While tracking a young boy with dangerous powers, Dr. Helen Magnus encounters Will Zimmerman, a psychiatric resident who may have what it takes to become her new protégé.

Will Zimmerman is drawn further into Magnus' mysterious world and finds himself confronting his oldest fear. Elsewhere, forces converge on the target of their hunt - including someone from Magnus' distant past.

The origins of the mysterious mutant boy are revealed, as is the relationship between Magnus and her old flame, John Druitt. Meanwhile Ashley Magnus (Emilie Ullerup) seeks out Ernie Watts (Peter Deluise) a weapons dealer and fellow monster hunter - only to find herself in mortal danger.

Helen and Will confront John Druitt with deadly results for a member of the Sanctuary team. Ultimately, Will is forced to choose between his old life and the strange world of Dr. Helen Magnus.

While investigating an ancient crypt on a remote island, Magnus and her team encounter deadly creatures and three women with a mysterious past. Ashley decides to address the issues of her father's existence head-on.

The investigation into the three women found in the crypt continues, confirming Magnus' theory that they are much more than they appear. Ashley's hunt for contraband creatures yields mixed results.

Will falls victim to the three women's growing powers, while Magnus seeks proof of their true identities via a former resident of the Sanctuary. Ashley's luck in her monster hunt begins to run out.

Magnus, Will and Bigfoot defend the Sanctuary against a deadly assault, while Ashley struggles to survive her encounter with a nearly unbeatable foe.

L'enigmatica Dottoressa Helen Magnus recluta lo psichiatra forense Will Zimmerman per aiutarla nella ricerca e studio delle strane e talvolta terrificanti creature che vivono in segreto sul nostro pianeta.

Will cerca di aiutare Alexi ad accettare la sua 'anormalità', mentre Helen riceve una visita da una persona del suo passato.

Helen Magnus, sua figlia Ashley e il nuovo membro del Santuario, il Dottor Zimmerman, viaggiano per raggiungere il Nord della Scozia per studiare tre donne ritrovate in un'antica cripta e per offrirgli rifugio al Santuario.

Il Santuario sta indagando su una serie di strani furti collegati a un gruppo di ladri che posseggono delle abilità straordinarie che gli consentono di agire indisturbati e sfuggire al braccio della legge.

Di ritorno da un viaggio sull'Himalaya per catturare un anormale, la Dottoressa Magnus e Will rimangono bloccati su una montagna dopo che il loro aereo si schianta al suolo. Purtroppo sopravvivere fino all'arrivo dei soccorsi sembra essere un obiettivo più difficile del previsto poiché i passeggeri del volo cominciano a morire uno a uno uccisi da un misterioso aggressore.

Due anormali apparentemente inoffensivi arrivano al Santuario. I due mostrano un'attrazione reciproca che va ben oltre le normali manifestazioni di corteggiamento, sconfinando nel pathos degli istinti animaleschi.

Magnus incontra una vecchia conoscenza a Roma che la mette al corrente sui piani di Cabal che sta meditando una vendetta per rifarsi degli avvenimenti passati. Tuttavia Helen si accorge che la lealtà del suo amico non è più quella di una volta, quando entrambi facevano parte di un gruppo chiamato 'I Cinque'.

Il detective Kavanagh chiede aiuta a Will per indagare su un caso di suicidio che mostra delle incongruenze. Le indagini portano a un ragazzo autistico di nome Edward che possiede il dono di poter disegnare immagini dalla sua memoria ad una velocità incredibile, talmente ricche di dettagli da sembrare delle fotografie.

Helen e Will partono per il Triangolo delle Bermuda in seguito a una chiamata di soccorso ricevuta da un anormale che vive sul posto. Purtroppo una volta arrivati si rendono conto che è ormai troppo tardi.

Un vecchio amico di Danny, Will, scompare e sua moglie si mette in contatto con Will per chiedergli aiuto. Insieme ad Helen ed Ashley, Will si mette alla ricerca di Danny, arrivando fino a una fabbrica abbandonata. Non c'è segno di vita, ma le tracce di sangue e di epinefrina indicano che qualcosa è sicuramente accaduto. Continuando le indagini, il gruppo scopre che il posto veniva usato per addestrare dei combattenti.

