John Koenig devient le neuvième commandant de la base lunaire Alpha le 9 septembre 1999. Sa mission principale est de mener à bien le programme d'exploration de la planète Meta. Il remplace le commandant Gorski qui a échoué à résoudre les problèmes médicaux que connaissent les astronautes de la base et à découvrir la raison des incidents récurrents de la zone de stockage nucléaire. Héléna Russel et Victor Bergman, les deux experts scientifiques, ne comprennent pas pourquoi seuls les astronautes de la mission Meta et les hommes chargés de l'entretien du site nucléaire meurent de folie les uns après les autres. Koenig finit par trouver le lien (les astronautes, au cours de leur entraînement, passent tous à proximité du site nucléaire) et à comprendre les raisons du mal. Mais il est trop tard et le dépôt explose en provoquant un cataclysme thermonucléaire projetant la Lune hors de son orbite sans espoir de retou

Au moment où Alpha subit une perte d'énergie inexpliquée, le technicien de garde dans le centre nucléaire, Anton Zoref, passe sous le contrôle d'une sphère bleue dont la présence n'est pas détectée par l'ordinateur de la base. Par la suite, toute personne qu'il touche gèle instantanément et, d'une façon générale, les sources d'énergie se vident toutes à son passage. En fait, il est devenu une sorte de pompe énergétique.

À la suite d'ennuis techniques, Alan Carter ne peut éloigner suffisamment son Aigle d'un astéroïde se dirigeant vers la Lune et que les Alphans ont miné de charges nucléaires. L'explosion endommage l'Aigle et blesse Carter qui est alors aidé par une femme : Marra, Reine de la planète Astheria qui se dirige, elle aussi, vers la Lune qu'elle devrait détruire. Le professeur Bergman se met à l'étude d'un moyen pour éviter la catastrophe, tandis que Koenig est fait prisonnier par un mystérieux vaisseau en orbite autour d'Astheria...

Alors que la Lune passe à proximité d'une planète, trois vaisseaux de combat, bizarrement d'origine terrienne (de la classe « Éperviers »), se dirigent droit sur Alpha d'une façon menaçante. Koenig envoie trois Aigles les intercepter et, après avoir essayé de les contacter en vain, donne l'ordre de les anéantir. Une riposte formée d'une autre escadrille d'Éperviers suivie d'un énorme vaisseau détruit presque Alpha, causant la mort de 131 Alphans, soit plus du tiers de l'effectif, et condamnant les survivants à une mort certaine, les centres énergétiques étant détruits. Koenig et Russel partent alors sur la planète d'origine des vaisseaux afin de demander l'asile...

La Lune passe à proximité de Ultima Thule, une planète de glace visiblement impropre à la colonisation humaine. Toutefois, un message audio provenant de cette planète décide Koenig à organiser une expédition de reconnaissance. Après avoir failli mourir gelés, Koenig et les professeurs Russel et Bergman sont recueillis dans des souterrains par les survivants d'une mission terrienne lancée vers Uranus en 1986. Il s'avère que ces Terriens vivent en fait dans un temps suspendu depuis 880 ans et qu'une bonne partie d'entre eux sont dans un état végétatif.

Voyager One, une sonde lancée de la Terre en 1985, passe à proximité d'Alpha. Le professeur Bergman insiste pour récupérer sa mémoire qui a forcément emmagasiné des renseignements très importants durant son périple. Toutefois, le mode de propulsion, l'effet Queller, détruit tout ce qui passe à distance de la sonde et il faut donc la forcer à passer en propulsion secondaire qui est inoffensive. C'est ici qu'intervient le professeur Ernst Linden, autrefois connu sous le nom de Queller, qui est nul autre que le concepteur de Voyager.

Tout Alpha se réjouit à la naissance du premier bébé de la base, Jackie Crawford. Toutefois, Jackie atteint en quelques minutes le stade d'un enfant de cinq ans qui, bien que sourd-muet, possède néanmoins une intelligence hors norme. Quatre vaisseaux spatiaux font alors leur apparition et prennent position d'une façon menaçante autour de la base lunaire, ce qui amène Koenig à établir un rapport entre ces vaisseaux et le développement anormal de Jackie.

