A Lua aproxima-se de um sistema solar com dois planetas em lados opostos de seu sol. Os Alphas estão presos num conflito interplanetário quando naves de guerra de ambos os mundos invadem a Lua para disparar mísseis contra os planetas de seus oponentes. Depois de receber um refugiado de uma nave destruída, os Alphas descobrem que se arrastaram para o meio de uma guerra literal dos sexos.

A Lua errante de repente muda de rumo e pára nas vizinhanças de um mundo morto. Quando o poder de Alpha falha, a única esperança de sobrevivência é evacuar o planeta, que foi devastado por uma guerra nuclear no passado distante. Procurando por respostas, uma equipa é enviada à superfície, onde eles descobrem a verdade chocante da origem da Humanidade.

Dan Mateo, na esperança de desbloquear o segredo da comunicação com as plantas, solta uma força assassina das profundezas de sua mente. Esse espectro macabro busca vingança pela morte horrível de Mateo - o que ainda não ocorreu. Fazendo a ponte entre a ciência e o sobrenatural, os Alphas esperam quebrar o ciclo e exorcizar o fantasma sem matar o homem.

Uma águia e sua tripulação são esmagadas até a morte por um enorme campo de energia no espaço. Quando um dos astronautas de Alpha é possuído pela anomalia, ele diz que o campo de energia é um cérebro de espaço vivo, que respondeu à "ameaça" com anticorpos. Encontrando a Lua em rota de colisão com o Cérebro, os Alphas fazem planos para evitar o mesmo destino que a águia.

John Koenig encontra-se preso no planeta Zenno, na casa de um cientista alienígena e sua filha. Avançado dois milhões de anos além dos terráqueos, os alienígenas consideram o elo perdido de Koenig. Diante da ameaça de ser tratado como um animal experimental pelo resto de sua vida, Koenig usa uma arma inesperada para confundir seu captor: o amor.

Um técnico cai sob influência alienígena, acessando informações confidenciais antes de morrer misteriosamente. Logo depois, a Lua é parada no espaço pelos poderosos raios de uma nave alienígena. O único interesse dos alienígenas em Alpha são os dados contidos em seus computadores, informações que eles agora planejam obter através dos olhos possuídos de seu próximo agente: Helena Russell.

Os Alphas são visitados por uma nave bizarra, cujo pedido de suprimentos esconde um propósito mais profundo. A nave, Gwent, é encontrado para ser sensível, a tentativa vã de um gênio alienígena de viver para sempre. Companhia poderosa, instável e almejada, Gwent pretende que Koenig, Helena e Bergman substituam seu criador idoso e moribundo.

Os benfeitores alienígenas anônimos fornecem à Lua errante uma atmosfera respirável. Os Alphas se alegram quando percebem que têm uma nova casa maravilhosa em seu próprio quintal. Preparações são feitas para se estabelecer e começar a construir uma nova civilização na superfície da Lua. Koenig desconfia dos motivos dos alienígenas, imaginando quanto tempo durará esse generoso presente.

Depois de um encontro com uma anomalia no espaço-tempo, os Alphas encontram sua Lua de volta no Sistema Solar em um curso para reentrar na órbita da Terra. A celebração termina quando se torna aparente que a Terra é um deserto inóspito. O mistério se aprofunda quando eles descobrem uma Lua duplicada já em órbita e uma duplicada base lunar Alpha deixada vazia e deserta.

Ao explorar um planeta habitável, membros do grupo de pesquisa Alpha desaparecem sem deixar vestígios. Serão eles vítimas de uma tribo indígena de humanóides da Idade da Pedra? O mistério aprofunda-se quando um homem das cavernas morto é encontrado com os dentes tampados. Outros logo percebem que o primitivo chefe da caverna e sua companheira têm uma estranha semelhança com os desaparecidos John Koenig e Helena Russell.

Uma nave alienígena bate na Lua, seus passageiros refugiados são um mundo agonizante. Como seu destino é a Terra, eles generosamente se oferecem para levar uma pessoa consigo quando partem. O intrigante comissário Simmonds toma medidas para garantir que ele seja o sortudo escolhido, mesmo que isso signifique destruir Alpha.

Um planeta exuberante tipo Terra mantém a promessa de um novo lar para o povo da base lunar Alpha. Quando a águia de reconhecimento volta, ela carrega um passageiro inesperado: o marido de Helena, que morreu há cinco anos. O misterioso Lee Russell diz aos Alphas que a morte os espera no novo planeta. Os Alphas ignoram seu aviso e descem inconscientemente para um mundo de antimatéria.