La cronista Amy Saunders e il cameraman Zach Spencer sono alla ricerca di uno scoop e s'intrufolano in un edificio abbandonato dove tre persone sono state brutalmente uccise da una strana creatura. I due sprovveduti si ritrovano ad affrontare una bestia poderosa senza avere alcun idea di come sopravvivere, intanto la polizia cerca di gestire la situazione.

Magnus e la sua squadra devono affrontare la possibilità di una guerra biologica volta alla distruzione degli anormali, che vengono infettati da un virus che li rende pericolosi per gli umani. John Druitt torna di nuovo al Santuario e sostiene il team che dietro a tutto questo c'è Cabal. Sir James Watson, il leader del Regno Unito, si mette in contatto con Helen e conferma la storia di John.

Ashley ed Henry vengono catturati da Cabal dopo che i due hanno cercato di infiltrarsi nella sua fabbrica di armi. Ashley scopre da Dana Withcomb che il piano per rilasciare il virus su tutto il pianeta è in procinto di essere attivato. Cabal intanto usa delle droghe per esaltare lo stato anormale di Henry in modo permanente.

La squadra è alla ricerca disperata di Ashley, che si trova ancora nelle mani di Cabal. Il team incontra un artista della truffa di nome Kate Freelander la quale ha un passato in comune con Cabal, un passato finito male però e quindi da' ad Helen le coordinate di una base segreta di Cabal dove Ashley potrebbe essere tenuta prigioniera.

Tesla ed Henry tentano di mettere a punto una nuova arma che possa fermare gli attacchi che Cabal sta lanciando contro i Santuari di tutto il mondo.

Magnus e Druitt intraprendono strade diverse per affrontare quello che è successo alla figlia. Helen è convinta che Ashley sia ancora viva e decide di cercarla, mentre John non riesce a pensare ad altro che alla sua vendetta su Cabal. Intanto Will e Henry sono impegnati con gli 'anormali' dei Santuari distrutti che cercano rifugio da loro.

Un uomo arriva in città vestito da supereroe intenzionato a combattere il crimine. La sua forza sovrumanan e l'abilità di volare attirano l'attenzione della Dr. Magnus. Con l'aiuto di Will, Helen cattura il nuovo arrivato e effettua degli esami del suo DNA. I risultati tuttavia provano che l'uomo non ha tracce di 'anormalità' , lasciando la squadra confusa sull'origine dei suoi superpoteri. Kate intanto, cerca di aiutare suo fratello che è in conflitto con un boss del crimine.

Helen scopre che il Santuario e la città vicina sono stati distrutti, ma non ha alcuna idea di cosa sia successo. Ad aumentare la sua confusione, viene aggredita da una terribile creatura e salvata da due uomini armati che la portano in un edificio abbandonato. Dopo essere stata lasciata da sola in una stanza, rimane scioccata quando un uomo dall'atteggiamento aggressivo e dal volto familiare entra per interrogarla.

Henry sta indagando sul caso di un anormale docile e addomesticato che è diventato violento senza motivo, attaccando uno scienziato che stava conducendo una ricerca.

Will prende le difese di Helen Magnus quando il Sanctuary Network l'accusa di aver commesso un terribile delitto.

Mentre stanno trasportando un nuovo soggetto al Santuario, Will ed Helen precipitano con l'elicottero su una piattaforma petrolifera abbandonata.

Helen e Jimmy si riuniscono quando quest'ultimo porta un Anormale al Santuario. Tuttavia i due sono stati seguiti da un'organizzazione criminale.

Magnus e Will indagano sulla scomparsa di alcuni teenagers che sono collegati a una clinica di riabilitazione in Messico. I due scoprono che Nikola Tesla è il direttore del centro e che i suoi trattamenti per curare le dipendenze dei suoi pazienti li trasformano in vampiri.

La Dottoressa Magnus e la sua squadra salvano i passeggeri di una nave che sta affondando al largo della costa del Sud Africa. Purtroppo una volta tornati nel Santuario, uno dei passeggeri viene ritrovato ucciso e Druitt diventa il principale sospettato.

