Zwanzig Jahre nachdem das Projekt Elysion gescheitert ist und die Erde in Schutt und Asche gelegt wurde, erwacht ein Mädchen namens Empress in einer unterirdischen Forschungseinrichtung. Ohne sich an ihre Vergangenheit erinnern zu können, trifft Empress auf Norito und Miya und sie machen sich auf den Weg zur Oberfläche. Sie geraten jedoch in einen Hinterhalt.

Empress bringt Norito und Miya zurück in ihre Bergstadt, doch plötzlich werden sie von Strength, einer Ex-Verbündeten, angegriffen. Sie fliehen vor diesem Kampf, den sie zu verlieren drohen, und Empress wird beauftragt, Vorräte aus den Überresten eines nahegelegenen Krankenhauses zu holen, in dem sich ein gefährlicher Bienenstock befindet.

Empress und die anderen begeben sich zur Garnison der Peacebuilding Force. Sie finden Fahrzeuge der Bildungseinrichtung der Sekte. Als Empress bemerkt, dass sie verfolgt werden, geht sie selbst zu den Fahrzeugen. Als Empress und die anderen erkennen, dass Momiji verfolgt wird, retten sie Momiji, die ihre eigene Rettungsmission mit einem gepanzerten Zug durchführt.

Empress und die anderen erfahren von Major Volt, dass sie nur einen Monat Zeit haben, bis der Orbitalaufzug fertig ist. Dead Master nimmt Verhandlungen auf und es kommt zu einem Hinterhalt. Charlotte, ein aufgerüsteter Mensch, wird von der Bildungseinrichtung entlassen. Empress versucht einen Gegenangriff, aber der Colonel hält sie auf.

Ein zufälliges Treffen führt dazu, dass Norito Strength um Hilfe bittet. Er möchte, dass sie Empress anruft, weil Miya von der Bildungseinrichtung entführt wurde und als Preis in einem Spiel verwendet wird. Plötzlich werden sie von Soldaten verfolgt und Strength löst eine Seite ihres Arms ab. Strengths Persönlichkeit verändert sich.

Strength und Norito stürmen zum Flugzeugträger des Feindes, um Miya zu retten. Empress und die anderen kämpfen mit einer Flotte bewaffneter Wachfahrzeuge. Im Labor auf dem Träger stapeln sich nach gescheiterten Anpassungsexperimenten die Leichen toter Mädchen wie Müll. Sie finden Miya gefesselt, aber sie finden auch Lunatic, den Avatar von Artemis.

Nach einer Panne verkündet Black Trike, dass er sich nicht selbst reparieren kann. Monica übernimmt die Reparatur, also gehen alle zur Peacebuilding Force Memorial Library, um die nötigen Teile zu holen. In der Bibliothek treffen sie auf einen Bibliothekar-Androiden namens Andy. Monica entdeckt etwas in den Aufzeichnungen von Jessica, der Frau des Colonels. Sie will gerade mehr herausfinden, als sie ausrutscht und in den Keller stürzt.

Es bleiben noch zwei Wochen, bis das Kabel vom Mond mit dem Orbitalaufzug verbunden ist. Wenn Empress und die anderen den Orbitalaufzug vorher zerstören können, können sie die Menschheit retten. Sie müssen jedoch den Eisernen Ozean überqueren und entdecken dabei mächtige organische Teile.

Eine Neueinstellung des physischen Körpers von Empress hilft ihr, sich von einem Fieber zu erholen. Sie erwacht an dem Ort, nach dem sie gesucht hat: Leuchtturm Nr. 8. Dort finden sie keine Informationen über Hemiteos-Einheiten, aber Strength findet einen Hinweis, der sie zu einem Labor in einem separaten Leuchtturm Nr. 8 führt, wo sie einen Datenträger finden. Jemand hat in den Daten eine Nachricht hinterlassen.

Der Kampf bei den Ruinen von Leuchtturm Nr. 8 geht weiter. Lunatic, der den Kampf beobachtet hat, feuert einen mächtigen Strahl auf die Oberfläche. Unterdessen wird der Colonel von Charlotte im Anpassungsraum des Labors angegriffen und soll endgültig zur Strecke gebracht werden, doch Empress kommt, um den Colonel vor dem drohenden Tod zu retten.

Der Colonel erhält eine Nachricht, wonach sich der Eiserne Ozean ausbreitet, was für große Verwirrung sorgt. Obwohl eine Nachricht bestätigt, dass der Orbitalaufzug angeschlossen ist, sagt der Colonel allen, dass geplant ist, Empress in die Nähe des Aufzugs zu bringen, um ihn zu zerstören. Um fünf vor zwölf startet die Peacebuilding Force ihr Bombardement und die letzte Schlacht beginnt.