ここアルバカーキは静かな町だ。しかし、町の高校で化学を教えるこのドラマの主人公ウォルターは、自分がこの町で裏の世界を仕切る日が来るとは夢にも思っていない。高校では自分の授業についてこようとしない無気力な子供らに影響を受け、自分も目的もない日々をただ過ごすばかりだ。ウォルターは病院で余命2年のがんであると告げられる。家族には話さない。ある日友人の警察官ハンクに同行しドラッグ犯罪者の摘発に立ち会う。自分でもドラッグを作ってみようとその犯罪者ジェシーと手を組む。ジェシーは昔の教え子だ。ドラッグ製造に成功した二人は、ギャングとの取引に臨む。

ギャングとの争いの中、ウォルターとジェシーはギャングを一人を殺してしまった。ドラッグ製造に使うRV車にもう一人のギャングを捉え車をジェシーに預けた。ウォルターはドラッグ製造のため学校から化学薬品や器材を持ち出した。捉えたギャングも秘密を守るために自宅に連れていき地下に監禁する。ジェシーとウォルターは後には戻れないことを悟り、常に意見がまとまらず成り行き任せの中でギャングの死体処理を盗んだ化学薬品を使って進める。

二人の怪しい行動にウォルターの妻スカイラーが気がつく。死体処理は自宅で行っているのだ。一方ウォルターの息子ジュニアがドラッグを使用していると疑われていた。ハンクがジュニアに相談にのると話かけるが、うまくいかない。父親がドラッグ製造をしていることも知らずにいるのに。監禁していたギャングも結局はウォルターが命を奪う。ジェシーは後でそれを知り、更に後戻りができないことを確信する。そして、スカイラーにがんのことを話すウォルターだった。

二人のギャングはウォルターたちにより葬られたが、ハンクがそのギャング二人追っていることをウォルターは知った。これはまずい。更に後戻りできなくなった。がんの父親を持つ家族とその友人たちは、ウォルターのためにあらゆる試みをする。病気の治療費をどう確保するか、年金などからの資金、更にギャングから得たドラッグ販売の現金。複雑な環境がウォルターを囲う。一方ジェシーも苦悩中。付き合いのある馴染み客からドラッグを頼まれ更に追加で製造が必要となった。

ジェシーは盗まれた薬を取り返すため中毒者カップルの家に乗り込む。ウォルターから命を奪えとまで指示されていたが、らちが明かないカップルから何とか残された薬を取戻し、最悪の事態は避けることができた。ジェシーはかつての仕事仲間シュワルツからの治療の資金援助の申し出を断っていたが、スカイラーには受けていると偽って実際の治療費はドラッグビジネスからの金で賄っていた。しかし、嘘をつき通すことは無理と考えシュワルツに頼んでスカイラーにこれ以上の援助はできないと伝えてもらう。

ジェーンの父親ドナルドは娘の事故死で消沈し職場で大きなミスを犯す。ジェーンの検死に警察が入るがドラッグ接種の証拠を消しウォルターにまで捜査は及ばなかった。しかし、同じ過剰摂取のジェシーは廃人同然となる。そして、ウォルターの助けによりついに薬物中毒治療の施設へ送られる。がん手術のための基金集め用インターネットサイトが成功し多額の資金が集まるが、これはドラッグの取引で得た120万ドルを紛れ込ませるためだった。ウォルターは手術を受け成功する。しかし、これまでの夫の行動や嘘に限界を感じ、スカイラーは離婚を申し出る。

飛行機事故が発生。原因は航空管制官の誘導ミスだった。その管制官はジェシーの恋人の父親ドナルドだ。ウォルターは離婚調停中の妻スカイラーに麻薬製造の秘密を知られ問い詰められる。誰にも話さないという条件で離婚に応じるよう迫られる。そして麻薬常習者更生施設にいるジェシーを施設から出すよう段取りする。施設から出たジェシーは隠した金の元へ。また、ガスより麻薬の大量注文を受けるウォルターだが、引き受けを固辞する。一方、新しい殺し屋二人組が登場。この二人の目指すものは何か？

安定した麻薬取引の作業が維持できないガスはついにウォルターとジェシーを抹殺することを決意する。アシスタントのゲールに麻薬製造の手順をウォルターから習得させるよう仕向けるが、ウォルターはそれに気がつく。ガスは監視役マイクを使って新たな殺し屋をメキシコから呼び、ジェシーの行方を追う。ジェシーを助けようと動くウォルターだが、先にマイクと殺し屋に拉致されてします。ジェシーの隠れ家を明かすよう脅迫されるウォルターは最後に大きな賭けに出る。

元締めのリーダーであるガスは薬物（メス）の製造をウォルターとジェシーに託すしかないと悟るが、二人の目の前で追手を殺害し自分から逃げるなと脅迫する。機材も一新されウォルターは再び大規模な製造に着手する。その準備をしていた助手ゲイルの殺害が警察に知れるところとなり捜査が始まる。スカイラーはウォルターを見つけ、今後のことを話し合わねばと覚悟を決める。

ガスとの最後の対決の時が来た。ガスは敵対する組織のメンバーで最後の生き残りを殺害するため療養院を訪れる。ウォルターは先回りし爆薬を設置。そして、ついにガスは死んだ。弁護士ソウルも裏の世界とのつながりを疑われ出し、事務所の後始末をする。ジェシーの息子も助かる。全てが収束に向かっていた。そして、ウォルターは自分が薬物を製造していた工場を自分の手で破壊するのだった。

”闇の皇帝”ガスとの最終決戦の末、命からがら勝利を収めたウォルターとジェシー。療養中にその知らせを受けたマイクは激怒。しかし、ラボの監視カメラの映像が保存されているノートパソコンが警察の手に渡ったと知り、3人は証拠隠滅のために力を合わせる。ハンクはガスが築いたメス・ビジネスの調査をまとめ始める。事件の真相を知るスカイラーは、想像を絶する行動に出たウォルターを怖れるようになる。

ガスへとつながる証拠を抹消したウォルターとジェシーは、メス・ビジネスを再開しようとする。マイクに協力を依頼する一方で、ソウルと共に新たなラボとなる物件を探すのだった。ガスへ化学薬品を供給していたドイツの複合企業に捜査が迫る。アメリカ支社の役員でガスの協力者だったリディアは、裏切り者が出ないかと心配を募らせる。マイクは今までのビジネスが暴露されないようある手段をとる。

遂に時が来た。ウォルターは街に戻り、グレッチェンとエリオットの邸宅を訪れる。そこで、2人に一生を掛けてウォルターの財産を家族に送り続けることを約束させる。次に向かったのは、リディアと取引をしていたカフェ。予定通りリディアとトッドに会い、ジャックに会わせるよう頼む。そして、その晩ウォルターはジャックたちのもとへ向かう。ウォルターがやり残したこととは一体何なのか…。