Der Polizei Psychologe Will Zimmerman (Robin Dunne) verdächtigt wider dem Spott seiner Kollegen einen Jungen, drei Morde begangen zu haben. Während er dieser Spur nachgeht, hat er mehrere seltsame Begegnungen mit Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping). Sie und eine junge blonde Frau scheinen ihn von dem Jungen fern halten zu wollen. Zu seiner Überraschung redet Dr. Magnus ihm gut zu, seinen Instinkten wegen dem Jungen zu vertrauen und so nimmt die Geschichte ihren spannenden Lauf ...

Will Zimmerman (Robin Dunne) wird immer mehr in die mysteriöse Welt von Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) gezogen. Sie eröffnet ihm, was ihre Aufgabe ist. Nach einem Rundgang im geheimnisvollen "Sanctuary" macht sie ihm ein verlockendes Angebot. Dr. Magnus selbst wird von einer bedrohlichen Gestalt aus ihrer Vergangenheit verfolgt, die mit allen Mitteln versucht, in das "Sanctuary" einzudringen.

Während das Sanctuary Team einer Reihe von Einbrüchen auf den Grund geht, trifft es auf eine Gruppe Diebe, die, so hat es den Anschein, eine seltsame Fähigkeit besitzen. Mithilfe dieser Fähigkeit ist es ihnen möglich wortwörtlich zwischen die Gesetzeslücken zu schlüpfen. Bald stellt sich heraus, dass die Überfälle nur ein Mittel zum Zweck sind ...

Nachdem das Team von Dr. Helen Magnus (Amanda Tapping) einen Yeti gefangen hat, stürzt das Flugzeug im Hindu Kush Gebirge ab. Der Käfig des Wesens ist offen und sein verbleib unbekannt. An Rettung ist nicht zu denken, da ein schwerer Sturm die Region überzieht. Zu allem Übel sterben nun auch noch die Überlebenden auf mysteriöse Weise.

Der Wissenschaftskollege Erik benachrichtigt Dr. Magnus über einen erstaunlichen Fund. Als das Sanctuary Team an Bord des Forschungsschiffes ankommt, machen sie eine blutige Entdeckung - es gibt keine Überlebenden! Das Team nimmt zwei neue Spezies von dort mit. Ein sehr aggressive Exemplar und ein Dutzend scheinbar harmlose Kleintiere.

Als Dr. Magnus (Amanda Tapping) in Rom einen alten Bekannten trifft, erzählt ihr dieser von den Racheplänen des Cabal. Dieser will Vergeltung für die 'Fata Morgana' Ereignisse. Bald stellt sich aber heraus, dass die Loyalität zu ihr nicht mehr dieselbe ist wie einst, als beide einer Gruppe namens 'Die Fünf' angehörten. Die Mitglieder dieser Gruppe verband jahrelang ein wohl gehütetes Geheimnis.

Ein alte Kollege von Will, Detectiv Kavanagh bittet in einem Selbstmordfall um Hilfe. Edward, ein autistischer Junge, scheint darin verwickelt zu sein. Wie herauskommt, hat er eine ungewöhnliche Gabe: Er kann Bilder photographisch aus seinem Gedächtnis in enormer Geschwindigkeit nachzeichnen. Doch die meisten Bilder zeigen grausame Gestalten, die der Junge unmöglich gesehen haben kann.

Dr. Magnus (Amanda Tipping) und Will (Robin Dunne) brechen in Richtung Bermuda-Dreieck auf, weil ihre Sanctuary Bewohnerin "Sally" von dort bedrohlich klingendes Stimmenwirrwarr telepathisch empfangen hat. Bei ihrer Ankunft entdecken sie zunächst nichts und wollen schon aufgeben. In einem letzten Versuch stoßen sie auf den Grund der vielen Stimmen, sind aber zu spät.

Als Danny, ein alter Freund von Will verschwindet, bittet ihn dessen Frau um Hilfe. Zusammen mit Helen und Ashley, gehen sie den Hinweisen nach. Die Spur führt in eine leer stehende Fabrik. Indizien sprechen dafür, dass dort kämpfe stattgefunden haben. Der einzig mögliche Zeuge ist ein alter "Bekannter" von Helen aber leider sehr unkooperativ.

Verbissen nach ihrer ersten großen Exklusivstory suchend, betreten Amy Saunders und ihr Kameramann Zach Spencer ein zuvor evakuiertes Gebäude. Kurz zuvor wurden darin drei Menschen brutal von einer seltsamen Kreatur zugrunde gerichtet. Die Polizei im Rücken, betritt das Duo das Gebäude in der Absicht, den Täter aufzuspüren. Doch als sie die Kreatur finden, wird ihnen bewusst, dass sie diesem mächtigen Wesen schutzlos ausgeliefert sind.

Dr. Magnus ihr Team müssen sich mit der Möglichkeit eines internationalen biologischen Kriegs auseinandersetzen, als ein Virus die Abnormalen infiziert und diese Menschen angreifen lässt. John Druitt kehrt zum Sanctuary Team zurück und erkennt die Brisanz der Situation. Er vermutet die Cabel hinter diesem Ereignis. Der Anführer des Sanctuary Teams aus dem Vereinten Königreich, Sir James Watson, kontaktiert Helen und bestätigt John's Vermutung mit der Aufforderung, schnell zu handeln.

Ashley und Henry werden von den Cabal gefangen genommen nachdem sie in deren Waffenfabrik eingebrochen sind. Während ihrer Gefangenschaft erfährt Ashley von Dana Whitcomb, dass der Plan, den Virus zu verbreiten weiterhin durchgezogen werde. Henry wird unterdessen in einem anderen Teil des Gebäudes gefangen gehalten. Die Cabal wollen ihn mittels Chemikalien in seinen abnormalen Zustand transformieren und ihn auf ewig so zu belassen.