명석한 두뇌로 고등학교 학창 시절을 따분하게 보내는 야가미 라이토. 어느날, 자기 뜻대로 사람을 죽일 수 있는 데스 노트를 얻게 된 라이토는 그 힘을 이용해 범죄자들을 하나씩 죽이면서 악을 청소하기로 결심한다. 살해된 사람이 늘자, 천재 탐정 L이 개입하면서 둘 사이의 싸움이 시작되는데...
제2의 키라를 놓치게 되자 L은 라이토에게 수사본부에 참여해달라 부탁한다. 그리고, 오리지널 키라 처럼 행세 하면서 제2의 키라를 잡도록 도와달라 하자 라이토는 자신에 대한 의심을 떨칠 기회라 생각해 이를 승낙한다. 놀랍게도, 제2의 키라는 라이토에게 없는 능력을 가지고 있는데...