Un noto imprenditore della Provincia di Cuneo viene trovato morto nella sua piscina, affogato. Le indagini puntano verso il suicidio ma l'analisi delle tracce porterà i carabinieri sulle tracce del figlio ventiduenne, che il padre riteneva solamente un incapace. Al RIS giungerà una nuova specialista: il tenente Anna Giordano, ingegnere informatico che verrà assegnata al reparto di dattiloscopia. I rapporti con Vincenzo De Biase, con il quale dovrà lavorare insieme, all'inizio non sono dei migliori, ma dopo aver risolto un'indagine su una ragazza disabile rimasta soffocata in un incendio doloso in un pub, i due cominciano ad andare più d'accordo.

Un bambino in bicicletta viene investito da un motociclista durante una corsa clandestina. De Biase e Testi assistono all'incidente e, quest'ultimo, viene accusato di lesioni da parte di un motociclista che aveva inseguito. Contemporaneamente, in una chiesa, a un parroco esplode il cero di una candela in mano costringendolo in ospedale dopo aver perso la mano. È il primo attentato di una lunga serie.

Durante un controllo stradale, il capitano Corsini viene coinvolto in una sparatoria dove perdono la vita un carabiniere e una vittima innocente. Corsini va in coma e le indagini si concentrano su tre conducenti di un porta valori sospettati di essere dei rapinatori e gli assassini del carabiniere. Ma, una volta rintracciati in un casolare, vengono trovati uccisi a colpi di pistola e i soldi scomparsi. Intanto, in ogni scena del crimine, i RIS trovano tracce di pelle di serpente. Intanto, al RIS arriva un messaggio intimidatorio dall'uomo delle bombe: "La prossima volta sarà molto peggio ..."

Una ragazza scompare, e un altro ragazzo muore a causa di un bastone di legno che gli è stato conficcato; apparentemente due casi separati, si riveleranno collegati tra loro: indagando sui due casi, si scopre che il ragazzo ucciso ha violentato la ragazza scomparsa, sotto gli occhi di due amici. Testi intanto si occupa della morte di un rapinatore, precipitato dal terzo piano mentre tentava un furto: le testimonianze dei padroni di casa rivelano che il rapinatore ha sparato e poi è caduto di sotto: ma sarà andata davvero così? Intanto l'uomo delle bombe colpisce ancora, causando la perdita di una mano ad un bambino. Ma c'è di più: a fine puntata De Biase ricompone la bomba scoppiata in mano al parroco e scopre che sull'involucro che conteneva l'esplosivo è inciso il nome di Venturi. L'uomo delle bombe ha lanciato una sfida al capitano.

Un tassista, un dirigente e un agente immobiliare, che non hanno alcuna relazione tra loro, vengono assassinati con una pistola calibro nove e, sulla scena del crimine, l'assassino lascia delle carte da gioco del poker. I RIS trovano sull'ultima scena del crimine un biglietto contenente una richiesta di riscatto: se non verrà esaudita, il killer continuerà ad uccidere.

Martinelli commette un'imprudenza rischiando di essere ucciso dal killer, che scappa mentre gli altri dei RIS raggiungono Martinelli assicurandosi delle sue condizioni. Intanto il killer fa un'altra vittima, e aumenta il prezzo del riscatto: se non verrà versato entro le 18 sul suo conto bancario, avverrà l'ennesimo omicidio; proprio alle 18 c'è un'importante gara di basket al palazzetto: il killer vuole colpire lì? Questa puntata è differente dalle altre poiché si svolge in due episodi, e perché volto, identità e azioni del killer ci vengono mostrate fin dall'inizio. Intanto viene arrestato un po' frettolosamente il presunto Uomo delle Bombe, ma Venturi non è convinto.

Una ragazza di 22 anni viene trovata in coma da overdose: i RIS cercano di rintracciare i suoi amici spacciatori, ma si scopre che sono stati assassinati. Le indagini si concentrano su un "piccolo chimico" che produce droghe e le dava a uno dei due spacciatori, non venendo però pagato. Potrebbe essere il movente dell'omicidio, ma sarà davvero lui l'assassino? Intanto un'infermiera viene trovata morta nella sua abitazione: principale indiziato è un carcerato, arrestato da De Biase diversi anni prima per una rapina a mano armata, che ha una relazione con l'infermiera trovata morta. Ma perché avrebbe dovuto ucciderla a un mese dalla scarcerazione? Sarà veramente lui il colpevole?

Una ragazza viene trovata all'interno del bagagliaio della sua auto, stuprata e strangolata. I RIS si mettono sulle tracce del maniaco che aveva adescato la ragazza via internet. Anna riesce a convincere l'uomo ad avere un appuntamento durante il quale rischia di essere violentata anche lei ma Venturi arriva in tempo per salvarla. Si scoprirà che Anna, a diciotto anni, aveva subito uno stupro. A fine episodio l'uomo delle bombe mette una bomba in un integratore di sali minerali per Venturi ma la bomba esplode in mano ad un'altra persona.

Una ragazza di Tricase, incinta di pochissime settimane, viene trovata con la testa fracassata da sette colpi di un oggetto contundente alla base di un casolare abbandonato. Il primo accusato sarà il ragazzo della vittima ma l'ipotesi sarà scartata quando lo si troverà impiccato ad un albero in un bosco. Intanto in un ospedale vengono rubate delle fiale di morfina e oppiacei. Subito la colpa ricade su un'infermiera ma l'ipotesi risulterà errata: la storia sarà motivo di tensione fra Davide e Francesca. Nel frattempo, a Tricase, si è scoperto che l'assassino è imparentato con la vittima e che il delitto è collegato ad un omicidio di diciotto anni prima. Per risalire all'assassino decideranno di esaminare il DNA a tutta Tricase dato che i compaesani erano legati da un isolato genetico. Perfino Venturi stenterà a credere ai suoi occhi quando scoprirà l'inimmaginiabile verità. A fine episodio vengono rinvenute tracce di saliva con il DNA del capitano sul nastro adesivo di un ordigno di Unabomber, l'Uomo delle bombe non smette mai di stupire.

Una bambina di nome Martina viene trovata morta in un bosco vicino a un peluche. L'autopsia stabilirà che è morta per sfondamento del cranio. Il pedofilo le aveva schiacciato la testa contro il terreno. La storia, particolarmente violenta, sarà motivo di tensione tra Venturi e Martinelli che, senza volerlo, distruggerà una prova di vitale importanza per accusare il fidanzato della sorella della vittima. A fine puntata l'uomo delle bombe invia un libro esplosivo alla procura per uccidere il procuratore Di Maio ma Venturi riesce a salvare l'uomo. Gli artificieri disinnescano la bomba, finalmente potranno scoprire quale innesco usa il dinamitardo.

Un rapinatore uccide un gioielliere a colpi di pistola durante una rapina finita male. Il rapinatore potrebbe essere lo stesso che ha investito Francesca dieci anni prima. Colpo di scena: Martinelli rassegna le sue dimissioni perché ritiene che Venturi lo tratti come un oggetto e non come una persona. Viene scoperto l'innesco che l'uomo delle bombe usa per far esplodere gli ordigni; è un bulbo per vecchie macchine fotografiche. E solo quindici persone a Parma le collezionano.

