心ない2人組の手によって、ブウがかわいがっていた子犬が、ライフルで撃たれてしまう！怒ったブウが手を出す前に、サタンが2人を退治。ブウの能力によって子犬も回復した。一件落着かと思われたが、逆恨みするライフルの男にサタンが撃たれた！サタンのケガを治療する、ブウの体に異変が起き始める…。

すさまじい怒りによって、ブウの体が2つに分かれてしまった！そして、新たに生まれた純粋悪のブウと、元のブウとの一騎打ちが開始される。魔人同士の息詰まる闘いが続き、ついにはブウ(善)の変化ビームを、ブウ(純粋悪)が息で吹き返し、チョコにして食べてしまった!! すると、またもその体に変化が…!?

変化したブウは、ゴテンクスと闘うために神の神殿にやってきた！だが今のゴテンクスでは、ブウに勝てる見込みはゼロ…。ピッコロは時間稼ぎとして、人類を全滅させるという約束をブウに思い出させる。一方、界王神界では、老界王神のおふざけに怒った悟飯がすさまじい気を発し、パワーアップを実感していた。

なんとかブウに、1時間だけ待つという約束をさせたピッコロは、精神と時の部屋でトランクスと悟天を修行させる。修行はどうにか成功し、待ちきれずにいたブウを精神と時の部屋に連れて行く。ここなら、壊れても困る物は何もない…。いよいよ、ブウとゴテンクスの宇宙存亡を懸けた、全開最強バトルが始まった!!

修行によりパワーアップしたゴテンクスは、ブウに攻撃を炸裂させる。だが、全く効果はない様子…。そこでゴテンクスは、超サイヤ人となり、新たな技を操り出し始める！光の輪を使って相手を締めつけるギャラクティカドーナツは、ブウにたやすく破られ、ついにゴテンクスは究極の技を使おうとするのだが…。

ゴテンクスは驚きの必殺技、スーパーゴーストカミカゼアタックでブウに攻撃を仕掛ける！口から出したたくさんのオバケが、ブウに突撃し爆発！見事ブウは木っ端微塵に吹き飛んだ!! と思われたが、またも破片が集まり再生してしまう。絶望したピッコロはブウを精神と時の部屋に閉じ込めるため、扉を破壊…。

精神と時の部屋から出ることができず、もうお菓子も食べられないと思ったブウは激怒！その叫び声で次元に穴を空け、外に出てしまう！取り残されたゴテンクスとピッコロ…。ゴテンクスは、見よう見まねで超サイヤ人3に変身することに成功！ブウと同じく叫び声で、精神と時の部屋から脱出するのだが…!?

お菓子にされたブルマや仲間たちを食べられてしまい、怒りが頂点に達した超ゴテンクス3は、ブウに攻撃を開始！神の神殿を壊しながら戦いは続いてゆく…。連続スーパードーナツで、ついにブウを捕らえたゴテンクスは、それをボール状に…。そしてピッコロと一緒にブウをボールに見立てたバレーボールを始める。

超サイヤ人3で、激烈な攻撃を続けるゴテンクス。対するブウは一歩も譲らない。やがてゴテンクスの攻撃力がブウを圧倒し、とどめを刺せるかと思ったその時、超サイヤ人3への変身が解けてしまう！さらにフュージョンまでが時間切れで終了してしまい大ピンチ！希望は界王神界から地球に向かう悟飯へと託された！

絶体絶命のトランクスと悟天だったが、その目の前でブウは眠り始めてしまう…。不思議に思い、様子をうかがう2人のチビッコたち…。と、その時ブウを倒すため、悟飯が地球に到着した！パワーアップした悟飯と、その強烈な気に反応するブウとの死闘が開幕！圧倒的な力で、悟飯はブウを攻撃し続けるのだった!!

老界王神の力によってパワーアップした悟飯は、ブウを上回る力を発揮！悟飯に一方的にやられて、怒りが爆発寸前のブウは、いきなり立ちつくして全身をふるわせ始めた！悟飯の機転により、すんでのところで自爆からは逃げ出したものの、目の前に再生したブウが現れる！ゴテンクスと闘いたいと言うのだが…!?

ブウの言葉に、再びフュージョンするトランクスと悟天。超サイヤ人3に変身し、ブウと闘おうとした瞬間、ピンク色の物体がゴテンクスを包み込んでしまう。切り離した身体の一部を使って、ゴテンクスとピッコロを吸収する、ブウの作戦だったのだ！2人を取り込み、パワーアップしたブウが、悟飯に襲いかかる…!!

