La madre di Blair ha bisogno di una modella per la sua nuova linea di moda e sceglie la figlia; il fotografo, però, non trova la ragazza spontanea e le preferisce Serena. Quando Blair lo scopre, si arrabbia molto e litiga con Serena, ma le due fanno pace perché a Serena era stato detto che anche Blair avrebbe preso parte al servizio fotografico. Nel frattempo, Serena cerca di uscire con Dan, ma i loro appuntamenti vengono costantemente annullati per gli impegni mondani della ragazza; parallelamente, Carter Baizen, vecchio amico di Nate e Chuck, torna in città e coinvolge Nate in una partita a poker, durante la quale il ragazzo perde molti soldi. Grazie all'intervento di Chuck si risolve tutto e Nate, volendo ripagare l'amico, scopre che suo padre gli ha svuotato il conto.

Si avvicina il ballo delle debuttanti e Celia, la nonna di Serena, torna in città per l'occasione, cercando di ostacolare la relazione tra la nipote e Dan, che non ritiene all'altezza. La donna vorrebbe affiancare a Serena Carter Baizen come accompagnatore per il ballo, ma Dan, saputo l'astio che Celia prova nei suoi confronti, la sfida, dicendo a Serena che andrà al ballo con lei, nonostante ritenga che sia un evento superato. Celia prova così a offrire dei soldi a Rufus affinché convinca il figlio a rinunciare, rivelandogli anche che vent'anni prima Lily lo ha lasciato perché lei l'ha costretta a scegliere tra l'eredità familiare e l'amore. Quando Dan lo dice a Serena, la relazione tra i due va in crisi perché la ragazza non crede che la nonna sarebbe capace di usare dei sotterfugi e corrompere qualcuno; si fa così accompagnare al ballo da Carter Baizen, dove, scoperta la vera natura della nonna, lei e Dan fanno pace. Nel frattempo, Blair continua a frequentare Chuck di nascosto; Nate, però, ha dei ripensamenti sulla rottura con la ragazza e si offre come suo cavaliere per il ballo, chiedendo intanto a Chuck di scoprire chi è il misterioso ragazzo che pensa stia frequentando Blair. Chuck gli fa credere che sia Carter Baizen, che Nate prende a pugni proprio durante il ballo delle debuttanti. Blair, arrabbiata con Chuck, lo lascia e ricomincia la relazione con Nate, andando a letto con lui, mentre Chuck lascia la città. Parallelamente, Lily chiede a Jenny di aiutarla nell'organizzazione del ballo, ma Alison non dà alla figlia il permesso perché la stessa sera del ballo c'è l'inaugurazione di una mostra dei suoi quadri. La ragazza si reca così al ballo di nascosto, chiedendo poi scusa alla madre, mentre Lily chiarisce con una telefonata i suoi rapporti con Rufus.

Per l'annuale rappresentazione teatrale, le allieve della Constance Billard e gli studenti della St. Jude decidono di mettere in scena L'eta dell'innocenza. Serena, con l'aiuto di Vanessa, cerca di conquistare il regista, mentre Blair scopre che, a causa di una telefonata anonima, la sua ammissione a Yale è stata revocata. Inoltre, su Gossip Girl vengono pubblicati dei segreti personali dei quali solo Blair e Serena sono a conoscenza, mettendo le due ragazze l'una contro l'altra. Al secondo atto, lo spettacolo degenera: davanti al critico e a tutta la platea, Nate, a causa di un malinteso, accusa il regista di volergli rubare la ragazza; inoltre, sia Blair sia Serena esprimono il loro disappunto per i recenti cambiamenti avvenuti nella loro vita. Alla fine, però, lo spettacolo piace, e Nate e Vanessa si chiariscono. Anche Blair e Serena fanno pace quando Dan scopre che a orchestrare il tutto è stata Rachel: la donna, lasciata dal ragazzo, parte per l'Iowa. Per tirarsi su di morale, essendo ormai per lei impossibile entrare a Yale, Blair si reca in un bar, dove viene raggiunta da Carter Baizen, tornato in città, che le offre da bere. Intanto, Chuck, riuscito a farsi esonerare dallo spettacolo, incontra Elle in un ristorante e la ragazza gli chiede aiuto per fuggire dalla città. Alla fine, Chuck scopre che lei l'ha soltanto usato per avere dei soldi. Amareggiato, il ragazzo va a casa di Blair e resta lì ad aspettarla, senza sapere che lei è in compagnia di Carter.