Venturi e De Biase sono vivi per miracolo. La casa dell'uomo delle bombe era una trappola, tredici bombe erano collegate e pronte a esplodere. Finalmente l'identità dell'uomo delle bombe è nota: si chiama Mario Samueli ma, nella cantina, dentro un box doccia, verrà trovato il cadavere di quest'ultimo avvelenato con del diserbante. Durante l'autopsia, la Morandi, trova all'interno dello stomaco dell'uomo un biglietto per il capitano con scritto: "24 luglio 2004....chi perderai oggi?". È un chiaro riferimento alla morte dei genitori di Venturi e al tenente Anna Giordano. La sfida finale è iniziata e dopo aver disinnescato una bomba in un centro commerciale e una in una scuola, i carabinieri si accorgono che la prossima bomba è dentro al RIS. Durante il sopralluogo in casa di Mario Samueli, infatti, avevano repertato una radiolina dove, all'interno, c'era la bomba. Venturi riesce a salvare il tentente Giordano all'ultimo secondo ma i laboratori rimangono distrutti. Sul luogo dell'esplosione, tuttavia, ritrovano uno smile...e Venturi capisce chi cercare. Fa visionare a De Biase i nastri di sorveglianza del centro commerciale e indica un uomo che lui aveva incrociato mentre si dirigevano all'interno. Quell'uomo aveva un portachiavi con uno smile.

Il generale Tosi, presenta al capitano Riccardo Venturi la nuova arrivata: il tenente Giogia Levi dal RIS di Cagliari,(Romina Mondello), psicologa specializzata in profili di serial killer, affiancherà la squadra del Ris di Parma nel caso delle bombe. Finalmente l'uomo delle bombe ha un volto: quello ripreso dalle telecamere del supermercato dove ha incrociato Venturi e dove in extremis il Ris ha evitato la strage. La Levi decide di ripartire dalle cassette, sperando di trovarvi un messaggio da parte del folle criminale: un'immagine sfocata di un portachiavi in mano all'uomo porta lei e il maresciallo De Biase ad un autonoleggio dove c'è una lettera per Venturi. Una sola frase ossessiva, che Giorgia cerca di decifrare come se fosse un indovinello...Nel frattempo, l'uomo delle bombe piazza qualcosa nella macchina del tenente Anna Giordano, la collega di cui Venturi è innamorato. Anna è triste perché avverte che Riccardo cerca di evitarla. Il caso a cui lavora Testi si rivela essere lo stesso che impegna il capitano Edoardo Rocchi della territoriale, Venturi e Martinelli e vede protagonista la testimone di un omicidio una giovane moldava, Anya, ricoverata sotto shock in ospedale. La ragazza ha assistito all'omicidio di un noto sfruttatore di prostitute, Giacomo Greco, avvenuto nel suo appartamento. Rocchi vuole arrestarla perché la ritiene colpevole ma Venturi la sottopone ad uno speciale test che conferma che Anya ha solo assistito ad un omicidio. La verità si scoprirà molto più scomoda: l'assassino è la madre di Anya che ha tentato di preservare la figlia dal mondo della prostituzione ed ha ucciso sia Greco sia Sergio Bonezzi. Intanto la Levi, anagrammando la frase scritta dall'uomo delle bombe, è arrivata a decodificare un nome, è quello di Anna Giordano. Anna sta per mettere in moto la sua auto, quando Venutri la raggiunge per spiegarle il suo strano comportamento. Il colloquio fra i due salverà entrambi: proprio in quel momento una telefonata di Martinelli avverte Venturi del potente ordigno che sta per farli saltare in aria...

Il Capitano Riccardo Venturi ed il Tenente Anna Giordano, proprio durante la dichiarazione del primo, si sono salvati dal potente ordigno piazzato dall'Uomo delle Bombe, il Serial Killer che ormai sembra aver preso di mira Anna. Gli artificieri disattivano ed estraggono la bomba, che consegnano al Maresciallo Vincenzo De Biase. Ma per Anna e Riccardo non c'è un momento di tranquillità: una chiamata d'urgenza dal Capitano della Territoriale li fa correre in una strada periferica, dove una ragazza è stata trovata cadavere, probabilmente vittima di un pirata della strada. Nel frattempo, il Sottotenente Davide Testi, il Tenente Fabio Martinelli e la nuova Tenente Giorgia Levi sono chiamati in un lussuoso albergo: la sera prima c'è stata una festa in maschera e, nell'ascensore, è stato rinvenuto il corpo pugnalato di una ragazza. Mentre Riccardo ed Anna scoprono che la ragazza frequentava spesso un suo amico meccanico, Fabio, Davide e Giorgia scoprono che alla festa, la vittima era con un ragazzo vestito da Frate, che risulta scomparso e diviene il sospettato numero uno. Quando il suo cadavere viene rinvenuto, però, i R.I.S. dovranno cercare altre tracce fin quando giungeranno al vero assassino: il barman della serata. Invece, l'assassino della ragazza si scopre essere un ragazzo di colore che, guidando un'auto, accidentalmente l'ha investita e, con l'amico della vittima, l'ha scaricata lì sull'asfalto, senza sapere che in realtà potevano salvarla: è morta due ore dopo... Invece, Vincenzo scopre, tra i resti della bomba, la scheda madre di una fotocopiatrice dei laboratori, cambiata un po' di tempo fa. Intanto, dagli Stati Uniti ritorna una Francesca guarita, in grado di camminare con le proprie gambe, che però comunica tristemente al padre e a Davide, non ha intenzione di intraprendere relazioni amorose per il momento e vorrebbe stare ancora un po' in America. Venturi si dichiara definitivamente ad Anna. I due vengono, però, interrotti da Vincenzo che comunica altre informazioni riguardanti la bomba: il tubo di una lavatrice presente solo in una zona di Parma. Venturi si precipita lì: nella casa non trova nessuno, quando vede l'Uomo delle Bombe attraversare il vicolo. Il Capitano entra in casa e punta la pistola in faccia all'assassino: è in arresto.

In seguito al suo arresto Luca Grassi (Leonardo Treviglio), sospettato di essere l'uomo delle bombe, rivendica la propria incredulità ed innocenza ai RIS. Il procuratore Di Maio (Diego Ribon) invita il Capitano Venturi (Lorenzo Flaherty) a fornirgli prove concrete entro 48 ore, pena il rilascio di Luca Grassi. Intanto il Capitano Rocchi (Paolo Maria Scalondro) convoca i colleghi del RIS dove è avvenuta una rapina in una villa, in cui sono stati imbavagliati e legati i padroni di casa con i loro figli; ma il figlio piccolo è morto per asfissia. I ladri hanno poi forzato e svuotato la cassaforte. I ladri vengono subito individuati, confessano il furto ma negano di aver imbavagliato i ragazzi. Si scoprirà poi che il figlio piccolo è stato soffocato per errore dalla sorella, che per evitare che le sue urla attirassero i ladri, gli ha tappato la bocca con un maglione.