パワーアップを果たしたブウの前には、悟飯ですら苦戦を強いられる。界王神界からその闘いを見ていた老界王神は、悟空に自分の命を与えて生き返らせると宣言。また同じ頃、閻魔大王の目の前には、なんとベジータが…。ブウから地球を、そして全宇宙を救うため、ベジータを生き返らせようとしていたのだった…!!

老界王神の命を得て、悟空は見事に復活を果たす！そして老界王神は、自分が付けていたポタラというアイテムを悟空に渡すのだった。2つのポタラを、2人が1つずつ付けることで合体し、フュージョンのようにパワーアップできるというのだ！悟空はすぐさま地球へと瞬間移動し、悟飯と合体しようとするが…。

ポタラの力を使って、ついに合体を果たした悟空とベジータ！宇宙最強の究極戦士、ベジットが誕生する!!無数のエネルギー弾を放つブウではあったが、パワーにおいて完全に上回るベジットは、その攻撃をすべて跳ねかえしてしまう。そして、ブウを完全に叩きのめすために、ベジットは超ベジットへと変身する!!

超ベジットの放ったビックバンアタックによって、バラバラになってしまうブウ。またも再生を始めるブウだが、これまでとは違い、かなりのダメージを受けていた。あまりの強さに焦りを感じたブウは、隙をつきベジットを体内へ侵入！内部から破裂させようとするが、そんな攻撃はベジットに効くはずもなかった。

ゴテンクスのスーパーゴーストカミカゼアタック、ピッコロの魔閃光、悟飯のかめはめ波と、吸収した者たちの技を使って攻撃を始めるブウ。だが、ベジットは瞬間移動を使い、すべての技をかわしてしまう！追いつめられたブウはベジットに近寄り、いきなり変化ビームを浴びせベジットをアメ玉に変えてしまった!!

アメ玉にされ、ベジットも食べられてしまうのか…。と、思いきや、手も足もないアメ玉になってもその強さは変わらない!? 小さなアメ玉に、コテンパンにやられてしまったブウは、しかたなくベジットを人間の姿に戻した。満身創痍のブウは、自分の体の破片を使って、ベジットを吸収しようと最後の賭けに出る！

ブウの作戦により、吸収されてしまったベジット。だがそれは、すでに吸収されてしまった者たちを救うための作戦であった。吸収される寸前に、バリアを張っていたベジットは、なぜかブウの体内で悟空とベジットに分離してしまう。ベジータは、2度とベジットにならないと、ポタラを外し、壊してしまうのだった…。

ブウの胃腸から頭の中へと移動した悟空とベジータは、吸収されてしまった悟飯、ピッコロ、トランクス、悟天たちを発見する。だが彼らは、2人に向かって攻撃を始める！2人は仲間たちに反撃することができず、ピンチに陥ってしまう。悟空たちを攻撃しているのは、ブウの記憶が作り出したニセモノだったのだ。

ブウの体の中で悟空とベジータは、ようやく本物の悟飯たちを発見する。仲間たちを肉でできた繭から助け出すと、ブウの姿は除々に元へ戻っていった。吸収されていた仲間の他に、ベジータはブウ(善)が捕らえられている繭を見つける。その時、体内にブウが出現し、サイヤ人対ブウの激しい闘いがスタートする！

ただの超サイヤ人ではブウのパワーに敵うはずもなく、危機に陥る悟空とベジータ。肉の繭に捕らえられたブウ(善)を流れ弾からかばうブウの不自然な動きに、ベジータが気付いた！なにか秘密があるはずだと直感した2人は、ブウの制止を振り切り繭をはがす！すると、再び魔人ブウの姿に変化が現れ始めた!!

子供のような姿になってしまった魔人ブウ。それを見た界王神は、はるか昔の魔導師ビビディとの闘いを思い出していた…。今の姿こそが、ビビディも手を焼いた、凶悪で残忍な本来の魔人ブウの姿だった！そして、凶暴な本性をむき出しにしたブウは、いきなり地球を破壊してしまう！巻き込まれた悟空たちは…!?

