康熙十九年清政府平定“三藩”叛乱的战争历时七年取得决定性的胜利，康熙皇帝（宋昊林饰）在养心殿大宴百官，气氛热烈。唯有施琅（吴京安饰）闷闷不乐，起身向皇帝起奏，建议解决台湾问题。施琅的建议遭到群臣的不满和反对陷入孤独。入夜时分，一群拿着号衣的九门提督衙门的士兵纵马驰过街巷，迅速包围了小客栈。校尉说奉皇命搜捕钦犯。从台湾进入京城的朱霖（张山饰）、阿鳗（宋笠娜饰）串小巷潜行到施琅家府门前，匆匆交给施世伦（丁小强饰）一封信。此时另一名台湾部将洪旭（赵中华饰）正坐在贝勒府家中向赖塔（田二喜饰）报告。次日，京城午门木榜告示：经刑部审议：定于九月四日于菜市口刑场斩首台湾奸细，朱霖、阿鳗。施琅闻信十分震惊，决定以一位内大臣身份闯刑场。

贝勒奈�徒�私下收受台湾部将洪旭行贿的《兰亭集序》送进东暖阁，献给康熙皇帝（宋吴林饰），博得皇帝欢心，并寻机在皇上面前说施琅儿子施世�W（丁正勇饰）已经降敌，投靠台湾了，施琅（吴京安饰）这人属台湾降将不可用。康熙皇帝怀疑？命福建总督姚启圣（王虎城饰）查证。次日黄昏，施琅二儿子施世伦（丁小强饰）在京城午门木榜前看到告示：经刑部审议于九月四日于菜市口刑场斩首台湾奸细朱霖、阿鳗。施琅闻讯十分震惊，父子俩急得团团转，施琅决定以一位内大臣身份闯刑场。遭到施琅夫人坚决反对，施琅向夫人从容交代完后事，带着儿子抬着棺材向刑场进发。全家人痛苦流泪，不安地等待着一切。

拂晓，一队狱卒押着披枷带锁的朱霖（张山饰）走向行刑台，赖塔（田二喜饰）的护卫亲兵跑上行刑台报：内大臣施琅（吴京安饰），带着他的儿子施世骠闯入刑场，赖塔窘迫，便吩咐护卫亲兵：火速禀报康亲王！惊动京都的奸细案和施琅闯入刑场事件，由康亲王杰书和贝勒赖塔以皇室戚臣的特权，连夜入奏养心殿。康熙（宋吴林饰）特宣谕贝勒赖塔为审理官，并以御用宝剑授杰书，以壮尔威。施琅被禁卫士兵押进刑部审讯大堂，施琅从怀中取出了一封书信，高高举起说道：这封书信是赖塔写给台湾冯锡范（冯国庆饰）的，在这封信里，赖塔允许他们自立乾坤，分裂疆土。赖塔恼羞成怒一把抓起御案上的御用宝剑，指向施琅，突然，屏风后传来一声喝斥声：住手！随着喝斥声的传出，康熙皇帝在吴启爵（孙洪涛饰）的陪同下从屏风后走出，大堂里一时寂静无声。

康熙皇帝（宋昊林饰）坐于刑部大堂上，声色俱厉地说：有关台湾事宜，朕岂能轻易放心！施琅，把书信呈上！施琅（吴京安饰）急忙双手捧出书信，吴启爵打开书信宣读，康熙皇帝的神情由惊讶而变得气愤，望着贝勒奈�推�愤地说：这简直是自割国土，媚事海贼啊！台湾自古就是我大清一岛，这简直是狗屁不懂的胡扯！奈�透�是冷汗如雨了，连说：奴才有罪。康熙皇帝哼了一声说：熄一方狼烟也不能毁我社稷。说着挥着御剑，以后有谁敢分裂江山社稷，应合台湾自立乾坤者，当以此案为例！施琅按捺不住大声呼号：臣有九分把握为圣上平定台湾！康熙皇帝玄烨神情激越：九分把握？起来讲！施琅站起，拱手陈述。康熙皇帝激动地站起，亲切地打量着朱霖（张山饰）说：如果台湾当政者果然以江山社稷和人民祸福为重，使台湾兵不血刃地来归，共享我大清福址，这是上上策，武力平台，那是不得已而为之，你回去也可传个话给台湾，合则两利，离则两伤，朱霖兴奋地说：我一定把皇上的话带到。施琅亲自备马送朱霖出城。施琅说：有一事相托，我儿子施世�W被冯锡范掠走，见到世�W，也可告诫他，勿做有辱社稷、有辱祖宗、有辱名节的事，朱霖点了点头。渔民装束的朱霖，回到台湾用力推开板门，突然出现在愁锁眉头的监国的面前……惊喜交加。