Mentre Venturi indaga sul rapimento di una bambina, Testi e De Biase indagano sulla morte di un pregiudicato, ucciso in un sex club, mentre stava godendo lo spogliarello di una ragazza di nome Mara. Venturi scopre che l'idea del rapimento della bambina è dello zio di quest'ultima, che ha ucciso suo cognato per ingannare la nipote. Invece Testi e De Biase scoprono che a uccidere un pregiudicato è stata una collega di Mara per vendetta. Dopo il caso Testi e Mara finiscono a letto insieme. Anna nel giorno del suo compleanno è vittima dell'ennesimo tentativo omicida dell'uomo delle bombe e stavolta il bersaglio è lei e riuscirà ad ucciderla tra le braccia del capitano, questa volta l'uomo delle bombe ha inviato un messaggio facendo finta di essere Venturi e ha fatto recapitare un pacco con una giostra giocattolo con all'interno un bracciale dove ha innescato dentro del veleno facendo così morire il tenente Giordano e portando via la persona più importante del Capitano Venturi

Venturi, distrutto dalla morte di Anna, non se la sente di seguire le indagini e si reca in Veneto per indagare sulla scomparsa di un parroco. Nel frattempo nella sede di Parma, De Biase e Testi si occupano di analizzare la scena del crimine e gli oggetti che Anna ha toccato prima di morire, secondo il medico legale, infatti, è il contatto con un oggetto avvelenato la causa della sua morte. In Veneto Venturi scopre che il prete scomparso è morto, e con l'aiuto di Vincenzo riesce a risolvere il caso: i sospetti ricadono in un primo momento su un ragazzo che ce l'aveva con il parroco poiché quest'ultimo aveva messo incinta la sua compagna, ma successivamente si scopre che i due hanno solo litigato violentemente ma la morte del prete non è un omicidio bensì una terribile disgrazia; il prete infatti sale nella torretta per riparare la campana ma la ringhiera si rompe e lui precipita nel vuoto. L'episodio si conclude con il funerale di Anna Giordano, presenti tutti i suoi colleghi per l'ultimo saluto.

Un sessantenne viene trovato morto nel fiume Adda avvolto nel sacchetto di plastica i RIS credono che la sospettata è la moglie ma quest'ultima viene trovata morta anche lei. Venturi torna sul luogo in cui è morta Anna in cui vengono trovati i frammenti di vetro del carillon che Anna ha fatto cadere a terra prima di morire, sull'oggetto potrebbero trovarsi le impronte dell'uomo che ha ucciso Anna. La Levi intanto scopre che l'assassino dei coniugi è il figlio che ha ucciso il padre poiché questo aveva avuto una relazione con la sua ragazza. Venturi scopre che i frammenti di vetro che cerca si trovano sui suoi vestiti, sono rimasti attaccati quando teneva stretto tra le braccia il corpo ormai senza vita della donna che amava, così il capitano si sente in colpa per aver contaminato la scena del crimine. Una volta ricostruiti i pezzi e le impronte Venturi non ha dubbi, è stato Luca Grassi ad aver ucciso Anna, ma Vincenzo trova un messaggio nella segreteria da cui è partito l'sms per Anna, registrato dopo l'arresto di Luca Grassi, non può essere lui l'assassino, anche se secondo Riccardo non è possibile. Rianalizzando le impronte nota che quella di Grassi è speculare rispetto a quella trovata sul carillon, solo i gemelli monozigoti hanno le impronte speculari, Luca Grassi ha un fratello, è lui il vero assassino di Anna e non quello che si trova in carcere.

Una ragazza con cui Testi aveva una relazione viene trovata morta strangolata a casa sua e Testi viene in un primo momento sospettato di omicidio ma in realtà il colpevole è il proprietario del locale che la ragazza frequentava. Nel frattempo Martinelli e la Levi si occupano di un caso di un istruttore di tango morto in modo sospetto, i sospetti ricadono sulla moglie gelosa, ma le cose sono andate in maniera molto differente. Alla fine dell'indagine Giorgia e Fabio finiscono col fare l'amore. Venturi continua ad indagare sulla morte di Anna e grazie ad una trappola tesa grazie ai giornali, riescono ad ascoltare la voce del vero uomo delle bombe, il fratello gemello di Luca Grassi.

La puntata si apre con un rapporto sessuale, nella camera di un residence, tra una matura professoressa universitaria ed un suo giovanissimo studente. La donna è a cavalcioni su di lui, nella posizione dell'amazzone, e la ripresa indugia sui suoi giganteschi seni, prima che lei abbia un orgasmo. Il ragazzo eiacula, mentre la donna si china su di lui per baciarlo. Fuori, sotto una pioggia scrosciante, un uomo fuma una sigaretta dopo l'altra: è il marito della professoressa, consapevole del tradimento in corso ma incapace di agire. Il giorno dopo, lo studente è rinvenuto cadavere. La donna da tempo aveva intrecciato una relazione clandestina con il ragazzo e i carabinieri in un primo momento ipotizzano che se ne sia sbarazzata a causa dei crescenti sospetti del marito e del figlio. Si scoprirà essere quest'ultimo l'assassino del ragazzo, motivato dalla volontà di punire la coppia di amanti. Intanto Grassi elude la sorveglianza e si reca alla diga, lì trova suo fratello gemello, l'uomo delle bombe. Venturi e la sua squadra si recano così alla diga e la circondano, l'uomo delle bombe non ha scampo e così si getta nella diga. Sarà davvero morto?

Un uomo viene trovato carbonizzato nel bagagliaio di un'auto guidata da un ladro, l'uomo era stato accoltellato e poi bruciato, si tratta di un professore universitario. I Ris indagano sull'accaduto, poco dopo anche una tossicodipendente viena trovata morta accoltellata e con la faccia mezza carbonizzata, nella stessa giornata la sera un uomo viene trovato morto con la stessa tecnica e la stessa bruciatur

Due allievi della prima vittima vengono trovati morti e Venturi scopre che il serial killer è il collega della prima vittima. Nel frattempo il pm vuole archiviare il caso dell'uomo delle bombe certo che sia morto quando si è lanciato dalla diga nel vuoto, ma Riccardo non si dà pace anche perché il suo corpo non è stato ritrovato, tra mille dubbi chiude il caso.

Una rapina al supermercato è andata male con una guardia giurata e un rapinatore uccisi e il secondo ferito. I Ris indagano sull'accaduto scoprendo che è stato un rapinatore a uccidere il suo complice per poi scappare con la refurtiva. Viene ritrovato il covo dei rapinatori con gli ultimi due rapinatori uccisi e si scopre che la donna del supermercato,la loro complice, ha poi ucciso il rapinatore ferito per scappare con i soldi. Intanto De Biase e Martinelli seguono il caso della morte di fotomodello ucciso dalla scossa elettrica. Testi risponde ad una telefonata della madre di Martinelli ed è costretto ad informare il collega della morte del padre da tempo malato.

