세븐스 어설트 가든'에 도착해 성검학원과 도시를 소개받은 레오니스. 리세리아와 함께 성검학원 기숙사에 들어간다. 그곳에서 학원의 불량 학생 뮤젤과 다툼이 생기지만 리세리아의 동료 엘피네의 개입으로 소동은 잠잠해진다. 레오니스와 함께 샤워를 하던 중 쓰러져 버린 리세리아에게 레오니스는 충격적인 고백을 한다.

레오니스는 리세리아에게 지난 밤에 있었던 일과 자신의 과거에 대해 고백한다. 이 사실을 들은 리세리아도 자신의 과거와 사명을 레오니스에게 전한다. 다음 날 레오니스는 리세리아의 동료 사쿠야를 만나게 되고, 그녀 또한 보이드에게 어떤 마음을 품고 있는지 알게 된다. 레오니스의 성검 심문 도중 뮤젤이 난입하여 레오니스의 보호자를 자처한 리세리아가 싸움에 말려들고, 예기치 못한 사건을 겪는다.

마침내 각성한 리세리아는 더욱 강해지기 위해 레오니스에게 훈련을 부탁한다. 권속이 강해지는 것은 레오니스 역시 바라던 바로, 리세리아와 훈련을 시작한다. 한편, 관리국은 수색 팀이 실종됐던 건에 관해 전략 회의를 소집하고, 조사 보고 내용에 따라 경비를 강화하며 정보 수집을 계속한다는 방침을 발표한다. 레오니스의 훈련에 대한 감사 표시로 리세리아는 자신이 한턱내겠다며 외곽의 레스토랑으로 데려간다. 그곳에서 레오니스는 리세리아의 새로운 면을 보게 되는데...

혼란에 빠져 있던 전략 회의는 엘피네의 추론으로 충격에 휩싸이고, 결국 보이드의 대량 발생을 나타내는 '스탬피드'에 이르른다. 수많은 보이드들이 세븐스 어설트 가든을 공격해 오고, 성검사들은 전투 태세에 돌입한다. 학원을 떠나 고아원에 가 있던 리세리아와 레오니스는 아이들을 지키기 위해 보이드와 싸우고, 레오니스는 그곳에서 이번 스탬피드를 일으킨 자와 마주친다.

세븐스 어설트 가든에 불어닥친 스탬피드. 스탬피드를 일으킨 자는 천 년 전 마왕 레오니스와 싸운 6영웅 중 한 명이었던 대현자 아라키르로, 그는 보이드로드로 환생해 있었다. 레오니스를 꾀어내기 위해 리세리아를 납치한 아라키르. 레오니스는 마왕의 자존심을 걸고 권속을 돌려받고자 그가 있는 곳으로 향한다. 엄청난 힘으로 레오니스를 공격하는 아라키르와의 격전, 이윽고 레오니스는 중대한 결단을 내린다.

스탬피드가 지나가고 복구가 진행 중인 세븐스 어설트 가든을 왕족 제4 왕녀 아르테리아 레이 올티리제가 찾는다. 그녀는 전술 도시를 끝까지 지켜 낸 성검사들을 위로하고자 파티를 연다. 제18소대 모두 파티에 초대받았지만, 어째서인지 레기나만은 파티에 참여하지 않는다. 한편, 제국의 체제에 불만을 품고 있던 아인 집단 왕랑파가 왕녀를 납치할 계획을 세우고, 어딘가 수상해 보이는 샤르나크는 아인들에게 수수께끼의 힘을 부여한다.

반체제파인 아인들은 최신예 함 하이페리온을 점거하고 아르테리아 왕녀를 납치하는 테러를 성공시킨다. 하이페리온에 올라탄 레기나는 레오니스에게 자신의 출신에 대해 밝히고, 둘은 왕녀 구출과 배의 탈환을 목표로 움직이기 시작한다. 하이페리온이 보이드 암초에 돌입하던 중 레오니스는 샤르나크와 대치한다. 레오니스는 '여신'의 이름을 알아내기 위해 그녀를 신문했지만, 예기치 못한 일이 발생하게 된다.

성검 학원에서 소대 대항전이 열린다. 리세리아가 성검을 각성한 이래 처음 맞는 본격적인 시합으로, 이기면 소대 랭크도 올라 리세리아는 투지를 불태운다. 대전 상대는 펜리스가 이끄는 강적, 제11소대. 치열한 진검승부는 리세리아와 펜리스의 일대일 결투까지 다다른다. 시합을 마친 제18소대에게 교관 디글라세는 특별한 명령을 내린다. 먼바다 위에 나타난 전술 도시의 조사 임무로, 그곳은 리세리아가 가족과 함께였고 가족을 잃은 제3전술 도시였다.

보이드가 날뛰는 땅으로 변해 버린 리세리아와 레기나의 고향 제3전술 도시에 천 년 전 시대로부터 아르레가 나타난다. 레오니스는 보이드의 급습에 부상을 당한 리세리아와 몸을 숨기고 폐허 도시의 망령과 만나고 떨어져 행동하던 레기나, 사쿠야, 엘피네는 아르레와 만나 한차례 싸움을 벌인다. 레오니스와 리세리아는 망령에 이끌려 리세리아의 생가인 크리스타리아 공관으로 향한다.

리세리아에게 쏟아진 공격을 간발의 차로 로그나스 삼용사가 막아 내고, 뒤늦게 찾아온 레오니스는 그곳에서 천 년 전에 봤던 네파케스와 조우한다. 네파케스는 의미심장한 말을 남긴 채 모습을 감추고, 남겨진 레오니스 일행 앞에 천 년 전 6영웅 중 하나였던 티아레스의 모습을 한 보이드로드가 출현한다. 티아레스와의 싸움을 피할 수 없었던 레오니스, 그의 머릿속에 불현듯 과거의 기억이 떠오른다.

기억의 심연에 묻혀 있던 약속을 떠올리며 다시 한번 자신의 사명을 확신한 레오니스는 보이드로드를 쓰러트릴 것을 결심한다. 리세리아와 로그나스 삼용사, 그리고 폐허 도시의 망령들도 그런 레오니스에게 협력하고, 레기나 일행 역시 보이드로드를 쓰러트리고자 아르레와 함께 폐허 도시로 달려간다. 각자의 위치에서 펼치는 사투는 점점 격해지고, 마침내 결판의 때가 찾아온다.