Su consiglio di Dan e Vanessa, Nate accetta l'invito del cugino Trip a unirsi ai parenti della madre, i van der Bilt, per festeggiare l'anniversario della nascita della famiglia. Il ragazzo si riavvicina così al nonno, ma Vanessa teme che l'uomo possa spingere Nate a fare qualcosa che non vuole. Infatti, il nonno convince Nate a rinunciare alla vacanza programmata con Vanessa per fare invece uno stage presso l'ufficio del sindaco, e seguire così le orme in politica di tutti i van der Bilt. Questa decisione porta a un distacco tra Vanessa e Nate, e il ragazzo si riavvicina a Blair. Quest'ultima, intanto, sta tirando fuori il peggio di sé, facendo preoccupare Chuck e Serena. Chuck confida alla sorellastra di sentire Blair sempre più lontana e Serena gli consiglia di lottare per averla. Il ragazzo si reca così a casa di Blair, ma Dorota gli dice che lei è già a dormire. Dopo aver lasciato il suo messaggio alla domestica, mentre sta per andarsene Chuck vede la giacca di Nate abbandonata su una sedia e capisce che l'amico è in compagnia di Blair. Dopo aver scoperto che la sua gallerista Bex è uscita con Rufus, Lily propone all'uomo di fare una lista dei propri ex. Tuttavia, visto che la lista dell'uomo è molto più corta della sua, Lily gliene sottopone soltanto un foglio. Quando Rufus scopre l'altro foglio, tra i due nasce un diverbio, ma alla fine capiscono che liste del genere non sono di alcuna utilità.

Gossip Girl rovina la cerimonia di consegna dei diplomi della Constance Billard e della St. Jude e Serena decide di fargliela pagare scoprendo chi è, grazie anche all'aiuto di Jonathan, il ragazzo di Eric, che è riuscito a entrare nel server del blog. Gossip Girl, però, si vendica e, durante una festa organizzata da Nate per festeggiare la fine delle superiori, rivela i segreti ancora nascosti: la storia tra Nate e Jenny è cominciata dopo che lei aveva fatto un servizio fotografico in reggiseno, Dan è stato in prigione, Chuck è andato a letto con Vanessa, e Blair, a Capodanno, con Jack Bass, lo zio di Chuck. Blair si arrabbia molto con la sua migliore amica, temendo che ora non le sarà più possibile recuperare il rapporto con Chuck: la ragazza gli rinnova la sua dichiarazione d'amore, saputo che lui l'ama, ma il ragazzo scappa di nuovo. Intanto, Serena decide di dare un appuntamento a Gossip Girl per affrontarla, ma si presentano tutti e la ragazza decide di lasciar perdere. Rufus e Lily si chiariscono e la donna accetta la sua proposta di matrimonio. Nel frattempo, scavalcando l'autorità di Blair, le Perfide indicono una gara per trovare la nuova regina che regnerà al posto di Blair l'anno seguente: verrà incoronata colei che porterà il gossip più gustoso. Jenny decide di partecipare per abbattere la monarchia, ma il suo pettegolezzo viene rivelato da Gossip Girl e decide di rinunciare. Tuttavia, alla fine Blair prende in mano le redini della situazione e sceglie Jenny come sua erede. La settimana seguente, Nate rinuncia allo stage nell'ufficio del sindaco perché la vicesindaca ci prova con lui e decide di partire con Vanessa per il viaggio che avevano programmato; Scott, il figlio di Rufus e Lily, arriva in città da Boston per conoscere i suoi genitori e incontra Dan; Georgina, una volta recuperati i soldi rubati da Poppy e restituitili ai legittimi proprietari, si iscrive alla NYU come Blair e Dan e chiede di essere messa in camera con la ragazza. Mentre si appresta a lasciare la città per le vacanze, Serena viene raggiunta da Carter Baizen, che le comunica di aver rintracciato suo padre, e la ragazza parte con lui per l'Europa. Tornando a casa, Blair s'imbatte in Chuck, tornato dalle sue scorribande in Europa, che ammette di essere stato un codardo e di essere andato in Europa per comprarle le cose che le piacciono di più. Dopo averle detto che l'ama, i due si baciano.

