大洋之上，一艘印着红十字的大白船缓缓驶过——中国海军医疗船“和平方舟”正在执行和谐使命任务。突然警铃响起，和平方舟接到上级命令——救援失联多日的“菲尔号”渔船。确定渔船位置，高旗率蛟龙队员全副武装登船。船上状况惨烈，不断发现面容发黑的尸体，院长孙诚海根据同步的视频画面迅速做出判断，船上不排除发生烈性传染性疾病的可能。

“菲尔号”渔船救援任务顺利完成，并与他国政府完成交接仪式。孙院长向叶南请求将张渡航留在和平方舟继续工作，可张渡航却想着早日回编队转业。

另一边，路阳正在给众医护人员上“枪弹穿透伤的处理”的课程，张渡航落座后排，暗自在纸条上记录着什么。课后，张渡航让姜俊波将纸条交给路阳，指出其授课内容中的错误。

叶南等人召开会议，商讨“优雅号”船员处理方案，等待所属国前来交接。此时“优雅号”船长因手术感染昏迷不醒，孙诚海让张渡航进行再次手术，路阳表示自己严格按手术流程操作，因此困惑，埋头研究枪伤手术。过后请教张渡航有关枪伤的处理，张渡航耐心传授。另一边，汪鸣前去蛟龙看管的特殊病房修理灯泡，紧张的闹出了笑话。宿舍内，张渡航在睡梦中回忆起与战友战斗的画面，高奇也看出张渡航不像普通的医生。“优雅号”任务总结大会召开，张渡航、路阳等人受到表扬。

叶南前去劝诫病房中的走私组织头目，让其不要再做伤天害理的事情，并表达中国海军的为人之道。和平方舟即将靠岸，却再次接到紧急命令。菲利国经受台风灾害，和平方舟受命前往当地执行人道主义医疗救援任务。叶南召开动员大会，安排众人准备工作。叶南批准张渡航下船回家的休假请求，路阳前来与张渡航道别。张渡航赶回家，无意间看见妻子沈默的病例报告，匆匆赶到沈默所在学校。许久不见的夫妻二人热情相拥，张渡航告知沈默，自己准备休假好好陪陪她。

高英俊因晕船吐了，大聪与其聊起过往经历，夸赞身为零零后的高英俊。此时前甲板舱口盖松动，里面物资如进水会有危险，大聪与高英俊接领任务，全副武装，赶往前甲板。船舱外狂风骤雨，船身飘摇，大聪与高英俊奋力顶着风浪，一步步艰难往前甲板舱口盖挪动。终于到达前甲板舱口盖处，在安全绳的固定下，二人齐心协力，终将松动处修复，然而大聪手筋断了，需要立即手术。张渡航与路阳配合，在大风浪之下，摇摆不定的船舱手术室内，为大聪进行手术缝合。手术成功，路阳请教如何练习海上缝针，张渡航直言勤练，没有技巧，两人也在磨合中建立了信任。高英俊看望大聪，表达愧疚，大聪让其不必放心上。

叶南与孙诚海找到华侨商人史先生相助，史先生将自己的房子提供出来作为前置医院。叶南认为很可能会接收传染病患者，因此谢绝好意，表示寻找不到合适的地方再回来。另一边，张渡航治疗一名肩膀脱臼的患者，成功治疗后，终于有人愿意跟海军回和平方舟号治疗，然而却发生误会，以为张渡航是骗子，众人散去。路阳坚持发宣传资料，可是没人愿意理睬。路阳发现一位病人急需手术，可是当地医院只能让其等候，路阳着急，张渡航让路阳体谅当地医生，路阳耐心劝说病人去和平方舟上治疗。此时有人抢走中国海军的药品，高奇追赶。追至男子家中，发现其妻子病重，邀请她上和平方舟治疗。

叶南与大使商议，尽快与媒体接触，以宣传的方式消除与病人之间的隔阂，以便更多收治病人。孙诚海安排张渡航与路阳沿路发放物资，并接收病人至前置医院，高奇随同确保众人安全。国内张渡航家中，居委工作人员小赵前来看望沈默，让其服从组织安排去医院。另一边，张渡航一行人遇到一位拉肚子的小男孩，得知村里很多人都有类似症状。众人赶至村落，察觉此处已爆发痢疾，张渡航、路阳等人将部分病人带回前置医院治疗。消杀用品运至，张渡航组织人员对村落进行消杀。和平方舟上，吴志方召开会议，传达给众医护人员对病患的照顾方针，并亲自检查病人伙食。汪鸣给病患安装了无障碍厕所，吴志方对其表扬。

