ג'וני הורג כל רובוט שהוא רואה בצורה פזיזה מדי. מתברר שאלה רובוטים מממלכת קריי, ועכשיו חוטפים אותו לממלכה לעמוד למשפט על התנהגותו. הוא בוחר בריד, סוזן ובן לעמוד לצידו במהלך המשפט.

דוקטור דום משתלט על גופו של ריד, ומנסה לגרום לנזקים בלתי הפיכים ולהשמדת ארבעת המופלאים. ריד מצליח לברוח מהממלכה של דוקטור דום, ולהציל את המעבדה שלו ואת חבריו מזרועותיו של דוקטור דום המחופש.

דוקטור דום מייצר זיוף אינטרנטי למאמרים של פרופסור ריד, כדי לשכנע את יתר הארבעה שפרופסור ריד השתמש בהם כשפני ניסיונות מדעיים.

חברו של ריד מימי הלימודים נפגע בניסוי מדעי והפך לענק ירוק בעל כוחות עצומים. כוחות ממשל שונים מנסים לתפוס אותו לצרכיהם, וריד והארבעה מצילים אותו מידם.

הסקראלים יצרו העתק של בניין בקסטר, כולל השכנים, כדי ללכוד את ארבעת המופלאים ולגלות את כל סודותיהם. כשהשכנים נחמדים מדי, מתחילים הארבעה לחשוד, עד שהמזימה נחשפת.

ריד מתחרה במדען אחר - מי יצליח להגיע לכיווץ חומר קיצוני יותר. כשהוא נוגע בטעות באנרגיה מהמיקרו יקום, הוא וחבריו מתחילים להתכווץ עד לרמת האטום. דווקא שם הוא מצליח לתפוס אלקטרון ולהפוך את כל התהליך.

ג'וני מנסה להרשים בחורה ומביא אותה למעבדה של ריד בטענה שהוא המדען הגאון. כשהעניינם מסתבכים, רק ריד ובן וסוזן יוכלו להושיע אותו.

נימור, שליט אטלנטיס, יוצא למתקפה נגד בני היבשה, ומשתכנע להגיע לשלום זמני רק בזכות הקסם האישי של סוזן.

אביה החורג של אלישיה הוא פסל מתוסכל בעל חלומות גדלות. כשהוא מגלה שהוא יכול לבנות בובות של ארבעת המופלאים ולהפעיל אותן מרחוק, הוא מנסה להשתלט על העולם, אבל אלישיה נותרת נאמנה לחבריה ומסגירה אותו.

הארבעה חוזרים ממסע בחלל עם יצור שיודע להידמות לכל חפץ בעולם, כולל לחללית שהביאה אותו. כשהוא נתקל במפלצות ורוצה להידמות להן, מתחילה בעיה, עד שריד נוטל ממנו את כוחותיו ומרכיח אותו לחזור לכוכב שממנו בא.

בניסיון למצוא מרפא גנטי לשינוי שעבר על בן, גורם מחליף בין הכוחות של הארבעה. סוזי בוערת, בן נמתח וג'וני מייצר שדות כוח. כשדוקטור דום חוטף את ריד, השלישיה, שמתקשה לשלוט בכוחותיה, צריכה לחלץ את מנהיגה.

דוקטור דום משכנע את אניהילוס לשתף איתו פעולה. הארבעה נקלעים למרחב של אניהולוס, בו כוחותיהם מתעצמים ומאיימים לכלות אותם. כשאניהילוס מגלה שדוקטור דום הוא רשע, הוא נחלץ לעזרת הגיבורים.

איש החפרפרת מגדל מפלצת ומתכוון להשליט את תודעתו על כל צאצאיה. אבל כשארבעת המופלאים נכנסים לתמונה, הם מצליחים להחזיר את התינוקות המפלצות לאמם האוהבת, ולסקל את מזימתו של איש החפרפרת.

סוזן מארגנת תחרות תחפושות, והפרס הראשון הוא בילוי יום במחיצת ארבעת המופלאים בתפקיד המופלא החמישי. הכנון שזוכה בפרס מתלווה לארבעה בקרב אימים נגד דוקטור דום, ומציל אותם מידיו.

מכרסם מכוער משתלט על העולם התת-קרקעי של מנהטן, ומתחיל לבלוע בניינים שלמים כדי לנקום ב"אנשים היפים" שמעל פני האדמה. הוא מנסה לגייס את בן למען המטרה שלו, אבל מגלה שהנאמנות של הרביעייה גוברת על הכול.

הפסל המטורף, אביה החורג של אלישיה היושב בכלא, יוצר שם בובה של ריד ומתמרן אותו להמציא מכשיר להשתלטות על ניו יורק. כשהפסל כמעט משתלט על כל העיר, המכשיר מתגלה כחרב פיפיות שמשחק בחזרה לידיו של ריד עצמו.

דוקטור דום משגר את כל בניין בקסטר לחלל כדי לחסל את אויביו. אבל ארבעת המופלאים מצליחים להשתלט על הדומבוטים ולהחזיר את בניין בקסטר לכדור הארץ בבטחה.

ריד מצליח להחזיר לבן את מראהו האנושי, אבל כשבן מגלה שהוא נחוץ לרביעייה בהרפתקאותיה נגד הרעים, הוא בוחר לחזור למצבו המפלצתי והחזק.

מכשף ושמו הקוסם מגייס לעצמו עוד שלושה רשעים ויחד הם מתמרנים את העיר ניו יורק לחשוב שהם מחליפים את ארבעת המופלאים במבצעי גבורה. בסוף התחבולה מתגלה, וארבעת המופלאים שוב מצילים את העולם.

אטומה הברברי והרשע מסית את צבא אטלנטיס נגד מנהיגו הנאור, נאמור, שנאלץ לבקש עזרה מארבעת המופלאים למרות הפגיעה בכבודו. יחד, הם מצליחים להשיב את המשטר באטלנטיס על כנו.

למיליארדר ששמו טוני סטארק יש שיריון חזק ומיוחד ששמו איירון מן. דוקטור דום משתלט איירון מן וגורם לו לתקוף את ארבעת המופלאים. בשיתוף פעולה בן הארבעה לבין סטארק, מצליחים להביס את דוקטור דום.

דיאבלו האלכימאי המטורף רוצה לשלוט בכל ארבעת היסודות ומנסה לשם להשתלט קודם כל על ארבעת המופלאים. הוא מתחיל מג'וני (יסוד האש) וגורם לו להשתולל בעיר, אבל מגלה שכוח הרצון של ג'וני גדול יותר מכל כוח.

רונאן המתוסכל מממלכת קרי קורא את הארבעה לקרב בין כל בעלי כוחות העל. הוא דורש קרב הוגן, שבו יושב לו כבודו. אבל השופט העליון קובע שבן גרים והארבעה הם הראויים לנצחון בקרב, מפני שהם אכן נלחמו בקרב הוגן.

דוקטור דום יצר רובוט שיודע לסגל תחבולות של אחרים. מה שהוא לא מבין, הוא שהרובוט הזה בעצם בעל אינטליגנציה מלאכותית, ולכן הוא מתאהב בבן גרים, ויחד הם יוצאים כנגד דוקטור דום הרשע.

טרמינוס הענק הוא יצור בוזז, שבא לכוכבים לבזוז את משאביהם הטכנולוגיים והטבעיים ולהשמידם. ארבעת המופלאים יוצאים להגנת כדור הארץ מפניו ושוב מנצחים.