Пока цунами движется к побережью Мумбая, Кейт помогает эвакуировать людей. Большая Берта парализует работу корабля Уэксфорда. Магнус отправляется на корабль Форсайта за помощью. Она выясняет, что Макри умер; Форсайт тоже на пороге смерти. Уилл узнаёт, что для того, чтобы он мог поговорить с Кали, он должен умереть. В загробной жизни Уилл уговаривает Кали и других существ рядом с ней остановить волну. Кали останавливает вторую волну цунами до того, как она успевает достичь побережья. Чтобы сохранить жизнь Большой Берте, Магнус «ослепляет» Уэксфорда, хотя он по прежнему стреляет в Берту и ранит её. Уилл просит существ сохранить Кали и его мир. Они удовлетворяют просьбу Уилла и сводят на нет последствия заключительной волны. Уилл возвращается к жизни, но он не помнит, что произошло с ним в другом мире. Магнус захватывает корабль и свергает Уэксфорда.

Спустя несколько недель после происшествия с Кали у Уилла появляются повторяющиеся кошмары, в которых он вновь переживает встречу с существами во время своей смерти. В Убежище тем временем пробирается парочка странных абнормалов, способных хорошо маскироваться и взрываться, если их обнаружили. Магнус с помощью устройства заставляет Уилла вспомнить о том, что произошло с ним во время смерти. Уилл рассказывает, что там он встретил Грегори Магнуса, который передал ему загадочное послание с двумя цифрами. Хелен понимает, что послание связано с двумя подарками, которые оставил ей отец. С помощью этих подарков Магнус обнаруживает голограмму таинственного города.

Команда Убежище отправляется в хранилище банка, чтобы забрать оттуда яйцо редкого абнормала. На месте обнаруживается, что абнормал вылупился из яйца и вселился в человека. Чтобы удержать людей внутри банка, команда вынуждена организовать ограбление банка. Кейт обнаруживает запасной выход, а Генри тем временем вынужден бежать от полиции, не успев выявить абнормала среди двоих оставшихся заложников. Этими заложниками оказываются кассир, который является носителем абнормала, и охотник за головами, которому тоже нужен абнормал. Команда Убежища обманывает охотника и спасает кассира. Охотника за головами арестовывают и обнаруживают у него в сумке деньги.

Команда Убежища отправляется на поиски Теслы, затерянного в горах Колумбии. он атакован мутировавшими многоножками. После освобождения Теслы команда находит исследовательскую лабораторию Культа, в которой с помощью чистой крови вампира были созданы многоножки. Выясняется также, что тесла оказался здесь в поисках этой самой крови, чтобы снова стать вампиром. Магнус разрушает лабораторию и уничтожает многоножек, оставив Теслу с пустыми руками. Между тем, Кейт и Бигфут расследуют смерть отца Дженсона, священника, который помог Бигфуту отыскать Убежище в 1951 году. Убийцей оказывается детектив, разум которого находится под контролем. Оказывается в руках Бигфута и Кейт, он загадочным образом умирает.

Во время эвакуации некоторых абнормалов группа наёмников пытается украсть насекомых, которые составили суперкостюм Уолтера. В ходе борьбы насекомые крепятся к Кейт и дают ей силу. Тем не менее, насекомые меняют её личность. Кейт сбегает, когда команд хочет помочь ей. Магнус узнаёт, что информация о костюме Уолтера стала известна внуку одного из друзей Магнус. Вёрджил утверждает, что костюм на самом деле был создан по заказу правительства. агнус пытается поймать Кейт, чтобы костюм перешёл к Уолтеру. Однако насекомые обнаруживают, что Уолтер снимает фильм о костюме, и возвращаются к Кейт. Уолтер узнаёт, что Вёрджил собирается продать костюм русской мафии, а чтобы заполучить его, он убьёт Кейт. Уолтера ранят. Чтобы спасти ему жизнь, Магнус убеждает Кейт вернуть ему костюм. Уолтер останавливает Вёрджила и его людей.

Генри хочет узнать больше о своем прошлом. Он отправляется в Олдем, где находит объект, на котором тайно обитают оборотни. Глава этой общины создала средство, предотвращающее превращение. Однако если превращение всё же происходит, то оборотень становится агрессивным и его убивают. Генри попадает под влияние этого средства, но с помощью Уилла и Эрики он приходит в себя. Генри убеждает остальных, что превращение можно контролировать по собственному желанию. Тем временем, Тесла и Магнус пытаются раскрыть тайну города. В конце концов, они обнаруживают Полую Землю.

По анонимному звонку Кейт, Уилл и Магнус отправляются на поиски абнормала в заброшенное здание. Однако абнормала там нет, и Кейт с Уиллом покидают здание. Магнус оказывается в ловушке внутри, снаружи время замирает. Там на неё нападает Адам Уорт, человек с расстройством личности по типу Джекила и Хайда, и который, как думала Магнус, умер сто лет назад. Он создал в здании поле времени, в котором он может телепортироваться, но только в защитной одежде. Магнус побеждает его. После этого Адам говорит, что знает о карте города и что Магнус нуждается в нём, если хочет спасти своего отца.