Il RIS viene coinvolto nell'indagine che riguarda una giovane studentessa violentata nel proprio appartamento. L'ex fidanzato della vittima viene sospettato dello stupro, ma durante l'interrogatorio arriva la notizia di un'altra aggressione ai danni di una ventenne. Venturi con la Levi indagano e scoprono il vero responsabile che però muore nell'ufficio di Riccardo dopo che quest'ultimo lo ha aggredito durante l'interrogatorio dopo che l'uomo ha confessato le due violenze. Nel frattempo Testi e De Biase seguono il caso di Placido, un uomo il cui corpo è stato trovato su un autobus con il cranio sfondato. Le indagini portano presto a sospettare dei due fratelli della vittima, che lo hanno ucciso per impossessarsi di una sua recente vincita al Superenalotto. Venturi rientrato a casa trova uno smile nel bagno.

Un infermiera viene trovata morta nel suo ufficio mezza nuda. Giorgia e Fabio indagano sul caso e scoprono che la colpevole è un'altra infermiera da tempo innamorata della collega ma respinta. Intanto Venturi indaga su un smile che l'uomo delle bombe aveva gettato per terra prima di lanciarsi dalla diga e che Riccardo ha trovato appeso allo specchio del suo bagno. Venturi è ossessionato dall'uomo delle bombe nonostante tutti continuano a ripetergli che è morto e così fa analizzare minuziosamente casa sua e il suo ufficio senza trovare nulla. Il generale Tosi decide che è meglio per il capitano andare in licenza fin quando non si sarà calmato.

I due componenti di una setta sono stati trovati morti e hanno a che fare con una ragazza scomparsa, si occupano del caso Testi e Martinelli che è momentaneamente diventato capitano al posto di Venturi. Intanto la Levi e De Biase indagano su un caso di suicidio di un commercialista. Venturi torna alla diga e analizza un pezzo di silicone trovato lì. Adesso ha la prova che l'uomo delle bombe è vivo, si è lanciato con un giubbotto di silicone dalla diga e quindi è sopravvissuto. I suoi colleghi non gli credono e lui glielo dimostra lanciandosi allo stesso modo dalla diga.

Mentre la squadra è alle prese con due casi di omicidio, Riccardo vuole interrogare il gemello dell'uomo delle bombe, l'unica persona che può portarlo a lui. Luca Grassi viene convocato ma poco dopo che lascia il Ris Riccardo e Vincenzo si rendono conto che avevano davanti l'uomo delle bombe e non il fratello gemello. Riccardo va a casa di Luca Grassi ma ne nasce un conflitto a fuoco. Quando i Ris arrivano trovano l'uomo ucciso e il capitano a terra ferito.

Il comando generale manda un nuovo capitano a capo della squadra poiché Venturi è troppo coinvolto sul caso. La squadra però disobbedendo agli ordini del nuovo capo continua ad indagare sull'omicidio di Grassi e prova l'innocenza di Riccardo. L'uomo delle bombe infatti ha teso una trappola a Venturi, lo ha ferito, anestetizzato e così ha avuto il tempo di prendere il fratello che da tempo teneva prigioniero, ucciderlo con la mano di Riccardo per far ricadere la colpa su di lui. Nel garage del palazzo Riccardo trova più di un centinaio di bombe pronte ad esplodere, ma riesce a disinnescarle mentre l'uomo delle bombe scappa di nuovo. Il capitano lo trova, lo insegue e durante l'inseguimento lo spietato criminale va a finire con la macchina addosso ad un camion. Il capitano gli salva la vita tirandolo fuori dalla macchina che stava per esplodere. Finalmente l'uomo delle bombe è al Ris, faccia a faccia con il capitano. Gli confessa però di aver messo un'ultima bomba, in un luogo pubblico, è una corsa contro il tempo, sta ai Ris trovarla prima che faccia una strage. Analizzando i vestiti e il corpo dell'uomo delle bombe capiscono che l'ordigno si trova nella fontana dove è morta Anna. Arrivati sul posto trovano una sacca che però è vuota, contiene solo l'ultimo messaggio per il capitano. L'uomo delle bombe vuole provare a suicidarsi ma Riccardo riesce a impedirlo.

Una rapina ad una gioielleria finisce nel sangue con la morte di una guardia giurata e il ferimento di un'altra. Il Reparto Investigazioni Scientifiche viene chiamato a dare un volto ai due rapinatori. Durante le indagini Giorgia Levi viene ferita gravemente. Contemporaneamente, a Bologna, Venturi partecipa al processo contro l'uomo delle bombe dove conosce una giornalista, Daria di Giacomo, che cerca di intervistarlo sul killer seriale per scrivere un libro, e lo psichiatra che ha certificato che l'uomo delle bombe era perfettamente in grado di intendere e di volere. Nella periferia di Parma, intanto, un uomo in tuta e cappelletto bianco rapisce una giovane donna. L'uomo delle bombe viene condannato all'ergastolo.

Un dodicenne scompare vicino a casa sua e, pochi giorni dopo, verrà trovato cadavere ai margini di un fiume; avvolto in un sacco della spazzatura. I sospetti ricadono sul vicino di casa della famiglia, un falegname con l'hobby della fotografia. Nel frattempo, Venturi, riceve un pacco dove, all'interno, è conservato un dito umano troncato di netto con un bisturi e con un anello. Dopo accurate indagini si scopre che l'arto è di una donna, scomparsa da pochi giorni. Nella villetta dove abitava troveranno un DVD lasciato dal rapitore sul quale è inciso il video di un uomo che tortura la probabile vittima. Attraverso l'analisi di una larva rinvenuta sul luogo del rapimento, i RIS giungono in un bosco di pioppi dove verrà trovato il corpo della donna seppellito sotto terra.

I RIS cercano di scoprire l'identità del misterioso uomo che ha ucciso una donna facendola morire di inedia. Sulla scena del crimine viene rinvenuto anche uno scheletro femminile al quale Venturi e Giorgia cercano di dare un'identità. Francesca, nel frattempo, porta in caserma un immigrato con la maglietta sporca di sangue. Le indagini sull'immigrato li porteranno alla scoperta del cadavere del cugino di quest'ultimo. Dall'autopsia, la Morandi stabilisce che l'uomo è morto per soffocamento a causa di due colpi letali sferrati con molta tecnica e in rapide successione al naso e alla trachea. I colpi avevano a un blocco dei flussi di respirazione e alla successiva morte. Negri e Testi indagheranno sul mondo delle arti marziali per scoprire chi ha assassinato con tanta ferocia quel povero ragazzo.

Il Reparto Investigazioni Scientifiche viene chiamato ad esaminare una scena del crimine atipica in un appartamento. Vi sono infatti vistose presenze di sangue su tutte le superfici ma nessun cadavere e nessuna arma del delitto. Il corpo della vittima, un pregiudicato per violenza carnale, viene rinvenuto in un cantiere solo successivamente. Il delitto potrebbe essere legato ad un caso di stupro in branco avvenuto otto anni prima. Contemporaneamente, Venturi intreccia una relazione prettamente fisica con la giornalista Daria di Giacomo.