Magnus, Will e Kate si recano a Mumbai in India per indagare su un omicidio. Durante la missione Will si ammala improvvisamente per poi scomparire senza lasciare traccia.

Will comincia ad avere delle strane visioni che sono connesse al Culto della dea Kali. Stavolta la Dottoressa Magnus è in difficoltà e non riesce a trovare una soluzione ai loro problemi.

Magnus continua a sfidare il consiglio dei Santuari per proteggere Big Bertha. Will decide di provare nuovamente a entrare in contatto psichico con Kali e chiederle di fermare i terremoti che sta creando.

Will sta soffrendo di amnesia e non riesce a ricordare cosa è successo quando si è messo in contatto telepatico con Kali. Tuttavia alcuni strani individui sembrano essere molto interessati a rimuovere quelle memorie dal cervello di Will.

Per proteggere il pubblico il team è costretto a tenere una banca, con relativi clienti, in ostaggio. Le cose come al solito si complicano proprio quando la situazione si fa tesa.

Nikola manda un S.O.S. ad Helen usando i suoi poteri magnetici e il gruppo si reca sulle montagne della Colombia per scoprire cosa è accaduto allo scienziato. Will tuttavia non si fida e pensa che si tratti di una trappola.

Will e Kate sono aggrediti mentre stavano trasportando degli ospiti del Santuario a una sede temporanea. Durante l'attacco, un vecchio amico, temendo per la sua vita, si 'attacca' a Kate, dandole dei superpoteri.

In seguito all'avvistamento di un mutaforme, Henry e Will si recano in Inghilterra per avere notizie su una clinica psichiatrica che sembra essere connessa agli avvistamenti. Intanto Magnus e Nikola indagano sulla misteriosa città olografica.

Un persona del passato di Helen riappare, lasciandola intrappolata in un edificio in una sorta di bolla temporale e nelle mani di un personaggio estremamente inquietante. Purtroppo alla fine Helen è costretta a scendere a patti con lui per avere una chance di ritrovare suo padre.

Adam è rinchiuso al sicuro nel Santuario e Magnus deve scoprire il suo collegamento con la Terra Cava e per farlo deve ripercorrere le origini dei Cinque.

Helen è malata e rischia di morire, Will prende in mano le redini del Santuario e decide di accettare la collaborazione di Adam-Hyde. Intanto deve vedersela con una curiosa agente dell'FBI che sta cercando di trovare un serial killer.

Magnus, Henry, Kate e Will si recano al confine per entrare nella Terra Cava, lasciando Nikola, Druitt e Adam al Santuario. Helen usa lo scudo creato da Tesla per superare le barriere che ci sono contro i vampiri e nonostante i quattro vengano separati durante una mini valanga, si ritrovano alla fine nelle mani degli abitanti della città, che purtroppo non sono accoglienti come speravano.

Magnus continua il suo scontro con Ranna Seneschal, la donna che comanda Praxis sotto un regime di tirannia ma che sembra avere un suo piano personale...

Di ritorno da un viaggio, Magnus scopre che il Santuario è in uno stato di completo abbandono. Solo poche ore prima la struttura doveva ricevere un rappresentante delle Nazioni Unite per un'ispezione sulla sicurezza. Il mistero s'infittisce quando Helen trova Henry picchiato e semisvenuto senza alcun ricordo di quanto accaduto.

Sulla via per una romantica cena con Abby, Will e la sua compagna vengono rapiti da una gang di disperati, il cui leader rischia la morte senza il loro intervento. Dopo aver saputo il nome del rapitore, Magnus cessa ogni tentativo di salvataggio.

Will comincia a trasformarsi in una creatura ricoperta di scaglie che si arrampica sui muri, senza avere alcun indizio su come curarlo, Magnus si rivolge agli abitanti della Terra Cava.

Will e Henry escono in coppia con le rispettive compagne, ma Magnus insiste perchè prima della cena consegnino una piccola cassa al porto. Sarebbe tutto a posto se non fosse per il fatto che l'anormale all'interno della cassa scappa volando via.

