神龍を呼び出すための合言葉を聞くために、クリリンは最長老のもとへと向かう。一方、デンデも合言葉を伝えるべくクリリンたちのもとへと向かっていた。ネイルと闘っていたフリーザは、この闘いがそのための時間稼ぎだったことを知って激怒。猛スピードで悟飯たちへと迫る。はたして神龍を呼び出すのは誰なのか!?

ついに現れたナメック星の神龍。かなえられる願いは3つだが、1人ずつしか生き返らせることができないという。迷う悟飯たちにピッコロは、自分を生き返らせ、さらにナメック星にワープさせて欲しいと呼びかける。残る願いはあと1つ。その時、悟飯たちに出し抜かれたベジータが、怒りの形相で神龍の前に現れた!!

願いがかなわず怒り狂うフリーザ。その気は悟飯たちを怯えさせるには、十分すぎる程に強大なものだった。だがベジータは3人で闘えば勝てると豪語する。ベジータもまた大幅にパワーアップしていたのだ。一方、悟飯たちのもとへと急ぐピッコロは瀕死のネイルを発見。ネイルは自分と同化しろとピッコロに提案する。

変身を開始したフリーザは、ベジータの父・ベジータ王を殺し惑星ベジータを破壊した時でさえ、一度も変身することはなかったと語る。そしてフリーザの変身は完了。巨大化した体から発する気は、今までとは比べものにならない。フリーザが軽く片手を振り上げるだけで、周囲はすべて吹き飛んでしまうのだった…!!

フリーザの角で腹を突き刺されたクリリンが、無残な姿で湖へと落ちていく…。その光景に怒りを爆発させた悟飯が、フリーザに猛攻撃をしかける。その力に驚くベジータ。超サイヤ人に一番近いのは悟飯なのだろうか!?だがその攻撃もフリーザには効かなかった。フリーザはさらに戦闘力を上げ、悟飯に襲いかかる。

悟飯への攻撃を目の当たりにしたベジータは、あまりの力の差に手を出すこともできない。フリーザが悟飯にとどめを刺そうとしたその瞬間、クリリンの気円斬がフリーザの尻尾を切った。不思議がるフリーザを挑発し、逃げ回るクリリン。そのスキをついてデンデが悟飯のもとへかけよる。デンデが持つ能力とは…。

ついに到着したピッコロが自信たっぷりにフリーザと対峙する。クリリンはそんなピッコロの態度に不安を隠せない。だがピッコロの自信は本物だった。クリリンと悟飯の手を借りずに、１人でフリーザと闘うピッコロ。あの凄まじいパワーのフリーザと互角の勝負をするピッコロの姿に、３人は希望を見出すのだった。

本気の力はまだまだこんなものじゃないというフリーザだが、ピッコロもまた重い服を着て闘っていた。服を脱ぎ本気になったピッコロの力は、フリーザに勝るとも劣らない程凄まじいものだった。それにも関わらず、余裕の態度を崩さないフリーザ。困惑するピッコロに対し、フリーザが語り始めた驚愕の事実とは…!?

２度目の変身を遂げたフリーザが執拗にピッコロを痛めつける。たまらず飛び出した悟飯は、フルパワーの気功波をフリーザに放つが、あとひと息というところで弾き返されてしまう。サイヤ人の強さを改めて認識したフリーザは最後の変身を開始。一方ベジータは、デンデの能力を利用して超サイヤ人になろうと目論む。

ついに真の姿を現したフリーザは、悟飯たちが見ることもできない超スピードの攻撃でデンデを殺してしまう。悟飯たちは３人がかりで攻撃するが、フリーザに触れることすらできない。ただ１人フリーザの攻撃が見えていたベジータは自信たっぷりにフリーザに挑む。ベジータは本当に超サイヤ人になったのだろうか!?

