ここアルバカーキは静かな町だ。しかし、町の高校で化学を教えるこのドラマの主人公ウォルターは、自分がこの町で裏の世界を仕切る日が来るとは夢にも思っていない。高校では自分の授業についてこようとしない無気力な子供らに影響を受け、自分も目的もない日々をただ過ごすばかりだ。ウォルターは病院で余命2年のがんであると告げられる。家族には話さない。ある日友人の警察官ハンクに同行しドラッグ犯罪者の摘発に立ち会う。自分でもドラッグを作ってみようとその犯罪者ジェシーと手を組む。ジェシーは昔の教え子だ。ドラッグ製造に成功した二人は、ギャングとの取引に臨む。

二人の怪しい行動にウォルターの妻スカイラーが気がつく。死体処理は自宅で行っているのだ。一方ウォルターの息子ジュニアがドラッグを使用していると疑われていた。ハンクがジュニアに相談にのると話かけるが、うまくいかない。父親がドラッグ製造をしていることも知らずにいるのに。監禁していたギャングも結局はウォルターが命を奪う。ジェシーは後でそれを知り、更に後戻りができないことを確信する。そして、スカイラーにがんのことを話すウォルターだった。

二人のギャングはウォルターたちにより葬られたが、ハンクがそのギャング二人追っていることをウォルターは知った。これはまずい。更に後戻りできなくなった。がんの父親を持つ家族とその友人たちは、ウォルターのためにあらゆる試みをする。病気の治療費をどう確保するか、年金などからの資金、更にギャングから得たドラッグ販売の現金。複雑な環境がウォルターを囲う。一方ジェシーも苦悩中。付き合いのある馴染み客からドラッグを頼まれ更に追加で製造が必要となった。

かつての仕事仲間から治療の資金援助の申し出を受ける。自分を裏切って共同開発した技術を独り占めした男だ。周囲の思いとは別にウォルターは素直になれず孤独な世界に落ち込んでいた。息子ジュニアは自分よりもハンクに親しみを感じており、妻スカイラーも独りよがりな治療のアドバイスをウォルターに押し付ける。ジェシーはドラッグの仕事で新しい仕入れが必要となり、ひとりではやりきれないことをウォルターに伝えた。そう二人は完全なパートナーとなって町で一番の薬のサプライヤーとなる道へと進むのだった。

ウォルターがドラッグビジネスへ覚悟を決めたのは治療費捻出も背景にあった。もちろんそれは家族に知るところではない。ドラッグ製造に使用が推測される薬品と器材盗難の捜査でハンクからウォルターは事情徴収も受ける。しかし、次の取引を求め、ドラッグの元締めたる組織への接近を求める。ジェシーはトゥコという大ボスを紹介され大掛かりな取引の提案をするが、逆に半殺しの目にあってしまう。ウォルターは自らトゥコに会い自作の爆薬でトゥコの店を爆破し、トゥコに真剣に取引をさせるようしむける。

トゥコの求める大量のドラッグを確保するためには充実した器材と薬品が必要だ。ウォルターは特に製造に必要な薬品を入手するためジェシーと共に町の化学工場に深夜侵入し、薬品を盗む出すことに成功した。ジェシーの自宅地下室に器材を設置しなおし、いよいよ本格的なドラッグ製造を再開させる。妻スカイラ－は夫の治療費のためか宝石の万引きの疑いをもたれる。ウォルターはスカイラーを問い詰めながら、自分が行うドラッグ製造と妻がした行為はお互い家族を愛する心情から発したと思うのだった。