Yuko und ihre Schwester ziehen aus Kanazawa in die Stadt Daikoku. Kurz nach ihrer Ankunft rennt ihr virtueller Hund durch eine Wand und verschwindet.

Yuko und Fumie wollen Densuke von dem Virus befreien. Währenddessen will ein rätselhaftes Mädchen mit einer Armee winziger virtueller Kreaturen Densuke fassen.

An Yukos erstem Schultag hört sie von Densukes Entführung. Sie und Fumie machen sich auf die Suche. Doch Searchmaton stellt sich ihnen in den Weg.

Yuko versucht, mit Isako Freundschaft zu schließen, wird jedoch abgewiesen. Aus Rache für die Ablehnung seines Clubs startet Daichi einen digitalen Angriff auf Isako.

Isako bringt Daichi und Co. dazu, sie bei der Suche nach Metabugs zu begleiten. Yuko und Fumie nehmen mit Haraken, dem Vorsitzenden des Biologie-Clubs, deren Fährte auf.

Um Harakens wahre Identität herauszufinden, untersuchen Fumie und Yuko Searchmatons Programmierung. Kyoko möchte sich an deren Experimenten beteiligen.

Yukos und Fumies gemeinsame Suche nach einem virtuellen Hamster führt sie in eine verlassene Fabrik, wo Isako einen legendären Illegalen fassen will.

Am Tag des Sommerfests befiehlt Isako Daichi, Fumie zu einem Duell herauszufordern. Doch aufgrund seiner Gefühle für Fumie weigert sich Daichi.

Die Kids verbringen die Nacht in der Schule. Nach einigen Schauergeschichten über Michiko halten sie ihr Duell ab. Isako ist weiterhin auf der Jagd nach dem Illegalen.

Isako wirft Daichi aus dem Club. Als sie Haraken beim Befolgen rätselhafter Anweisungen hilft, erinnert sich Yuko plötzlich an einen Jungen namens 4423.

Um Metabugs zu erlangen, zieht Daichi illegal einen gefangenen Goldfisch heran. Als dieser jedoch exponentiell wächst und ihm entwischt, droht ein Desaster.

Daichi verschwindet für ein paar Tage und taucht dann mit einem digitalen Bart aus Illegalen auf, der sich als höchst ansteckend erweist.

Akira will mit Videos beweisen, dass seine Schwester Fumie ihn schikaniert. Haraken trifft auf einen jungen Mann, der die Ereignisse in Daikoku unter die Lupe nimmt.

Yuko verläuft sich und trifft auf einen Jungen namens Takeru. Als er sie zum Bahnhof zurückführt, entdeckt sie einen Bereich, den sie noch aus ihrer Kindheit kennt.

Yuko trifft im Krankenhaus auf Akira und ertappt ihn beim Erstellen eines Videos von Isako. Aus Neugierde guckt sie das Video und macht eine schockierende Entdeckung.

Yuko erzählt Haraken von Isakos Geheimnis und will ihn dazu bringen, sich zu öffnen. Tamako will Isakos Anstrengungen zum Erfassen des Kirabugs vereiteln.

Isako öffnet ein Tor zur anderen Dimension. Haraken durchquert es, um dort nach seinem verschwundenen Freund Kanna zu suchen. Doch Yuko will ihn aufhalten.

Dank Megabaas Barriere können Yuko und Fumie bedrohlichen Illegalen gerade so eben entkommen. Als sie sicher sind, wollen sie Kyokos digitalen Körper bergen.

Haraken begibt sich erneut in die andere Dimension. Tamako und Yuko folgen ihm und Tamako erzählt Yuko von einem großen Fehler, den sie in ihrer Jugend begangen hat.

Zu Beginn des neuen Schulsemesters ist Yuko aufgrund der anhaltenden Bettlägerigkeit um Haraken besorgt. Isako wird indes in der Schule von einer Gruppe Jungs belästigt.

Yuko rettet Isako vor einem neuen Searchmaton. Beide flüchten sich zu den Okonogis. Isako wirft einen Blick auf Densuke und entdeckt ein Geheimnis.

Isako, Yuko und Daichi werden bei einer großflächigen Umgestaltung der Stadt von Searchmatons gejagt. Nekome befiehlt Isako, mithilfe von Densuke ein Tor zu öffnen.

Als sie hören, was Isako zugestoßen ist, konfiszieren die Eltern der Kinder deren Brillen. Tamako sucht nach einer Möglichkeit, Isako zu retten.

Mithilfe der Brille ihres verstorbenen Großvaters schreitet Yuko durch das Tor und folgt dem Schmerz in ihrer Brust, um Isako zu finden. Doch die Probleme lauern.

Die Rätsel um Michiko und 4423 lösen sich endlich auf und Yukos Erinnerungen kehren zurück. Yuko muss Isakos digitalen Körper retten. Die Zeit drängt.