Викторианская Англия. Адам пытается стать шестым членом команды «Пять», но постоянно получает отказ. Несколько лет спустя премьер-министр приказывает группе «Пять» остановить Адама, собирающегося распылить токсин по всему Лондону, в обмен на финансовую помощь правительства. После обезвреживания токсина Магнус преследует Адама в шахте, где тот прыгает в реку. Тело Адама пребывает в подземный город, где Адам оживает.

Наши дни. Магнус находит Друитта в Камбодже, чтобы допросить его по поводу Адама. Он рассказывает Магунс, что и она и Адам теперь смертельно больны из-за прыжка во временном поле. адам признаётся Уиллу, что лекарство, способно спасти Магнус находится под землёй. Однако Магнус отказывается подпускать Адама к голограмме города. Тесла находит устав Убежища и отстраняет Магнус от управления. Уилл становится главой Убежища и разрешает Адаму ознакомится с картой подземного города.

Увидев карту города, Адам говорит, что им нужен камень, находящийся в Монголии. Магнус и Друитт забирают камень, однако карта отвергает его, так как он поддельный. Они отправляются в Гонконг, где находят настоящий камень. Между тем, Агент ФБР Эбби Корриган посещает Убежище в связи с расследованием убийства отца Дженсона и других жертв, умерших от аневризмы. Уилл, Кейт, Бигфут и Тесла обнаруживают связь между жертвами: убийца избавляется от абнормалов и их сторонников. Убийцей оказывается священник, считающий абнормалов богопротивной мерзостью.Он пытается сбежать, но Бигфут убивает его. Корриган находит Бигфута на месте преступления, и Уилл вынужден дать ей информацию об Убежище. Магнус в Тибете находит тайный ход и собирается отправится туда.

Магнус, Уилл, Генри и Кейт прибывают ко входу в пещеры. Так как у них есть только один щит для вампирской крови Тесла и Друитт остаются снаружи. Внутри пещеры оползень отделяет Генри и Кейт от Уилла и Магнус. На Уилла и Магнус нападает василиск, но их спасают пещерные люди. Генри и Кейт преодолевают ловушки и оказываются вместе с Магнус и Уиллом в плену. Понимая, что что-то пошло не так Друитт и Тесла позволяют Адаму указать место для телепортации Друитта. Адам обманывает их, и Друитт оказывается в ловушке. Магнус, Уилл, Кейт и Генри оказываются в подземном городе под названием Праксис. Глава города Ранна приказывает казнить их за нарушение границ.

Ранна воскрешает Магнус, чтобы узнать, где находятся Грегори и Уорт. Магнус выясняет, что Праксис разрушается из-за геотермальной энергии, а суперабнормал Каинан, который контролирует город (как Кали), не отвечает. Магнус предлагает свою помощь в обмен на оживление её команды. После воскрешения они узнают, что Уорт прибыл, чтобы украсть источник питания, который, как он считает, имеет неограниченные возможности. В то время, как Уилл и Генри ищут Уорта, Кейт, Ранна и Магнус разыскивают Грегори и пытаются спасти суперабнормала от паразита. После спасения Каинана Магнус и Ранна возвращаются, чтобы остановить Адама, но находят лишь надпись сделанную его кровью: «Все долги оплачены. Джон». Они понимают, что Друитт убил Уорта. Между командой Магнус и Праксисом устанавливается мир, но с условием, что Магнус не будет пытаться связаться с городом.

Вернувшись в Убежище за час до визита инспектора ООН, Магнус находит его разгромленным. Сначала она сталкивается с избитым Генри, позже находит связанную Кейт. Оба не помнят, что произошло в отсутствие Магнус. Некоторое время спустя они находят Уилла и Бигфута, закрытого в лифте. Команда выясняет, что всё началось с нападения на Генри абнормала со странно агрессивным поведением, причина которому паразит Пинепекс, считавшийся вымершим. Паразит перепрыгивал с одного члена команды на другого, вызывая у них агрессию, пока не добрался до инспектора Лилиан Ли, которая прибыла в Убежище на день раньше. Её находят, избавляют от паразита и пытаются скрыть случившееся. Но Лилиан всё помнит. Однако Магнус убеждает хранить всё в секрете.

Уилла и Эбби Корриган во время свидания похищает банда убийц. Они требуют спасти их главаря Горацио Гиббса — гибрида человека и абнормала, отравленного ядом. Команда Убежища узнаёт, что Корриган была замечена при покупке товаров из красного списка. Команда находит Уилла и Эбби, но Магнус решает повременить с их спасением, чтобы перехватить корабль с абнормалами. Уилл спасает Гиббса, после чего его заманивают на корабль и арестовывают.