福建总督姚启圣偶然在街旁发觉无助的海葵，带回府后了解了海葵不幸的身世，十分同情。为结识李光地施琅（吴京安饰）不惜花重金购买西京杂记孤本，被阿鳗（宋笠娜饰）发觉。康熙皇帝（宋昊林饰）再次派兴化知府慕天颜赴台湾招抚，姚启圣女儿姚云、海葵女扮男装陪同官船前往金门延平王府认亲金门延平王府议事厅，冯锡范召集刘国轩、傅为霖等人议事，冯锡范说：清廷派来的使者已住到了迎宾驿馆，还带了皇帝的诏书，你们看，怎么答复才好？诏书接还是不接？刘国轩说：不激怒他们，但也不能按他们的条件办，反正他们暂时还没有进兵的打算，我们最好是不软不硬，让他们视台湾为鸡肋，食之无味，弃之可惜，和谈失败。姚云、海葵则留在金门。

紫禁城养心殿康熙（宋昊林饰）说：台湾延平王如此不识抬举，要与联平起来坐，你们看怎么办？贝勒奈�停ㄌ锒�喜饰）奏道：台湾试探依外国例可否。李光地（洪涛饰）说：依外国例，台湾不等于从大清疆土分离出去了吗？康熙说：国土不论大小，寸土也不能丢。李光地前来施府拜访施琅，想借读西京杂记孤本被施琅嘲弄一番后离开，福兴酒楼雅座。阿鳗（宋笠娜饰）改换了男装对坐在李光地面前。阿鳗说：全京城只有李大人有学问，直声敢谏，又力主用武力平台，所以家父才不惜倾家荡产结交大人，想找个知己。李光地终于被说服了。金门港挂着五颜六色旗的两艘荷兰五桅帆驶入赤嵌港，冯锡范（冯国庆饰）问：都带什么来了？通事说：火药、铜炮。在战争中失散多年的延平王的女儿海葵终于回到延平王府董太妃怀中。董太妃（吴竞饰）手里把着长命锁说：你亲娘唐妃为了你，差点发疯，海葵说：我永远不会认她，认了，也对不起养活了我的那位母亲。

数日后，施琅到李府拜访李光地，并将西京杂记孤本赠送李光地，李光地愉快接受的同时，背地里却支付三千两银子替施琅赎回抵押的房产，化解了施家危机与矛盾，施琅与李光地结下深情厚谊。施琅和李光地边饮酒边高谈阔论，李光地说：我力荐老兄随皇上出巡一次，朝夕伴君，施琅大悦：我能陪皇上出巡？上哪？李光地说：皇上要去看海，有谁比你更知海的事吗？我想与台湾有关吧。你大展身手的机会来了，幸勿错过。施琅（吴京安饰）说：多谢你为我谋划。隔日，唐妃气势汹汹地闯进董太后宫中，顿时乐息舞歇，人们都愣愣地看着她，又去看董太后，唐妃说：今天是有我没她，有她没我。董太后说，你会后悔的，因为她是你亲生女儿海葵！唐妃愣了，她马上掉头去看海葵，再看董太后，一脸的惊疑。康熙皇帝（宋吴林饰）再次派明珠前往福建主持与台湾方面议和，结果还是无功而返。

