ状況で病院へ向かうかどうかウォルターは悩む。

ジェーンの父親ドナルドは娘の事故死で消沈し職場で大きなミスを犯す。ジェーンの検死に警察が入るがドラッグ接種の証拠を消しウォルターにまで捜査は及ばなかった。しかし、同じ過剰摂取のジェシーは廃人同然となる。そして、ウォルターの助けによりついに薬物中毒治療の施設へ送られる。がん手術のための基金集め用インターネットサイトが成功し多額の資金が集まるが、これはドラッグの取引で得た120万ドルを紛れ込ませるためだった。ウォルターは手術を受け成功する。しかし、これまでの夫の行動や嘘に限界を感じ、スカイラーは離婚を申し出る。