Уилл обнаруживает на лице чешуйчатую сыпь и постепенно мутирует в рептилию. Магнус думает, что он заразился в Полой Земле. Когда Магнус пытается связаться с Праксисом, ей отвечают, что болезнь Уилла неизлечима и его надо убить. Магнус продолжает искать лекарство. Уилл полностью трансформируется, его запирают. Магнус заходит в тупик, но скоро понимает, что Ранна оставила ей зашифрованное послание. Лекарство найдено, но Уилл покидает Убежище до того, как ему успевают его ввести. Команда находит его и обезвреживает. Через несколько дней Уилл, почти полностью излечившись, приходит в себя.

Уилл и Генри собираются на двойное свидание с Эбби и Эрикой, когда Магнус просит их перевести личинку абнормала в доки. Однако личинка превращается во взрослого абнормала и сбегает в канализацию. Уиллу и Генри удаётся заманить абнормала обратно, имитируя брачный зов саки того вида. Отношениям Генри и Эрики приходит конец, когда они понимают, что Генри не покинет Убежища, а Эрика не переедет к нему.

Магнус и Тесла исследуют заброшенный город Праксиса в Восточной Африке, который когда-то захватили вампиры. Тесла попадает в вампирскую ловушку. Магнус и Тесла находят могилу королевы вампиров Афины. Магнус извлекает из могилы вещество, способное исцелить Теслу и вернуть ему способности вампира, но вместе с тем она случайно пробуждает королеву. Узнав о том, что все вампиры вымерли, Афина строит планы по возрождению своей армии с помощью Теслы. В то время, как Тесла совершает побег, Афина делает Магнус заманчивое предложение: управление Праксисом в обмен на её свободу. Магнус отказывается и вместе с Теслой сбегает. Между тем, Кейт получает сообщение на старый адрес электронной почты от банды похитителей абнормалов. После завершения операции Уилл узнаёт, что Кейт работала с ними в юности. Кейт предупреждает главаря, что если он убьёт её, то за ним придёт Убежище.

Нормандия, Франция, 5 июня 1944 года. Магнус, Уотсон и Гриффин работают с французским сопротивлением, чтобы уничтожить машину погоды, созданную Уотсоном, и используемую нацистами для победы над союзными войсками. Уотсон попадает в плен и его допрашивает Друитт, который очевидно работает на нацистов. Однако, оставшись вдвоём, он рассказывает, что теперь он сам по-себе. Он также говорит, что убил Гитлера, а нынешний фюрер всего лишь двойник. Кроме того, он сообщает, что нацисты знают о его способностях и приняли необходимые меры. После того, как нацисты захватывают её, Магнус узнаёт, что у них есть огненный элементаль, которого они контролируют погодной машиной. В это время Гриффин встречает отряд армии США под командованием капитана Джека Циммермана, предка Уилла, который вызволяет Магнус и Уотсона из плена.

Магнус и Уилл живут, как обычные люди без знания об Убежище. Уилл является кардиохирург и женат на Эбби, а Магнус является художником. С течением времени, оба они видят тревожные сны, в которых над ними проводят эксперимент. Они подозревают, что в их жизни нет ничего реального. Они также понимают, что всякий раз, когда они пытаются бежать, что-то держит их в этом мире. Чтобы выбраться из этого мира они решают покончить с собой. Они пробуждаются в реальном мире и обнаруживают, что находятся в лаборатории Св. Пьера Вёрджила, где Вёрджил и Генри работают над лекарством от яда червя-абнормала. Узнав, что несколько команд Убежища приведены в боевую готовность, Магнус, Уилл и Генри возвращаются домой.

Убежище получает видео, на котором большая группа абнормалов из Полой Земли поднимается на поверхность в Южной Дакоте. Магнус убеждает корпус обороны ООН сдать абнормалов на поруки Убежищу. В одном из абнормалов Уилл узнаёт Феллон, которая пыталась свергнуть Ранну и теперь ищет убежища на поверхности. Магнус связывается с Друиттом, который сообщает ей, что Уорт всё ещё жив. Уорт намерен использовать украденный у праксианцев источник питания для создания машины времени, чтобы вылечить свою дочь. Однако, го действия вызовут разрушительные последствия на планете, как в Карантане. Магнус и Друитт прибывают в Праксис, но находят город разрушенным и заброшенным, а Ранна и Грегори Магнус возможно мертвы. Между тем, абнормал Тило организовывает восстание. Когда Уилл обнаруживает Феллн мёртвой, Тило считает его виновным и нападает на него. Уилл сбегает,а Тило берёт в заложники людей и Бигфута. Он требует освободит его народ, иначе он убьёт заложников. Уилл и Генри узнают, что восстание в лагери Тило было лишь уловкой, чтобы отвлечь внимание от армий абнормалов в Чили, Индонезии и России, которые собираются захватить поверхность. Магнус находит Уорта, но не может его остановить. Уорт активирует машину времени, и Магнус отправляется за ним в Лондон 1898 года.