宇宙世紀0087年、シャアはクワトロと名前を変え、反連邦組織エゥーゴに参加していた。潜入したコロニーで、彼は黒いガンダムを目撃する。一方、カミーユ少年は、憲兵から尋問中、ガンダム墜落の混乱に乗じて脱出した。

ガンダムMk-II奪取をたくらみ、再度潜入するクワトロ。その戦闘のさなか、カミーユはガンダムMk-IIに乗り込んで、操縦に成功した。それを目撃したブライトは、カミーユにアムロの再来を感じるのだった。

クワトロとともにコロニーを脱出し、エゥーゴの巡洋艦アーガマに身を投じるカミーユ。ライラのガルバルディ隊が急襲する。そしてカミーユは、ティターンズに人質に取られた母が、宇宙に散っていくのを目撃する。

目前で母の死を目撃し、錯乱したカミーユはティターンズへと捕らえられた。だが、ティターンズの指揮官バスクのやり方に不信を抱いたエマは、脱走を決意し、カミーユとその父を伴って、アーガマへと向かう。

MS開発者であるカミーユの父は、自らの保身と愛人のため、エゥーゴのMSリック・ディアスを奪取しティターンズへ戻ろうと脱走した。父を追撃したカミーユ。そして父もまた、彼の目前で死んでいくのだった。

地球連邦本部ジャブロー偵察任務を受け、地球へ降下しようとするレコア。エマはティターンズが行った作戦の非道さを告げられ、ショックを受ける。カミーユは片腕のガンダムMk-IIを操り、レコアを無事に送り出した。

アーガマはサイド1の30バンチに立ち寄った。ティターンズによる毒ガス攻撃の無惨な痕跡を見せられ、言葉を失うカミーユとエマ。ライラのガルバルディβが攻撃を仕掛けるが、カミーユの攻撃に敗れていく。

アーガマは月へと向かっていた。煩悶するカミーユは、エマから地球で出会ったアムロの話を聞かせられる。ライラを失って激怒したジェリドは、月面でカミーユを襲う。その戦闘中、カミーユは偶然ハロを見つけた。

ジャブローに到着したレコアは、危ういところをカイに助けられた。一方、カミーユはミーティングに遅刻し、ウォンに「修正」という名目の鉄拳制裁を食らった。エゥーゴは、ティターンズの戦艦奪取作戦を実行する。

ジェリドたちの攻撃をかわし、ウォンらの支援により、無事に月面を出発するアーガマ。集結地点へと向かう途中、アーガマは謎のMAの攻撃を避けつつ、漂流中のシャトルを回収した。そこには幼なじみのファの姿があった。

月に戻るヘンケンにかわってブライトがアーガマの新艦長になった。ジャブローへの降下作戦が始まり、カミーユはフライングアーマーを装備したガンダムMk-IIで出撃する。その降下の直前、謎のMAメッサーラが襲う。

ジャブローに降下したカミーユとクワトロは、攻撃を交わしつつ中心地へと向かった。だが、ジャブローはすでにもぬけの殻だった。核爆弾の罠が作動する寸前、カミーユはレコアとカイの気配を感じ、2人を救出する。

軍の閑職に甘んじているアムロをフラウが訪ねてきた。アムロに不満をぶつけるカツ。カミーユたちを乗せた大型航空機アウドムラは、ケネディ宇宙空港へと向かった。ハヤトはクワトロがシャアではないかと問いただす。

強化人間ロザミアのMSギャプランがアウドムラと接触、ブラン隊のMSアッシマーも高い機動性で攻撃する。アムロは、再び戦いに身を投じる決意を固め、捨て身でアウドムラを支援、ついにシャアとの再会を果たした。

戦いに慣れることのできないアムロは悩み続けていた。アウドムラ誘導に現れたベルトーチカは、そんなアムロに興味を持つ。カツは独断で出撃するが窮地に陥り、カミーユに助けられた。カツは父ハヤトに修正される。

カミーユたちを宇宙へ帰そうと、ヒッコリーへ立ち寄るアウドムラ。それを急襲するブラン隊。シャアは宇宙へ飛び立つが、戦闘中のカミーユは宇宙への帰還を諦めた。アムロはMSアッシマーを撃墜し、復活の兆しをみせる。

