일본의 총리인 히가시야마는 세계 환경 회의에서 지구물리학의 권위자인 세라 교수와 함께 COMS 계획을 추진하며 환경 선진국을 목표로 지구의 미래에 공헌하겠다고 선언한다. 하지만 COMS로 인해 관동이 침몰할 거라는 소문이 퍼지기 시작하면서 COMS를 반대하는 시위대까지 나타나게 된다. 환경성 관료인 아마미는 관동 침몰을 주장하는 타도코로 박사를 찾아가 설득하려 하지만 박사는 조만간 섬 하나가 가라앉을 거라는 예언을 하는데...

타도코로가 예측한 대로 히노지마가 가라앉자 아마미는 관동 침몰의 전조라고 하면서 서둘러 대책을 마련해야 한다고 말한다. 하지만 세라는 해저사태일 뿐이라며 부정하고 총리와 함께 기자회견을 연다. 그러던 와중 주간지에 아마미가 어느 기업으로부터 돈을 받았다는 기사가 실리고 아마미는 근신 처분을 받음과 동시에 미래 추진 회의에서 제외된다. 하지만 아마미는 이에 굴하지 않고 허위 기사의 출처와 관동 침몰의 가능성을 밝혀내기 위해 고군분투하는데...

관동 침몰이 1년 안에 시작된다는 타도코로의 보고를 들은 아마미는 총리에게 위기 대책을 조속히 마련해야 한다고 강하게 주장한다. 하지만 부총리는 타도코로와 아마미의 주장을 반대하고 총리도 고민에 빠진다. 한편 토키와는 아버지와 만나기로 한 곳에서 부총리와 마주치고 부총리는 토키와에게 자신의 후계자라면서 그를 은근히 압박한다. 다음 날 아마미는 회의에서 지구물리학의 세계적인 권위자인 젠킨스 박사가 분석한 결과를 발표하자 멤버들은 동요하는데...

신문에 6개월 안에 관동 지역이 침몰한다는 기사가 실리고 국민들은 동요하기 시작한다. 총리는 기사를 낸 시이나를 불러서 누가 누설했는지 따지지만 그녀는 총리에게 기자회견을 통해 국민에게 위기 상황을 알려야 한다고 말한다. 얼마 후 아마미도 총리에게 기자회견을 해야 한다고 강력하게 주장하자 총리는 마음을 정한다. 그러던 중 정보 프로그램에 타도코로가 출연해서 관동 침몰에 대한 위험성을 적나라하게 얘기하자 정부와 국민들은 혼란에 빠지는데...

일본 미래 추진 회의로 돌아온 아마미는 수도권의 부흥 계획을 야심차게 준비하기 시작한다. 한편 총리와 부총리는 부흥 계획에 대한 의견이 엇갈리지만 총리는 미래 추진 회의와 함께 계획을 밀고 나간다. 그러던 중 총리에게 갑자기 부흥 계획을 중단하라는 지시가 떨어지고 미래 추진 회의 멤버들은 당황을 금치 못한다. 그러던 어느 날 타도코로의 연락을 받고 연구실로 찾아간 아마미는 그에게 충격적인 소식을 듣는데...

일본 침몰의 위기 정보를 누설했다는 혐의로 타도코로는 도쿄 지검에 연행된다. 게다가 젠킨스 교수까지 일본 침몰을 부정하는 바람에 일본 국민의 이민을 위한 기업의 협조도 얻지 못하게 되고 아마미는 궁지에 몰린다. 한편 D플랜즈가 정부에 접촉하여 해외 토지 매입에 대한 거래를 시도한다. 총리는 고민 끝에 결단을 내리지만 그 순간 아마미가 찾아와 타도코로를 함정에 빠뜨린 사람이 있다면서 이름을 말하는데...

미국의 기자회견으로 중국은 일본과 미국을 비난하며 유감을 표한다. 그러자 세계 각국에서도 중국의 움직임에 동조하기 시작하고 이민 협상은 궁지에 몰리게 된다. 일본 국민들은 불안감으로 동요하기 시작하고 히가시야마에 대한 분노로 시위가 벌어지는 등 국민들의 혼란은 날이 갈수록 심각해지고 있었다. 그러던 와중 아마미는 묘안이 떠오르고 사토시로에게 협조를 구하며 중국을 설득하기 위해 위험한 모험에 나서는데...

히가시야마 총리를 노린 테러 소식에 전 세계는 큰 충격을 받는다. 이 사건으로 인해 이민 계획에 차질이 생길 것을 우려한 사토시로 부총리는 전 세계를 향해 간절하게 호소한다. 그러던 중에 감염증이 발생하고 사망자까지 나오면서 일본의 이민 계획은 또다시 위기를 맞이하는데...

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