在東京都練魔區，有棟便宜公寓。那裡住著一位整天閒閒沒事做的男人．雲隱九郎——他的真實身分，其實是接不到工作的下層忍者——但這都是過去式了。對於這樣的九郎，有位名叫加藤的中忍前來拜訪他。加藤帶來的『工作』究竟是什麼？為了達成身為忍者的使命，九郎展開了行動。

『只要切掉三根老二，就能成為忍者』都內發生了隨機切掉男性生殖器官的事件。而那個犯人，是一位女兒被犯罪組織擄走的外國人。外國人被賦予的使命，是潛入忍者內部，探究他們的秘密。然而那個外國人卻搞錯了方向，並與一位厲害的忍者．佐佐魔展開了戰鬥——

九郎等人代表的『ＮＩＮ』與『掩護工作二課（掩護）』在講談高中展開了忍者之間的戰鬥。與九郎同一陣線的女忍者鈴木在前一段時間，也接到了割老二外國人的逮捕任務。有時候是女子高中生，有時候又是歷史小說家．吉田的責任編輯，而她的真實身分其實是……。鈴木作為忍者的實力，如今即將揭曉。

日比加入了鈴木與割老二外國人之間的戰鬥。在這場亂戰中，同樣接到忍務、前來逮捕外國人的九郎會——

另一方面，發生在講談高中的戰鬥也有了新進展，身為『第二種房中術』高手的蜂谷將「掩護」中的臉譜辣妹．真子引誘到保健室……。

解決割老二外國人的事件後，九郎開始處理本來的忍務——潛入講談高中一事。前去參加轉學考試的九郎，邀請了在學校認識的女高中生野口回公寓。並帶她到川戶的房間閒聊，試圖從野口口中打探出情報。在打探的過程中，川戶的電視機裡開始播放一個名為『跟大叔一起』的電視節目——

與『ＮＩＮ』敵對的另一個忍者組織，『ＵＮ（地下忍者）』終於有所行動了。為了尋求戰場、倒戈到『ＵＮ』的猿田的兇刀，向鈴木襲來。

察覺到這是『ＵＮ』的行動的佐佐魔，召見了單獨行動且形跡可疑的加藤。在那裡等著加藤的，是『ＮＩＮ』的最高幹部．七人眾的其中一人——

忍者們每晚都會來到歷史小說家．吉田身邊，向他訴說那些過去發生過、卻埋藏在歷史陰影底下的『忍務』。其中只有一個人訴說了未來的事，而那個女人是……。九郎和日比準備毫無理由地前往充滿瀕危物種不良少年的楊紀伊高中打一架。與此同時，學校第一美少女．山田來到了瑛太的家裡——

陷入瘋狂的猿田揮舞著刀刃，在講談高中掀起了血雨腥風。突如其來的隱形連續殺人犯在校內隨意殺人，使講談高中的師生頓時陷入恐慌。

另一方面，九郎和日比來到楊紀伊高中，此時，有一位『UN』的忍者出現在他們面前。

出乎意料地，那個人的真實身分是——

跟九郎和日比對峙的『ＵＮ』的忍者——其真實身分正是山田。此外，為了壓制在講談高中大開殺戒的猿田，鈴木和鬼首以及峰谷開始展開行動。不過在面對穿著『ＵＮ』最新型外套的猿田，鈴木等人陷入了苦戰。最後終於，連加藤也加入了戰鬥——

站在實力深不見底的山田面前，日比完全不是她的對手。而在一旁冷靜地觀察這場戰鬥的九郎，究竟有什麼意圖……。講談高中那邊，在與猿田交戰的過程中失去一隻腳的鈴木離開了前線。隨後她和野口等人一同跟著主事的指示，來到一個秘密通道，那裡沉睡著『ＮＩＮ』與『ＵＮ』鮮血淋漓的過去。

在講談高中，鬼首和猿田展開了激烈的廝殺。加藤要求忍研發射『ＮＩＮ』引以為傲的最終兵器．『遁』。多虧如此，『ＵＮ』的計畫得以一步步邁向成功，原來他們真正目的是……。與此同時，九郎終於握住刀了。抱著同歸於盡的覺悟，他挺身與山田決鬥，最終的結果究竟是——