フリーザ戦から数ヶ月…。地球ではクリリンにガールフレンドができるなど、平穏な日々が続いていた。そんなある日、平和を脅かす不吉な影が天界に迫る。かつて、悟空たちがデッドゾーンに封じたガーリックJr.が復活したのだ。そして神様を小瓶に封じ、人間を魔族に変えるアクアミストを地球に流し始める。

アクアミストを吸うと魔族化し、ガーリックJr.のしもべとなってしまう。天界から地上へと流されたミストは、汚染範囲を広げてカメハウスを包み込み、ブルマやヤムチャたちまでもが魔族化してしまう。運良く吸わずにすんだ悟飯とクリリンは、ミストの効果を消す超神水を探しに天界へ向かうが…。

アクアミストを吸ってから24時間が経過すると、超神水でも元に戻すことはできない。悟飯の窮地に駆けつけたピッコロは、四天王と魔族化したヤムチャたちを１人でくい止め、そのスキに悟飯とクリリンを天界へ向かわせる。しかし、二人を天界で待ち構えていたのは、ヤムチャに噛みつかれて魔族化したピッコロだった。

悟飯によりデッドゾーンに封じられた過去をもつガーリックJr.は、恨みを晴らすため、四天王に悟飯を集中攻撃させ、徹底的にいたぶりつくす。かろうじて攻撃をかわし、致命傷を避ける悟飯だったが、四天王の１人ゾルドが一瞬の隙をつく。その時、自分を犠牲にして悟飯を守ったのはクリリンだった…。

完全にガーリックJr.のしもべとなってしまったのか、情け容赦のないピッコロの猛攻が悟飯を襲う！悟飯は尊敬するピッコロを攻撃することができず、防戦一方。さらに悟飯をかばい、クリリンまでもがピッコロに噛まれて魔族化してしまう。ひとり孤独な闘いを強いられることになった悟飯に、果たして勝機はあるのか？

夜が明ける前に全世界に超神水を流さなければ、アクアミストの効果を消すことはできない。残された時間で超神水を行き渡らせるためには、世界中の気流が集まる天界の底の穴から流すしか方法はない。しかし天界の底に行くためには、先代の神々が眠る墓がある、神仙界という危険な場所を通らなければならない…。

ミスター･ポポの案内で神仙界を訪れた神様は、先代の神々の攻撃を受けながらも、天界の底をめざす。一方、悟飯たちは、魔凶星の影響で何十倍もの力を得たガーリックJr.に苦戦。互角に渡り合っていたピッコロも、突如力が抜け体が半透明になってしまう。一心同体である神様が死ねばピッコロも…神様の身に危険が!?

悟飯はガーリックJr.に攻撃を仕掛けるが、永遠の命を得ている者を倒すことはできない。だが、先代の神々から攻撃を受けていた神様は、ミスター･ポポに超神水を託して天界の底から流させる。人々を魔族にし、世界を支配する計画を潰されたガーリックJr.は激怒。デッドゾーンを再び発生させる…。

デッドゾーンに対し、シールドを張ってピッコロとクリリンを守ろうとする悟飯。先代の神々から解放された神様とミスター･ポポを吸い込もうと、ガーリックJr.はデッドゾーンのパワーを上げる。だがその時、ピッコロとクリリンがシールドを飛び出した。その瞬間にできた一瞬の隙をつき、悟飯は全力で魔凶星を狙う！

平和に戻った世界。マロンの買い物につき合わされていたクリリンは、ウェディングドレスに憧れるマロンの姿を見て、プロポーズを決意する。1000歳の誕生日を迎えたウミガメから、伝説の真珠“マーメイドの涙”の話を聞いた彼は、悟飯と共に海底に向かう。しかし、マーメイドの涙は魚たちの大切な宝物だった…。みるも、宇宙船は故障。フリーザを倒し宇宙最強の戦士となった悟空は為すすべもなく、銀河に一筋の閃光を放ったナメック星とともに消滅してしまうのだった…。

チチは悟飯に周災悪という家庭教師をつける。周は悟飯に体罰を与え、反抗的な態度を帰ってこない悟空のせいだと罵る。一方、宇宙から帰還したベジータは、ブルマに悟空が地球に戻る日まで一緒に暮らすよう提案され、渋々承諾…。そんなある日、悟飯は突然強大な力を感じて家を飛び出した。その気の正体とは…!?