界王神の力により、悟空とベジータ、そしてサタンとデンデは界王神界に避難して無事だった！地球を破壊しただけでは怒りが収まらないブウは、多数の惑星を破壊し、ついには瞬間移動で大界王星に出現する！鬼神のようなブウを見て、戦慄するクリリンたち…。仲間の危機を知った悟空は、ブウをおびき寄せる！

界王神界を舞台に、ブウとの最終決戦の幕が切って落とされた!! 信じられないことに、悟空とベジータはジャンケンで闘う順番を決めるという…。戦闘種族サイヤ人の本能、いや誇りなのか、こんな極限状況でも戦闘を楽しんでいるのか、2人とも2対1で闘う気は全くないのだ。最初に闘うのは、悟空に決まった！

悟空は超サイヤ人3に変身して闘うが、魔人ブウ(純粋)に対しては、それでも力不足だった。たまらずダウンしてしまった悟空に代わって闘うベジータだったが、とてつもないパワーを持つブウには敵わない。ベジータをかばい、再び悟空が立ち上がる！「カカロット、お前がナンバー1だ」、ベジータは思わず呟いた…。

闘いを続ける悟空だが、どんないダメージを与えても再生してしまうブウに大苦戦。決着をつけるためには、一気にパワーを放出し、完全に消滅させるしかない。1分間あれば、ブウを消滅させるだけの気を溜められる！そう言う悟空に、ベジータは自分が時間をかせぐことを決意。ベジータの長い1分間が始まる…。

悟空の気がなかなか溜まらず、ブウの攻撃を受け続けるベジータ！だがそこに、なんとサタンが登場！界王神界での出来事を現実だと信じられないサタンは、すべて夢だと思い込んでいた…。だがサタンの姿を見たブウは、突然苦しみ始め、口からブウ(善)を吐き出してしまう。そして、ブウ対ブウの闘いが始まった！

ベジータの体力も限界、悟空の超サイヤ人3の変身も解けてしまい、ブウ同士の闘いもブウ(純粋)が優勢となっていた。そこでベジータは、ナメック星のドラゴンボールでポルンガを呼び出し、地球を復活させて、地球の人々を生き返らせることを界王神に命令する。どうやらベジータには、作戦があるようなのだが…。

ベジータの作戦通り、悟空は地球の人々の元気を集め、史上最大の元気玉を作ろうとする！界王の力を借り、地球の人々にメッセージを送るベジータ。Z戦士とその仲間たちはすぐに協力してくれたが、事情のわからない他の地球人たちは協力しようとしない。このままでは、ブウを消滅させられる元気玉は作れない…。

ベジータの説得も地球人たちには通じず、元気玉はまったく大きくならない。元気玉に気付いたブウが悟空に迫る！たまらず悟空も叫ぶが、ほんの少しの元気玉しか集まらない…。すべては無駄に終わるのかと思ったその時、あの男が立ち上がった！地球の英雄、格闘技世界チャンピオン、ミスター･サタンその人が!!

ついに地球のみんなの元気を集めた元気玉が完成！だが、ブウと闘って力を使い果たしたベジータは、逃げることができない。自分にかまわずに撃てと言うが、ベジータを巻き添えにはしたくない…。だが、タイミングよくブウ(善)とサタンがベジータを救出！ブウに向けて、スーパー元気玉がいよいよ放たれる!!

元気玉によって、魔人ブウは完全に消滅した!! 長い闘いは終わった!! ベジータは、残されたブウ(善)を殺そうとするが、サタンは必死でかばう。ブウは、サタンが引き取り、一緒に暮らすこととなった。半年が経ち、神龍により地球の人々からのブウの記憶が取り除かれ、地球には、平和な生活が戻ったのであった。

カプセルコーポレーションで、ブルマがパーティを開く。チチたちは先に行ってしまったが、悟空は恐竜のタマゴが気になり、なかなか出かけようとしない…。パーティには共に闘った懐かしい仲間たちが集まるが、主役の悟空がいないので、いまひとつ盛り上がらない…。そこに、恐竜の誕生を見届けた悟空が登場！

そして10年の歳月が流れ、悟空は久しぶりに天下一武道会に参加するという。悟空と決着をつけるためベジータも出場。会場には、たくさんの懐かしい仲間が集まった。今回は悟飯とビーデルの娘パンも、参加するのだ！予選が始まり、悟空にベジータ、悟天、トランクス、パンは、楽々と予選を突破するのだった。

天下一武道会決勝トーナメント出場者が、ついに出そろった。くじ引きをする悟空は、ブウに頼んで細工をし、ある少年と1回戦で対戦できるようにしてもらう。その少年の名はウーブ。彼こそ、魔人ブウの生まれ変わりであると悟空が感じていた。彼の力はどれほどのものなのか!? いよいよ、注目の一戦が始まる！

気の使い方も、空の飛び方も、何も知らないウーブだったが、悟空との試合で急速に闘い方を学び、なんと互角の試合をし始める！驚く観客、そして悟空の仲間たち…！悟空は途中で闘いを止め、ウーブに手を差しのべる。「オラが闘い方を教えてやるよ。」そしてウーブを背に乗せ、会場を飛び立つのだった…。