张渡航与路阳深入村落巡视灾情，此时一处楼房坍塌，张渡航请求支援。老叶终于找到一名吊车司机，然而吊车却坏了。前方，路阳为伤着简单治疗，张渡航用千斤顶尝试救援。此时伤者苏醒，告知儿子也被埋了，众人全力寻找。前置医院内，一名孕妇出现危险，需回和平方舟生产，其丈夫与中方医生产生误会，激动之下拿手术刀挟持齐暖，愤然离去。然而其他地方无法救治孕妇，在杰西卡医院，大聪和翻译再次遇到夫妇，在大聪的说服下，二人决定前去和平方舟手术。坍塌楼房处，众人找到孩子，路阳鼓励虚弱的孩子坚持下去。另一边，老叶终于找到吊车，赶至现场救援，可最终没能救回母子。

日月流转，灾情渐渐得到控制，和平方舟援助任务圆满完成，吴志方和叶南商量菲利国军需首长前来探望患者、参观和平方舟的行程，因孙诚海病了，让张渡航出面介绍情况。菲利将军看望阿婆，阿婆手术成功恢复视力，再次见到了儿子的照片，将军为阿婆儿子感到骄傲。高危产妇和她丈夫与吴志方交换了礼物，叶南送上中国结，表达美好祝愿，翌日产妇一家人、阿婆等病人出院，与众医护人员合照留念，表达感谢。和平方舟圆满完成任务，启程返航回国。港口已有众多人等候，热烈欢迎和平方舟号凯旋，张渡航也见到了妻子沈默的身影。到家，张渡航询问起沈默的身体情况，沈默让其不用担心。

孙诚海安排沈默下周手术，可张渡航希望大家可以瞒着沈默病情，路阳提出不同意见。张渡航私下找到教导主任，说明沈默病情，并让主任帮忙瞒着沈默。与此同时沈默常常忘事，主任找到沈默表示同意请假的事情。张渡航也同意沈默上完公开课再进行手术。和平方舟上，海军战士们日常训练这，吴志方得知汪鸣也没下船休假，特意借口找他剪发来关心原由。公开课即将开始，可沈默却临时身体不适。另一边，路阳陪伴顾宇峰过生日，送上生日礼物，此时却接到孙诚海电话，立刻返回医院，留下顾宇峰一人，答应十二点前赶回来。

沈默手术很成功，可路阳却累到睡着在了医院，醒来时才发现顾宇峰一直在医院外等候。两人回家，一起吃蛋糕，看电影，看着看着，路阳在顾宇峰身旁睡着了。沈默醒来，张渡航无微不至的照顾在她身边，还为她买了假发。孙诚海询问路阳关于沈默的情况，虽然手术成功，但还是会有术后感染的风险，孙诚海为了让张渡航留在陆地上，申请调任至自己的医院工作。姜俊波的前夫带着儿子来医院看病，俩人因为孩子起了争执，路阳无意间听到他们的对话，安慰姜俊波。深夜，顾宇峰接路阳下班，给她买了不少吃的，可因为一通同事的电话始终不接，让路阳有了想法。

社区委员小赵替沈默买菜，看望沈默。孙诚海向首长请求调任张渡航，首长考虑张渡航家里情况，同意调任，张渡航对此事也十分意外。712医院内，常胜透露张渡航即将调来的消息，大家议论纷纷，许白则让张渡航把握好机会。孙诚海前来看望沈默，并带来张渡航即将调任的消息，可张渡航却不愿浪费科室的配置和资源，希望转业，陪在妻子身边，声泪俱下诉说对沈默的愧疚。孙诚海劝说张渡航无果，和叶南商量。张渡航家里也和沈默交代自己已决心转业，沈默也声泪俱下让张渡航不要脱下军装。医院内，路阳哄着姜俊波的孩子，小宇希望一直住院可以看见妈妈。