己を超サイヤ人だと信じて疑わないベジータは、フルパワーのエネルギー弾をフリーザへ放つが、蹴りだけで簡単にはじかれてしまう。その圧倒的な力の差に絶望。大粒の涙を流して、生まれて初めての挫折を知る…。完全に戦意を失ってしまったベジータに刻一刻と死が迫っていたその時、悟空の傷がついに完治した。

フリーザのもとへ到着した悟空。パワーアップを果たした悟空を見たベジータは、フリーザに「これが超サイヤ人」と告げる。しかしその瞬間、フリーザのビームがベジータの心臓を貫く!! 実力を見込んだ悟空にサイヤ人の誇りを託し、絶命したベジータ…。その遺体を埋葬した悟空は、フリーザへの怒りを爆発させる。

宇宙最大の闘いが、ついに始まった。闘いの最中、悟空に対し「ここまでやるサイヤ人は初めてだ」と、感心するフリーザ。そして悟空の実力を試すかのように、超能力で操った津波のようなマグマを浴びせかけるのだった。遠くで闘いを見守る仲間たちは、常識を超えるハイレベルな闘いに、ただ驚くことしかできない…。

悟飯を救うため、地球ではチチがナメック星へ飛び立つ準備を進めていた。同じ頃、悟空は気が読めないというフリーザの弱点を見ぬいて、２発のかめはめ波を使った不意打ちを成功させる。だが、カスリ傷１つ負わないフリーザは、超能力で悟空を攻撃。立て続けに金縛りを繰り出し、勝負にケリをつけようとする。

ウォーミングアップは終わりだと口を揃え、２人は戦いの場を地上へと移す。依然として余裕の笑みを浮かべるフリーザは、自らにハンデを課すと宣言。人を食ったようなその態度に、悟空は先制攻撃を仕掛けるのだった。一方ブルマはその頭脳が仇となり、カエルの姿をしたギニューにボディチェンジを食らう羽目に…。

悟空に隠された力を計算しても、マックスパワーの半分も出せば勝てると豪語するフリーザ。悟空はその立ち込める気から、虚勢ではないと感じとる。そして次の瞬間、フリーザのひじ打ちが悟空の顔面をとらえた。一方、地球では宇宙船の打ち上げが失敗。悟飯たちの前には、ブルマの身体を得たギニューが現れる。

悟飯たちと一緒にいたギニューは、ブルマからピッコロへ体を変えようとするが、悟飯に見破られて再びカエルに戻ってしまう。ブルマは元の体に戻れて大喜び。一方、悟空はフリーザの前に大苦戦。一気に追い込まれるも、仲間たちのことを思い出して再び反撃に転じる。そして20倍界王拳のかめはめ波で勝負に出るが…。

悟空が放った渾身の20倍界王拳かめはめ波も、フリーザには通用しなかった。手に傷をつけられたフリーザは激怒。再び一方的な猛攻で悟空を襲う。体力が限界の悟空は、最終奥義・元気玉にすべてを賭けることを決意する。その頃界王星には、隊長を除くギニュー特戦隊がごきげんなポーズで乗り込んでくる。

確実にフリーザを倒すために、時間を費やし巨大な元気玉を造ろうとする悟空。しかし、訝しがりつつも無防備な悟空を攻めていたフリーザは、水面に映る元気玉を見て悟空の作戦に気付いてしまう。万策尽きたと思われた瞬間、ピッコロが奇襲に出るが…。同じ頃、ギニュー特戦隊は界王星を乗っ取ろうと動き始める。

界王星を襲い始めたギニュー特戦隊に対し、修行を積んだヤムチャたちが互角の闘いを展開する。一方の悟空は、ピッコロの助けによって命拾いするも、元気玉の完成にはまだ時間が必要。懸命に時間を稼ぐピッコロに、悟飯とクリリンも加勢する。相次ぐ邪魔に激怒したフリーザは、星をまるごと消そうともくろむ！

界王星での一戦はギニュー特戦隊の敗退で決着し、ナメック星でも元気玉の超絶パワーの前にフリーザは散ったと思われた。しかし、歓喜に浸る悟空たちの前に再び姿を現すフリーザ！仲間たちはなす術もなく、次々と倒されてしまう。その時、限界を突破した怒りに震える悟空の体に、突如異変が起こり始める…!!