悟飯をはじめ、巨大な気のもとに集結した戦士たちは、その気の正体がフリーザと知って絶望する…。着陸した宇宙船から現れたフリーザとコルド大王。サイボーグ化して生き長らえたフリーザは悟空への恨みを晴らすため、地球人を皆殺しにせよと部下に命令する。だが、彼らの前に突如謎の少年が立ち塞がった!

謎の少年は、フリーザの部下を次々と倒していく。余裕を見せるフリーザ親子に対し「超サイヤ人は孫悟空さんだけじゃない」と宣言するや、みずから超サイヤ人に変身した。その姿に悟空の姿を思い浮かべたフリーザは、怒りにまかせて、ナメック星を滅ぼした時の10倍ものエネルギーで攻撃を仕掛けるのだが…?

フリーザを一刀両断した謎の少年。その絶対的な強さに驚愕する悟飯たち。命乞いをするコルド大王にも冷静にとどめを刺した少年は、悟飯たちに悟空を迎えに行こうと誘う。戦闘時とはうって変わった穏やかな態度から少年を信用する一同。そして数時間後、少年の言葉どおり、悟空の乗ったカプセルが到着した…。

地球に到着した悟空に、少年は自分の正体を打ち明ける。トランクスと名のるその少年はベジータの息子で、3年後に現れる人造人間のことを警告するため約20年後の未来からやって来たというのだ。さらにトランクスは、自分の乗って来たタイムマシンは母親が作ったものだとも語る。悟空も驚くその母親の正体は…?

ナメック星爆発の瞬間、ギニュー特戦隊の乗って来たカプセルで脱出した悟空。不時着したヤードラット星の人々に救出され、新たな技を習得した彼は、それを披露する。未来を変えるため、3年後に現地での集合を誓い合う戦士たち。そんな中ブルマは、人造人間が作られる前にドクター･ゲロを倒すことを提案する。

戦士たちの修行は順調に続いていた。超サイヤ人となった悟空との力の差に憤るベジータは、ブリーフ博士に300Ｇの重力室を作らせ、修行を開始。激しい特訓の末に重力室を破壊し、大ケガを負って寝込んでしまった彼は、父と過ごした子供の頃の夢を見て、王子のプライドを再認識。悟空を超えるため、闘志を燃やす。

買い物帰りの山道で猪に襲われたチチは、楽しそうにエアカーを飛ばす夫婦の姿にフラストレーションを爆発させる!悟空とピッコロに免許を取れと命令するが、教習所でも意地を張り合う2人は、デッドヒートを繰り広げる始末…。そんなある日、雨の路上教習中に、幼稚園のバスが崖崩れに巻き込まれるのを目撃…。

修行を終え、約束の地点に集結した戦士。だが、トランクスの予告した10時間を過ぎても敵の気配は感じられない。その時、仙豆を届けて去っていったヤジロべーのスカイカーが突然爆発!ついに出現した人造人間たちは街に降りる。戦士たちは気配のない敵を探すのに戸惑うが、ついにヤムチャが人造人間を発見する…。

人造人間と対峙した悟空は、ヤムチャを傷つけ、無慈悲に街を破壊しつくす彼らの行為に激昂!闘いの場を他所に移し決着をつけようとする。そんな悟空に対し人造人間は「ドクター･ゲロは、悟空のこれまでの闘いを偵察したうえで自分たちを製造したため、自分らの実力は悟空を上回っている」と告げるが…。