吴启爵来到施府门前叫门，阿鳗将吴启爵引放客厅坐下说，皇上想找一张台湾地图。阿鳗笑着说：你还真找对了，家父不单有图，还有模型，两人交流彼此留下美好印象。施琅伴康熙皇帝出巡连云港海滨，白浪掀天的大海令康熙皇帝汹涌澎湃：大海太绚丽了，上午还是翻天巨浪，现在又是这样宁静可人。康熙皇帝（宋吴林饰）问：你把那张台湾地图绘制完了吗？施琅早有准备，趁机将图打开，并且给他指点着讲解。姚云到处打探施琅（吴京安饰）儿子施世�R（丁正勇饰）下落，当得知被关在台湾时，海葵决定陪同姚云前往台湾。

施琅与李光地交往中，了解到吴启爵的地位和为人，想通过女儿与吴启爵的交往，向康熙皇帝递交平台奏疏，阿鳗与吴启爵之间产生爱慕之情。在前门外茶馆吴启爵和阿鳗约会，阿鳗说：只是给皇上递一个奏疏，举手之旁而已，吴启爵深感为难但还是接受了。康熙皇帝在御花园里问：你跟朕这么多年了，不该不懂规矩吧？你的更衣箱里有一个奏疏，是施琅的，这是怎么回事呀？吴启爵说：既这样，臣就斗胆说上几句，三藩虽恶，凭皇上天威和八旗骁勇，这不是各个击破了吗？海贼却不然，施琅（吴京安饰）所言是真知灼见。在陆上他是劣势，可趁他离了海上老巢之机一举歼之于金门、厦门，比在海上清剿要省时省力。康熙皇帝若有所思。应康熙皇帝（宋吴林饰）邀请阿鳗入宫见到康熙，引得全家惊愕不安。

吴启爵（孙洪涛饰）已在皇帝身边侍奉多年，尚未婚。康熙皇帝（宋昊林饰）答应为他完婚，于是把常贵娥（王静娈饰）赏赐给他，命他们择日完婚。吴启爵傻呆呆地站着没动，左右为难。阿鳗（宋笠娜饰）从李福全（王沛饰）嘴里得知，皇上准假七天，吴启爵成婚去了，阿鳗的脸变得煞白。婚后吴启爵十分懊悔，决心为阿鳗终生守身。康熙皇帝月夜驾临吴府，吴启爵十分吃惊，且无可奈何。

吴启爵（孙洪涛饰）对眼前现状十分不满，阿鳗（宋笠娜饰）则处在无尽的痛苦之中，世纶（丁小强饰）打抱不平替阿鳗传书，被常贵娥（王静娈饰）发觉，常贵娥从此出家为尼。施世�W（丁正勇饰）被关在台湾，他的院子外面有士兵走动，显然他的自由空间依然被限定在狭小的院子里。姚云（解昕怡饰）劝说施世�W假投降，在他们内部暗中活动，争得人心为朝廷出力。

瀛台门康熙（宋昊林饰）正召集御门听政会上说：台湾之事，该有一个了断了，几年来，朕曾遣明珠、慕天颜去议抚，均无果而终。只一味言抚，确有弊端，他们以为我大清软弱。李光地道：福建水师提督，再没有比施琅（吴京安饰）更合适的了。康熙说：姚启圣这次也还是直言力保施琅（吴京安饰）的，他这是第几次举荐施琅（吴京安饰）了？李光地说：第三次。玄烨似乎很欣赏地点了点头，但他却做出一个奇怪的决定：令万正色当福建水师提督吧。众人都很意外。姚云到京城拜访施琅，并带去其父的亲笔信给施琅，得知儿子在台湾假降消息，施琅又气又恨痛苦的流下眼泪。姚启圣在家宴请台湾使臣傅为林，希望傅先生为江山一统作出努力。隔日，姚云带着父亲的信与傅为林再次抵达金门。