Le vacanze estive sono quasi finite e Serena torna a New York dopo aver passato l'estate in giro per il mondo ad attirare l'attenzione dei paparazzi insieme a Carter Baizen, delusa perché il padre non ha voluto parlare con lei. Chuck e Blair, invece, si sono divertiti a giocare, facendo adescare a lui numerose ragazze da far umiliare a Blair per tenere vivo il loro rapporto, ma poi decidono di smettere. Nate è tornato con una misteriosa ragazza, Bree, della quale inizialmente non conosce l'identità, ma, quando scopre che appartiene alla famiglia rivale dei van der Bilt, i Buckley, decide comunque di uscire con lei nonostante il nonno cerchi di convincerlo a tornare a lavorare per il sindaco. Vanessa, che ora esce con Scott, litiga con Dan, che ritiene essere troppo cambiato ora che è diventato ricco. Per fare pace, la ragazza convince Rufus ad invitarla, insieme a Scott, all'annuale partita di polo dei van der Bilt, ma i due hanno nuovamente un diverbio.

Mentre Blair, Dan e Vanessa cominciano a frequentare la NYU, Serena decide di rimandare di un anno l'iscrizione alla Brown perché vuole chiarirsi le idee, e si fa ospitare da Chuck in attesa di dirlo alla madre, che è ancora assente da New York perché sta assistendo CeCe, molto malata. Quando Chuck dice a Rufus dei progetti di Serena, la ragazza si vendica: saputo che Chuck vuole rilevare una banca per trasformarla in un ristorante con un locale a luci rosse nel caveau, rivela il piano del fratellastro agli investitori, facendo saltare l'affare. Intanto, Blair scopre di essere in camera con Georgina, che sabota i suoi tentativi di diventare la regina della NYU. Per fargliela pagare, Blair rovina la festa organizzata dalla rivale, ma Dan, diventato subito molto popolare all'università, aiuta Georgina a risolvere la situazione e passa la notte con lei.

Dan e Georgina vanno a letto insieme, anche se lui non desidera una relazione seria, mentre Serena esce con Carter, che però dimostra di essere ancora un irresponsabile. Vanessa scopre che Scott in realtà non è iscritto alla NYU e, quando gli chiede spiegazioni, il ragazzo le confessa di essere il figlio di Rufus e Lily, che i due credono morto. Vanessa spinge Scott a raccontare la verità a Rufus durante l'asta di Sotheby's, ma il ragazzo, a causa della presenza inaspettata della madre, che gli dice di non volerlo perdere, racconta a Rufus di essere il fratello di suo figlio morto. Scott decide poi di tornare a Boston, dove viene seguito da Georgina, che ha scoperto il suo segreto. Intanto, Chuck e Blair si trovano l'uno contro l'altra a contendersi una foto all'asta, il primo per riuscire a fare affari con Sean McPherson, la seconda per entrare nella prestigiosa Table Élitaire. La foto viene infine acquistata da Serena, che ha scoperto che è stato tutto uno scherzo di Georgina e consiglia Dan di starle lontano perché è ancora quella di prima, nonostante dica di essere cambiata. Serena scopre anche che a mettere in cattiva luce Carter con dei sotterfugi durante la settimana sono stati Chuck e Blair, che volevano spingerla a lasciarlo.

Lily è arrabbiata con Rufus, che incolpa di non aver impedito a Serena di rinunciare alla Brown. I figli, però, riescono a farli riappacificare e la coppia decide di sposarsi il giorno dopo al giardino botanico. Intanto, Georgina torna in città e scopre che Dan esce con un'altra; ricatta quindi Vanessa dicendole che, se non li farà lasciare, rivelerà la vera identità di Scott. I tentativi di Vanessa, però, non vanno a buon fine e, quando Dan si convince che voglia che lasci Olivia perché è innamorata di lui, la ragazza gli confessa tutta la verità. Dan decide così di fingere di amare ancora Georgina per impedirle di rovinare il matrimonio, ma la ragazza capisce che è una farsa e riporta Scott a New York. Lily, nel frattempo, matura dei dubbi sulla scelta di sposarsi così di fretta e Scott assiste al litigio tra lei e Rufus, scappando sconvolto: Georgina rivela poco dopo alla coppia che Scott è il loro figlio, e i due riescono a impedirgli di andarsene. Lily ammette di essere terrorizzata perché, amando Rufus come non ha mai amato nessuno, ha paura di soffrire e la coppia, riconciliatasi, si sposa nel loft degli Humphrey. Anche Lily perdona Serena per la sua scelta di non andare al college, mentre Scott torna a Boston; Georgina, invece, viene mandata in Bielorussia con l'inganno. Nel frattempo, Chuck scopre i rapporti che legano Bree Buckley e Carter Baizen, e compra a quest'ultimo un biglietto aereo per lasciare New York. Carter, però, decide di essere onesto con Serena e raccontarle la verità: alcuni mesi prima dell'estate, avendo contratto numerosi debiti, aveva finto di voler sposare Beth, la cugina di Bree, per approfittare del suo patrimonio, ma l'aveva lasciata all'altare. Il ragazzo viene poi prelevato da alcuni membri della famiglia Buckley, mentre Bree e Nate si lasciano quando lei gli confessa di averlo solo usato per trovare Carter.

