L'alieno Mentor, del pianeta Psycon, attira gli alphani in una trappola mortale, catturando un'Aquila da ricognizione in cerca di titanium. Mentor necessita delle energie mentali dei terrestri rigenerare il proprio mondo morente, assorbendole tramite il computer biologico Psyche, trasformando così le proprie vittime in schiavi privi di volontà. Koenig giunge sul pianeta con una squadra e, ingannato dalla falsa innocenza di Mentor, viene costretto a sottostare alle sue richieste. Vanificato un primo tentativo di Koenig di distruggere Psycon tramite l'invio di un'Aquila teleguidata piena di atomiche, sembra che gli alphani debbano rassegnarsi ai voleri di Mentor se non che Maya, figlia mutaforma di Mentor, si rende conto delle malefatte del padre e aiuta gli alphani a liberarsi in cambio della supplica di non fare del male suo padre. Koenig però distrugge il computer di Psyche, provocando così la distruzione di Psycon, e Mentor morente lo implora di salvare Maya dal disastro. Gli alphani fuggono dal mondo ormai condannato, portando Maya con sé.

Attorno ad Alpha entrano in orbita decine di capsule di stasi, inizialmente scambiate per missili. Il comandante Koenig ordina che due di esse vengano prelevate e aperte su Alpha, scoprendo così che contengono i corpi alieni di Cantar e Zova, che raccontano di essere stati ingiustamente esiliati dal proprio pianeta Golos. Cantar, che è in realtà il leader di un gruppo di criminali espulsi da Golos per le loro atrocità, riesce a carpire la fiducia del dottor Russell e di Tony e a farsi autorizzare da Koenig a lavorare al miglioramento dei supporti vitali di Alpha così da accogliere tutti gli ibernati in orbita. Invece Cantar e Zova approntano un congegno in grado di teletrasportare gli uomini su Golos per potersi vendicare. Presi in ostaggio Tony e Helen, Cantar si trasferisce su Golos per dettare le proprie condizioni, lasciando Zova su Alpha per portare a termine il risveglio dei suoi alleati. Di fronte alla discendente del suo antico giudice, Mirella, Cantar dimostra tutta la sua follia ma Helen, graffiandolo e lacerando la sua membrana protettiva che lo mantiene giovane, dà inizio ad un processo di repentino invecchiamento dell'alieno, che muore in pochi secondi. Koenig e Maya, a bordo di un'Aquila, gettano Zova nello spazio durante le operazioni di recupero di un'altra capsula. Mirella infine permette il ritorno su Alpha di Helen e Tony.

Una trasmissione neutrinica dalla devastata terra, vittima dell'inquinamento atomico, raggiunge alpha. Il dottor logan, del texas, assicura che sarà possibile riportare glivalphani sul loro pianeta nativo grazie a un sofisticato sistema di teletrasporto, prima che un'intera galassia si frapponga tra la terra e la luna, impedendone ogni futuro contatto per secoli. Un incidente nel sistema trasferisce però koenig, carter e helen, selezionati per il primo tentativo, indietro nel tempo, nella scozia medievale. Catturati da guarrieri, desiderosi di rendere indipendente dall'inghilterra i loro clan, gli alphani vengono scambiati per nobili inglesi e quindi tenuti in ostaggio, poi una malattia virale di helen viene scambiata per peste e i tre alphani sono condannati al rogo. Gli sforzi congiunti di logan e maya, riescono a localizzare la squadra dispersa nel tempo e riportarla al futuro, su alpha. È troppo tardi per tentare un ulteriore esperimento di trasferimento umano da alpha sulla terra, la galassia interrompe definitivamente le comunicazioni

Un vascello terrestre lanciato nel 1996 incrocia l'orbita della luna e si posa su di essa. A bordo non c'è alcun membro dell'equipaggio, ad eccezione di un robot parlante che gli Alphani battezzano "Cervello". La straordinaria macchina intelligente racconta la sorte dei suoi compagni di viaggio, morti dopo essere sbarcati sul pianeta "D"...