I Ris di Parma indagano sull'omicidio di una ex infermiera costretta a prostituirsi per pagare i debiti del defunto marito. Chi l'ha uccisa un usuraio o un cliente? La causa di morte sembra evidente: perforazione della carotide con la punta di un trapano. Ma alcuni lividi sulle braccia raccontano anche qualcos'altro. La figlia di un deputato viene trovata soffocata nella sua macchina alla periferia di Parma. Ha diciotto anni, è mora con gli occhi azzurri, come Giada Maccese (Delitto in facoltà). Venturi crede ci sia in circolazione un nuovo serial killer.

Corsa contro il tempo per salvare la vita a Daria di Giacomo che è stata rapita dal nuovo serial killer. Venturi darà tutto se stesso prima che la sua donna muoia di stenti. Contemporaneamente Vincenzo e Testi si occupano dell'omicidio per accoltellamento di Orsola Lombardi, una psicotica. Accanto al corpo, i carabinieri del primo intervento hanno trovato un ragazzo, Francesco, ossessivo compulsivo, completamente sporco di sangue.

Michela Torre, una bambina di nove anni rapita la sera prima, viene ritrovata da due nuotatori sulle rive di un fiume con una profonda ferita alla testa che le ha causato una emorragia. Trasferita a terapia intensiva, i medici riescono a salvarla e i RIS iniziano a indagare per scoprire il rapitore. La bambina soffriva del morbo di Von Willebrand, una rara malattia genetica che le aveva trasmesso uno dei genitori. Ma ne il padre ne la madre erano portatori sani. La soluzione del mistero si potrebbe celare in complesse analisi del DNA. Venturi, nel frattempo, decide di interrogare Unabomber in carcere sul nuovo serial killer ma nessuno è d'accordo con lui.

Venturi è gravemente ferito dall'esplosione di un ordigno, avvenuta di fronte alla casa della sua amante Daria, uccisa dal serial killer sul quale lui e la Levi stanno indagando. La collega rifiuta la proposta del generale Tosi: non vuole sostituire Venturi, si sente inadeguata. Testi è costretto a prendere il comando del RIS, ma solo fino a quando il capitano non si sarà ristabilito. Venturi viene ricoverato per essere operato d'urgenza ma rimane in coma per due settimane. Durante la sua permanenza un uomo con una maschera bianca verrà a trovarlo nella sua stanza d'ospedale, è il nuovo serial killer che gli rilancia la sfida. Vincenzo e Francesca, nel frattempo, si occupano della morte per dissanguamento di un "bullo" del liceo, Maurizio, trovato morto dal padre ubriaco.

Il capitano Fabio Martinelli torna a Parma per assistere Venturi che è appena stato operato al cuore. In un magazzino, nel frattempo, viene rinvenuto il corpo carbonizzato del figlio di un esponente mafioso di Cosa Nostra. Il secondogenito, invece, risulta scomparso ma il padre non vuole aiutare i carabinieri a ritrovarlo.

Una ragazza di diciassette anni, dopo essere stata stuprata selvaggiamente in casa sua, dalla vergogna, decide di suicidarsi buttandosi dalla finestra del quinto piano. Durante l'indagine, un'altra ragazza verrà stuprata e i due casi sono collegati ad altri cinque. Inizia la caccia ad uno stupratore seriale particolarmente sadico che utilizza la linea degli autobus per trovare ragazze da violentare. Nel frattempo Venturi, appena dimesso dall'ospedale, torna in servizio e cerca di scoprire se ci possa essere un effettivo legame tra l'uomo delle bombe e il nuovo serial killer, che lo emula. Per questo, attraverso una mini-telecamera, cerca indizi rilevanti all'interno della cella del dinamitardo seriale.

Una veggente denuncia al capitano Rocchi la morte di una sua cliente e gli dice di cercare il corpo in fondo ad un lago. Effettivamente, dopo lunghe ricerche da parte dei subacquei, viene rinvenuto il corpo di una donna all'interno di una macchina. L'autopsia stabilirà che il decesso è dovuto al soffocamento. Qualcuno le aveva premuto un cuscino da divano sulla bocca occludendole le vie respiratorie. Intanto Venturi e De Biase sono alla disperata ricerca di quella che sembra essere la prossima vittima del killer seriale: una giovane ragazza ripresa dall'alto, in un punto imprecisato della città. Tuttavia i Ris scoprono di essere stati messi su una falsa pista, e quando scopriranno la vera prossima vittima del killer......avranno una brutta sorpresa!

Un chimico viene trovato assassinato alla rimessa dei treni. Secondo le informazioni in possesso al ROS, il ragazzo era un infiltrato in una cellula terroristica serba che, recentemente, aveva minacciato ritorsioni terroristiche in Italia se il loro capo non fosse stato rilasciato. Inizierà una corsa contro il tempo per fermare gli attentati.

Dopo otto anni si sta per concludere il processo per l'omicidio e lo stupro di una facoltosa donna trovata assassinata in casa sua. Venturi, convinto dalla madre dell'imputato, decide di riaprire il caso ed esaminare nuovamente tutte le prove. Secondo lui le indagini si sono svolte in una sola direzione. Contemporaneamente Vincenzo, Francesco e Francesca si occupano della morte per overdose da epo di un calciatore.

Francesca si sveglia in un luogo sconosciuto. È stata rapita dal serial killer mentre andava dallo psichiatra Carlo Vasari per elaborare un profilo psicologico. Per tutti inizia una corsa contro il tempo. La ragazza, infatti, rischia di morire di inedia come tutte le altre.

Il Generale Tosi sospende Vincenzo dalla ricerca di sua figlia e al suo posto va un nuovo tenente: Giovanni Rinaldi. I due indagheranno sulla morte di un corriere di droga che aveva contratto una letale malattia infettiva. Durante l'esame del cadavere, la Morandi contrarrà il pericoloso virus.

L'identità del serial killer è stata svelata. È Carlo Vasari, lo psichiatra che ha stilato il profilo psicologico dell'uomo delle bombe. Dopo un colloquio con quest'ultimo, Venturi capisce che Francesca potrebbe trovarsi sulla scena del crimine dov'era stato trovato il corpo della fidanzata della sorella di Vasari accusata dell'omicidio dal capitano. Nella casa del delitto, però, c'è solo il serial killer ad aspettarlo, che spara a Vincenzo (che si era recato lì prima di lui) e ingaggia una violenta colluttazione col capitano. Dopo una lotta molto acrobatica, Vasari stende a terra Venturi ma, proprio mentre lo sta per uccidere puntandogli la pistola contro, De Biase, benché ferito, riesce a salvare in tempo il Capitano, ferendo Vasari con un colpo di pistola al petto. Ma Francesca ancora non si trova e Vasari è in coma.

Ultima sfida. Ritrovare la piccola Francesca prima che il botulino che le ha iniettato Vasari la uccida. Venturi sarà costretto a rilasciare Unabomber che è l'unica persona con la quale Vasari voleva parlare e confessarsi.

