Бог смерти Рюк отправляет на землю Тетрадь смерти. Лайт находит её, узнаёт из неё о её предназначении и начинает пользоваться ей.

L начинает расследование. Лайт убивает Линда Л. Тэйлора и попадает в ловушку L.

L считает, что Кира школьник и что он связан с кем-то из полиции. Кто-то следит за Лайтом. Рюк рассказывает Лайту о глазах Бога Смерти.

Лайт использует возможности тетради, чтобы узнать имя того, кто за ним следит.

Лайт использует агента ФБР Рея Пенбера, чтобы тот записал имена остальных агентов на листке из тетради, и они умирают. L хочет начать работать лично с теми полицейскими, которые готовы продолжать расследовать дело Киры.

L создаёт тайную группу по расследованию дела Киры из оставшихся верными полицейских. Лайт убивает Мисору Наоми.

L сужает круг подозреваемых до тех, за кем следил Рей Пенбер, и устанавливает видеокамеры в доме Ягами. Лайт быстро это обнаруживает и убеждает Рюка найти все видеокамеры. Лайту удаётся продолжать казнить преступников через Тетрадь смерти прямо под прицелом камер. Но L продолжает его подозревать.

L убирает камеры из дома Ягами. Лайт, поступает в университет, куда поступил и L. Детектив открывается Лайту.

L и Лайт играют в теннис. Они обсуждают дело Киры. Отец Лайта попадает в больницу.

Второй Кира захватывает вещание на «Сакура ТВ» с обращением к полиции.

Лайт присоединяется к расследованию. L просит его составить послание второму Кире от Киры. Рэм рассказывает Мисе, как можно убить Бога Смерти.

Миса Аманэ, используя глаза Бога Смерти, определяет, что Кира это Лайт Ягами, встречается с ним и показывает своего бога смерти — Рэм.

Рэм угрожает убить Лайта, если он причинит вред Мисе. Миса ради Лайта просит Рэм убить L и та соглашается.

Миса встречает L и видит его имя. L арестовывает Мису. Миса отказывается от тетради.

Лайт отказывается от тетради Рэм и признаётся L, что он может быть Кирой. L сажает Лайта за решётку. Убийства преступников прекращаются. Лайт отказывается от тетради Рюка и теряет память. Преступники снова начинают умирать от рук Киры.

L выпускает Лайта и Мису из заключения. L сообщает, что штаб-квартира расследования переносится в построенный им 23-этажный дом. В этом же доме поселяют Мису. Лайт и L, скованные наручниками, продолжают совместное расследование дела Киры.

Лайт и L дерутся. Японская полиция прекращает расследование дела Киры, поэтому Соитиро Ягами и некоторые другие детективы уходят в отставку. Айзава остаётся в полиции и уходит из штаба расследования. Детективы выходят на след Ёцубы. Появляются помощники L — Айбер и Уэди.

Мацуда тайно проникает в офис Ёцубы, но его быстро обнаруживают. L устраивает вечеринку для менеджеров Ёцубы, чтобы спасти Мацуду и инсценирует его смерть.

Детективы следят за менеджерами Ёцубы. Лайт связывается с Намикавой. L убеждает Мису пойти в Ёцубу на собеседование.

Миса приходит на собеседование в Ёцубу. Рэм показывается ей и рассказывает, что Лайт — Кира. Миса идёт на свидание с Хигути, говорит ему, что она — второй Кира и добивается признания, что он — третий Кира.

Миса предъявляет детективам запись, на которой Хигути признаётся, что он — Кира. Детективы начинают спецоперацию против Киры №3.

Продолжается спецоперация против третьего Киры. Хигути прижимают к стенке.

L узнаёт тайну тетради. К Лайту возвращается память и он убивает Хигути. L отпускает Мису. Миса по поручению Лайта откапывает вторую тетрадь смерти. Она забыла настоящее имя L, поэтому снова совершает сделку с Рюком и получает глаза Бога Смерти.

Лайт вынуждает Рэм погибнуть, продлив жизнь Мисы убийством L. Лайт забирает тетрадь, оставшуюся после смерти Рэм.

Лайт становится вторым L. Тетрадь смерти решено передать на хранение Соитиро Ягами. Лайт решает жить вместе с Аманэ Мисой.

Силами ФБР создаётся специальная команда для расследования дела Киры (SPK) без помощи L. Эту команду возглавляет Ниа. Ниа сообщает Лайту, что знает о смерти L. Мэлло похищает Сайю Ягами.

Мэлло обменивает Сайю Ягами на тетрадь. С помощью тетради он убивает большинство членов SPK. Ниа сообщает Лайту, что подозревает во всём происходящем Мэлло.

Лайт отказывается от тетради и пересылает её в полицию. Соитиро Ягами получает от Рюка глаза Бога Смерти и видит настоящее имя Мэлло, но не успевает записать его в тетрадь. Соитиро Ягами умирает. Тетрадь возвращается её владельцу — синигами Сидо.

Ниа подозревает, что второй L — Кира. Мэлло забирает у Ниа свою фотографию и сообщает ему, что одно из правил Тетради Смерти — фальшивое.

Айзава начинает подозревать Лайта и рассказывает Ниа о расследовании L. Лайт приказывает Мисе отказаться от тетради и передать её Тэру Миками. Миса теряет память, а Тэру Миками начинает наказывать преступников.

Тэру Миками находит нового «представителя Киры», Киёми Такаду, а затем с её помощью связывается с Лайтом. Мэлло и Мэтт устанавливают слежку за Мисой. Такада становится союзницей Лайта.

Ниа ищет связь между двумя Кирами и прибывает в Японию для наблюдения за Тэру Миками. Тэру Миками по поручению Лайта пересылает листы из Тетради Смерти Такаде Киёми.

Айзава использует уловку, чтобы проверить обманы Лайта и узнать правду о нём. Позже SPK помещает Мису и Моги под своё наблюдение.

Во время смелой операции Мэлло делает свой ход и ему удаётся похитить Такаду, создав препятствие планам Ниа и Лайта.

Тщательно подготовив свои стратегии уничтожения друг друга, Лайт и Ниа, наконец, встречаются лицом к лицу.

Долгая битва между Кирой и его преследователями подходит к концу.