Magnus e Tesla scoprono inavvertitamente dei segreti della razza dei Vampiri mentre stanno indagando su un altro caso, ed incontrano Afina, la Regina dei Vampiri. Nel frattempo il passato di Kate torna a tormentarla.

Un tuffo nel passato che vede gli eventi accaduti prima dell'invasione della Normandia da parte degli Alleati durante la Seconda Guerra Mondiale, eventi che portano i Cinque a combattere contro in Nazisti.

Un collega sparisce misteriosamente in strane circostanze mentre si trova a Carentan, in Francia e il Team Sanctuary si reca sul posto per indagare.

Will ed Helen si trovano improvvisamente a vivere come vicini di casa in un tranquillo quartiere di periferia.

Il Santuario riceve notizia di un grosso gruppo di anormali che è stato avvistato in Sud Dakota all'entrata di una caverna e Magnus si rende conto che è la prima ondata che è emersa dalla Terra Cava.

Sulle tracce di Adam, Magnus torna nella Londra di Jack lo squartatore nel tentativo di evitare che la linea del tempo venga compromessa. Nelle sue indagini, viene aiutata da Watson che resta ovviamente affascinato dalla tecnologia che Magnus porta con sé.

Mentre gli Anormali continuano a invadere la superficie, Will, Kate e Big Guy cercano di prevenire una guerra totale con la Lotus Security Force, cercando nel frattempo di scoprire che fine ha fatto Magnus.

Il team rischia di perdere i fondi e la protezione delle Nazioni Unite e allo stesso tempo gli alti papaveri cercano di mettere Will contro Helen. Intanto Erika visita Henry avvisandolo di un possibile nuovo pericolo.

Magnus, determinata a incontrare il suo misterioso finanziatore, si reca in una remota isola africana, solo per cadere vittima di una pericolosa situazione con ostaggi. Nel frattempo al Santuario Will e Henry devono vedersela con uno Steno che è fuggito.

Magnus e Henry cercano di infiltrarsi in un laboratorio governativo segreto dove fanno esperimenti sugli Anormali e s'imbattono in un vecchio amico, Nikola Tesla.

Mentre Magnus deve vedersela con due Anormali volanti che le danno filo da torcere, Will fa un viaggio in Monrovia dove scopre delle rivelazioni personali e viene temporaneamente accecato durante una rivolta.

La gang indaga indaga su un mistero marittimo quando l'equipaggio della Bering Sea uccide gli Anormali a bordo; in seguito i marinai cominciano a rivoltarsi l'uno contro l'altro.

Un Anormale sconosciuto attacca Abby e Will e Magnus cercano di comunicare con la creatura usando la musica. Henry e Gavin intanto seguono le tracce di Abby per sapere cosa è successo.

Magnus era convinta che Adam Worth fosse ormai un problema del passato, ma lei e Tesla rimangono intrappolati in un Santuario virtuale dove vengono attaccati da un avatar di Worth che è determinato a rientrare nel mondo reale.

Kate ritorna dalla Terra Cava e porta notizie di un'imminente rivoluzione da parte degli insorti, che potrebbero avere una talpa all'interno del Team.

Magnus e Will vengono feriti e intrappolati in una caverna mentre si trovano sulle tracce di un rarissimo Anormale. I due amici lottano per rimanere in vita e si trovano ad affrontare loro stessi e i cambiamenti che hanno operato nella loro vita.

Magnus viene incaricata di arbitrare un trattato di pace tra Caleb, un leader degli abitanti della Terra Cava e i Governi del pianeta esterno, un accordo che permetta agli Anormali di vivere in superficie. Addison si prepara a lanciare un attacco contro le forze degli Anormali, portando Will in forze al Governo Federale e dividendo sempre di più il team di Sanctuary.

La terra che gli Anormali hanno dichiarato loro nazione sta per essere attaccata da un'arma che è stata parzialmente costruita da Nikola Tesla. Sia Magnus che Caleb finiscono sotto 'fuoco amico'. Presa alle strette Magnus decide di fare una mossa azzardata che lascia scioccate entrambe le parti.