Tony Cellini, un pilote, est sujet à des apparitions prenant la forme d'un tourbillonnement accompagné d'un bruit strident. Il s'avère que quelques années auparavant, Cellini a été accusé de la mort de son équipage lors d'une mission d'exploration de la planète Ultra. Il s'était alors défendu en prétextant la présence d'un monstre à bord d'un vaisseau naufragé perdu au milieu d'une sorte de cimetière spatial. Après une première tentative infructueuse, Cellini parvient à s'emparer d'un Aigle et part à la rencontre de « son » monstre.

La course de la Lune la mène vers un trou noir qui menace de la détruire, à l'instar d'un Aigle de reconnaissance, qui a été volatilisé. Bergman met au point un champ de force mais ne peut garantir son efficacité. Au cas où le champ de force échouerait, Koenig envoie l'Aigle 6, chargé de victuailles, avec à son bord six personnes tirées au sort qui resteront à distance du trou noir lorsque la Lune y pénètrera. Parmi ces six Alphans, Héléna Russel est désignée par l'ordinateur.

La Lune s'approche d'une nouvelle planète, Piri, dont les caractéristiques semblent être parfaites pour la vie humaine. Mais les pilotes d'un Aigle envoyé en reconnaissance tombent dans un état végétatif dans lequel ils paraissent heureux. Koenig part à son tour et tente de les faire revenir à la raison, mais lorsqu'il revient sur Alpha, tous les Alphans sont sous le contrôle de Piri et l'opération Exodus a été déclenchée.

Une équipe d'Alphans commandée par Koenig explore un astéroïde pourvu d'une atmosphère, et en forçant une porte intérieure, ils blessent mortellement l'occupant du météore. Toutefois, alors qu'elle s'apprêtait à autopsier le corps, le Docteur Russel s'aperçoit que l'être a repris vie et que toute trace de blessure a disparu. Cet étranger s'appelle Balor, se dit scientifique, immortel, et demande l'asile sur Alpha. Mais Koenig a des doutes sur ses véritables intentions...

Un Aigle de reconnaissance, alors qu'il approche la planète Terra Nova afin d'explorer sa surface, est touché par un éclair et doit être ramené en pilotage automatique. À son arrivée sur Alpha, un homme d'équipage supplémentaire se trouve sur le vaisseau : Dick Russel, l'époux d'Helena, porté disparu depuis 5 ans. Il prévient les Alphans qu'ils seront anéantis s'ils s'installent sur Terre Nova, mais l'ordinateur de la base estime que les conditions sont propices à la vie humaine. John Koenig décide de maintenir la mission d'exploration. Koenig, Helena, Paul Morrow et Sandra Benes se rendent sur la planète mais sont attaqués par un étrange « vent ». Ils se replient sur la Base. Koenig comprend que la planète n'est pas accueillante et décide qu'elle ne sera pas explorée plus avant ; l'Opération Exodus, visant à quitter la Base et à s'installer sur la planète, est abandonnée.

Un vaisseau apparemment en difficulté se pose à proximité d'Alpha. Koenig et Russel y découvrent six humanoïdes en sommeil et en tuent involontairement un en essayant de le réveiller. Les cinq autres, dont le capitaine Zantor, s'éveillent alors et leur expliquent que leur vaisseau, parti de la planète Kaldor, est en route pour la Terre mais que les signaux émis par Alpha ont troublé leur système de navigation. Zantor propose à un Alphan de prendre la place de son compagnon décédé. Toutefois, le commissaire Simmonds projette de réquisitionner le vaisseau et d'y installer six Alphans, ce que Koenig refuse. À la place, il demande à l'ordinateur de tirer un nom au sort.

Les 7 membres d'un Aigle partis explorer la planète Retha ne répondent plus aux appels d'Alpha. Une deuxième équipe composée de Koenig, Russel, Alan et Sandra partent à leur recherche. Après que Koenig et Russel ont disparu à leur tour, Sandra est capturée par des hommes des cavernes dont le chef et sa compagne ressemblent bizarrement à Koenig et Russel. Alan finit par comprendre que le point commun entre toutes les disparitions est un brouillard mystérieux...

Alors qu'elle traverse une zone de turbulences, la Lune se dédouble, se retrouve dans le voisinage du système solaire, et retourne se mettre en orbite autour de la Terre. Toutefois, cette Terre a été dévastée par un basculement de l'axe des pôles et possède une autre Lune, sur laquelle Koenig et Alan découvrent une autre base Alpha déserte, ainsi que leurs propres cadavres dans un Aigle accidenté.