另一边，汪鸣安慰失恋的路阳，路阳让汪鸣替自己保密。饭后两人分别，路阳独自漫步在江边，汪鸣回到和平方舟，得知又将出海，十分振奋。医院内，孙诚海得到张渡航调任的正式通知，路阳也在最后关头报名出海执行任务。和平方舟上，贺昭第一次上船，因晕船所以穿了拖鞋想进食堂，却被拦下，姜俊波为其解释规矩。吴志方出现，让贺昭回去把鞋换了。食堂内，蓝澜给大家发喜糖，却提到了路阳的感情，路阳大方承认自己已经分手了。另一边，贺昭晕船晕的躺在了地上，路阳为其拿了贴肚脐的药。

宋阿姨因临时换主刀医生，临时反悔，许白送她回病房。另一边，孙诚海找路阳谈话，整夜不睡，路阳表示自己正在调整，将顾宇峰录制音乐的播放器给扔了，孙诚海默默捡起收好。路阳向宋阿姨道歉，得知宋阿姨儿子在国外援建，联想到了自己与顾宇峰的关系，只有真正理解了才能心甘情愿的支持对方，说服自己，也说服宋阿姨进行手术。手术顺利，孙诚海强制让路阳休息一阵。另一边，张渡航重新整备了婚纱，回到家却发现沈默发烧了，急忙送往医院，怀疑颅内感染。

岛礁之上，有村民被毒蛇咬了，路阳为其紧急处理，许白调用省医院血清，可时间紧迫，贺昭利用中医原理为患者清理毒素，总算控制住病情。叶南让汪鸣等人购买雄黄处理场地。712医院内，张渡航在医院陪着沈默渡过结婚纪念日，张渡航为心情低落的沈默唱歌，伴随着歌声，沈默进入梦乡。翌日，沈默询问自己的病情，张渡航让其不要多想，陪伴鼓励沈默。另一边，贺昭的中医治疗受到大家欢迎，老班长的关节炎也让贺昭用针灸尝试治疗，老班长露出保卫祖国留下的伤疤，贺昭感叹。

路阳得知张渡航心结，拜托高奇带来蛟龙队曾经的合照，告诉张渡航坚持救人的选择是正确的，让他不必自责，张渡航看着合照痛哭流涕。沈默情况越来越糟糕，专家建议立即手术。张渡航去沈星的墓前，诉说起妹妹沈默的病情，答应沈星会把沈默照顾好。张渡航回到医院，同意了沈默的手术，并向许白道歉。沈默被推进手术室，专家亲自主刀，张渡航彻夜在手术室外守候，吴志方、叶南和孙诚海等人也赶来陪伴张渡航等候手术结果。手术灯灭，结果非常顺利。沈默感染被控制住了，路阳将好消息告知张渡航。

吴志方在剪头发的时候，无意间了解到气象参谋孙尚感冒的真实原因，是因为之前一次气象误报落下了心病，所以转天找到孙尚谈心，解开了孙尚的心结，让孙尚重拾信心。

夜幕降临，将军和夫人被叶南盛情邀请在“和平方舟”上用餐。将军由衷地赞叹，“和平方舟”不只是生命之舟，更是友谊之舟，愿你们平安航行，愿世界各国都有你们的足迹。众人举杯庆祝，气氛热烈。对于此次力荐常胜主刀手术，孙诚海问张渡航是怎么想的。张渡航说，其实常胜的技术十分优秀，之前只是没有什么机会让他展现，只有多把他推到最前台，他才能成长的更快。孙诚海佯装埋怨张渡航还是有些欠考虑，实际心里很高兴，自己看中的接班人，不仅医术要好，更要有眼光和格局，这些，张渡航都符合。“和平方舟”劈波斩浪，很快驶入亚丁湾，准备给正在那里执行护航任务的我海军官兵开展医疗服务。但年轻医生唐诗以晕艇为由像张渡航请假，不随小分队上舰巡诊，路阳却对请假理由不以为然，与张渡航有意见分歧。