Sullo schermo della Base Alpha compare la figura di un uomo che si proclama il creatore dell'universo. Il sedicente dio chiede di essere chiamato Magus e offre agli Alphani un lussureggiante pianeta, un nuovo Eden su cui ricominciare. Lo scetticismo di Koenig non dissuade Magus, che lo trasporta insieme a Helen, Tony e Maya sul pianeta da lui scelto per ricreare la razza umana...

Carter accompagna un geologo nel sottosuolo lunare alla ricerca di cristalli di serudite. Nel tentativo di frantumare una parete di roccia, viene portata alla luce una camera di stasi all'interno della quale si trovano i corpi di due umanoidi. Trasportati in infermeria, i due uomini riprendono conoscenza dopo un sonno durato centinaia di anni...

Maya e il Comandante Koenig stanno esplorando un pianeta molto simile alla Terra e senza pensarci troppo mangiano alcune bacche saporite. Subito dopo un grido echeggia sulle loro teste. Sul pianeta infatti le piante hanno preso il sopravvento e ora Koenig e Maya sono accusati di omicidio e costretti a lottare per salvare le proprie vite...

Alla ricerca del prezioso minerale milgonite, una squadra di alpha giunge con un'aquila su un pianeta desertico. Il geologo dave reilly individua una roccia dalle curiose caratteristiche, che scambia per l'oggetto della ricerca, ma la formazione cristallina, in grado invece di prendere possesso delle menti umane, manda in coma tony e minaccia la vita di ogni componente della missione. Per prima utilizza tony come veicolo umano per portare sull'aquila un frammento più grande di sé, poi dà prova di riuscire a controllare il computer di bordo dell'aquila, quasi fosse intenzionata a spostarsi altrove. Helen scopre l'entità aliena, poiché alla fine di questo si tratta, ha assoluto bisogno di acqua per sopravvivere alle aride condizioni climatiche del pianeta e proprio per questo si impossessa dei veicolo umani, che tra l'altro sono costituiti prevalentemente da acqua, la roccia emette radiazioni luminose in grado di uccidere e maya rischia di venir fusa con la roccia madre dopo essersi trasformata nella stessa formazione silicea per tentare un contatto. Salvata all'ultimo momento e liberato anche reilly dall'influenza aliena, la squadra di koenig si sbarazza della roccia, resa momentaniamente inoffensiva dal laser, che la disatrata del tutto. Nell'abbandonare il pianeta gli alphani scaricano particolari cristalli nell'atmosfera, in grado di fare piovere sul pianeta e salvare l'essere siliceo

Il mercante spaziale Taybor scende sulla luna con il suo emporio spaziale per mercanteggiare con gli alphani. L'aspetto bonario di Taybor diverte e sconcerta i terrestri, ma le sue intenzioni vengono prese sul serio quando appare chiaro che taybor può offrire un motore a salto interstellare che potrebbe raggiungere la terra. Ma taybor esige come merce di scambio maya, di cui si è invaghito, e non gli basta l'androide con le fattezze di maya offertosi in cambio da koenig. Dopo aver fatto credere di accettare il robot, Taybor si lancia nell'imperspazio , catturando la vera maya rivelandosi un traditore. Koenig escogita un piano per riavere Maya indietro, convinto che taybor amì essere circondarsi di cose belle, riesce a suggerire a maya, grazie a un congengo di comunicazione installato segretamente nell'astronave di taybor, di mutarsi in una laida creatura. Disgustato e terrorizato di dover passare il resto dei suoi giorni con lei, taybor la rispedisce su alpha, riprendendosi tutte le mercanzie incluso il motore a salto

A bordo di un’Aquila, Koenig e Alan Carter raggiungono un asteroide che si trova a breve distanza dalla luna. Una volta atterrati, un guasto tecnico costringe Alan a trattenersi a bordo del vascello, mentre il comandante si inoltra in una grotta per ispezionarla. Le pareti della caverna sono rivestite da grandi cristalli che ne fanno una specie di galleria degli specchi. Un'immagine riflessa si anima all'improvviso e aggredisce Koenig...