超サイヤ人に変身した悟空の力は、人造人間たちの予想を遥かに上回っていた!あまりの強さに、驚きを隠せない人造人間たち。しかしピッコロは、超サイヤ人となった悟空のパワーが、以前ほどではないことに疑問と不安を抱く。そしてピッコロが懸念したとおり、闘いの趨勢は徐々に人造人間へと傾いていくのだった。

劣勢に立たされた悟空は仙豆を食べるが、一向に回復する気配がない。それもそのはず、悟空は心臓病に冒されていたのだ。それを知ったピッコロは悟空を助けに入るが、20号に妨害されてしまう。絶体絶命かと思われたその時、ベジータが現れ悟空を救出。だがピッコロは、ベジータでは19号を倒せないと危惧する…。

超サイヤ人として覚醒したベジータは19号を圧倒、たちまち破壊してみせる!その実力を目のあたりにした20号は、ベジータには勝てないと悟り逃走を始めた。しかし、追ってくるピッコロたちを目にした時、彼はある計画を画策する。ピッコロたちのエネルギーを吸収して自分の力にし、ベジータを倒そうというのだ。

気配がないという利点を活かし、ピッコロを襲撃してエネルギーを吸収する20号。しかし、悟飯のおかげで窮地を脱したピッコロは、逆に20号を圧倒していった。そこへ、以前に約束したとおりトランクスも未来から助力にかけつける。だが、19号や20号を見たトランクスは、驚愕の事実をベジータたちに告げたのだ…!!

ピッコロに追いつめられた20号だが、様子を見にやって来たブルマたちを襲撃し、その隙に研究所へと逃げ出す。残されたベジータたちは、トランクスとブルマから、20号がドクター･ゲロであることや、彼ら以外にも人造人間がいることを告げられる。それを知ったベジータは、嬉々としてドクター･ゲロの後を追うが…。

あくまでも人造人間17号＆18号との闘いを望むベジータに対し、その復活を阻止するよう説得をするトランクス。一方、ピッコロとクリリン、天津飯の3人は、手分けしてドクター･ゲロの研究所の捜索にあたる。だが、ドクター･ゲロの方がひと足早く研究所に戻り、ついに17号と18号を目覚めさせてしまうのだった!

17号と18号は、ドクター･ゲロを破壊し、残っていた人造人間16号をも目覚めさせてしまう。恐れていた事態の到来に、恐怖するトランクス。しかし3体の人造人間は、トランクスたちには目もくれず悟空の家を目指すのだった。そのことに自尊心を傷つけられたベジータは、トランクスの制止も聞かず、彼らの後を追う!

トランクスやピッコロの助力を頑なに拒むベジータは、単身18号に勝負を挑み、ほぼ互角の攻防をくり広げる。想像をはるかに越えるベジータの実力に、トランクスはもちろんのこと、さすがの17号たちも驚きを隠せない。しかし、無尽蔵のスタミナを有する18号に対し、ベジータの動きは下降線を辿る一方。そして…!

窮地のベジータを救出するため、18号に飛びかかるトランクス!だが、トランクスの攻撃は、軽く18号にかわされてしまう。ピッコロたちも、ベジータたちの救出に飛び出すが、今度は17号が18号のサポートにかけつけ、ピッコロたちを一蹴。そしてついに、ベジータも18号に完膚なきまでに叩きのめされてしまい…。

仙豆によって体力を回復したピッコロたちだが、人造人間のあまりの強さに愕然とする。プライドをズタズタにされたベジータは、復讐の誓いを胸にその場を立ち去ってしまった。一方ピッコロは、悟空を安全な場所に移すようクリリンに伝えると、自身はとある決意を固め、クリリンたちと別行動をとるのだった。

トランクスは「パラレルワールド」の仕組みに隠された事実に気付く。たとえ悟空たちが人造人間を倒したとしても、トランクスのいた悲惨な未来は変わらないのだ。未来のブルマは、もうひとつの平和な未来があってもいいと考え、タイムマシンを作ったのだ。しかし、もう一台のタイムマシンの存在が明らかとなり…。