2018年世界杯，日本队再度止步十六强。为了获得世界杯冠军，日本足球联盟选出300位18岁以下的球员，让他们待在“蓝色监狱”中相互较劲，借此培育出最强的攻击型球员，而被淘汰的299人将毕生失去进入日本代表队的权利。在入舍测验中，众人分组进行鬼抓人游戏。先前因为队友射门失败而与全国大赛擦身而过的前锋洁世一，并未选择对付因跌倒而无力还击的五十岚，而是决定打倒比自己更强的对手，并在接到蜂乐的传球后，让晋级全国大赛的吉良遭到淘汰。

在蓝色监狱计划主责人绘心甚八解说吉良遭淘汰的原因后，余下275名成员被分成每队11人的25支队伍，洁所属的Z组是实力最末的组别，必须在测验中不断击败更强的组别才能晋级。在训练时，洁问蜂乐为何将球传给自己，蜂乐表示自己心中有只怪物，而洁也意识到自己先前踢球时内心亦有同感，并认为厘清自己内心的怪物，是让自己在蓝色监狱中脱颖而出的关键。另一方面，负责协助执行蓝色监狱计划的日本足球联盟职员帝襟安里在记者会上布达了这项计划，国际级日本足球选手糸师冴知情后对计划成果深感兴趣。

Z队在第一次选拔中对抗X队，而得分最高的球员得以晋级的赛制也使同队成员互争第一，面对逐渐合作并取下5分的X队，洁和蜂乐认为虽无法逆转颓势，但应至少取下1分。然而洁在进攻时却本能地将球传给国神，并让他射门得分。在Z队以5:1惨败后，Z队在洁的建议下试图整合，而绘心则暗示他们应发挥各自长处。

在久远的策略下，Z队研拟轮流当前锋的作战计划。洁因为自己欠缺长才而迷惘，在和国神闲谈后，发现自己可能以判断力见长。在和Y队的比赛中，Z队以反击战术率先取分，之后洁看穿对手的布局，传球给我牙丸并让他进球得分，使比数追平。

Z队和Y队僵持至最后一分钟，洁识破Y队最后的战术，并成功进球，以2比1取胜，洁对赢球感到兴奋至极。夜里，洁发现千切在观看比赛录影，并在他的说明下得知自己具有优异的空间认知能力。在洁的追问下，千切透露自己的右膝曾受重伤，经过前次比赛后已经决心放弃足球。为了迎战W队，洁加强锻炼体能，并发现自己已经成了Z队的中心人物。

W队的重要人物是合作无间的鳄间兄弟。两人在球场上提起千切的往事并加以羞辱，和他一同担任后卫的洁出言鼓励他。久远连进三球，使Z队士气大振。然而久远在下半场开始失误，洁推断久远成了W队的间谍，而久远也承认其推测，表示自己要追求个人的胜利。在久远背叛后，W队取得4:3领先。

千切的回忆显示，曾和鳄间兄弟同校的他具有非凡的跑速，却因膝伤而裹足不前。而如今面临久远背叛、比赛仅剩5分钟且落后1分的局势，千切原本尽想着放弃，但洁不放弃的毅力，促使千切战胜了对右膝再次受伤的恐惧。千切挣脱枷锁，如脱缰野马般冲到球门前进球得分，追平双方比数，使赛事以平手落幕。久远遭到W队围殴，虽然他依然想和Z队接下来的对手V队合作，但V队显得兴趣缺缺。

绘心告诫Z队先前的得分都是偶然，必须找出得分的方程式才能确保常胜，洁请教马狼得分秘诀，并在与他的单挑中找到方程式的灵感。作为Z队第一次选拔最后的对手，V队的攻击模式乍看之下已被分析，但V队立即看穿并复制了Z队的战术，并由其中二位王牌御影和凪合作射门得分。

Z组追平比分后，V组的阿止终于主动出击，展现出他的能力。洁急切地想办法得分。

Z组队员使出浑身解数进行最后一击。洁准备射出关键一球，却遭到凪诚士郎拦截。

在二次选拔的第一关中，洁必须躲过智能守门员的拦截在90分钟内踢进100个球。之后，他与凪和蜂乐组队。

在夺敌战中，洁的队伍与排名前三的球员对战，并率先进球。但凛的漂亮进球很快扭转了局势。

凛的球队拥有压倒性的能力与强烈的自私，轻易打败了洁一行人。比赛结束后，蜂乐被夺走，洁和凪只能退到2对2的第二阶段，重新来过。来到他们面前的是马狼和前Z队的成早，再次输掉比赛就会被淘汰，这是一场没有退路的战斗。即便是2对2，洁和凪的课题仍是要靠“个人的力量”去获得胜利。然而，在尚未找到大案的情况下，赌上存活的新战斗又再次开始……