Alpha è scossa da violente onde d’urto causate da una serie di esplosioni che si ripetono con forza crescente ogni dodici ore. Secondo Maya è impossibile che il fenomeno sia di origine naturale e ritiene che la spiegazione risieda in un verde pianeta, circondato da numerose lune, verso cui la luna sta viaggiando...

Il cuore della giovane Michelle è ammalato. La sola speranza di salvezza risiede in un trapianto, ma per realizzare un cuore artificiale il Dottor Russell ha bisogno di tiranium. Il geologo Patrick Osgood, marito di Michelle, guida una spedizione nel sottosuolo della luna in cerca del raro minerale, ma viene colto da catastrofiche visioni...

Nelle vicinanze di Alpha compare il misterioso relitto di un'astronave aliena. Contemporaneamente Maya è colpita da febbre e non è chiaro se le due cose sono in relazione. Mentre il comandante Koenig e Tony si trovano a bordo di un'Aquila per esplorare il relitto, la Luna incappa in una deformazione spaziale che la trasporta a cinque anni luce di distanza. Rimasti intrappolati nel punto di partenza, naufraghi e a distanza ormai non percorribile dall'Aquila, John e Tony possono ormai solo esplorare l'astronave aliena per cercare un modo per sopravvivere. Lì però, grazie a una registrazione, scoprono che l'equipaggio dell'astronave ha avuto il loro stesso problema. Nella registrazione il loro comandante spiega che erano riusciti a trovare le coordinate della deformazione ma era ormai troppo tardi. I due alphani tentano così di seguire gli inaspettati consigli per percorrere la deformazione e tornare su Alpha. Intanto sulla Base, Maya è in preda a delirio, la febbre le fa perdere il controllo della trasformazione molecolare e si trasforma in un mostro dello spazio. Helen e Alan cercano un modo per fermarla senza ucciderla, ma Maya nel suo delirio cerca di tornare su Psicon e si dirige quindi verso le Aquile per partire alla volta del suo pianeta d'origine ormai scomparso. Helen e Alan riescono a fermarla e la riportano al centro medico in fin di vita. Maya però si trasforma in un altro mostro, e poi in un altro ancora, scappando nuovamente e, trovata bloccata la via delle Aquile, uscendo da Alpha correndo sulla Luna. La creatura in cui si è trasformata ha una riserva d'aria che le permette di sopravvivere nel vuoto ma Maya sarebbe comunque morta non appena tornata se stessa. Helen e Alan cercano disperatamente di riportarla dentro Alpha, riuscendo infine nell'impresa. Proprio mentre sugli schermi di Alpha ricompare l'Aquila di John e Tony, che sono riusciti a superare la deformazione grazie all'aiuto del comandante alieno, Maya migliora uscendo dal delirio.

Vindrus del pianeta Sunim entra in contatto con la giovane botanica Shermeen Williams e la convince ad assecondare le sue folli richieste. L’alieno proviene da un mondo di antimateria e intende trasferirsi insieme al suo popolo nel mondo della materia. Ma per ogni Sunimiano che raggiunge la materia un Alphano dovrà trasferirsi nell’antimateria. E’ una questione di equilibrio...

Una strana nube cosmica compare sulla traiettoria di alpha, alcuni alphani vengono colpiti da un malessere, incluso il comandante John Koenig. L'aquila mandata a investigare il fenomeno rientra dopo un lungo silenzio radio, ma sull'aquila invece di un alphano c'era una mostruosa creatura mandata dalla nuvola che aveva il compito di impadronirsi del sistema di supporto vitale di alpha, la creatura sembra indistruttibile, ma maya e tony cercano di fermarla in tutti i modi. La creatura trova il supporto di alpha e lo prende, così gli alphani erano a rischio morte ma maya e tony cercano disperatamente di riprendere il supporto, maya, trasformandosi in una mosca entra nel cervello della creatura distruggendolo, causa così la sua morte, la scomparsa della nuvola e la salvezza di alpha. Tutti gli alphani guariscono dal malessere

La luna attraversa una zona dello spazio satura di onde lambda che accrescono i poteri psichici degli esseri umani. Gli Alphani diventano irascibili, Koenig è vittima di terribili visioni e atroci sensi di colpa e degli strani incidenti arrivano a causare la morte di una persona. Il Dottor Russell sottopone l'intero personale della base a una serie di test volti a misurare lo sviluppo di poteri paranormali per poter isolare i soggetti più pericolosi...

