Innerhalb der japanischen Gesellschaft leben im Verborgenen Ninjas, die von ihren Auftraggebern Missionen erhalten und ausführen. Kumogakure Kuro ist einer von ihnen. Auf dem Dach einer Oberschule trifft er sich mit anderen Kollegen, um seine nächste Mission zu erledigen.

In Nerima treibt ein Amokläufer sein Unwesen. Er hat es auf Männer abgesehen und schneidet ihnen ihre Genitalien ab. Auch der verrückte Kerl mit der Muttermilch namens Sasama gerät ins Visier des Amokläufers.

Der Kampf zwischen Suzuki und dem mysteriösen Ausländer spitzt sich zu. Als sich ein weiterer Shinobi in den Kampf einmischt, kann Suzuki nicht sagen, ob es sich bei ihm um Freund oder Feind handelt.

Der Tag für Kumogakures Prüfung zum Schulwechsel ist gekommen. In der Schule lernt er seine Klassenkameradin Noguchi kennen, mit der er sich schnell anfreundet. Jedoch hinterlässt er keinen guten ersten Eindruck.

Kumogakure, der sich mit einem Karton getarnt hat, eilt Eita zu Hilfe. Zwei Schläger wollen ihn vermöbeln. Dank Kumogakure kann Eita den Spieß umdrehen. Daraufhin kommt es zur Begegnung zwischen Kumogakure und dem Aufseher.

Ein mysteriöser Mann kommt in den Konbini, in dem die alte Dame arbeitet. Es stellt sich heraus, dass der Mann darauf aus ist, sehr viele Leute zu töten. In der Zwischenzeit stattet Suzuki Herrn Yoshida wieder einen Besuch ab.

Kumogakure stattet Noguchi einen Besuch ab und warnt sie davor, am Montag in die Schule zu gehen, da ein Angriff droht. In der Zwischenzeit erzählt Herr Yoshida von seinen Begegnungen mit den Ninjas.

Sarutas Angriff auf die Kōdan-Oberschule beginnt. Er ist fest entschlossen, ein Blutbad anzurichten. Suzuki, Onikōbe und auch Katō wollen ihm das Handwerk legen. Außerdem bekommen sie noch unerwartete Unterstützung.

Als Kumogakure und seine Kameraden an der Yankii-Schule ankommen, entdecken sie Eita, der oben auf dem Dach steht und um Hilfe ruft. In der Zwischenzeit hat sich der Aufseher der Kōdan-Oberschule mit Suzuki und Onikōbe verbündet. Gemeinsam wollen sie zum Gegenschlag gegen Saruta ausholen.

Im Kampf gegen Yamada überrascht Hibi sie mit seinem Spezialangriff. Der Kampf scheint vorbei zu sein, aber dann wendet sich das Blatt. In der Zwischenzeit will Suzuki, der ein Fuß abgeschnitten wurde, aus der Schule entkommen. Dabei bekommt sie ungeahnte Hilfe.

Der Kampf zwischen Kumogakure und Yamada beginnt. Beide stehen sich mit ihren Katana gegenüber. Kumogakure ahnt, dass der Kampf nach einem Schwerthieb beendet sein wird. In der Zwischenzeit hat Onikōbe das Dach der Kōdan-Oberschule erreicht, wo sie gegen Saruta kämpfen will. Dieser stellt ihr jedoch eine Falle.