アウドムラは補給のため香港に寄港し、アムロはそこでミライ親子と再会した。ムラサメ研究所から送られてきた強化人間フォウは、サイコ・ガンダムで香港の街を破壊した。だが、フォウはカミーユの強い思念にたじろぐ。

ティターンズのウッダーはフォウの能力に疑問を持ち、ミライを人質にしてアウドムラの明け渡しを要求した。ハヤトは降伏と見せかけて、カミーユのガンダムMk-IIを潜行させ、マリン・ハイザックとの戦いが始まる。

香港の街でカミーユとフォウは密会を続けていた。失われた記憶にこだわるフォウに、思い出ならこれから作っていけると応えるカミーユ。だが、ティターンズの攻撃で戦火が街を包み、フォウはサイコ・ガンダムへと乗り込む。

戦力を失ったスードリは、アウドムラへの特攻を企んでいた。カミーユと会話したフォウは決意を固め、自らを犠牲にしてカミーユにブースターを与える。フォウとの会話を胸に秘め、ガンダムMk-IIのカミーユは宇宙へ戻っていく。

アーガマに戻ったカミーユはいらだっていた。シロッコ配下となった宿敵ジェリドは、マウアーとともに新型MSガブスレイで攻撃をかける。窮地に陥ったカミーユの耳にファの声が響き、Zガンダムがついにその姿を現した。

パイロットを志願するファに、冷たくあたるカミーユ。レコアは新型MSメタスでGディフェンサーを運んでくる。ジェリドはサラ、シドレとともにこれを攻撃、だが、カミーユのZガンダムの前に、ジェリドは撤退を余儀なくされる。

ティターンズは月面のフォン・ブラウン市を制圧する「アポロ作戦」を発動した。経験不足で苦戦するファ。アーガマの攻撃をかいくぐり、シロッコのドゴス・ギアはフォン・ブラウン市へ直接降下し、占拠することに成功した。

フォン・ブラウン市に潜入したカミーユは、ジェリドとマウアーに出会った。アーガマはヤザン隊の奇襲を受ける。その頃地球では、ブレックス准将が暗殺され、地球連邦議会はティターンズの指揮下に入る法案を可決していた。

エゥーゴが奪還したフォン・ブラウン市に対し、ティターンズがコロニー落としを実行した。シロッコ配下のサラの密告によりアーガマはこれを阻止。カツは捕虜となったサラに好意を感じるが、サラは裏切って逃亡するのだった。

ヤザンは、ジャマイカンが実力発揮の障害になると思っていた。旧ジオンの戦艦グワジンでZとまみえるヤザンのギャプラン。ヤザンはガンダムMk-IIの攻撃をアレキサンドリアに誘導し、まんまとジャマイカンを亡き者にした。

シンタとクムを連れて、地球からアーガマに向かうシャア。エゥーゴとカラバ、アクシズと3つの組織の重みが彼の表情を固くしていた。アーガマに接近するシャトルをサラとマウアーの強化ハイメガランチャーが狙っていた。

民間のMSを装ってジュピトリスへ潜入する作戦に、レコアが志願した。ジャブローから帰還したレコアは、前にも増して危険を求めているようだった。潜入中にシロッコに出会うレコア。彼女は彼に奇妙な感覚を感じる。

ヤザン隊を囮にして、アーガマへ奇襲をかけるジェリドとマウアー。アーガマは罠に陥り、苦戦を強いられる。一瞬のスキをついてZを狙うジェリドのガブスレイ。その戦闘の中で、ジェリドの盾となりマウアーが散っていった……。

シロッコの密命を受けてフォン・ブラウン市に潜入したサラ。爆弾を仕掛け、港ごとアーガマを破壊するつもりだったが、カミーユと出会ったことでサラの計画は大きく狂い、共同で爆弾を除去することになってしまった……。

エゥーゴはアステロイドベルトより帰還したアクシズに接触を試みた。一方、シロッコもまたアクシズに接近していた。戦闘を開始するアーガマとドゴス・ギア。そこへ割り込むようにアクシズから謎のMS隊が登場する。

アーガマのメンバーはザビ家の正統な後継者ミネバとハマーンに謁見する。シャアはミネバを偏見の固まりに育てたハマーンの命を狙い、交渉は決裂した。その隙に、シロッコはティターンズとアクシズの同盟を結んでしまうのだった。