政委来到船舷边上，也掏出手机，手机屏保是自己女儿的照片，政委看着大海，看看手机里的女儿照片，也开启了自己对家人的思念模式。大家集合在甲板上，对着中国国旗宣誓：我宣誓，我是中国人民解放军军人，服从中国共产党领导，全心全意为人民服务，服从命令、严守纪律、英勇顽强、不怕牺牲，苦练杀敌本领，时刻准备战斗，绝不叛离军队，誓死保卫祖国。在中国人民解放军的军歌中，和平方舟再次起航，下一站曼苏达。船长召集大家开会，表示和平方舟会在曼苏达码头停留七天，为当地百姓服务，同时，将在当地与三军总医院进行联谊，曼苏达总统和华人华侨都会邀请上船参观。

孙诚海、路阳、张渡航等人查看玛卡的病历和影像资料。几名来“和平方舟”开展医疗交流的曼苏达医生对玛卡的病情也很熟悉，他们说就此事寻求过一些国家知名专家的帮助，但因为风险太大没有人愿意给玛卡实施手术。他们认为，让玛卡活着，才是将风险降到最低的选择。但张渡航认为，可以通过细致的检查和分析提前确定玛卡子弹的位置，好为他除去“心头之患”。曼苏达却认为这绝对不可能做到。私下里，孙诚海提醒张渡航，“和平方舟”是治病救人，不是冒险救人。在这里动的每一刀，都代表着中国医生的能力和道义，让他一定要谨慎做决定。张渡航坚定地回答老师：中国医生是用自己的能力拯救病人，请相信我们！看着张渡航信心如此坚定，孙诚海很是欣慰，同意实施手术。

但是，同一时间，招待会餐饮开餐在即，灶台的空压机却发生问题，有几道菜还没上齐。紧急关头，维修、餐饮全体人员相互配合，吴志方船长还上演了一场精彩的“一鸭三吃”的介绍，完美地解决了问题。张渡航按照约定想和妻子通话，却因沈默身体不适正在接受检查，无法通话。张渡航打不通许白电话，焦急地担心着妻子的状况坐立难安。不久许白回了电话，说沈默情况稳住了，张渡航终于松了口气。夜幕降临，甲板上，歌舞升平，热闹非凡。顾宇峰终于拦住了路阳，鼓足勇气为上次不辞而别的事情向她道歉，并希望不会失去路阳这个永远的朋友。路阳终于解开心结，二人握手言和，相视一笑。

“和平方舟”圆满完成在曼苏达的所有任务。离港前，叶南率领医院船所有官兵向志愿者致谢。为了让孙诚海能有机会与女儿当面道别，船长吴志方特别安排他为协助“和谐使命”医疗活动的志愿者颁发纪念证书。当孙诚海来到女儿面前时，万语千言在心中，都化成了一个庄严的军礼和彼此理解的目光。“和平方舟”圆满完成任务离港，孙信信乘摩托艇追着方舟前来送别，并留给孙诚海一张自己志愿工作中的照片，言明要与父亲并肩作战，孙诚海欣慰的笑了。

一名叫赛尼尔的老人因最爱的孙女露娜离世，万念俱灰，说什么也不愿再接受治疗。他挣扎着要离开医院，众人劝阻未遂，赛尼尔甚至夺了医院的剪刀企图自杀。唐诗上前阻止却敌不过老人的力气，危急时刻路阳一把握住了剪刀，防治老人伤害到自己或者别人。并以他的孙女露娜为切入点，对老人进行了恳切的劝解，赛尼尔痛哭流涕终于决定带着孙女的希望与爱好好活下去。回到休息点大家发现路阳的手出血了！应该是在夺剪刀的过程中，不小心划破手套受的伤。路阳被紧急隔离，唐诗内疚万分觉得都是因为救自己造成的，主动要求留下来照顾路阳。路阳不希望大家把精力浪费在自己身上，现在照顾病人更重要。

留在医院的路阳和齐暖无法就是否给哈瑞娅实施剖宫产达成一致，二人谁也不服谁。路阳觉得自己发现了问题及时指出，是在帮助齐暖；齐暖则认为路阳纯粹是在出风头打压自己。张渡航和秦俊波在两人之间来回斡旋。路阳接受建议，真诚地和齐暖聊聊。齐暖解开了心结。二人合力，很快确定了哈瑞娅的手术方案。患上了本热病的特拉法也被送上“和平方舟”治疗。看着原本被他关起来等死的努卡村民现在都在逐渐恢复健康，特拉法忐忑不安，生怕被他们报复。没想到，善良的村民最终原谅了他。特拉法也为自己之前的做法深深懊悔。

