故事的主人公巴辛是一个非常爱好“交换卡片游戏”的小学六年级生。现在上学的小学校园里，正流行着一个在全世界都受到欢迎的卡片游戏“battle spirits”（战斗精神）。有一天，巴辛意外地得到了一张“辉石”……用辉石的力量，可以将“战斗精神”卡片中的怪物“spirit”们召唤到现实生活中来互相战斗。从此巴辛有了召唤卡片的能力。知道在学校传言中所说的传说的X珍稀卡片是实际存在的巴辛，与同样拥有辉石的竞争者们一起，为了能够得到这张X卡，而展开了激烈的卡片战斗。

　　当集齐了所有的X卡片时，就能实现与传说中最强的王者战斗的愿望。究竟能够称雄全世界的最强王者、以及能够赢得究极的卡片战斗的人究竟会是谁呢？！

Bashin is a grade 6 student who loves trading card games. The globally popular card game Battle Spirits is all the rage. Through some strange circumstances, Bashin acquires a Pyroxene which gives Bashin the ability to become a Card Battler. He can summon the monster Spirits depicted on the cards so they can fight each other. Bashin learns that the legendary X Rare Card actually exists, and he engages in fierce card battles with other rivals to get the X Rare Card.

通称「バトスピ」と呼ばれるトレーディングカードゲーム「バトルスピリッツ（以下バトスピ）」が世界的に知られ、熱狂的な人気を集める世界。バトスピ全国大会の決勝戦が行われ、天才カードバトラー・Jと素顔を仮面で隠すカードバトラー少女・スイレンとの一騎討ちが行われていた。白熱のバトルはJが勝利を収め、決勝戦は幕を閉じた。

ある日、バトスピ大好き少年馬神トッパ（バシン）は、Jと街で偶然遭遇しバトルを挑む。バシンは敗れるものの二人のこの運命的な出会いがきっかけとなり、バシンが持つペンダント、『輝石』に秘められた不思議な力によって、「イセカイ界」と呼ばれる異世界に行くことができることを知り、「スピリット」たちを実際に召喚してカードバトルができる特別なカードバトラーとしての能力を手に入れた。 その後バシンは、学校で噂になっている伝説のXレアカード（エックスレアカード）が存在することと、それらを全て揃えたとき、伝説の最強王者との戦いが実現することを知った。同じように輝石を持つJ、スイレンなどのカードバトラーたちと、Xレアカードを巡って、激しいカードバトルを繰り広げていく。

やがてバシンはJやスイレン、ストライカー、さらにメガネコとキョーカといった同じ運命を課せられた仲間たちとともに、いくつかの困難を「正面突破」で乗り込んでゆき、そして謎の巨悪へと立ち向かう。