謎のタイムマシンの存在を知ったトランクスたちは、とある場所でその発見に成功する。トランクスより1年も早く現代に到着していた、古びたタイムマシンの中には不気味な卵の殻が。さらにその近くには、奇妙な生物の抜け殻が発見された。言い知れぬ恐怖に震えるトランクスたち。このタイムマシンの持ち主は…!?

ジンジャータウンという町の人々が、忽然と姿を消してしまう。町はタイムマシンの発見現場からほど近い場所にあった。天界からこの様子を見ていた神様は町を襲った怪物の姿を目の当たりにし、ピッコロとの融合を決意する。融合の末ついに誕生した新ピッコロは、ジンジャータウンに急行し、怪物を発見する。

悟空やフリーザとそっくりな気を持つ怪物･セルが、ピッコロの前に現れた。未知の敵と対峙するピッコロ。セルはそれをあざ笑うかのように、ピッコロの必殺技である魔貫光殺砲を繰り出した。動揺を隠せないピッコロにとどめを刺すべく、つづいてセルは、かめはめ波のポーズをとる。恐るべき怪物の正体は一体…?

悟空の必殺技であるかめはめ波を、いともたやすく放つセル。ピッコロは間一髪で避けたものの、セルにつかまり左腕の生体エキスを吸収されてしまう。冥土のみやげにと自らの生い立ちを語るセルだったが、それは正体を聞き出すためのピッコロの罠であった。すぐさま左腕を再生したピッコロは、再びセルに挑む!

セルを倒すべくパワーを全開にするピッコロのもとに、クリリン、トランクスが合流。未熟な体で3人に勝つことは難しいと悟ったセルは、ひとまずその場から逃亡する。やがてベジータもピッコロたちの前に現れるが、セルを逃がしたピッコロへの怒りを露にする。気を消し移動するセルを見つけることはできるのか!?

自分たちの状況が変わらないことを知りながらも、生まれたばかりのセルを消し去るため、未来の世界へと向かったクリリンとトランクス。2人はドクター･ゲロの研究所で幼体のセルを発見し、建物もろとも破壊する。その際、研究所で手に入れた17号の設計図を元に、ブルマは人造人間たちの弱点を調べ始める。

生体エキスを求め、人々を襲い続けるセルがバジルタウンに現れた。偶然通りかかったクリリンがセルに挑むも、返り討ちにあってしまう。絶体絶命かと思われたその時、ピッコロと天津飯がクリリンを救出!そしてカメハウスではついに悟空が眠りからさめ、超サイヤ人をさらに超えるという一大決心をしていた。

悟空、悟飯、ベジータ、トランクスの4人は、1日で1年分の時が過ぎる、精神と時の部屋での修行を決める。圧倒的な“無”の空間を初めて体感し、不安を覚えるトランクス。一方、人造人間たちは悟空を追い、悟空の家からカメハウスへと移動する。そこで出迎えたピッコロたちと、再び一戦交えることになるが…。

悟空を探し、カメハウスへと現れた人造人間16号、17号、18号の三体。しかし、神の神殿で修行中の悟空はもちろんいない。神と合体しパワーアップしたピッコロは人造人間を誘い出し、無人島で17号と闘い始めるのだった。17号と戦うピッコロの強大なパワーが、人造人間を探すセルに感知されてしまう…!!

地球を救う一筋の希望、人造人間の緊急停止コントローラーをブルマは完成させていた。カメハウスへと急ぐブルマ。いまだ続いているピッコロと17号の想像を絶する闘いは、徐々に17号有利へと傾いていた。パワーを使う度にどんどんスタミナを消費してゆくピッコロに対し、人造人間は全く疲れを知らないのだ!!

ついに、闘いを続ける17号とピッコロの前にセルが姿を現した。セルの圧倒的なパワーを前に、立ちすくむピッコロ…。17号、18号を急襲して完全体になるため、セルは彼らに襲いかかる!!完全体になられてしまうと、手の打ちようがない！ピッコロは決死の覚悟でセルに挑むが、ダメージすら与えることができない…。

ピッコロを難なく倒したセルは、17号を吸収せんと容赦ない攻撃を始める。セルの超パワーの前には、17号のパワーも全く歯が立たない。大きく口を開けた不気味な尾に吸収されるかと思われた瞬間、これまでは、闘うそぶりを見せなかった16号が動いた。「闘う時がきたのだ…」と、セルを阻止すべく立ち上がった！

16号の必殺技ヘルズフラッシュがセルに炸裂。セルと互角のそのパワーに、誰もが希望を抱き始める。だが隙をつき、セルは17号の吸収に成功！ついに変態し始めるセル。18号を連れ、その場を逃げ出そうとする16号。だがパワーアップを果たしたセルが16号たちに迫る！とうとう18号も吸収されてしまうのか!?