延平王和刘国轩、冯锡范等在议事，洪旭进来禀报说：宾客司傅为霖回来了，白跑了一次，没有谈成。冯锡范说：我有个连环计，先派人进京，给施琅（吴京安饰）送劝降信，当然得让人截住，给施琅（吴京安饰）栽赃。同时逼着施世�W（丁正勇饰）出战，让清朝将领与他对阵，那时他就是长八十嘴也说不清了。冯锡范同时派出杀手胡干将潜入京城，准备伺机刺杀施琅（吴京安饰）。施世�W被派往金门准备出战清军，海葵、姚云、施世�W三人再次相会十分震惊。姚云带回父亲的书信交给施世�W，海葵姚云均反对施世�W出战，施世�W迫于各方压力左右为难，只好自残，被及时抢救保住性命。

清军大举进兵，迫使台湾冯锡范放弃金门、厦门等沿海岛屿，撤兵台湾回航途中，海葵命令跟班金汉臣爬上对面主船，将唐妃推进海里淹死，唐妃被及时救活。施琅（吴京安饰）因儿子在台湾被朝廷反对派诬陷，被贬职回原籍，回福建途中遭到杀手伏击，胡干将挺身而出救出施琅（吴京安饰）。骗取施琅信任留在身边作保镖。金汉臣贪酒又贪财，因被海葵吊在桅杆上示众而怀恨在心。背地里将害唐妃之事暗中透露给冯锡范，冯锡范为篡夺大权，决定把罪孽推到监国身上，并到处散布谣言。回福建后，施琅带着儿子在沿海测量画海图，因劳累过度施琅（吴京安饰）病倒在海滨。

冯锡范（冯国庆饰）到唐妃宫看望惊恐不安的唐妃（彭丹饰），并与唐妃密谋要早动手准备伺机夺回王位。海葵（贾雨萌饰）路过唐妃宫前，发现了一乘大轿停在那里，海葵趁人不备，快捷地爬上老桧树，透过树隙可以俯视宫门口。她解下背上的一张弓，搭上箭等待着。侍从们簇拥着冯锡范从宫里走出来，海葵在树上瞄准了冯锡范，扯弓发箭，正中冯锡范肩头。海葵第一次向父王道出自己报仇的动机，同时也把自己被害过程向父王禀告。

海葵（贾雨萌饰）把台湾的危机及自己被害过程再次向监国（王烨饰）禀告，警告监国当心有人加害于他，监国还是不信，冯锡范（冯国庆饰）像个幽灵一般坐在黑暗中。延平王（张旋波饰）病逝，董太妃（吴竞饰）认为台湾不可一日无主，按家法应由监国承继王位，唐妃（彭丹饰）说监国没有资格承继王位，冯锡范指着监国，命邱辉（扬军饰）赶过去，从监国背后猛刺一刀，老太妃当即晕了过去。冯锡范按剑而立，称今天是我主登机之日，谁也不准走。这时董太妃醒来，一拍几案凛然宣布：自立乾坤，分裂国土，是千古罪人，我至死不为，若有再提自立乾坤者，杀无赦。

冯锡范（冯国庆饰）、洪旭（赵中华饰）及唐妃（彭丹饰）阴谋得逞，并以台湾不可一日无主为由把郑克�u（鲍洪星饰）推上王位，突然大厅的门被推开，刘国轩（王强饰）带着屋外的风声雨声闯入延平王府，眼前的情景使刘国轩一下子愣住了，刘国轩向董太妃（吴竞饰）保证永远忠于职守，忠于董太妃。一直埋伏在施琅（吴京安饰）身边的杀手胡干将（李军饰）被施琅的行为感动，不忍心下手杀害施琅，主动要求留在施琅身边当护卫。施琅被诬陷的真象众于得到洗刷，康熙（宋昊林饰）皇帝了解情况后下诏，施琅被官复原职，即刻进京赴任。

