Adam Worth crée une machine à remonter le temps. Il l'utilise pour retourner dans le Londres de 1898 et tenter de sauver sa fille mourante. Helen Magnus se lance à sa poursuite car l'intervention d'Adam pourrait endommager la chronologie. Lorsqu'elle le retrouve dans une sombre ruelle londonienne, une bagarre s'ensuit. Blessée, Helen perd connaissance. Elle se réveille dans une cellule...

Revenu dans le présent, le Sanctuaire découvre que Magnus a disparu après la destruction de Praxis. Will Zimmerman est nommé chef du réseau des Sanctuaires...

Greg Addison, un émissaire de l'ONU, arrive au Sanctuaire pour interroger Will et Magnus sur une mission qui a mal tourné. Erika, la petite amie de Henry, lui révèle qu'il va bientôt être père...

Après que les Nations unies ont décidé de ne plus financer le Sanctuaire, Helen Magnus doit rapidement trouver des fonds. Elle se rend sur une île, située à plusieurs centaines de kilomètres des côtes africaines, pour y rencontrer un riche homme d'affaires susceptible d'apporter une contribution financière. Une fois sur place, la situation dérape...

Le Sanctuaire tente d'infiltrer une forteresse du SCIU, une agence de recherche gouvernementale qui n'a aucune existence légale. Malheureusement, l'opération échoue...

Will, qui se trouve au Libéria pour tenter d'aider le Sanctuaire local, se retrouve en pleine guerre civile. Agressé par des inconnus, il se réfugie chez l'un de ses contacts pour reprendre des forces. Pendant ce temps, Helen Magnus et les autres membres du Sanctuaire s'occupent de deux anormaux chauve-souris...

Henry et Declan tentent de sauver l'équipage et les passagers d'un navire pris dans la glace. Alors qu'ils montent sur le bateau, ils découvrent que celui-ci transporte en fait des anormaux qui ont le pouvoir de manipuler leur perception des choses...

Alors qu'Abby est possédée par une entité qui la fait chanter et risque de la tuer, Will est désespéré de ne pas pouvoir communiquer avec elle. Pour y remédier, il doit faire quelque chose qu'il n'a plus fait depuis la mort de sa mère. Pendant ce temps, Henry et Gavin tentent d'en apprendre plus sur ce qui s'est passé...

Un pare-feu provoque des dysfonctionnements au Sanctuaire, ce qui ammène Nikola et Magnus à entrer dans l'ordinateur pour résoudre le problème. Mais une drôle de surprise les y attend : ils pénètrent dans un monde qui semblent être réel mais qui est en réalité totalement virtuel...

Kate informe Magnus que des terroristes anormaux de la Terre Creuse ont planifié un attentat contre le SCIU. Après avoir, sans succès, tenté de prévenir Biggie qui s'y trouve, Magnus contacte finalement Addison. Celui-ci lui livre en retour une information étrange qu'elle hésite à prendre au sérieux...

Henry parvient à déjouer le système de sécurité du SCIU et permet ainsi à l'équipe du Sanctuaire de découvrir que ces derniers mènent une opération en Bolivie. Ils y étudient et tentent de capturer l'anormal Quetzalcoat, un serpent ailé légendaire que Magnus a longtemps cherché...

Alors qu'elle est en pleine négociation d'un accord de paix entre les insurgés de la Terre creuse et les gouvernements, Magnus commence à agir de manière étrange. Elle se lie avec un dangereux phénomène et en fait libérer d'autres. Cette décision est incompréhensible pour tous, surtout pour Will...

Engagé par le SCIU, Will a désormais pour mission d'arrêter Helen. Caleb, lui, essaie de profiter de la situation pour réveiller les gênes latents dans l'ADN des humains. Il attaque le Sanctuaire...