ついに精神と時の部屋での修行を終えた、ベジータとトランクス親子。彼らはすぐさま、セルを倒すために神の神殿から飛び立った!一方、セルの猛攻から身を隠す16号と18号のもとへ、セルの魔の手が近づいていく…。そして神の神殿では、悟空と悟飯が、精神と時の部屋での修行をスタートさせようとしていた。

18号を吸収して完全体となるため、無人島に隠れている16号と18号に迫るセル。ついにセルは完全体になってしまうのか、と思われてその時、パワーアップを果たしたベジータが到着！金色に輝く超サイヤ人へと変身したベジータは、セルに対し容赦ない攻撃を見舞うのだった。ベジータの超パワーが、セルを圧倒!!

精神と時の部屋での修行により、ベジータは第2形態となったセルをも上回るほどのパワーを手にしていた。パワー全開で戦うセルも、パワーアップした「超ベジータ」の前では子ども扱い。そして、ブルマが作った人造人間緊急停止コントローラーを持つクリリンが、セルとベジータが対決する島へと到着するのだった。

セルが全力を込めた光弾も、超ベジータにはかすり傷ひとつ負わすことはできない。トランクス、クリリン、16号、18号が見守るなか、セルを追いつめていくベジータ。歴然たる力の差にセルを殺す価値もない存在とベジータが感じ始めたその時、挑発するようにセルが放つ危険な誘惑。「完全体になりさえすれば!!」

完全体になることができれば負けないというセルの言葉に、ベジータのプライドが反応する。より強いものと闘いたいというサイヤ人の本能によりベジータは完全体セルとの闘いを選んだのだ。そしてトランクスの制止も聞かず、セルを逃がしてしまう。ベジータの猛攻から逃れたセルの視界に、探し求めていた18号が！

セルは完全体へと進化するために、18号に襲いかかる。それを阻止しようとするトランクスだったが、その前に立ちはだかったのはなんとベジータだった！完全体へのパワーアップをくい止めるため、トランクスは父ベジータへと攻撃を加える。その隙をついたセルは太陽拳を目くらましに、ついに18号を吸収する!! セルは完全体へと進化するために、18号に襲いかかる。それを阻止しようとするトランクスだったが、その前に立ちはだかったのはなんとベジータだった！完全体へのパワーアップをくい止めるため、トランクスは父ベジータへと攻撃を加える。その隙をついたセルは太陽拳を目くらましに、ついに18号を吸収する!!

トランクスたちの隙をつき18号を吸収したセルは、巨大な光のたまに包まれていく。カメハウスや神の神殿、全世界にその衝撃が伝わる。爆煙の中から現れた完全体セルに対し、クリリンとトランクスは攻撃を仕掛けるが…!?その頃、精神と時の部屋で修行を続けていた悟飯が、苦労の末に超サイヤ人への変身に成功する！

完全体セルの一撃で、クリリンはいとも簡単に倒されてしまった。そしてついに超ベジータがセルに挑みかかる。セルに対して、強烈な攻撃を連発するベジータ！だがセルは、全く本気を出していなかったのだ…。ベジータは全力を込めたキックをセルに見舞うが、セルにダメージを与えることはできないのだった。

セルの本気の一撃によって、大ダメージを受けるベジータ！セルの実力に驚愕するベジータだったが、全身全霊を込めたファイナルフラッシュにより、セルの上半身を吹き飛ばす！だが、たやすく再生したセルの攻撃により、ベジータは失神。父に代わり、ついにパワーを解放したトランクスがセルに挑みかかる!!

髪の毛が逆立ち、全身もひとまわり大きくなった超トランクスが、セルとの闘いをスタートさせた。だが、トランクスはセルの攻撃を受け続けているばかり…。それは、セルを自分にひきつけクリリンがベジータを救出する作戦だったのだ。クリリンが無事逃げたことを確認すると、トランクスはさらに気を高めていく！

機を上昇させ、全身の筋肉を増大させていくトランクスは、セルと対峙しながら地獄のような未来のことを思い出していた。人間を無差別に襲う17号と18号。悟飯らZ戦士は次々殺され、残った戦士はトランクスだけとなってしまった。そんな未来がくるのを防ぐためにも、トランクスはセルを倒さなければならない！

超トランクスはセルを上回る期で、攻撃を始める。だが余裕の表情で、それを交わしていくセル。パワーばかりをアップさせたトランクスは、セルのスピードについていけなくなっていたのだ。セルにそのことを指摘され、敗北を認めてしまうトランクス…。だが究極の闘いを楽しむため、セルは武道会の開催を提案する。