Na hun eerste misgelopen drugsdeal moeten Walt en Jesse een paar lijken opruimen. Ondertussen vermoedt Skyler dat haar man een kwaadaardig plan heeft.

Terwijl Walt de ellende oplost die is voortgekomen uit zijn eerste drugsdeal, komt Skyler te dicht bij de waarheid over zijn dubbelleven.

Na de dood van één van hun dealers moet Walt op zoek gaan naar een nieuwe laadplaats voor zijn meth. Aan het einde van de zwangerschap heeft Skyler tegenstrijdige gevoelens.

Walt wil zijn leven weer op het goede spoor krijgen als hij zich voorbereidt op z'n operatie en zijn bron van inkomst geheim wil houden voor Skyler en Walt Jr.

Ondanks hoogoplopende spanningen in zijn thuissituatie, haalt Walt alles uit de kast om zijn gezin bij elkaar te houden. Walt Jr. haalt uit naar zijn moeder. Saul doet zijn best om Jesse te betrekken bij een hoogst ongebruikelijke investeringsmogelijkheid.

Jesse achtervolgt de dealers die Combo's moord hebben gepland. Hank weigert het ziekenhuis te verlaten en Skyler zet Walt onder druk om haar plan te accepteren.

Na de cliffhanger van het derde seizoen zien we dat Walt en Jesse angstvallig afwachten wat Gus' volgende stap zal zijn.

Walt en Jesse beginnen samen met Mike aan hun nieuwe zaak. Ondertussen gaat Mike op bezoek bij alle betrokkenen van Gus Fring, om zeker te weten dat ze hun mond zullen houden tegen de FBI en DEA.