Il capitano Venturi (Lorenzo Flaherty) si trova coinvolto nell'omicidio di un professore universitario di medicina legale, suo caro vecchio amico. L'ambientazione di questo primo episodio ricorda molto il caso di Marta Russo. Le indagini si fanno più torbide quando Venturi scopre che il professore ricattava alcune studentesse per ricevere favori sessuali. Le ragazze accettavano soprattutto per avere la laurea facile in cambio di queste prestazioni. Una ragazza era rimasta incinta ed era stata costretta ad abortire. Il fidanzato, ex membro della brigata folgore, aveva quindi deciso di assassinare il docente. Contemporaneamente Rinaldi, Negri, De Biase e Ghirelli si occupano della morte sospetta per annegamento di una ragazza diciottenne, mora con gli occhi azzurri, trovata nuda nella vasca da bagno del suo nuovo appartamento.

La squadra è divisa su chi crede e chi no al nuovo serial killer che colpisce ragazze diciottenni, more con gli occhi azzurri. Il capitano Venturi è quello che crede fermamente a questa ipotesi. Saranno gli sviluppi delle indagini a chiarire se è in azione un nuovo seriale. Nel frattempo De Biase, Rinaldi e Ghirelli si occupano dell'incidente autostradale in cui è rimasto ucciso un padre e il figlioletto si salva per miracolo. Ma le indagini svelano ben altro. Francesca e Daniele indagano sulla morte di una cinquantenne casalinga ritrovata con una penna a sfera piantata in un occhio.

Questo episodio è tratto da un fatto di cronaca nera avvenuto veramente nell'estate 2006 (Hina). Una ragazza pakistana viene trovata seppellita vicino ad una ferrovia imbragata e rivolta a sud est (verso la Mecca). L'autopsia non lascia dubbi. È stata assassinata a colpi di forbice e poi lavata con del sapone neutro. I genitori l'avevano ripudiata perché aveva deciso di vivere all'occidentale e sposare un ragazzo italiano. Alle indagini lavorano Francesca e Ghirelli e i sospetti si concentrano sulla famiglia di lei e sul ragazzo pakistano che avrebbe dovuto, secondo il padre, diventare il marito della ragazza. Intanto il seriale colpisce ancora, un'altra ragazza di Torino viene trovata morta, impiccata ad un albero in un parco pubblico. La notizia arriva alla stampa per una parola di troppo di Ghirelli. Venturi e Tosi tengono una conferenza stampa per calmare le acque.

La stampa ha divulgato la notizia del serial killer e tra la gente è scoppiata la psicosi. Un borseggiatore, a Milano, in metrò, viene preso a botte e muore in ospedale. Intanto Giovanni, Francesca e Vincenzo si occupano di un cadavere scomparso nell'obitorio poco prima dell'esame autoptico.

Il mostro delle diciottenni ha colpito ancora ma stavolta, sul corpo della vittima, la Morandi trova una macchia di sangue dell'assassino. In laboratorio gli scienziati forense esaminano il DNA e il contenuto del sangue. All'interno ci sono tracce di un farmaco antipsicotico in via sperimentale che, a Parma, viene usato in un solo istituto per l'igiene mentale. Il mostro delle diciottenni potrebbe essere uno psicotico autolesionista.

Il mostro delle diciottenni ha colpito ancora rapendo una ginnasta della nazionale ma lasciandosi dietro un testimone che però non riesce a ricordare nulla. Sul luogo del rapimento vengono trovate tracce di terriccio e uova di larva che si devono ancora schiudere. Potrebbero servire per identificare il luogo dove è tenuta la vittima. Una donna di cinquant'anni, cara amica di Rocchi, è stata assassinata dalla 'ndrangheta perché si era ribellata alle estorsioni. Verità scottante. La ragazza è viva ma legata ad un tubo di una diga che, alle quattro in punto, sarà invaso dall'acqua del canale.

I carabinieri riescono a identificare il mostro tramite tracce di una crema vaginale utilizzata dai ginecologi. Rocchi svolge una ricerca e scopre che le vittime erano in cura da uno stesso ginecologo il quale, si scoprirà, aveva una perversione per la pornografia di ragazze minorenni. Dopo essere stato arrestato si suiciderà in carcere con grande sgomento di tutti soprattutto di Venturi che aveva iniziato a dubitare della sua colpevolezza. Nel frattempo il maresciallo De Biase, il tenente Negri e Francesca indagano sulla scomparsa di un ragazzo tossico che viveva in una comunità che verrà ritrovato cadavere immerso in una colata di cemento solidificato.

Rapina in banca finita male. Una guardia giurata viene uccisa, un rapinatore fugge e l'altro rimane ferito e decide di prendere in ostaggio la Morandi per farsi medicare che, in quel momento, si trovava in banca per un prelievo. Per tutti inizierà una corsa contro il tempo per salvare la vita del medico legale.

Un vecchio amico di Ghirelli, Marco, un hacker informatico conosciuto nel suo ambiente come "il ragno", viene assassinato brutalmente per un software che aveva nascosto. Per la prima volta gli scienziati forensi si troveranno a indagare nello squallido mondo dei crimini informatici che ha condotto all'orrido omicidio.

Grazie alle dichiarazioni di un pentito viene ritrovato il corpo di Manuel, un bambino di dieci anni rapito e assassinato due anni prima. Al collo del piccolo, però, viene rinvenuta la collanina che i genitori avevano regalato a Giovanni e al fratello per la prima comunione. Inoltre, esaminando il proiettile che ha ucciso il bambino e comparandolo con quello della pistola con cui si è suicidato il fratello di Rinaldi, si scopre che l'arma è la stessa. Per Rinaldi sarà una questione personale cercare di chiarire le cose.

La tregua con il mostro delle diciottenni è finita e il maniaco ha rapito niente meno che Chiara Marini, la figlia del ginecologo sospettato di essere il fantomatico mostro. Il serial killer l'ha rinchiusa in un luogo simile ad una cantina e la filma con una videocamera che trasmette il messaggio anche alle televisioni. Tramite l'aiuto del capitano Venturi e dei suoi la ragazza riuscirà a fuggire ma il maniaco riuscirà a recuperarla e a ucciderla pugnalandola. Per Venturi diventa una questione personale e userà tutte le proprie risorse per arrivare alla cattura del mostro che risulterà essere Tommasi, il giovane collaboratore del dottor Marini addetto alla reception. Ghirelli riesce a rintracciare il segnale del telefono del maniaco e a raggiungere la cantina in cui si trova prima di lui ma lì incontrerà il presunto serial killer che lo costringerà a ucciderlo. Verrà accusato di omicidio colposo ma successivamente scagionato.

Ghirelli viene fatto uscire dalle indagini e Rinaldi deve cercare di capire chi ha sparato per primo. Se Ghirelli ha ucciso il serial killer per legittima difesa sarà di nuovo integrato altrimenti dovrà essere processato. Brutta giornata per i De Biase che, durante il ritiro di un vaglia, all'interno delle poste, saranno testimoni oculari della dispersione di una polvere bianca all'interno di una scatola. La polvere potrebbe essere antrace o un virus simile. Venturi e la Levi lotteranno contro il tempo per identificare il misterioso virus. L'azione potrebbe essere un attentato terroristico biologico.

