Un noto imprenditore della Provincia di Cuneo viene trovato morto nella sua piscina, affogato. Le indagini puntano verso il suicidio ma l'analisi delle tracce porterà i carabinieri sulle tracce del figlio ventiduenne, che il padre riteneva solamente un incapace. Al RIS giungerà una nuova specialista: il tenente Anna Giordano, ingegnere informatico che verrà assegnata al reparto di dattiloscopia. I rapporti con Vincenzo De Biase, con il quale dovrà lavorare insieme, all'inizio non sono dei migliori, ma dopo aver risolto un'indagine su una ragazza disabile rimasta soffocata in un incendio doloso in un pub, i due cominciano ad andare più d'accordo.

Un bambino in bicicletta viene investito da un motociclista durante una corsa clandestina. De Biase e Testi assistono all'incidente e, quest'ultimo, viene accusato di lesioni da parte di un motociclista che aveva inseguito. Contemporaneamente, in una chiesa, a un parroco esplode il cero di una candela in mano costringendolo in ospedale dopo aver perso la mano. È il primo attentato di una lunga serie.

Durante un controllo stradale, il capitano Corsini viene coinvolto in una sparatoria dove perdono la vita un carabiniere e una vittima innocente. Corsini va in coma e le indagini si concentrano su tre conducenti di un porta valori sospettati di essere dei rapinatori e gli assassini del carabiniere. Ma, una volta rintracciati in un casolare, vengono trovati uccisi a colpi di pistola e i soldi scomparsi. Intanto, in ogni scena del crimine, i RIS trovano tracce di pelle di serpente. Intanto, al RIS arriva un messaggio intimidatorio dall'uomo delle bombe: "La prossima volta sarà molto peggio ..."

Una ragazza scompare, e un altro ragazzo muore a causa di un bastone di legno che gli è stato conficcato; apparentemente due casi separati, si riveleranno collegati tra loro: indagando sui due casi, si scopre che il ragazzo ucciso ha violentato la ragazza scomparsa, sotto gli occhi di due amici. Testi intanto si occupa della morte di un rapinatore, precipitato dal terzo piano mentre tentava un furto: le testimonianze dei padroni di casa rivelano che il rapinatore ha sparato e poi è caduto di sotto: ma sarà andata davvero così? Intanto l'uomo delle bombe colpisce ancora, causando la perdita di una mano ad un bambino. Ma c'è di più: a fine puntata De Biase ricompone la bomba scoppiata in mano al parroco e scopre che sull'involucro che conteneva l'esplosivo è inciso il nome di Venturi. L'uomo delle bombe ha lanciato una sfida al capitano.

Un tassista, un dirigente e un agente immobiliare, che non hanno alcuna relazione tra loro, vengono assassinati con una pistola calibro nove e, sulla scena del crimine, l'assassino lascia delle carte da gioco del poker. I RIS trovano sull'ultima scena del crimine un biglietto contenente una richiesta di riscatto: se non verrà esaudita, il killer continuerà ad uccidere.

Martinelli commette un'imprudenza rischiando di essere ucciso dal killer, che scappa mentre gli altri dei RIS raggiungono Martinelli assicurandosi delle sue condizioni. Intanto il killer fa un'altra vittima, e aumenta il prezzo del riscatto: se non verrà versato entro le 18 sul suo conto bancario, avverrà l'ennesimo omicidio; proprio alle 18 c'è un'importante gara di basket al palazzetto: il killer vuole colpire lì? Questa puntata è differente dalle altre poiché si svolge in due episodi, e perché volto, identità e azioni del killer ci vengono mostrate fin dall'inizio. Intanto viene arrestato un po' frettolosamente il presunto Uomo delle Bombe, ma Venturi non è convinto.

Una ragazza di 22 anni viene trovata in coma da overdose: i RIS cercano di rintracciare i suoi amici spacciatori, ma si scopre che sono stati assassinati. Le indagini si concentrano su un "piccolo chimico" che produce droghe e le dava a uno dei due spacciatori, non venendo però pagato. Potrebbe essere il movente dell'omicidio, ma sarà davvero lui l'assassino? Intanto un'infermiera viene trovata morta nella sua abitazione: principale indiziato è un carcerato, arrestato da De Biase diversi anni prima per una rapina a mano armata, che ha una relazione con l'infermiera trovata morta. Ma perché avrebbe dovuto ucciderla a un mese dalla scarcerazione? Sarà veramente lui il colpevole?

Una ragazza viene trovata all'interno del bagagliaio della sua auto, stuprata e strangolata. I RIS si mettono sulle tracce del maniaco che aveva adescato la ragazza via internet. Anna riesce a convincere l'uomo ad avere un appuntamento durante il quale rischia di essere violentata anche lei ma Venturi arriva in tempo per salvarla. Si scoprirà che Anna, a diciotto anni, aveva subito uno stupro. A fine episodio l'uomo delle bombe mette una bomba in un integratore di sali minerali per Venturi ma la bomba esplode in mano ad un'altra persona.

Una bambina di nome Martina viene trovata morta in un bosco vicino a un peluche. L'autopsia stabilirà che è morta per sfondamento del cranio. Il pedofilo le aveva schiacciato la testa contro il terreno. La storia, particolarmente violenta, sarà motivo di tensione tra Venturi e Martinelli che, senza volerlo, distruggerà una prova di vitale importanza per accusare il fidanzato della sorella della vittima. A fine puntata l'uomo delle bombe invia un libro esplosivo alla procura per uccidere il procuratore Di Maio ma Venturi riesce a salvare l'uomo. Gli artificieri disinnescano la bomba, finalmente potranno scoprire quale innesco usa il dinamitardo.

Un rapinatore uccide un gioielliere a colpi di pistola durante una rapina finita male. Il rapinatore potrebbe essere lo stesso che ha investito Francesca dieci anni prima. Colpo di scena: Martinelli rassegna le sue dimissioni perché ritiene che Venturi lo tratti come un oggetto e non come una persona. Viene scoperto l'innesco che l'uomo delle bombe usa per far esplodere gli ordigni; è un bulbo per vecchie macchine fotografiche. E solo quindici persone a Parma le collezionano.

Venturi e De Biase sono vivi per miracolo. La casa dell'uomo delle bombe era una trappola, tredici bombe erano collegate e pronte a esplodere. Finalmente l'identità dell'uomo delle bombe è nota: si chiama Mario Samueli ma, nella cantina, dentro un box doccia, verrà trovato il cadavere di quest'ultimo avvelenato con del diserbante. Durante l'autopsia, la Morandi, trova all'interno dello stomaco dell'uomo un biglietto per il capitano con scritto: "24 luglio 2004....chi perderai oggi?". È un chiaro riferimento alla morte dei genitori di Venturi e al tenente Anna Giordano. La sfida finale è iniziata e dopo aver disinnescato una bomba in un centro commerciale e una in una scuola, i carabinieri si accorgono che la prossima bomba è dentro al RIS. Durante il sopralluogo in casa di Mario Samueli, infatti, avevano repertato una radiolina dove, all'interno, c'era la bomba. Venturi riesce a salvare il tentente Giordano all'ultimo secondo ma i laboratori rimangono distrutti. Sul luogo dell'esplosione, tuttavia, ritrovano uno smile...e Venturi capisce chi cercare. Fa visionare a De Biase i nastri di sorveglianza del centro commerciale e indica un uomo che lui aveva incrociato mentre si dirigevano all'interno. Quell'uomo aveva un portachiavi con uno smile.