Bulma e Gohan trovano una vecchia macchina del tempo, identica a quella di Trunks, così i nostri eroi trovano un uovo di un mostro nella macchina del tempo di Trunks e ne deducono che qualcuno ha viaggiato nel tempo prima di lui, infatti secondo la macchina qualcuno è arrivato 4 anni prima, cioè un anno prima che Trunks uccidesse Freezer e Re Cold, vicino l'uovo inoltre trovano la muta di una creatura simile ad un insetto.

Dio avverte il pericolo di un nuovo nemico e per scongiurare la minaccia decide di ricongiungersi con Piccolo. Intanto i notiziari televisivi avvertono la popolazione che gli abitanti di alcune città sono misteriosamente scomparsi, lasciando per strada soltanto gli abiti. Il super guerriero namecciano è nato e va a confrontarsi con la creatura misteriosa.

Piccolo raggiunge la nuova minaccia che grava sulla Terra, questo essere assorbe gli esseri umani per via del suo pungiglione presente all'estremità della coda. I due si tengono testa, ma Piccolo sembra essergli superiore, secondo N.16 il suo potere è pari a quello di N.17. Trovandosi in difficoltà, l'avversario usa prima il Makankosappo, e poi la Kamehameha, dimostrando di possedere diverse aure familiari.

Il mostro Cell avvolge Piccolo e inizia ad assorbirlo. Quando Cell molla la presa dopo avergli sgonfiato il braccio, Piccolo prende tempo e l'androide spiega di essere stato costruito dal Dr. Gelo usando le cellule di Goku, Vegeta, Piccolo, Freezer e Re Cold e di essere stato sviluppato dal computer del dottore rimasto intatto nei sotterranei. Cell gli spiega che lui è venuto dal futuro, dopo aver ucciso Trunks, con la macchina del tempo che Bulma e gli altri hanno trovato nei boschi. Sta cercando C-17 e C-18 per assorbirli e diventare l'essere perfetto. Dopo il racconto, Piccolo rigenera il braccio sgonfio e la lotta ricomincia.

Il combattimento viene interrotto dall'arrivo di Crilin e Trunks, Cell, spiega che se volesse potrebbe utilizzare anche la Genkidama, dopo questo scappa dopo aver accecato temporaneamente Piccolo con un Taiyoken e continua a diventare sempre più forte assorbendo una squadra di muscolosi giocatori di rugby. Nel frattempo anche Vegeta viene a conoscenza del mostro, e Goku inizia a dare cenni di ripresa.

Piccolo e gli altri discutono sul da farsi, mentre Vegeta è convinto di superare il limite del Super Saiyan e che quindi non ci sarebbe bisogno di fermare ne i cyborg ne Cell. Trunks e Crilin vanno nei sotterranei del laboratorio del Dr. Gelo per distruggerlo, sia per evitare che si sviluppi in un futuro prossimo, sia per trovare qualche indizio; i due trovano i disegni del telecomando per disattivare i cyborg e li portano da Bulma. Tenshinhan e Piccolo cercano di stanare Cell senza successo.

Piccolo, Crilin e Tenshinhan trovano Cell mentre assorbe altre persone, ma il mostro anche questa volta riesce a fuggire via azzerando l'aura, in compenso riescono a salvare alcune persone. Chichi con sorpresa trova Goku che si allena in perfetta forma; il Saiyan si è rimesso dalla malattia e nel sonno convalescente ha ascoltato tutti i discorsi dei suoi amici, sapendo dei cyborg e di Cell. Goku rivela che l'unica soluzione è superare il limite del Super Saiyan.

Goku, guarito dalla malattia cardiaca, raggiunge Vegeta, che vuole superare il limite del Super Saiyan, dicendogli che esiste un posto in cui un giorno vale un anno: la stanza dello spirito e del tempo, una stanza dove il tempo passa molto lentamente, un giorno in questa stanza equivale ad un anno terrestre. Mr. Popo porta i guerrieri Z nella stanza dello spirito e del tempo, primi ad entrare sono Trunks e Vegeta che si preparano ad allenarsi lì. I tre Cyborg approdano alla Kame House per sapere dove sia Goku e Piccolo li porta in un'isola poco distante per combattere.

Arrivati sull'isola, N.17 vuole battersi da solo con Piccolo ignorando della sua nuova forza, il super namecciano approfitta della cosa perché se riuscisse almeno a distruggere il suo nemico, Cell non potrebbe completarsi. La battaglia va avanti alla pari, i due come aveva detto N.16 hanno la stessa forza. Cell avverte la potente aura di Piccolo e capisce che sta combattendo contro i Cyborg, precipitandosi sul luogo del combattimento.

Il combattimento tra Piccolo e N.17 va avanti senza esclusioni di colpi alla pari, ma mentre la forza del namecciano inizia ad esaurirsi, quella del cyborg al contrario è inesauribile. Intanto Bulma ha finito di costruire il congegno per disattivare gli androidi e lo porta da Crilin. Cell alla fine raggiunge il luogo di battaglia.

