Спустя шесть недель после того, как Эшли Магнус присоединилась к Культу, Хелен Магнус и Джон Друитт разыскивают её. Эшли крадет жесткий диск, содержащий данные об эксперименте евгеники в Монреале под названием «Операция Монтана». Между тем, Никола Тесла разрабатывает лекарство против вируса «Лазаря», но абнормал Бигфут отказывается его принимать. Когда команда разыскивает подопытных «Монтаны», они сталкиваются с Кейт Фриландер, мошенницей, сотрудничающей с Культом. Кейт удается бежать, но Культу становится известно, что на столкнулась с Убежищем, поэтому Культ посылает отряд убийц, чтобы избавиться от неё. Кейт приходит в Убежище и сообщает Магнус всё, что ей известно о Культе. Когда команда прибывает на объект в Альберту, они сталкиваются с Эшли, которая была преобразована в вампира-гибрида кровью из затерянного города Бхаласаам. Они убегают, прежде чем Эшли может убить их. Культ с помощью ДНК Эшли создаёт пять других гибридов из подопытных «Монтаны» и объявляет войну сети Убежищ.

Эшли и гибриды используют свои силы, чтобы уничтожить несколько Убежищ. Тесла и Генри Фосс разрабатывают оружие, которое может остановить гибридов. Их первое испытание оказывается неудачным и гибриды уничтожают лондонское Убежище и убивают Клару Гриффин. В ответ Тесла обновляет оружие, что позволяет защитить основное Убежище. Во время боя Бигфут, наконец, решает принять лекарство от Лазаря и помочь своим друзьям. Три гибрида погибают от оружия, а другой умирает, когда Генри активирует электромагнитный щит (гибрид испаряется при попытке телепортироваться). Магнус прорывается к Эшли, которая узнаёт её как раз вовремя, чтобы спасти от нападения последнего гибрида. Эшли захватывает гибрида и телепортируется в электромагнитном поле.

Убежище встречает супергероя, называющего себя «Настройщик», который срывает попытку Убежища захватить опасного абнормала. Команда доставляет Настройщика в Убежище и выясняет, что он на самом деле человек, а его костюм состоит из насекомых-абнормалов, которые дают ему силу с помощью телепатии. Тем не менее, костюм постепенно убивает владельца, но не может быть никак удалён. Команда также имеет дело с колеантропусом, свободно разгуливающем в городе. Уолтер понимает, что скоро умрёт. Он желает снять костюм и его желание исполняется. В то же время, Кейт имеет дело с долгами её брата и человеком из тёмного прошлого самой Кейт. Она узнает, что банда использовала её брата, чтобы добраться до неё самой и получить доступ к Убежищу. Кейт срывает их планы, чем заслуживает доверие Магнус, которая приглашает её на постоянную работу. Несколько месяцев спустя команда узнаёт, что Уолтер успешно выпустил серию комиксов и продал права на их экранизацию.

Магнус пробуждает в разрушенном Убежище и подвергается нападению диких жестоких человекоподобных существ. От смерти её спасает группа выживших под предводительством Уилла. После дезинфекции Хелен узнаёт от Уилла, что она погибла три года назад. Она узнает, что неизвестная болезнь превратила людей в агрессивных существ. Уилл и Магнус вместе изучают файлы Хелен, но Уилл оказывается заражён. Он приносит себя в жертву, тем самым давая Хелен время на выяснение причин заражения. Магнус понимает, что во время миссии в Гондурасе, она нашла пузырек, в котором содержалось «лекарство» от её долголетия, но, принимая его, она также непреднамеренно выпустила болезнь, уничтожившую цивилизацию Майа. Прежде, чем до неё добираются существа, Магнус возвращается назад во времени в момент, когда она нашла флакон, который охраняют бестелесные абнормалы. Они показали её альтернативное будущее, возникшее из-за использования лекарства. Магнус оставляет лекарство на месте и возвращается в Убежище с пустыми руками.

Одна из учёных Убежища, Рейчел, подвергается нападению абнормала, с которым она вела работу. Магнус узнаёт, что Рейчел инфицирована спорами Джека, а значит шансов выжить у неё почти нет. Генри исследует происхождение нехарактерного для Джека поведения и, в конце концов понимает, что муж Рейчел Джеральд отравил еду Джека в попытке убить Генри. Джеральд обвиняет его в отсутствии отношений с женой, он считает, что у Генри и Рейчел всё ещё есть чувства друг к другу. Он пытается заставить Генри превратиться в оборотня, но Генри восстанавливает контроль над собой. В конце концов Рейчел излечивается.