ついに超サイヤ人となった悟空。悟飯にピッコロを連れて地球へ帰るよう命ずると、驚愕パワーで怒涛の猛攻をフリーザにしかける。超サイヤ人相手でも勝てると踏んでいたフリーザだったが、指から発射した必殺の光線を次々とかわされてしまう。未だかつて経験したことのない脅威に、絶対的な自信も揺らぎ始め…。

悟空の猛攻に自尊心を傷つけられたフリーザは、ナメック星の破壊を決意。強大なエネルギー波を星の中枢へ撃ちこむ。しかし自爆を恐れパワーを抑制したため、星の爆発まで５分の余地を残してしまう。一方、宇宙船に辿り着いた悟飯は、地球へ戻るためブルマを探しに出発。そして悟空とフリーザの最後の闘いが始まった。

フリーザは30秒で悟空を倒すと豪語し、気を集中し始める。界王様はその隙をついて攻撃するよう悟空に勧めるが、フルパワーのフリーザを倒してクリリンの敵を討つのだと、その言葉を無視。悟空とフリーザの激闘が最高潮を迎え、ナメック星消滅の時は刻一刻と迫ってくる。ブルマは無事に救出できるのか…？

大地が割れ、消滅が迫るナメック星。その頃、地球ではミスター･ポポがドラゴンボールを集めていた。界王様の狙いはフリーザに殺されたナメック星人の復活、と同時にポルンガも復活させること。一方、悟飯たちの脱出まで時間稼ぎの闘いをする悟空だったが、悟飯とブルマが到着した宇宙船に思わぬトラブルが発生してしまう。

ナメック星の消滅まで３分を切った時、地球の神龍によって、フリーザに殺された者が蘇った。ナメック星の最長老も復活し、ポルンガが出現。皆の心に希望の光がさすものの、悟空がフリーザに痛恨の一撃を受けてしまう。父の気が消えたことを感知した悟飯は、引き止めようとするブルマに背を向けて宇宙船を飛び出す！

気をためなおして戻って来た悟空は、フリーザ以外の者のワープをポルンガに頼もうとする界王様に、自分も闘いに決着をつけるためナメック星に残ると宣言する。界王様は悩みぬいた末に了承、その願いはデンデによってポルンガに届けられた。そして消滅寸前のナメック星には悟空とフリーザのみが残された…。

ナメック星から地球にワープした者は、みな喜びに浸っていた。しかし悟空の状況を知り、不安を募らせる。ナメック星が消滅したら、悟空は生き延びることができないからだ。逆にベジータは自分が宇宙一になれると高笑い。悟空とフリーザの死闘は両者一歩も譲らぬまま、ついにタイムリミットまで１分を切り…！

力と力、誇りと誇りが激しくぶつかり合い、相譲らぬ戦いを続ける悟空とフリーザ。その頃地球では、ブルマが悟空の運命に不吉なものを感じていた…。そんなブルマの心配をよそに、悟空は次第にフリーザを圧倒!この世で誰も超えるはずのない自分を超える孫悟空の出現に、フリーザのとった恐るべき行動とは…!?

フリーザはフルパワーの反動によって気が減少、「たかがサイヤ人ごとき」に苦汁を嘗めさせられる。フリーザの渾身の一撃も、もはや悟空には通用しない。悟空の余裕の態度にフリーザは激昂、円盤状の気を放ち悟空を追いつめたかに思えたが、逆に自分の体を切断してしまう。命乞いをして、その命を繋ぎ止めたが…。

ナメック星のドラゴンボールなら、人間を何度も蘇らせることが可能だと知り、悟飯たちは歓喜の声を上げる。これで、クリリンと餃子を再び生き返らせることができるのだ。そしてナメック星では、悟空の圧勝でその死闘に終止符が打たれようとしていた。しかし立ち去る悟空の背後から、フリーザが最後の一撃を…。

ドラゴンボールを使えば、悟空とクリリンを死んだ場所に蘇らせることは可能だ。しかし、ナメック星が存在しない今、２人が生き返る場所は宇宙空間。２人を蘇らせるという希望は、一瞬にして絶望にかわった。その時、ベジータは２人の魂を地球に呼びよせてから生き返らせればいいと提案。果たして、その結末は…!?、リクームに対し１人で立ち向かう悟空。あまりにも落ち着いているその姿に不安を覚えるクリリンたちだったが、悟空はたった一撃でリクームを倒してしまう。