Vanessa viene scelta dall'ex studente della NYU Josh Ellis per tenere il discorso del brindisi delle matricole durante il weekend dei genitori e invita la sua famiglia, che non approva che abbia scelto di frequentare un'università privata, ad assistere. Dan, però, invita Olivia al brindisi per presentarla ai suoi genitori e, quando Vanessa scopre che il discorso è stato assegnato alla sua compagna di stanza, dice a Dan che Olivia in realtà ha paura d'incontrare Lily e Rufus, e a Olivia che Dan non vuole presentarle i suoi genitori perché loro non amano le celebrità. Il discorso torna quindi a Vanessa, ma Blair, intenzionata ad accaparrarselo per conquistare la NYU, fa in modo che Chuck baci Josh Ellis per ricattarlo; il discorso viene di conseguenza assegnato a Blair. Durante la serata, però, Chuck scopre che la sua ragazza l'ha usato, scambiando il suo bacio, obiettivo di una caccia al tesoro, per il discorso, e anche Dan e Olivia scoprono le bugie di Vanessa. Alla fine, il discorso viene tenuto da Olivia, mentre la madre di Vanessa rimane delusa dalla figlia per i sotterfugi che ha usato. Nel frattempo, saputo da Nate che la famiglia Buckley manderà Carter a lavorare su una piattaforma petrolifera, Serena decide di vincere il debito di Carter in una partita a poker contro PJ Buckley; tuttavia, lei e Nate perdono tutti i soldi e anche una foto compromettente di Trip, che si è candidato al Congresso e che i Buckley vogliono rovinare. Poco dopo, però, Serena scopre che la foto data a PJ in realtà è falsa e, grazie a quest'informazione, che salva i Buckley da una figuraccia mediatica, il debito di Carter viene estinto, ma il ragazzo lascia comunque la città.

Spaventata dall'arrivo imminente dei genitori, ignari che sia incinta, Dorota decide di sposarsi il giorno seguente e Chuck si offre di organizzare il matrimonio per stare vicino a Blair e tentare una riconciliazione. Non sapendo dei loro problemi, Dorota chiede a Chuck e Blair di essere la coppia felice che, secondo la tradizione matrimoniale dell'est Europa, accompagna gli sposi alla cappella per portare loro fortuna. Alla cerimonia, però, Blair confessa a Dorota che lei e Chuck sono in crisi e informa il ragazzo che tra loro è finita per sempre, perché non è felice di quello che è diventata stando con lui. Nel frattempo, Elliot confessa ad Eric di essere bisessuale e che lui gli piace molto. Parallelamente, Carter torna in città e Serena lo vede di nascosto senza dirlo a Nate: il ragazzo, però, lo scopre e crede che lei lo stia tradendo; Serena gli confessa, allora, di non aver rinunciato a cercare suo padre e che Carter la sta aiutando. Dopo il matrimonio, Serena si allontana dalla festa per andare con Carter a Palm Beach, dove il ragazzo ha rintracciato il dottor van der Woodsen; scopre però che il ragazzo ha cercato di farla litigare con Nate e lo lascia a metà strada, chiedendo poi a Jenny d'informare Nate che lei non è più con Carter. Tuttavia, Jenny approfitta della situazione e tace la cosa a Nate, mentre Serena rimane sconvolta quando la porta della camera d'albergo del padre viene aperta da Lily, che teoricamente doveva trovarsi insieme a CeCe.