Venturi e la Levi si recano in Corsica per esaminare lo scheletro di un legionario la cui vera identità potrebbe essere quella di un ragazzo che, otto anni prima, insieme a un suo compagno, violentò e uccise a bastonate una ragazza di quindici anni dopo averla adescata all'uscita di scuola. Il caso è in parte ispirato alla storia di Andrea Ghira, uno dei tre massacratori del Circeo. L'esame del DNA mitocondriale (quello nucleare era distrutto) comparato con quello della madre del presunto legionario risulta essere lo stesso. Il misterioso legionario sembra essere quindi morto ma qualcosa nell'analisi dei campioni non quadra... A fine episodio Venturi bacia la Levi che contraccambia con altrettanta passione. Successivamente il capitano si reca alla trasmissione televisiva "Matrix" dove incontra Enrico Mentana e, davanti a milioni di telespettatori, si assume le colpe della morte del dottor Marini e della figlia annunciando che ha rassegnato le dimissioni dall'Arma.

Una palazzina incendiata nasconde un orribile eccidio. Cinque vittime di cui una è un bambino di due anni. Un solo sopravvissuto che non ha visto e non ricorda nulla. Il caso è ispirato alla strage di Erba, una delle più orribili mattanze della recente cronaca italiana, ma ambientata nelle vicinanze di Parma e con nomi ovviamente diversi. Nel frattempo la Levi conduce le indagini sul mostro delle diciottenni. Tosi ha costretto Venturi a ritirare le dimissioni e lo ha messo in licenza per un paio di settimane. Il capitano ha affittato un appartamentino in un borgo medievale. Nel frattempo si è arrivati alla conclusione che il mostro delle diciottenni è ancora in circolazione e che Tommasi era solo una personalità sottomessa che, molto probabilmente, aveva eseguito i delitti. Ci si trova di fronte quindi ad un serial killer che agisce da "mente superiore" e uno da "braccio". Tommasi era chiaramente affascinato dalla personalità del mostro e si lasciava manipolare psicologicamente per compiere gli omicidi.

Una giovane artista viene trovata morta nel suo studio, completamente nuda e sporca di sangue. La ragazza era bisessuale e aveva rapporti con una critica d'arte e con il direttore del museo che saranno i primi sospettati. Francesco e Francesca si occupano del caso di un motociclista spericolato che causa incidenti stradali, guidando la sua moto ad altissima velocità. Intanto il Capitano Venturi, tornando a casa, trova il cadavere di una vittima del Serial Killer come segno di sfida.

Durante le prove per uno spettacolo un trapezista cade da un'altezza di diverse decine di metri spiaccicandosi al suolo. Sembra uno sfortunato incidente ma dall'analisi della scena del crimine e dai risultati dell'autopsia si scoprirà che l'uomo era stato avvelenato con del cianuro mischiato alla polvere che usano i trapezisti per avere una presa migliore. Nel frattempo si scoprirà che la vittima era una suora di diciotto anni con i capelli scuri e gli occhi azzurri. La causa della morte è imputabile alla rottura tramite rotazione del collo della vittima. Venturi raggiunge il monastero dove la ragazza è stata rapita e nella cappella viene trovata un'impronta digitale di Ghirelli. Potrebbe essere lui il mostro delle diciottenni?

Ghirelli è sospeso ma, quest'ultimo, riesce a dimostrare di essere innocente. Il mostro ha rilevato le sue impronte da qualche superficie, le ha scannerizzate e stampate su foglio lucido per poi applicarle sul porta candele. Nel frattempo, Francesca e Giorgia indagano sull'omicidio di un barbone violinista trovato morto in un barcone: si scoprirà che Campana (il barbone) stava cercando di salvare una ragazza, di aspetto simile alla sua moglie deceduta, da uno stupro: a quel punto lo stupratore della ragazza ha ucciso il violinista e ha caricato il suo corpo senza vita sul barcone. Intanto sui vestiti dell'ultima vittima del mostro vengono rinvenuti residui di terra rossa dei campi da tennis che li conduce ad un centro abbandonato dove, nascosto da un tombino, viene trovato il laboratorio del mostro e la camera delle torture insieme ai macchinari per bonificare la scena del crimine. Su un tavolo, inoltre, viene rinvenuto il bicchiere dal quale il mostro ha preso le impronte di Ghirelli. All'interno ci sono tracce di un farmaco antidolorifico che Ghirelli ricorda di aver consegnato al testimone oculare del terzo rapimento: l'artista Castaldi e fidanzato di Giorgia.

Venturi e la squadra, tramite le prove raccolte nel laboratorio del mostro, sono giunti alla conclusione che il serial killer è Castaldi, il fidanzato di Giorgia, che in realtà si chiama Andrea Gandin e uccide per vendicare la morte della sua ragazza avvenuta dieci anni prima. Giorgia, tuttavia, è ancora nelle mani del mostro e inizierà una corsa contro il tempo per salvarla. Ma qualcosa in questa storia non è ancora chiara... Intanto si indaga sulla morte di una donna avvenuta in un centro benessere a causa di una fuga di gas. La donna era in vacanza con il marito e una coppia di amici.

Per fermare Gandin, Venturi e la Levi rischiano la vita. Verranno sequestrati dal criminale e nascosti in una centrale eolica dove c'è un ordigno pronto a esplodere. L'unica soluzione è una loro importante decisione ma un'altra ancora più importante si verificherà quando si dichiareranno. Alla fine i due colleghi riescono a salvarsi e i RIS riescono a bloccare il Killer che prova a togliersi la vita durante la fuga.

Tornati dalle vacanze Venturi, Levi, Rinaldi, Ghirelli e De Biase rincominciano a lavorare ma prima di iniziare arriva un nuovo tenente Flavia Ayroldi, scelta per la conoscenza degli insetti. Ma appena dopo la presentazione arriva una chiamata: una ragazza morta in un bosco incinta di poche settimane. Dopo varie prove si scopre che sono stati tre e che fanno parte di una setta, probabilmente satanica.

Un parroco viene ritrovato morto insieme ad una delle ragazze ospiti della comunità di recupero che dirigeva. La posa in cui vengono ritrovati fanno supporre gli inquirenti che il prete abusasse sessualmente della ragazza e questo fa indignare il generale al comando del R.I.S. che chiede a Venturi di far luce sul caso al più presto. Dopo severe indagini e vari depistaggi avvenuti anche a causa di coinquilini della comunità in cerca di notorietà, la squadra viene a capo delle indagini. Scopre che la responsabile dei delitti è una ginecologa,fresca di laurea che faceva servizio di volontariato. Al momento dell'arresto della donna, si fa sempre più evidente la presenza di una setta diabolica. Infatti mentre viene portata via si divincola e prima di suicidarsi dichiara che non fermeranno la setta.

I Ris si occupano della morte di un ex-campione regionale per quanto riguarda il tiro a segno con armi da fuoco. La sua morte si rivelerà legata ad un altro omicidio avvenuto anni prima. Nel frattempo arriva da Milano la dottoressa esperta di sette come richiesto dal procuratore Di Maio: prima di essere congedata da Venturi, esprime la sua convinzione che non si tratti di una setta satanica, bensì di persone a loro giudizio superiori alle altre. Nel frattempo muore la madre di Michele Siciliano per un infarto legato alle precedenti vicende del figlio. Al suo funerale sarà presente anche (sempre controllato dai carabinieri) lo stesso figlio Michele, il quale viene convinto dal padre avvocato a costituirsi e a confessare tutto al capitano Venturi, ma nel finale dell'episodio i Carabinieri trovano il giovane Michele morto (viene infatti mostrato precedentemente un altro membro della setta di Michele inseguirlo).