比赛开始后，马狼靠着压倒性的“自私”而射门得分，再加上被早已磨练好自己武器的成早耍得团团转，洁和凪陷入了苦战。成早为了追上马狼和凪这类天才的程度，并且从蓝色监狱活下来，而拼死拼活地努力射门得分。洁也是相同状况，并靠着成早的行动找到属自己“新武器”的凤毛麟角。敌人与同伴，各种“自私”与“固执”互相碰撞而陷入极限状态，洁终于开始“进化”。

洁在激战最后，掌握到名为“适应能力”的新才能。马狼加入后，三人为了迈向下场战斗而开始练习，洁希望同伴能够互相理解，但马狼的强劲“自私”和凪的“步调”完全不合，因此无法顺利找到活化同伴武器的化学反应。整支球队的气氛低靡的情况下，命运的对手来挑战3对3比赛了。

千切的速度、國神的強壯肉體、玲王的戰術眼，各自活用自己的武器，組成了毫無破綻的球隊。另一方面，凪和馬狼靠著個人的球技，勉勉強強能撐下來，但潔的這隻球隊仍然陷入苦戰。看著敵對的合作無間，分析隊友的個人球技，節找到使用「武器」的新方法，並更加進化。在這充滿「自私」漩渦的比賽中，掀起進化的浪潮。

充分了解彼此的武器后，洁和凪找到无数射门得分的球道。对比因应千切的进步，国神和玲王也奋起战斗，球场上陷入了攻防战。此时，身为球场上的国王马狼，却因其他选手的“自私”持续进步，而被这样的进化连锁丢在一旁。于此同时，让他想起之前被洁夺走球场的主角，败北的感觉刻划在心中的感觉，马狼因此跌坐在地上。

马狼身为球场上的“反派”身份觉醒，洁一行人在艰辛的比赛下终于获得了胜利。为了引发更多化学变化，就要夺走能刺激队友们“自私”进步的选手，前进到第四阶段。另一方面，蜂乐与TOP3寻找下一场对战队手的期间，跟凛练习时，被看穿“怪物”的存在，重新面对自己的“自私”。

洁一行人重新挑战曾经打败过他们，夺走蜂乐的凛所率领的TOP3球队。与强敌对战中，“自私”持续产生化学变化，不断成长后，4对4最终决战的帷幕升起。洁、凪、马狼、千切，每位选手活用自己进化后的武器，紧咬着TOP3的超决个人球技。然而蜂乐的传球，让这场比赛走向更加进化的道路……

洁掌握了球场的未来，与拥有支配空间能力的凪合作无间，终于将把数追平为2比2。而这一连串的竞赛中，凛心中的战斗之火被点燃了。掌握敌我方的能力、球、站位、思考…在球场上凛支配了一切，洁等人再次被逼到绝境。在混沌与自私碰撞中，有个人默默地将爪牙伸向凛所支配的比赛。

蜂乐终于找到，有着压倒性才能的“怪物”们，对此感到喜悦的那瞬间，看到洁丢下自己只顾着与凛战斗。另一方面，比赛迎来最终局面，以马狼这张鬼牌为主力，展开激烈的拉锯战。此时的洁身体极限而觉醒，并与蜂乐的“自私”交战……

蜂乐甩掉心中理想存在的怪物后，属于他的“自私”因此而觉醒。蜂乐至今一直追求着并驾齐驱的对手，如今抛下这个想法，决定自己射门得分时，相信蜂乐“自私”的洁，阻挡了他的射门。洁好不容易阻拦了射门，然而悬浮在空中的球却是那的无情，接着便是迎来残酷的获胜……

洁被凛指名，跟蜂乐一同突破二次选拔赛；接下来等待五人的是，与世界级超级求兴的5对5比赛。洁与蜂乐，在凛的带领下成功先驰得一分，之后却被强大实力的世界选拔队给击溃。即便如此，洁一行人仍要紧咬不放，运用著「自私”奋战到最后一秒。为了诞生出全世界第一的攻击球员，蓝色监狱计画进展到最新局面。