スポポビッチとヤムーの後を追う悟空たちは、界王神から魔人ブウ復活を企む魔導師バビディの存在を聞く。復活には強力なエネルギーが必要で、悟飯のエネルギーもそのために使われるのだ。ついにバビディの本拠地である宇宙船を突き止め、岩陰に隠れて様子をうかがう悟空たち…。そこに、バビディが姿を現した!

悟空たちの存在に気付き襲いかかる魔王ダーブラ。キビトが倒され、クリリンとピッコロは石にされてしまう!だがダーブラは、それ以上は攻撃せず、余裕の笑みを浮かべ宇宙船の中へ立ち去った。バビディの野望を阻止し、ピッコロたちを助けるため、悟空、悟飯、ベジータ、界王神の4人は宇宙船へと潜入する…。

宇宙船にある格闘場･バトルステージ1ではバビディ配下の戦士･プイプイとベジータのバトルが続く。実力の違いを見せつけ、優勢なベジータ。見かねたバビディは、ステージをプイプイの得意とする重力10倍の惑星ズンに変えてしまう。10倍の重力でも自在に動けるプイプイの攻撃に、果たしてベジータの運命は…!?

続くバトルステージ2で、魔獣ヤコンと悟空の闘いが始まる。ふがいないヤコンの闘いぶりを見たバビディは、ステージをヤコンの生まれた光のない暗黒星へと変える。超サイヤ人となった悟空の光が、暗黒に潜むヤコンを照らし出す!しかし、ヤコンは光をエネルギーとして食べてしまう性質を持っていたのだった!

バビディの宇宙船での闘いは続いていた。そんななか、武道会会場では出場者の大半が棄権してしまったため、決勝トーナメントをバトルロイヤルに変更することになる。18号、そしてマイティマスクとトランクス＆悟天は、あっという間にサタン以外の出場者を場外負けにすると、サタンを無視して激突を開始する!

18号とマイティマスク、そして闘いについていけないサタンによる、おかしな決勝バトルロイヤルは続いていた。闘い慣れた18号はなかなか倒せないトランクスと悟天は、一気に決着をつけようと超サイヤ人に変身し、強烈な攻撃でスパートをかける。だが、2人の変装に気付いた18号が、気円斬でマントを一刀両断!

マイティマスクの失格で、天下一武道会･決勝バトルロイヤルは、18号とサタンの一騎打ちとなる。18号はサタンをはがい締めにすると、なにやら耳打ちを始める…。時を同じくして、バビディの宇宙船では、バトルステージ3に魔界の王ダーブラが登場。石にされたクリリンたちを元に戻すため、悟飯が立ち上がる!

悟飯とダーブラの一騎打ちが始まった!闘い慣れていない悟飯は、パワーでは明らかに劣る相手に意外な苦戦をしてしまう。ふがいない闘いぶりにイラつくベジータを見たダーブラは、なぜか闘いを放棄して引き上げてしまう…。どうやら邪心を持つ相手を下僕にできるバビディの力を使い、何かを企んでいる様子…!?

バビディが水晶玉に呪文を唱えると、突然ベジータが、頭を抱え苦しみ始めた!額にMの文字が現れたかと思うと、いきなり悟空に対し攻撃を始めるベジータ。悟空と闘いたいという邪心を見抜いたバビディは、彼らを天下一武道会会場に移動させてしまう。満員の観客席を、ベジータの発する巨大エネルギー弾が襲う!!

ベジータは悟空と闘いたいという秘めた欲望のために、わざとバビディの魔法にかかったのだった。それを聞いた悟空は、ベジータと1対1の勝負をすることを決意する。闘いの舞台を誰もいない荒野に移し、2人のサイヤ人の決闘が始まった。その頃悟飯と界王神は、ブウ復活を阻止せんとバビディのもとへ急いでいた。

ついに悟空とベジータ、サイヤ人同士の闘いが始まった!バビディの思惑通りに、壮絶な死闘を繰り広げられていく…。ブウ復活に必要なエネルギーを溜めるため、バビディは2人を闘わせたのだ!見る見るうちに、エネルギーのゲージが上がってゆく…。果たして、恐怖の魔人ブウはこのまま復活してしまうのか!?