Магнус обвиняют в убийстве Бигфута и отстраняют от управления Убежищем. Усилия Уилла по доказыванию невиновности Магнус оказываются бесполезными. В Убежище прибывает Триада — команда телепатов во главе с Эммой. Триады собираются выяснить, виновна ли Магнус, однако оказывается, что они не в состоянии проникнуть в разум Хелен из-за её психической неустойчивости. В процессе расследования выясняется, что Магнус возможно оставила в живых самого опасного абнормала — Большую Берту. Эмма собирается разыскать её, но Уилл и Кейт убеждают её, что Берта мертва. В конце концов, выясняется, что Бигфут инсценировал свою смерть по просьбе Магнус, а сама Магнус, которая подозревала Эмму, подсадила в себя паразита, давшего ей защиту от сил Триады.

Во время перевозки редкого кальмара-вампира вертолёт Магнус и Уилла терпит крушение на списанной нефтяной платформе в Мексиканском заливе. Кальмар сбегает и начинает вести себя неадекватно. Причиной того, как позже выяснилось, был естественный враг кальмара — скорпион, который напал на вертолёт. Магнус решает уничтожить вертолёт. Скорпион падает в воду, где его уничтожает кальмар. Кальмар возвращается к мирному состоянию, а дым от взрыва становится сигналом для спасателей.

Встреча между Магнус и бывшим членом банды абнормалов Джимми, который должен был передать огненный Элементаль Убежищу, прерывается нападением группировки, у которой и был украден Элементаль. Глава этой группировки — раздражительный абнормал, ярость которого уравновешивается специальным устройством у него на шее. Раненая Кейт и Джимми уходят в подполье. Кейт узнаёт, что Джимми и был тем человеком, по чьей вине погиб отец Кейт. Генри пытается отыскать Кейт, но банда проникает в систему коммуникаций Убежища. Уилла захватывают члены банды. Магнус обманом освобождает его. Банда возобновляет преследование, но Джимми решает сдаться сам. Во искупление своей вины перед Кейт и чтобы «обезглавить» банду, Джимми проносит в брюшном кармане бомбу и подрывает себя.

Расследование исчезновения молодых людей приводит Уилла и Магнус в реабилитационную клинику в Теслы в Мехико. Он рассказывает, что исцеляет людей, вводя им сыворотку, которая превращает их в вампиров, тем самым восстанавливая исчезнувший вид. Один из пациентов умирает и превращается в вампира. Он решает обратить своих друзей по клинике. Новоиспечённые вампиры похищают Теслу, но очень скоро понимают, что их цели сильно отличаются от целей Теслы. Команда Убежища находит Теслу и врывается в убежище вампиров. Тесла использует препарат, превращающий вампира в человека. Во время борьбы Тесла случайно вводит себе препарат. Он очень огорчён, но у него обнаруживается новая сила: магнетизм.

Друитт спасает группу эмпатов с тонущего корабля у берегов Южной Африки. В Убежище начинаются загадочные убийства. Под подозрения попадает Друитт. Магнус убивает, а затем реанимирует его. Убежище в это время блокируется. Магнус и команда выясняют, что Убежищем управляет некое энергетическое существо, которое скрывалось в Друитте. Существо жаждет новых убийств, но Уилл совершает перезагрузку Убежища, позволяя Генри спасти людей. Генри на короткое время опускает щит, что позволяет забрать Друитту существо и телепортироваться.

Несколько послушных абнормалов по всему миру совершают нападения на людей, но в отличие от случая с вирусом «Лазаря» атакуют они из-за страха. Расследование приводит команду к Рави — главе Убежища в Мумбае, где был убит человек, связанный с древним культом Кали. Мумбаи оказывается эпицентром агрессии абнормалов. Убитый оказывается хозяином Макри — считавшегося вымершим паука, обитающего исключительно в теле человека-носителя. Макри перемещается в Уилла. Группа наемников во главе с Эдвардом Форсайтом похищает Уилла, чтобы завладеть Макри, который оказывается связанным с Большой Бертой. Форсайт извлекает Макри из Уилла, а самого Уилла оставляет умирать.

Уилла находят и стабилизируют его состояние. Хотя он уже не является хозяином Макри, у него сохраняется психическая связь с Кали, которая оказывается воплощением Большой Берты. Он покидает Убежище и бродит по улицам города в поисках Кали. Между тем Терренс Уэксфорд оказывает давление на руководства Убежищ. Он раскрывает тайну Магнус: вопреки всем рекомендациям она не уничтожила Большую Берту, которая способна сдвигать тектонические плиты. Форсайт прибывает в Индийский океан и приказывает Большой Берте вырастить остров посреди океана. Магнус пытается утихомирить Берту, но у неё ничего не выходит. Форсайт ослабляет контроль над Бертой. Уилл пользуется этим, чтобы обратиться к Кали. Он убеждает Кали, что её оставят в покое, если она прекратит активность. Кали соглашается, но Уэксфорд берёт командование сетью Убежищ на себя и стреляет в Берту, намереваясь убить её. Однако ему удаётся только разозлить Кали. Она отворачивается от Уилла и запускает цунами.