吴启爵（孙洪涛饰）因不满皇上赐婚，夫人常贵人被迫出家为尼，因皇上惦念，常贵人身着尼服返回宫中为吴启爵求情，康熙皇帝（宋昊林饰）十分震惊。施府门外一身儒装的姚启圣（王虎城饰）拜访施琅，一南一北有两个对台湾入迷的人总算碰面了，吴启爵引着福建总督姚启圣来到皇上面前，皇上站在台湾全图前久久地思索着说：打台湾要靠水师，依你看，现在可以武力攻台了吗?姚启圣说：是，机不可失。深夜，施琅（吴京安饰）与吴启爵据茶几而坐。施琅坦诚而语：谢皇上以密报示臣，为阻扼台湾自立乾坤之患，施琅愿以全部忠诚和才智为朝廷出力。台湾冯锡范（冯国庆饰）、洪旭（赵中华饰）及唐妃阴谋得逞，大肆任免官员，排除异己，引得将官们人心惶恐不安。

施琅（吴京安饰）多次上疏提出的因剿寓抚之策，经朝臣反复论证，终于赢得皇帝欣赏，康熙（宋昊林饰）二十年六月康熙皇帝谕示：福建水陆统领，同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，要打仗了!大厅里的大臣们神情气氛一下子紧张了。台湾冯锡范（冯国庆饰）带着手中疏奏来到董太后面前，寻机擂起自立乾坤的锣鼓，而碰了一鼻子灰，唯唯而退。姚启圣（王虎城饰）以全家老少一百二十一口人的性命再次担保施琅出任福建水师提督。施琅即将出任福建水师提督的消息令台湾刘国轩（王强饰）不安，并向董太后（吴竞饰）禀报自己的担忧。

施琅（吴京安饰）即将出任福建水师提督的消息不仅令台湾刘国轩（王强饰）不安，更引起台湾内部的惊恐。董太后（吴竞饰）冷静地思考说道：台湾今后之危一是清兵进犯，以战争决存亡；一是自立乾坤以自杀招毁灭。前者是一时胜负，后者是千古罪孽，刘国轩等将领连连点头。在瀛台门听政会上，康熙皇帝（宋昊林饰）授予施琅为福建水师提督，行因剿寓抚之策，并交代施琅：台湾百姓，亦朕之百姓，征伐之举，乃针对台湾自立乾坤者而发，施琅接过《进军台湾图》，双膝跪倒，叩头谢恩。台湾董太后从容地向刘国轩等将领交代完后事即与世长辞。李光地（洪涛饰）月夜与施琅长谈福建总督姚启圣（王虎城饰）七奇，并建议带吴启爵（孙洪涛饰）出征。

康熙皇帝（宋昊林饰）以隆重的御膳金榻为即将出征的施琅（吴京安饰）饯行。施琅只求圣上恩赐吴启爵（孙洪涛饰）一人随征。康熙与施琅饭后漫步，施琅指出当务之急是阻止台湾自立乾坤，牵制冯锡范（冯国庆饰）的分裂用心。康熙二十年八月十一日，兵部派出的使者，用六百里加急，带着皇帝的谕旨出发，于九月二十日抵达福州城福建总督府，并带去了施琅已南下赴任，将于九月二十五日抵达福州的消息。福建总督姚启圣（王虎城饰）十分高兴，决定以最隆重的礼仪迎接施琅。台湾冯锡范借施琅复出，寻机再次擂起自立乾坤的锣鼓，遭反对碰了一鼻子灰。吴启爵、施琅、施世骠、阿鳗（宋笠娜饰）带着长途奔驰的风尘和疲惫，向福州驿馆走去。在福州驿馆葡萄架下施琅开始了与姚启圣的会谈。

会谈使施琅（吴京安饰）看出了文武同心、协谋合力的前景，当即决定第二天赶赴厦门视察水师。台湾以摄政的名义召集紧急会议，冯锡范（冯国庆饰）、傅为霖（刁勇饰）、洪旭（赵中华饰）等都在，连刘国轩（王强饰）也专程从澎湖赶了回来。冯锡范向大家报告一个坏消息，清廷起用施琅到福建做水师提督，迫使大家势必作出是战是和的最终选择。刘国轩立下军令状，誓死保卫澎湖。施琅视察水师发现问题很多，决心整顿水师并重新启用蓝理（马石耀饰）和吴英（标马饰）。阿鳗（宋笠娜饰）则积极行动组织女兵营。