Ao explorar um asteroide, os Alphas ferem um alienígena. Trazendo-o para Alpha, eles descobrem que suas feridas estão completamente curadas. O indestrutível Balor é um cientista cujo povo descobriu o segredo da imortalidade. Balor é um psicopata, oferecendo uma solução drástica para a apatia de seu povo; agora liberto da prisão eterna, ele planeja passar a eternidade praticando a arte da dor e da tortura, com os Alphas como seus súditos.

Eventos estranhos confundem os Alphas quando se aproximam do planeta Piri. Ao explorar sua superfície sem vida, Koenig encontra o sedutor servo do misterioso Guardião de Piri. Ela oferece aos desavisados ​​Alphas uma vida de paz e perfeição. Percebendo a verdade mortal por trás da paz de Piri, Koenig luta para libertar seu povo da influência do Guardião.

A Lua viajante flutua ao alcance de um sol negro. Puxados para certa destruição pela sua inevitável força gravitacional, os Alphas empregam medidas desesperadas para se manterem vivos. Como um bote salva-vidas, a Águia leva seis pessoas para a segurança, a Lua mergulha no sol negro, com apenas um campo de força experimental protegendo Alfa.

Encontrando uma nave abandonada, os Alphas respondem a um sinal de socorro automatico. A bordo, eles descobrem o que resta da outrora grande civilização de Daria: um grupo de elite que mantém o controle do navio e de uma tribo que caiu em selvajaria. Os Alphas ficam chocados quando descobrem que medidas os Darians tomaram para sobreviver.

Em 1996, Tony Cellini comandou uma missão espacial de alto perfil que terminou em desastre. O único sobrevivente, contou um conto ultrajante de um cemitério de naves e um "dragão" alienígena que devorou ​​sua tripulação.Desacreditado por todos, ele ficou destroçado. Cinco anos depois, a verdade é revelada quando a Lua fugitiva se aproxima do mesmo Sargasso mortal no espaço.

Os Alphas celebram a chegada do primeiro filho nascido na lua. O acontecimento abençoado azeda quando a criança cresce cinco anos em minutos. Tentando aceitá-lo, os Alphas não percebem que a pequena Jackie Crawford é muito mais do que parece. Quando naves hostis se aproximam da base, Koenig percebe, tarde demais, que os alienígenas têm um agente em Alpha.

A sonda espacial automatizada Voyager One está a aproximar-se da Lua. Como o escape radioativo do seu motor pode extinguir toda a vida na base lunar, os Alphas tentam ganhar o controle e desligar o motor. A ajuda vem quando o designer da sonda é encontrado a viver em Alpha sob um nome falso. No entanto, a Voyager está sendo seguida por naves alienígenas em busca de vingança.

Num planeta congelado, os Alphas encontram humanos naufragados de uma expedição perdida. Os expatriados da Terra desfrutam de uma existência idílica: eles foram feitos imortais e viveram lá por mais de 880 anos. Eles convidam os Alphas a juntarem-se a eles no paraíso, mas os dissidentes revelam que tudo não é o que parece, ensinando a Koenig que a imortalidade vem com um preço.

Aproximando-se de um planeta habitado, os Alphas são repentinamente atacados por navios de guerra. Num ataque não-provocado, a base Lunar Alpha é devastado por caças Hawk no estilo da Terra. Com 128 mortos e Alpha incapaz de sustentar a vida, Koenig e Helena apelam aos estrangeiros por misericórdia. Os alienígenas proclamam que os terráqueos são um vírus invasor, sem direito de existir.

A Lua está em rota de colisão com um planeta enorme. Em uma missão de reconhecimento, Koenig encontra Arra, a rainha de Atheria. O idoso monarca proclama que a colisão é um acontecimento predeterminado e deve ocorrer para que seu povo evolua para um plano superior de existência. Agora Koenig deve convencer sua equipe a ter fé e não fazer nada em face da aparente destruição.

O corpo de Anton Zoref é invadido por uma força vital desconhecida. O homem logo manifesta uma capacidade incontrolável de absorver energia. Enquanto os Alphas lutam para entender essa força misteriosa, a necessidade de Zoref torna-se insaciável. Impulsionado pelo instinto, ele caminha para a maior fonte de energia em Alpha: a Central Geradora Nuclear.

Em setembro de 1999, John Koenig reporta ao Centro de Pesquisa Espacial da Terra na base Lunar Alpha como seu novo comandante. Uma doença estranha está matando alguns tripulantes do base Lunar Alpha. A investigação do comandante Koenig revela que a fonte está na Área de Eliminação de Resíduos Nucleares 1 causada por campos de energia magnética excessivos. O acúmulado contínuo de energia provoca, em breve, enormes aglomerados de explosões que emviam a lua no espaço profundo.