I RIS si occupano di un complicato omicidio avvenuto nell'ambiente dell'alta moda. Intanto Venturi, durante le indagini sui due delitti collegati fra loro, cerca di capire con che tipo di setta hanno a che fare: grazie ad un indizio lasciato dal defunto Michele, il capitano trova un misterioso libro dal titolo "Gli Eletti" che sembra ispirare le azioni della setta.

Venturi, studiando il "Libro degli eletti" riesce a capire intenti e motivazioni della sua setta; inoltre trova una traccia per risalire al possibile capo. Intanto i RIS indagano su un omicidio avvenuto nel carcere minorile, scoprono che il caso coinvolge la 'ndrangheta calabrese.

Venturi, indagando sull'omicidio di Valentina, una transessuale, scopre una melodrammatica vicenda di amore clandestino. Intanto vengono analizzati dei videotape della setta, che permettono di identificarne il covo. Ma quando i R.I.S arrivano sul posto, ormai abbandonato, fanno un'agghiacciante scoperta:nel terreno sono sepolti i cadaveri di due neonati. Mentre Giorgia viene sconvolta da una notizia: Andrea Gandin, il serial killer delle diciottenni, è stato ucciso mentre tenta la fuga dal carcere.

Mentre Giorgia decide di trasferirsi a Bari e lasciare definitivamente l'Arma, dopo l'uccisione di Gandin, Venturi scopre con orrore che la setta alleva bambini malformati nati tutti dallo stesso padre, in una sorta di piano eugenetico. Viene identificata una ragazza, figlia di un colonnello, discepola della setta: i R.I.S sperano di usarla per conoscere i piani del gruppo. Vincenzo De Biase si occupa di un delicato caso di omicidio, rimanendo colpito da Stella, una cantante nonché principale sospettata.

La setta degli Eletti minaccia di attentare alla vita di un medico impegnato in attività umanitarie. Nel frattempo i R.I.S cercano la password che è civiltà 24-31, che permette di accedere al sito virtuale della setta. Flavia Ayroldi deve risolvere un delicato caso di omicidio, nel quale la principale sospettata è una sua vecchia conoscenza, la sua ex fidanzata...

La squadra dei R.I.S. riesce ad entrare nella casa virtuale degli eletti e infiltrarsi tra gli adepti. Entra così in contatto col sommo sacerdote il quale definisce il suo progetto eugenetico. Si delinea così la possibilità di infiltrare nella realtà un membro della squadra: la scelta cade su Flavia. Ma Federico, l'assassino della setta, intuisce la trappola e riferisce al capo le sue intenzioni criminali.

Nonostante fallisca il piano per smascherare i piani degli "Eletti", i carabinieri riescono a catturare Federico Adorni. Nel frattempo la squadra è chiamata ad indagare sull'assassinio di un allenatore di cavalli. Adorni nel frattempo medita un colpo al cuore del R.I.S: assassinare il procuratore di Maio ed il capitano Venturi.

L'autopsia del corpo del procuratore Di Maio ha stabilito che la morte era stata causata dal taglio al volto, provocata dall'arma del delitto, un coltellino contenente una tossina letale in grado di paralizzare tutti gli organi vitali. Ghirelli intanto identifica il programmatore del sito della setta: anche se l'uomo si è ormai dato alla latitanza, in casa sua alcune prove permettono di arrivare ad identificare il possibile capo della setta; Giacomo Adler, biologo. Nel frattempo De Biase e la psicologa Gambetta si occupano di un omicidio avvenuto in un centro di ricovero psichiatrico: le abilità scientifiche e psicologiche dei due si intrecciano per risolvere il caso, attraverso l'uso di un mezzo tutt'altro che convenzionale: l'ipnosi.

I R.I.S cercano di provare che è Adler il padre biologico dei bambini della setta, ma il suo DNA non corrisponde. De Biase indaga sulla morte, avvenuta su una barca a vela, di un suo amico d'infanzia, mentre Ghirelli è alle prese con la misteriosa morte di un uomo, ucciso probabilmente dal figlio affetto da autismo.

Riccardo Venturi viene sequestrato da un boss della camorra, che chiede al capitano di scoprire chi sia l'assassino di suo figlio. Tutti sono impegnati nella sua ricerca, sperando di riuscirvi prima che il boss decida di eliminare una volta per tutte il capitano dei R.I.S. Intanto Flavia Ayroldi con l'aiuto della Morandi, indaga su un cadavere mummificato trovato in un museo.

La setta degli "Eletti" compie una strage all'interno dell'Università, dalle indagini iniziali viene appurato che le vittime prese di mira sono quattro, ma successive indagini dimostrano che una delle vittime era un membro della setta. Nel frattempo Adler, capo carismatico della setta viene scarcerato per insufficienza di prove.

Dopo la scarcerazione di Adler, Venturi cerca di far luce sul passato del filosofo ispiratore della setta, Morbegno, e scopre che il suo suicidio è stato in realtà un omicidio. Intanto i RIS indagano sull'assassinio della rumena Diana e sulla scomparsa di sua figlia.

Venturi indaga su un attentato terroristico di vent’anni prima, di cui era stata ingiustamente accusata un’amica di Claudia Morandi. Intanto Ghirelli e l’Ayroldi scoprono che l’apparente suicidio di un adolescente cela un caso di cyberbullismo.

Flavia Ayroldi indaga su uno stupratore seriale, che lascia un’unica traccia: un insetto con il suo DNA. Venturi si occupa di un sub trafitto sott’acqua da un aculeo di un pesce: fatalità o omicidio? Mentre proseguono le indagini per individuare il covo della setta, Veronica Gambetta inizia anche a temere di essere stata aggredita da Adler.

Flavia e Vincenzo si occupano dell’omicidio del soprano Petra, avvenuto sul palcoscenico del teatro Regio di Parma durante la rappresentazione del “Rigoletto”. La setta sfida ulteriormente i RIS inviando un filmato che mostra un’inseminazione artificiale, ma nel video c’è anche la traccia che permette a Venturi di identificare il covo degli eletti.

De Biase e Ayroldi indagano sull’efferato omicidio di una casalinga. Il delitto sembra inspiegabile, ma le indagini scientifiche scopriranno una triste storia di follia e solitudine. Venturi rintraccia un’adepta scappata dalla setta che permette di far luce sulla vera personalità di Adler, mentre Ghirelli cerca di espugnare il server informatico per accedere a tutti i dati della setta…

I RIS devono fermare il piano finale della setta: intendono usare il gas nervino in un luogo pubblico, per uccidere quante più persone possibili. Intanto Adler cerca di fuggire all’estero con uno yacht, ma i carabinieri sono ormai sulle sue tracce.