悟空とベジータの地球を揺るがす闘いは続き、魔人復活に必要なエネルギーが溜まりつつあった。復活を阻止すべく、悟飯と界王神がバビディとダーブラへ攻撃を仕掛けた、ちょうどその瞬間、ついにエネルギーが満タンに!するとブウが封印されているという球から、すさまじい勢いで真っ白な煙が吹き出し始めた!!

絶対に魔人ブウを復活させてはならない!怪しげな煙を吹き出し始めた球に、全身全霊を込めたかめはめ波を撃ち込み続ける悟飯。その攻撃により、ブウの球は2つに割れてしまうが、なんとその中は空だった!驚く界王神、そしてバビディの見守るなか、吹き出した煙が上空で集まり始め、人間の姿になっていく…。

復活したブウは、あまり凶悪に見えず、バビディの言うことにも、全く耳を貸そうとしない。だが、自分をバカにしたダーブラを、いとも簡単にやっつけてしまった!その頃、遥か彼方の荒野では、ブウの復活に気付いた悟空とベジータが、闘いを中止する。悟空の隙をつき気絶させたベジータは、ひとり飛び立つ…。

ブウに攻撃を仕掛ける悟飯と界王神だが、2人がかりでも全く歯が立たない。そして、界王神が死を覚悟した瞬間、ダーブラの放った槍がブウの腹を貫いた!裏切られる前に倒すべきだと考えたダーブラは、ブウと闘い始める。ちょうどその頃、武道会会場を抜き出したトランクスと悟天は、バビディの宇宙船を発見!

怒ったブウは、なんとダーブラをクッキーにして食べてしまった!あまりのことに唖然とする一同…。だが、ダーブラが死んでしまったため、石にされていたクリリンとピッコロが復活を果たす。ブウの強さに、またもピンチを迎える悟飯と界王神であったが、その時、バビディの宇宙船がいきなり大爆発を起こした!!

破壊王子ベジータと、ブウとの闘いが始まった!腹に穴を空けられても、全くダメージを受けないブウに、ベジータはこれまでにない苦戦を強いられる。ちぎった自分の体を使い、相手をぐるぐる巻きにして攻撃するブウの奇想天外な作戦に、ベジータがピンチに陥ったその時、見かねたトランクスが飛び出した!

ブウの隙をつき攻撃を加えるトランクスは、悟天と協力し、見事にベジータを救い出す!その間に、ピッコロがバビディを倒しはしたものの、肝心のブウはダメージを受けた様子もない…。倒す方法はただひとつ。覚悟を決めたベジータは、幼い2人を気絶させると、ピッコロを安全な場所まで連れて逃げるよう頼む…。

ブウをこの世から消滅させるため、そして愛する者を守るため、ベジータは自らの気をすべて体内に集中させ大爆発を起こす!周囲はまばゆい光に包まれ、その破壊力に世界中が震えた。バラバラになって吹き飛ばされる魔人ブウ…。ベジータの勝利を確信したその瞬間、あたり一面に飛び散った肉片が合体を始める!

復活したバビディが、ブウの力によって地球を蹂躙し始めたその頃、ブルマとビーデルたちは、ベジータが殺した武道会会場の観客を生き返らせるためにドラゴンボールを集めていた。願いを叶えるために必要な7個目は、なんと無人島の怪物が持っていた。ドラゴンボールを集めるため、ビーデルが怪物に立ち向かう!

悟空がメタモル星人から習った合体技フュージョンを使えば、ブウに対抗できるかもしれない!わらにもすがる思いのＺ戦士たちだったが、フュージョンは、力や体格が、ほぼ同じ者同士でなければ使うことができない。そこで悟空は、体格も近く、底知れぬ力を持つトランクスと悟天の2人にフュージョンを教える!

ドラゴンボールの力で蘇ったキビトは、ブウとの闘いで瀕死の重傷を負った界王神、そして悟飯を見つけ、界王神界へ連れて行く。一方、ブウを使って地球を攻撃していたバビディは、全世界の人々にテレパシーでメッセージを送り始める。自分に逆らったピッコロと悟天、トランクスの3人の居場所を教えろというのだ!