La Lune semble se placer en orbite autour d'une planète, Ariel, tandis qu'une sorte de petit missile en provenance de cette planète vient se fixer sur l'Aigle de Carter parti l'explorer et qui doit alors rentrer sur Alpha. Peu de temps après, un grand nombre de ces missiles se posent sur la Lune et lui fournissent une atmosphère ainsi que de la pluie. Alpha étant bâtie au fond du cratère de Platon et étant menacée d'inondation, Alan, Paul, Héléna et Sandra partent à la recherche d'un site pour l'implantation d'une nouvelle cité lunaire. A la fin de l'épisode, les habitants d'Ariel annoncent aux Alphans qu'ils ont observé les humains et qu'ils ont compris que, même si leurs buts sont pacifiques, ils peuvent représenter une menace à long terme pour eux. C'est pourquoi la terraformation de la Lune cesse, l'eau disparaît et l'obscurité se réinstalle autour de la Base lunaire.

Un vaisseau étrange atterrit non loin d'Alpha et une voix demande à Koenig, Russel et Bergman de se rendre à bord. Ils y trouvent alors Compagnon, un vieillard qui meurt presque aussitôt. Il s'avère que le vaisseau est commandé par une entité, Gwent, qui décide que Koenig et Russel remplaceront dorénavant Compagnon.

Le parcours de la Lune est interrompu par un anneau de couleur orange qui prend possession de Ted Clifford, un technicien, qui se met aussitôt à transmettre les données de l'ordinateur central vers Triton, une planète se trouvant apparemment à proximité. Après la mort de Clifford par épuisement, Helena est à son tour contrôlée par l'anneau. Le Professeur Bergman finit par découvrir que la planète Triton n'existe pas et que la force mystérieuse est en fait issue d'un ordinateur, seule relique de la civilisation Triton, disparue depuis très longtemps.

Suite à un accident d'Aigle, le Commandant Koenig est dans le coma et le Docteur Russel ne parvient pas à l'en sortir. En fait, si le corps du Commandant se trouve bien sur Alpha, son esprit est sur la planète Zenno où Raan, un savant, l'étudie. Raan le teste par le biais de plusieurs expériences dont certaines sont cruelles, mais comme sa fille Vana tombe amoureuse de son cobaye, il décide de renvoyer Koenig sur Alpha, où des querelles sont en train de s'envenimer quant au choix du nouveau Chef. Toutefois, Koenig décide dans un premier temps de rester auprès de Vana...

Alpha passe à proximité d'une entité étrange qui détruit un Aigle et le renvoie sur la Lune sous forme d'une météorite. Pendant ce temps, des symboles étranges apparaissent sur les écrans des ordinateurs et le technicien Kelly, soudainement doté d'une force surhumaine, semble être en communication avec l'entité et essaie de reprogrammer l'ordinateur central.

Mateo, un botaniste, créé un double immatériel de lui-même, suite à une expérience de communication spirite avec des plantes. Le responsable du laboratoire de Mateo, qui est en conflit avec lui, est retrouvé mort, puis c'est au tour de Laura Adams, l'assistante de Matéo qui avait également eu une dispute avec lui. Le double de Matéo étant visiblement chargé de toutes ses émotions négatives, Bergman tente une expérience pour remédier à cette situation.

La Lune est attirée vers une planète inhabitée mais dotée d'une atmosphère respirable, Arcadia. Une baisse d'énergie inexpliquée et apparemment incontrôlable menaçant la survie des Alphans, l'opération Exodus est déclenchée. Une mission exploratoire est envoyée qui va découvrir qu'une civilisation avancée occupait auparavant Arcadia mais qu'un conflit nucléaire a tout détruit. Juste avant la destruction finale, quelques Arcadiens ont fui leur planète pour en coloniser une autre : la Terre...

La Lune arrive à proximité de deux planètes, Bheta et Delta, en guerre depuis toujours. Comme aucune attaque directe n'est possible en raison de la présence de leur soleil qui les cache l'un de l'autre, les deux adversaires vont se servir de la Lune comme base d'attaque. Alpha se retrouve ainsi malgré elle au centre d'un conflit qui ne la regarde pas et Koenig essaiera de négocier un traité de paix entre les deux peuples ennemis.