気配を感じて出撃しようとするレコア。制止しようとするシャアを、彼女は拒否した。メタスは大破し、負傷したレコアは何かを感じたヤザンのMSハンブラビが回収した。レコア機撃墜を知って、アーガマ・クルーは衝撃を受ける。

ティターンズのキリマンジャロ基地を総攻撃するカラバ。Zと百式も宇宙から戦場へと降り立った。カミーユとシャアはそこでジャミトフとフォウの姿を見つける。フォウの魂を吸い込むようにサイコ・ガンダムが発進する。

死んだと思っていたフォウと再会するカミーユ。だが、一層強化されたフォウはもはや正常な精神状態ではなかった。2人の語らいを切り裂くようにジェリドのバイアランが迫る。そして悲劇は繰り返されてしまう……。

カラバはダカールにある地球連邦政府の議会を占拠した。ティターンズの専横を世界に知らしめるためだ。そこでクワトロは自らがシャアでありジオンの子であることを明かす。時代は一つの転換点を迎えようとしていた。

アムロとハヤトに地球のことを任せ、宇宙へと帰るシャアとカミーユ。その頃、アーガマはヤザン隊と戦闘中だった。限られたシャトルの燃料で戦闘空域に接近しようとする2人。戦闘中カミーユはレコアの気配を感じる。

中立地帯であるサイド2の13バンチに寄港するアーガマ。そこでカミーユは自分をお兄ちゃんと呼ぶ少女、ロザミィと出会う。一方、ハマーンとミネバもまたそのコロニーにいた。カミーユとハマーンは偶然の邂逅を果たす。

カミーユはレコアと戦場で再会する。だがレコアの語る大人の理屈はカミーユを混乱させるだけだった。そんな中、グリプス2のコロニー・レーザーが発射されコロニーを破壊する。己の無力さを噛みしめるカミーユだった。

バスクは毒ガス作戦の指揮をレコアに任せる。ティターンズへの忠誠を試すのが目的だ。それを阻止する作戦中、ロザミィもアーガマからネモで飛び出した。それは彼女が自分の使命が打倒Zであることに気付いた瞬間だった。

新型MAバウンド・ドックを与えられたロザミィことロザミア。彼女はバスク配下のニュータイプ部隊の一員となった。カミーユは戦場でロザミアに「アーガマに戻ろう」と告げるが、それは受け入れられることはなかった。

エゥーゴの拠点、月面都市グラナダにコロニー・レーザーが発射されようとしていた。エゥーゴはハマーンの協力を得てその作戦を阻止しようとする。だが、それはシャアに屈辱的な振る舞いを強いる結果となるのだった。

ザビ家再興を目指すハマーンは、エゥーゴと手を取りつつ、ジャミトフとの交渉に臨んだ。ハマーンには一つの計略があったのだ。一方、サラは戦闘中に逃げ込んだ隕石基地で、カミーユに取り押さえられてしまう。

ハマーンはアクシズをゼダンの門にぶつける作戦を発動した。アクシズと協力関係にあるエゥーゴは脱出するティターンズを迎撃する作戦を行う。その戦闘の間隙を縫って、レコアがサラ奪還のためアーガマに迫る。

シロッコとハマーン、ジャミトフの間で会談が開かれた。シャアは会談阻止をもくろみ、カツはシロッコ暗殺を考える。だが、シロッコは混乱の中でジャミトフを殺害し、その罪をハマーンに着せるのだった。

グリプス2に対し弧を描きながら接近し、それを奪取する。名付けてメールシュトローム作戦。その作戦の実行中に、カミーユとハマーンは精神の共鳴を体験した。だが、2人がわかりあうことは、ついになかった。

ロザミアはサイコ・ガンダムMk-IIでカミーユに迫った。幻の「お兄ちゃん」を追い求め続けるロザミアに対し、カミーユは苦渋の決断を迫られる。一方、シロッコのMS隊はドゴス・ギアを攻撃しバスクを亡きものにした。

ティターンズとエゥーゴの最終決戦が始まった。そこに介入するアクシズ。激しい戦闘の中でカツが、ヘンケンが、レコアとエマが散っていく。不条理への怒りに身を任せたカミーユのZは、予想外の力を発揮し始めた。

シロッコとカミーユ、ハマーンとシャア。雌雄を決すべき面々は銃口を手に語り合った。だが、そこに答えなどはない。カミーユはこれまで出会った人々の力を借りて、自分の信じる正義を、命と引き替えに貫こうとする。