地上の仲間たちには死んだと思われている悟飯は、ゼットソードへの挑戦を始める。そして超サイヤ人になり、ついに界王神界で誰も抜いたことがない剣を引き抜いた！非常に重いゼットソードを使い、ブウを倒すため修行を始める悟飯。その頃、神の神殿で、トランクスと悟天がフュージョンの特訓を始めていた！

神の神殿でフュージョンの特訓をする悟天たちに、トランクスの家を見つけたという、バビディからのテレパシーが届く！すぐに出てこなければ、西の都もろとも破壊してしまうというのだ。ドラゴンボールを集めて町を復活させることはできるが、トランクスの家に置いてあるドラゴンレーダーがなくなってしまう！

トランクスがドラゴンレーダーを取ってくるまでの時間稼ぎのため、悟空はブウの前に立ちはだかった。バビディたちの気を引くため、これまでにフリーザとセルを倒した超サイヤ人の姿を順に披露してゆく。さらにパワーを上げ、超サイヤ人3に変身！その強大なパワーでブウを攻撃、ほぼ互角の戦いを繰り広げる!!

悟空とブウの全世界を震撼させる闘いは、なおも続いていた。トランクスがやっとのことでドラゴンレーダーを見つけ出すと、「2日後にもっと強ぇヤツが現れる…」と言い残し、悟空は瞬間移動でその場を立ち去ってしまう。残されたブウは、悟空を逃がしたことを非難するバビディに対して、恐ろしい行動に出る…！

支配者バビディを殺したブウは、気の向くままに地球を破壊し始める！一方、超サイヤ人3になり大量のエネルギーを消費したため、悟空がこの世にいられる時間はあと30分しかなくなってしまう！急いでトランクスと悟天にフュージョンを教え始める悟空だったが、そのポーズはめちゃくちゃカッコ悪かった…。

ブウは、人間をお菓子に変えて食べたり、粘土にして家を作ったりと、やりたい放題！早くフュージョンを覚えなければならないのだが、トランクスと悟天は、カッコ悪い合体ポーズがイヤで、どうも修行に身が入らない。そんな様子を見かねた悟空は、超サイヤ人3になり2人を説得。悟空が、あの世に帰るときが迫る…。

あの世の閻魔大王から、悟飯が生きていることを知らされた悟空は、気を探り界王神界へと瞬間移動、親子の再会を果たす。その頃、悟空にフュージョンの修行を任されたピッコロは、言うことを聞かない2人に手を焼いていた…。そしてブウは、気まぐれで盲目の少年の目を治すなど、不可解な行動をとり始めるのだった…。

修行を続ける悟飯に、悟空がゼットソードの切れ味を試してみようと言いだした。見事、巨大な岩を真っぷたつににし、続いて宇宙一硬いというカッチン鋼にチャレンジする悟飯。だが、カッチン鋼に振り下ろされたゼットソードは、ポキリと折れてしまう！予想外の事態に驚く一同の背後に、怪しげな謎の老人が現れる…。ビーデルと悟飯のクラスメートたちが武道会の応援に駆けつけた。その1人シャブナーは、グレートサイヤマンの正体を明らかにするため、素顔をカメラに収めようとするが、企みはことごとく失敗!そんななか、天下一武道会大人の部の予選が始まり、Ｚ戦士たちはパンチングマシーンで驚異の高得点を連発する!権を手に入れる。悟空の最初の対戦相手は、たくさんの手足を持つ強敵、南の銀河代表のキャタピー。悟空に圧倒され、パワーアップのためサナギになるキャタピーだが…!?

トランクスと悟天が、いよいよフュージョンに挑戦！初めのうちは2人のポーズが微妙に合わず、何度も失敗を繰り返したものの、やっとフュージョン戦士ゴテンクスが誕生する！そのパワーに大喜びのゴテンクスは、超サイヤ人での合体をマスターしろというピッコロに逆らい、さっそくブウと闘おうとするが…。

ブウの破壊行為によって、地球人類の約8割が死んでしまったなか、残った人類の希望、ミスター･サタンがブウを退治へ向かう!? いやいやながらブウの家に到着したサタンは、うまく取り入ったふりをしつつも、セコイ作戦を使いブウを倒そうとする。果たして、地球の未来を賭けたサタンの大作戦は、成功するのか？

ゼットソードから現れた老界王神の不思議な能力で、悟飯はパワーアップの儀式を受けることとなる。一方、超サイヤ人でフュージョンしたゴテンクスだが、調子に乗りすぎてブウと闘う前に時間切れ…!? そして、肝心のブウは、一緒に暮らすことになったサタンの言葉を聞いて、意外なセリフを口にするのだった…。