几条船到达水域后，蓝理（马石耀饰）向施琅（吴京安饰）请示：麻袋包在帐外堆了几十包。施琅拔出佩剑扎上麻包，淌在地上的是变黑了的糟糠，众人讶然。赖哈达（董杰饰）看完后拔出剑来向詹六奇（万进杰饰）砍去。经过五个多月的整治，福建水师面貌焕然一新。台湾冯锡范（冯国庆饰）向荷兰人求救，请求荷兰人的军火支持，好对付清廷进攻。施琅下了很大决心，提笔写下“请求专征折”五个字。

台湾海边施世�W和海葵向红房子走来，离很远就听到风琴优雅的旋律，海葵带有一丝怜悯地说：姚云这琴声里充满了伤感和悲凉，我觉得她好可怜，为了台湾她竭尽全力，并且是位无名英雄。康熙（宋昊林饰）又一次站到台湾大地图前沉吟着，背后的李光地在看施琅（吴京安饰）的奏疏说，这种以文制武的传统安排，会使诸王大臣满意，会使姚启圣满意，会使这桩争权专征事件平息，施琅（吴京安饰）也会忍气吞声地服从，但这种以武制文的破例安排，会使诸王大臣哗然，因为这种颠倒祖制、朝制的安排，是诸王大臣绝对不会接受的，皇上一定得判断个谁输谁赢，也要在祖制、朝制面前经受一场考验了！

姚启圣和施琅（吴京安饰）在讨论征台方案。由于意见相反，许多征调工作未能落到实处，士兵已经多月未能领到军饷，影响着士气。施琅（吴京安饰）决定卖京城房产并派吴启爵和阿鳗进京办理，康熙（宋昊林饰）皇帝分别召见了吴启爵和阿鳗，再次寻问征筹备状况，吴启爵和阿鳗实话秉告，令康熙皇帝感到不安。姚云决定返回福建，施世�W替姚云提着藤箱不舍地走出院子。一身露水的金汉臣待他们走远，从灌木丛中钻出来，再后面的就是海葵了，她带了四、五个手持大刀的随从，他们躲躲闪闪地也在后面跟踪着。

铜山水师营地舟师齐聚，船队纵横排列操练，井然有序。施琅（吴京安饰）踌躇满志地说：我们得等夏至南风成信，就可连舟而发，一举攻取澎湖。姚启圣（王虎城饰）和施琅在讨论征台方案时，再次发生意见不和。此时台湾的刘国轩正走出妈娘宫，走上高地，朝着海峡对岸望去说：不可轻视的施琅啊，我们不可大意！当务之急，是迅速调整我们布防上的失误、攻防上的弱点。

冯锡范（冯国庆饰）和洪旭（赵中华饰）正在为姚云（解昕怡饰）不肯招供而苦恼，洪旭出点子让金汉臣（吴建中饰）去侮辱姚云，被海葵（贾雨萌饰）撞到，海葵指责冯锡范和洪旭，金汉臣被砍头。为救姚云，施世�W（丁正勇饰）被关进大牢，姚云离开监狱回家途中又被冯锡范抓获关进大牢。荷兰船长库克（麦克饰）再次来到台湾，给冯锡范送军火，海葵与库克拉关系。由于意见不和进兵台湾一拖再拖，康熙（宋昊林饰）说台湾得失是是版图大事。