小查都病情加重，路阳和齐暖等医生，担心用药可能给小查都留下后遗症等问题展开了激烈的讨论。最后她们在权衡利弊之后，对症用药，同时中国医生的方案也得到了当地医生的支持和信任。好的结果出现，小查都病情得到了好转，也是从重症室转出去的第一人，这给大家带来了极大的信心，陆续很多病人也都得到妥善的救治，康复出院。拿到沈默的最新检查结果，许白脸色阴沉，最担心的事情还是来了！因为上次的脑室穿刺手术，沈默出现了不可控的并发症——记忆力退化，需要再次手术。张渡航得知消息，内疚与自责汹涌而来。孙诚海安慰他，沈默的手术许白医生会尽全力，此次任务还有最后一个国家，打起精神，给沈默交上一份合格的答卷！张渡航点头称是。

为了提升远海卫勤保障能力，“和平方舟”组织开展全船全员的急救培训，官兵们认真训练，忙的不亦乐乎。可直升机小队的队长马剑急着申请开展夜航训练。船长吴志方知道马剑心里的“小九九”，前两次的夜间海上救护训练都不太成功，他这是憋着一口气想要证明自己。在叶南的劝说下，吴志方最终批准了马剑夜航。马剑意气风发，正要准备出发。气象组的孙尚匆匆前来找他，说他之前观测到的一个低压中心正在加强中，大约两小时后就会迎来台风！马剑一门心思要起飞训练，并未把孙尚的提醒当回事，急得孙尚直闯驾驶室找船长。吴志方听取了孙尚的汇报，果断地取消了直升机夜航训练，气得马剑直跳脚，骂孙尚是“胡预报”！

孙诚海让张渡航和路阳联合主刀，并叮嘱二人：此事关系着中国海军和国家形象，这台手术十分关键！张渡航和路阳对视一眼，相互鼓励。毫无悬念，手术成功！全程观看了手术过程直播的当地官员对两位中国军医精湛的技术佩服得五体投地。维纳卡加亚国的工作人员对医院船官兵的态度也友好、信任了起来。维纳卡加亚检查官员一致同意，“和平方舟”官兵可以上岸！

唐诗面对大面积皮肤烧伤的病人卢卡，给他鼓励和帮助；伤员帕奇的眼睛出现了问题，不愿意接受救助，“和平方舟”的军医常胜给与了他力量和勇气。张渡航接手的伤者腿部损伤非常严重，已经到必须截肢的程度，但伤者才二十岁，不愿意截肢，张渡航决定冒着风险，强行保肢。大家全神贯注，与死神争夺生命。

“和平方舟”派出直升机救援小分队。通过无线电，叶南和马剑约定在村子的高处接应。叶南点起火把，为直升机定位，马剑果断放吊篮救人！路阳坚持让村长弟弟先上直升机，可吊篮刚将伤员拉至半空，塑料厂老板剩余的私人武装分子就赶到。他们对着直升机一顿扫射。马剑沉着泠静，凭借熟练的技术，将吊篮拉至高空快速撤出，众人都长长地出了一口气。小分队剩余人员继续和武装分子斗智斗勇，找到一辆车，很快将武装分子甩掉，一路绝尘而去。

“和平方舟”离港前一小时，主机的曲轴箱突然发高温报警，根据经验，汪鸣分析这有可能是船体发出的假警报，于是他自告奋勇，钻进底舱一探究竟。时间一分一秒地过去，所有人的心都提到了嗓子眼。就在离“和平方舟”预定离港时间还有13分钟的时候，假警报终于解除，而在高温环境下作业的汪鸣已浑身湿透，意识昏迷。

这一次出航，“和平方舟”救死扶伤、抗击疫情、出入生死，共同的经历让大家彼此间的情感更加深厚。可一想到回去，就会有很人离开“大白”，离开海军，所有人的心里并不轻松。为了给大家鼓劲，叶南、吴志方和孙诚海一商议，决定举办一个别开生面的欢送会。