Sulle tracce di Adam, Magnus torna nella Londra di Jack lo squartatore nel tentativo di evitare che la linea del tempo venga compromessa. Nelle sue indagini, viene aiutata da Watson che resta ovviamente affascinato dalla tecnologia che Magnus porta con sé.

Mentre gli Anormali continuano a invadere la superficie, Will, Kate e Big Guy cercano di prevenire una guerra totale con la Lotus Security Force, cercando nel frattempo di scoprire che fine ha fatto Magnus.

Il team rischia di perdere i fondi e la protezione delle Nazioni Unite e allo stesso tempo gli alti papaveri cercano di mettere Will contro Helen. Intanto Erika visita Henry avvisandolo di un possibile nuovo pericolo.

Magnus, determinata a incontrare il suo misterioso finanziatore, si reca in una remota isola africana, solo per cadere vittima di una pericolosa situazione con ostaggi. Nel frattempo al Santuario Will e Henry devono vedersela con uno Steno che è fuggito.

Magnus e Henry cercano di infiltrarsi in un laboratorio governativo segreto dove fanno esperimenti sugli Anormali e s'imbattono in un vecchio amico, Nikola Tesla.

Mentre Magnus deve vedersela con due Anormali volanti che le danno filo da torcere, Will fa un viaggio in Monrovia dove scopre delle rivelazioni personali e viene temporaneamente accecato durante una rivolta.

La gang indaga indaga su un mistero marittimo quando l'equipaggio della Bering Sea uccide gli Anormali a bordo; in seguito i marinai cominciano a rivoltarsi l'uno contro l'altro.

Un Anormale sconosciuto attacca Abby e Will e Magnus cercano di comunicare con la creatura usando la musica. Henry e Gavin intanto seguono le tracce di Abby per sapere cosa è successo.

Magnus era convinta che Adam Worth fosse ormai un problema del passato, ma lei e Tesla rimangono intrappolati in un Santuario virtuale dove vengono attaccati da un avatar di Worth che è determinato a rientrare nel mondo reale.

Kate ritorna dalla Terra Cava e porta notizie di un'imminente rivoluzione da parte degli insorti, che potrebbero avere una talpa all'interno del Team.

Magnus e Will vengono feriti e intrappolati in una caverna mentre si trovano sulle tracce di un rarissimo Anormale. I due amici lottano per rimanere in vita e si trovano ad affrontare loro stessi e i cambiamenti che hanno operato nella loro vita.

Magnus viene incaricata di arbitrare un trattato di pace tra Caleb, un leader degli abitanti della Terra Cava e i Governi del pianeta esterno, un accordo che permetta agli Anormali di vivere in superficie. Addison si prepara a lanciare un attacco contro le forze degli Anormali, portando Will in forze al Governo Federale e dividendo sempre di più il team di Sanctuary.

La terra che gli Anormali hanno dichiarato loro nazione sta per essere attaccata da un'arma che è stata parzialmente costruita da Nikola Tesla. Sia Magnus che Caleb finiscono sotto 'fuoco amico'. Presa alle strette Magnus decide di fare una mossa azzardata che lascia scioccate entrambe le parti.