Cell dopo aver assorbito molti umani è molto più forte di prima e attacca C-17 riuscendolo quasi ad assorbire ma Piccolo interviene, così i due iniziano ad affrontarlo insieme. Crilin per affrettarsi a ricevere il telecomando va a raggiungere a metà strada Bulma, mentre Tenshinhan raggiunge il luogo di battaglia. Piccolo attacca con un potentissimo colpo Cell esaurendo le sue energie, ma il mostro si salva e rompe il collo di Piccolo sconfiggendolo e apparentemente uccidendolo.

Cell prova a assorbire C-17, ma glielo impedisce il silenzioso C-16, che inizia a combattere contro Cell. A un certo punto della lotta, C-16 strappa la coda di Cell, ma Cell la rigenera.

Cell e C-16 continuano a lottare, ma Cell riesce a avvicinarsi furtivamente a C-17 e a assorbirlo. Ora che Cell è diventato più forte, C-16 viene sconfitto facilmente e la sua testa viene danneggiata. Tenshinhan inizia a tenere occupato Cell lanciandogli addosso Cannoni dell'Anima a raffica, mentre C-18 e C-16 scappano.

Tenshinhan usa tutta la sua energia per impedire a Cell di assorbire C-18. Quando crolla arriva Goku che salva lui e Piccolo da Cell.

Vegeta e Trunks escono dalla stanza dello spirito e del tempo. Goku e Gohan vi entrano per iniziare il loro allenamento. Nel frattempo Cell, alla ricerca di C-18, distrugge delle isole.

Vegeta e Trunks trovano Cell. Vegeta diventa un Super Saiyan Dai Ni Dankai e inizia a combattere con Cell.

Vegeta mette in seria difficoltà Cell. Nel frattempo Goku prova a insegnare a Gohan come diventare Super Saiyan.

La lotta tra Vegeta e Cell continua con Vegeta in netto vantaggio mentre a Crilin viene affidato il compito di disattivare C-18 con un telecomando costruito da Bulma.

Vegeta interrompe la battaglia per permettere a Cell di assorbire C-18 in modo che possa affrontare un avversario più forte. Nel frattempo Crilin, chiaramente innamorato di C-18, non ha il coraggio di disattivarla, distrugge il telecomando e le dice di scappare.

Cell è diventato finalmente l'essere perfetto. Trunks e Crilin hanno tentato disperatamente di fermarlo ma non ci sono riusciti. Gohan si trasforma per la prima volta in Super Saiyan.

Vegeta cerca di attaccare Perfect Cell. Pur combattendo con tutte le sue forze, non riesce nemmeno a ferire Cell, che sta combattendo utilizzando una minima parte dei suoi poteri.

Cell riesce a sconfiggere Vegeta. Con Vegeta svenuto, Trunks si trasforma in Super Saiyan Dai San Dankai.

Mentre Crilin porta in salvo Vegeta, Trunks e Cell combattono.

Mentre Trunks aumenta il suo potere e la sua massa muscolare per raggiungere il Super Saiyan Dai San Dankai, rammenta il suo terribile futuro; i cyborg C-17 e C-18 della sua linea temporale, sono spietati, e distruggono e uccidono chiunque capiti a tiro. Quando i Guerrieri Z provarono a fermarli furono uccisi uno dopo l'altro, prima Vegeta SSJ e poi Piccolo, Yamcha, Tenshinhan, Crilin e Yajirobei. A proteggere la Terra, rimasero soltanto un adulto Gohan SSJ, e un giovane Trunks; Gohan riesce a dare qualche problema ai cyborg, ma alla fine sono costretti a ritirarsi e a nascondersi. Anche Cell rammenta sempre in quel futuro di quando uscì dal laboratorio ed iniziò ad evolversi, assorbendo alcuni dei pochi sopravvissuti rimasti, ma non trovando traccia dei cyborg, probabilmente uccisi proprio dall'attuale Trunks. Il combattimento riprende, e la nuova potenza di Trunks è incredibile, Cell ammette di essere stato superato in potenza, ma che comunque sarà lui a vincere.

Trunks continua ad aumentare il suo potere attaccando Cell, che però schiva tutti i suoi colpi e riesce anche a respingerlo. Nel frattempo, mentre Gohan fa pratica col SSJ, Goku raggiunge lo stadio di Super Saiyan Dai San Dankai, ma dice che questa trasformazione lo rende troppo lento e gli fa sprecare molta energia, pertanto è inutile, quindi dice a Gohan che dovranno abituarsi a rimanere sempre trasformati in Super Saiyan. Anche Trunks capisce che non può sconfiggere Cell e si arrende, infatti anche se è più forte di Cell, è troppo lento per poter riuscire a colpirlo. Cell, invece di finirlo, fa una proposta a Trunks: organizzerà un torneo simile al Tenkaichi, il Cell Game, che inizierà dopo dieci giorni. Se i Guerrieri Z non riusciranno a eliminarlo Cell distruggerà la Terra. L'essere perfetto spiega, che non ha interesse nella conquista della Terra, né nella vendetta contro Goku, ma vuole solo divertirsi, testare i suoi limiti, e vedere il volto degli esseri umani pervaso dal terrore.