施琅（吴京安饰）终于获得专征权，施琅出征的时间和计划被台湾澎湖的守将刘国轩（王强饰）获悉。刘国轩站在炮台上说，施琅乘南风从铜山出发，顺风顺浪，一天一夜就可抵达澎湖，这就决定了他将采取快速奇袭的战法，一举而攻占澎湖南端的猫屿、花屿、虎井屿、狮头屿，进而攻占八罩湾，作为立足点。这样，既可以集结战船以躲避台风，又可以站稳脚跟与我决战。总督姚启圣（王虎城饰）听到施琅获得专征权后一病不起，回乡省亲的李光地（洪涛饰）以郎中身份，拜访姚启圣并开出药方，总督姚启圣药到病除。傅为霖（刁勇饰）再度作为代表将赴福建与清廷谈判，临行前暗中与施世�W（丁正勇饰）、姚云（解昕怡饰）接触，希望他们凭借记忆画好海图临行前派人来取，这一切均被洪旭（赵中华饰）跟踪监视着。

就在施琅（吴京安饰）紧张备战训练水师的同时，由于意见相左，一封封弹劾施琅的疏奏传到北京，康熙皇帝（宋昊林饰）在御门听政上高声而语：对施琅的弹劾，与今天御门听政中几位大臣对施琅的弹劾宗旨完全一样，朕得按对有违天时而动的人和事早作区处了，来人，除去孙蕙领带花铃交刑部审理。群臣惊骇。官船上高挑着一个使字大旗，另一面方旗上有“宾客司傅"的字样。傅为霖（刁勇饰）作为台湾方面与清朝的谈判代表即将起程，此时，冯锡范（冯国庆饰）等人突然到达。冯锡范说：接到告发傅为霖是福建总督姚启圣（王虎城饰）收买的奸细！忽然船上一声怪叫”罪证找到了！“洪旭（赵中华饰）便把海防图打开，刘国轩（王强饰）看了说：太令我惊异了，这是我到澎湖后的布防，炮台、营盘、堡垒、船港，全都标在了图上。冯锡范下令：把傅为霖绑起来。也不必改派使者了，就提升翼将蔡猷雄为正使，总稿黄学为副，还坐这条官船过海去吧。那边，傅为霖已被绑到鹿耳门港旗竿上，一棒锣响，很多人掩目。

傅为霖被杀，姚启圣（王虎城饰）亲临深山，将傅母接回姚府以安度晚年。因为姚云（解昕怡饰）被捕施世�W与海葵闹意见，为了女儿，唐妃与冯锡范密谋杀掉姚云（解昕怡饰），施世�W（丁正勇饰）就会死了心，就会移船就岸了，施琅（吴京安饰）在紧张备战训练水师的同时，姚启圣把手下爱将朱天贵派给施琅当助手，施琅欣然同意。要杀姚云（解昕怡饰）了，都绑到十字街去了，为了救姚云（解昕怡饰），海葵同意嫁给施世�W，换取姚云（解昕怡饰）一条命，恰好这时冯锡范的轿子从宫门前过，海葵看见唐妃、冯锡范正在离她很远的地方紧急地商议着。为缓兵刘国轩再次派使到福建与姚启圣（王虎城饰）谈判。

铜山古雷州码头岛外水域舟船云集，施琅（吴京安饰）说这是一千两银锭，有敢拍胸脯来领取者，可挂先锋印，蓝理从方阵中跳了出来，荷兰库克船长带给冯锡范（冯国庆饰）和刘国轩的大炮、军火令荷兰人挣了大把银子，库克船长给海葵送大礼并到白房子作客饮酒，库克答应送海葵她们三人离开台湾，但海葵的计划被通事出卖。施家书房六个男孩，大小参差不齐，以施世纶（丁小强饰）为首，孩子们兴奋得无以名状，喊着，笑着，挥舞着宝剑、腰刀，张夫人脸色冷竣对施琅（吴京安饰）震怒。

