夏休みも終盤。セリーナ、チャック、ネイトはハンプトンズの別荘で過ごしていた。フランスの父の元に滞在していたブレアも、ジェームズと名乗る新しい恋人を連れハンプトンズに合流する。チャックに嫉妬させるためジェームズとつきあっていたブレアは、好きでもない彼を振ろうとするが…。

ネイトは金のためにキャサリンと続けていた関係を、ヴァネッサとつきあうため清算しようとしていた。だがその前にヴァネッサの存在に気づいたキャサリンは、ブレアにヴァネッサをパーティーへ呼ばせる。

最終学年の新学期が始まり、別れたセリーナとダンはそれぞれ気まずさを覚えながら登校する。ダンは文学少女の転校生アマンダと知り合い意気投合、ランチの約束をしてセリーナを動揺させる。ヴァネッサは、ネイトの父ハワードの居場所を握るキャサリンに対抗できずにいた。

ニューヨーク･ファッションウィークの時期が到来。ブレアはデザイナーである母エレノアのショーの席決めを任されて張り切る。VIP席ともいうべき2列目に学校の友人たちを配置し賞賛と感謝の声を待つブレアだったが、ファッション紙に写真を掲載されたセリーナが友人たちの話題をあっさり独占してしまう。

大学訪問の週末。ブレアの訪問先はもちろん長年の夢だったイェール大学。秘密結社スカル･アンド･ボーンズに興味のあるチャック、気晴らしが必要なネイト、志望校を変更していたダンもイェール訪問を選ぶ。

バス家では、バートとリリーが新居披露パーティーを計画する。２人は新しい家族間でのルール作りを提案、週１回は全員がディナーの席に揃うことや子供たちの門限を取り決める。男が替わるたびその相手に合わせるリリーにウンザリしているセリーナは反発を覚えるが、弟エリックになだめられ従うことに。

チャックはブレアに「愛してる」と言わせるために彼女を焦らす作戦に出る。チャックに振り回されて頭に来たブレアはセリーナに相談。セリーナはその場にいたダンに男の立場からブレアにアドバイスしてほしいと頼む。

エレノアの会社を辞めたジェニーは、アグネスとゲリラ･ファッションショーを計画。何も知らされていなかったダンとネイトだったが、家から服を運び出すジェニーたちに遭遇、彼女が仕事を辞めたこととゲリラ･ショーを計画していること知る。

家を出たジェニーはアグネスのアパートに転がり込んでいた。２人でビジネスマネージャーを捜すが、面接中のアグネスの態度が悪く、なかなか契約に漕ぎ着けない。ジェニーは仕事に対して真剣味の足りないアグネスにウンザリする。

感謝祭。セリーナはアーロンが家族に会いに来ることになってウキウキ。さらに「君１人に絞った」という言葉を聞き、天にも昇る気持ちになる。が、アーロンから思わぬ断酒宣言が出たため、自分も酒はやめているとウソをついてしまう。

スノーフレイク･チャリティー･ダンスパーティーの時期がやってくる。ブレアは複数の男に誘われているものの、誰を同伴するか思案中。ブレアの相手候補をことごとくけなすチャックは、彼女を最もよく知る自分が相手探しをすると言い出す。

アーロンはクリスマス休暇にセリーナをブエノスアイレス旅行に誘う。家族が心配と言いつつ、内心はダンのことも気に掛かり、すぐに「行く」とは返事ができないセリーナ。旅行に誘われたことをダンに告げると、ダンは「行きたいなら行けばいい」と答えてしまう。

年が明けて冬休みも終わり、新学期がスタート。ブレアは、上流階級の女性が入会する由緒ある「コロニー・クラブ」のメンバーになるため、選考委員を家に招くことになっていたが、行方不明になっているチャックのことが気がかりでならない。

チャックと彼の叔父ジャックの前で、バートの遺言が開示される。会社を継ぐのは自分だと思っていたジャックだが、バートはチャックが継ぐようにと手紙を遺していた。ジャックは会社をチャックから取り上げようと、汚い作戦に出る。

イェールの早期合格者発表の朝。ダンとセリーナは合格発表が気になりつつも、互いの親が親密になることのほうが心配な様子。そんな中ブレアは、ある出来事から新任のレイチェル先生に激しい怒りの炎を燃やすことに…。

ブレアは、新任教師レイチェルを陥れたことをとがめられ、社会奉仕活動の罰を受けていた。報復をもくろむブレアは、親しげに話すレイチェルとダンに遭遇。ゴシップガールに2人の仲を怪しむ通報をし・・・。

年に一度、コンスタンスとセント・ジュードの上級生は劇を披露することになっていた。今年の演目は「エイジ・オブ・イノセンス」。主役はブレアとダン。イェールに合格して人生バラ色のブレアは、悲劇のヒロインになりきるのも、嫌いなダンを相手役にするのも大変だとぼやく。

ダンとヴァネッサがネイトの家を訪ねると、ちょうどネイトのいとこトリップがヴァンダービルト家の集まりに来るよう、ネイトを説得しているところだった。だが、家族の窮地に手を差し伸べてくれなかった親戚と顔を合わせたくないネイトは、誘いを断る。

ジェニーの16歳の誕生日が近づいていた。セリーナとリリーは盛大なパーティーを企画するが、ジェニーは家族や親しい友人だけで地味にやりたいと言う。本人の希望なので、せっかくのケータリングもキャンセルするリリー。

イェール大に落ちたブレアは大焦り。サイラスがNYUへの紹介を持ちかけるが、アイビーリーグ以外眼中にないため失礼極まりない断りかたをする。一方、スペインから帰ったセリーナはなにやら様子がおかしい。

ブレアにガブリエルのことをのろけまくるセリーナだが、新会社の設立に忙しく、デートの約束をしょっちゅうドタキャンされると言う。ブレアはうさんくさいものを感じて「尾行してみよう」と提案するがセリーナに却下され、1人でスパイすることに。

ガブリエルに完全にだまされていたことにようやく気づいたセリーナ。だが被害は自分だけではなく、アパートの住民多数にまで及んでいた。早速リリーに相談しようとするが、最近の成長ぶりに感激したリリーは祖母の代から伝わるブレスレットを「大人になった証」としてプレゼントする。

ブレアはプロムのことで大はしゃぎ。 一方リリーは自分が17歳だった1983年を思い出す。両親の離婚後、ニューヨークからサンタバーバラに引っ越し、寄宿学校に入れられたリリーは行動が荒れて退学処分を受けたが、それを機にLAでレコード会社を経営する父リックと暮らそうと彼のもとを訪れたところ、父親は仕事が忙しくて聞いてくれず、母親シシーに連れ戻されそうになる。

コンスタンスとセント・ジュードの卒業式の日。高校生活が終わればゴシップガールからも解放されると思ったセリーナは喜んでいた。だが卒業式の最中に、ゴシップガールからメールが届く。