Per ragioni sconosciute il Comandante perde il controllo dell'Aquila che sta pilotando, ma riesce miracolosamente a salvarsi. Mentre si trova al centro medico, Sandra scopre sul radar il segnale di un'astronave in avvicinamento che procede a velocità superiore a quella della luce. Quando lo schermo inquadra il vascello, nessuno può credere ai propri occhi. Si tratta infatti di una nave proveniente dalla Terra. Ma le sorprese non sono finite: il primo a sbarcare è Guido Verdeschi, il fratello maggiore di Tony...

Sembra incredibile, ma tutti quelli che sono sbarcati dall'astronave terrestre conoscono personalmente almeno un Alphano. Ma il Comandante Koenig non capisce l'entusiasmo dei suoi compagni. Lui infatti non vede esseri umani, ma orribili e maligne creature aliene. Il Dottor Russell ritiene che Koenig sia preda di allucinazioni dovute all'intenso trattamento cerebrale a cui è stato sottoposto dopo l'incidente con l'Aquila e lo ricovera nuovamente al centro medico. Maya, che non è emotivamente coinvolta dall'incontro con i Terrestri, è disposta a concedere al comandante il beneficio del dubbio...

Un pianeta in formazione si trova sulla traiettoria della luna. Alcuni Alphani sostengono che è adatto alla vita umana e accusano Koenig di voler nascondere loro la verità per timore di perdere il ruolo di comando. La loro certezza nasce dalle visioni di Sanderson che insiste nella sua tesi anche quando il comandante scende di persona sul pianeta, dove constata che la vita non vi è in alcun modo possibile...

Un'astronave del pianeta Croton chiede alla Base Alpha il permesso di planare per poter prestare soccorso a un membro dell'equipaggio ferito in modo grave. L'autorizzazione viene accordata, ma appena sbarcata, il Capitano Sahala colpisce Maya con un'arma che la riduce in uno stato di sospensione vitale...

Rispondendo a una richiesta di soccorso, Koenig sbarca sulla luna del pianeta Ellna, dove assiste a una spietata caccia all'uomo e viene a sua volta catturato. Il satellite su cui si trova è un bagno penale governato dalla crudele Elizia, che non vuole consentire al comandante di andarsene. Le comunicazioni con la Base Alpha sono rese impossibili da un campo di forza...

Su un pianeta disabitato e accogliente che sembra adatto a ospitare la vita umana, un Alphano impazzisce dopo avere fissato una strana luce accecante. In preda a una furia omicida aggredisce Verdeschi che per difendersi lo uccide. Subito dopo però anche Tony cade vittima dello stesso fenomeno. D'un tratto le condizioni ambientali sul pianeta cambiano e i metalli iniziano a corrodersi. Il Comandante Koenig e Alan Carter scoprono il relitto di un vascello spaziale alieno che potrebbe offrire elementi chiave per spiegare il terribile fenomeno...

Una nave di Dorconiani, la razza più potente dell'universo, si avvicina alla base lunare. Una sonda esamina a uno a uno gli Alphani, soffermandosi a lungo su Maya che, in preda al panico, spiega che questi alieni usano il ganglio cerebrale degli Psyconiani per assicurarsi l'immortalità. Infatti la portavoce dei Dorconiani pretende da Koenig che le venga consegnata la transmuta. Di fronte al netto rifiuto gli alieni rapiscono Maya e la trasportano sulla loro nave...