海葵乘船离开台湾后，被荷兰船送到福建，海葵扑到施琅（吴京安饰）家脚下跪下大哭着说：施世�W（丁正勇饰）、姚云死活不明，并将海图及姚启圣（王虎城饰）授施世�W假降书一并交给施琅，施琅痛苦落泪并感激海葵所做的一切。施世�W和姚云并未逃走，最终还是被捕回监，冯锡范下令立即处死姚云和施世�W，遭到众将军反对。康熙二十二年六月十四日，桅竿如林，旗帜猎猎，主将船帆上大书着将领的名字，铜山港举行盛大的誓师大会施琅说：这次平台，让台湾回归大清版籍，势在必得，我把孩子也带上一并征伐，表达了施琅此次为国捐躯的决心。施琅率战船二百三十余艘，水师二万多人一路扬帆直指台湾

施琅（吴京安饰）率战船于六月十六日到达澎湖，蓝理（马石耀饰）率领的先锋左营夺得八罩岛泊船港。施琅进军的战船很快在海上形成了多组品字形船队，号炮连天刘国轩（王强饰）拼命抵抗，由于潮汛原因施琅的战船被搁浅，刘国轩命令集中兵力向施琅帅船发起进攻，经众将军的全力拼命反击，施琅解危。首战澎湖海受阻，八罩屿锚地施琅命令将临阵退缩的詹六奇（万进杰饰）等人推出斩了，吴启爵（孙洪涛饰）建议让他们戴罪立功。施琅率战船和水师二万多人屯结在八罩岛，饮水问题已经影响军心的稳定，施琅决定组织一支兵马挖井寻找新水源。当刘国轩还在开庆功会饮酒的时候，天空突然打雷，六月一雷止九台，刘国轩大惊，自知完了。

六月二十二日，总决战时刻到来，交战双方投入的兵力、船员之众都是空前的。娘妈宫前水域炮矢纷飞，小火罐不时引发烟火，多艘舰船起火，双方炮击引发的硝烟和水气遮天蔽日，水柱冲天，双方将士不断有人伤亡，这一次施琅（吴京安饰）的水师勇威无比，刘国轩（王强饰）很快处于守势，节节后退。刘国轩看看天空，更加大惊失色，施琅舟师借上风上水之势，踊跃攻来。施琅命令蓝理（马石耀饰）活捉刘国轩，看到无数无辜士兵战死，刘国轩下令挂降旗后举剑准备自杀，被赶到的蓝理救下。

海葵（贾雨萌饰）从澎湖返回台湾，令唐妃（彭丹饰）大吃一惊，海葵说与清廷对抗是鸡蛋碰石头，施琅（吴京安饰）礼貌接见了刘国轩（王强饰）等台湾官兵，希望以国家和民族利益为重，促成江山早日一统。吴启爵（孙洪涛饰）说：攻心有时比攻城更有威力。这些人受了优待，回去不但不会再与我们为敌，反会说我们好话，会瓦解士气。澎湖兵败台湾一片惊恐，王室内部更是出现意见不和，冯锡范（冯国庆饰）一面鼓动另立乾坤，另一面命令洪旭杀害姚云（解昕怡饰）和施世�W（丁正勇饰），并派人将人头送到澎湖施琅大本营，施琅悲痛万分。

冯锡范（冯国庆饰）命令洪旭（赵中华饰）杀害姚云（解昕怡饰）和施世�W（丁小强饰），并派人将人头送到澎湖施琅大本营的消息被唐妃知道，唐妃大声训斥冯锡范的阴谋诡计，海葵恨恨给了冯锡范一剑以泻心头之恨，称将永远离开王府。唐妃认为，天下大势如此，既然康熙皇帝（宋昊林饰）肯宽赦、优待我们，不妨就抚。我看，就忍痛走这条路吧。八月十五日，施琅（吴京安饰）在众将领簇拥下，缓步登岸。庄严地宣布了登上台湾岛后的告示，八月十六日施琅拜谒郑成功祠，焚香顶礼，含泪祭告，神情怆然诸。八月十八日，台湾归顺清朝的隆重典礼在孔庙门前广场举行，施琅宣谕了皇帝对台湾归顺清朝的圣诏。欢乐声中，人们庆祝施琅平台的胜利，庆祝国家统一了。