컴퓨터가 사람의 권리를 침해한다고 생각한 한 해커가 바이러스인 '크루엘러'를 만들어 컴퓨터를 파괴하려 한다. 컴퓨터 속의 '컴퓨터 세상'에 크루엘러를 필두로 바이러스 군대가 침입하기 시작하고, 각 컴퓨터 세상의 영역들이 하나씩 점령당하기 시작한다. 그러나 여전사 '스캔'의 희생과 맞바꾸어 바이러스 군의 우두머리인 크루엘러는 배드섹터 궁에 갇힌다. 그리고 남은 최후의 게임인 트랙시티도 마침내 하나하나 점령당하기 시작하고 마침내 '하니안'시 만이 컴퓨터 세상의 최후의 거점으로 남게된다. 하니안 시장은 마침내 (현실의) 트랙시티 게임의 랭커 1위, '진이'를 구세주로서 부를것을 결심하게 되고 이를 캐피맨에게 협력을 부탁한다. 시장의 요청을 받은 캐피맨은 행동을 개시하고, 마침내 한 소년이 트랙시티로 오게 되는데...