第23回天下一武道会から５年。悟空はチチと、彼の息子である悟飯と共に、山で平和に暮らしていた。そんなある日、不審な宇宙船が地球に到着する。中にいた男は「カカロット」なる人物を求めて、大きなパワーを持つ者を探し始める。その男が最初に向かった先には、打倒悟空のため修行を続けるピッコロの姿が…。

カメハウスに住む亀仙人とクリリンを５年ぶりに訪ねた悟空。再会を喜び合う皆の前に突如、悟空をカカロットと呼ぶ戦士が降り立つ。幼い頃の悟空と同じ尻尾を持つその男は、ラディッツと名乗り、自分は宇宙位置の強戦士族サイヤ人で、悟空の実の兄であると告げる。そして、悟空に仲間になれと命じるが…。

ラディッツに連れ去られた悟飯を取り戻そうとする悟空の前に、ピッコロが現れる。ピッコロと悟空は、打倒ラディッツのため、一時的にコンビを組む。２人はドラゴンレーダーを利用してラディッツの居所を突き止め戦いを挑むが、圧倒的な力の前に、手も足も出ない。レベルの違いに愕然とする２人に…。

歴然たる実力差を前に、なす術のない悟空とピッコロ。最期の望みとして、ピッコロは新必殺技「魔貫光殺砲」を放つが、間一髪でかわされてしまう。しかし、ラディッツがピッコロにとどめを刺そうとした瞬間、悟空が尻尾をつかみ形勢は逆転。だが、ラディッツの嘘に騙され、再び絶体絶命のピンチに立たされる…。

ラディッツが驚愕するほどの力を発して宇宙船から飛び出し、強烈な体当たりを食らわせる悟飯。その隙をつき、羽交い締めにされ身動きのできないラディッツを、悟空もろともピッコロの魔貫光殺砲が貫いた…！ラディッツは死の間際に、仲間である２人のサイヤ人が、１年後に地球を襲うと告げる。そして悟空も…。

神様に連れられ、閻魔大王のもとへやってきた悟空は、そこで、全宇宙の神の頂点に立つ界王様のもとで修行する許可を得る。界王星を目指して、百万キロあるという蛇の道を走り始める悟空。その頃、気絶したままの悟飯を連れ去ったピッコロは、１年後にサイヤ人に立ち向かう戦士としての悟飯の潜在能力を試す。

ピッコロによって荒野に置き去りにされた悟飯は、恐竜に襲われるが、あわやの瞬間に潜在能力が覚醒！高い岩場へと逃れるが、そのまま降りることが出来なくなってしまう。そんな悟飯を、ピッコロは隠れて見守る。一方、悟空は蛇の道で足を滑らせ、次々と伸びる黒い手に地獄に引きずり込まれそうになっていた。

悟空と悟飯のことをチチに伝えられないまま、カメハウスに戻ってしまったクリリン。しかし、突然帰ったクリリンを怪しみ、牛魔王と共にカメハウスを訪れたチチは、亀仙人から２人の行方を聞き失神…！そんな中、荒野の岩の上で途方にくれる悟飯は、家を想い満月を見上げる。すると、体にある異変が…。

砂漠に開いた穴に落ちた悟飯は、地下の古代遺跡で砂に埋もれたロボットを発見。ロボットは眠りを妨げるなと言うが、悟飯は嫌がられながらも何度もロボットを起こす。何かと面倒を見るうちに悟飯と打ち解けはじめるロボット。しかし、共に追跡から逃げ出そうとご飯が砂を掘り始めた途端、もろくなった遺跡の天井が…。

１年後の危機に備え、ヤムチャを訪ねるクリリン。武道から離れ、プロ野球選手として活躍していたヤムチャも、悟空の死とサイヤ人の来襲を知り、神様のもとで修行をする決心をする。そのころ、荒野でサバイバル生活を続けていた悟飯は、ケガをした草食恐竜の世話を始める。だがそこに獰猛な肉食恐竜が現れ…。

地球に向かうサイヤ人・ベジータとナッパは、その途中でアーリア星の略奪を目論む。だが、豊かな星だったアーリア星は、独裁者モアイが支配する荒廃した星となっていた。おとなしく城へ連行された２人ではあったが、ナッパが兵を一掃し、最終兵器の怪物をも易々と倒す。ベジータはモアイを殺し、民に感謝されるが…。

ランチに付きまとわれながらも、餃子と共に山奥の滝で修行を続けていた天津飯。スカウターを頼りにやって来たクリリンとブルマの話を聞き、神様の稽古を受けることを決める。同じ頃、やっとのことで蛇の道を半分まで進んだ悟空。しかし、道路清掃車の後ろに乗せてもらううちに疲れて眠りこんでしまい…。

天津飯たちは神様の修行を受けるべくカリン塔を登り始めた。同じ頃、悟空は寝ている間に蛇の道から滑り、地獄に落ちてしまう。戻れなくなった悟空が、円生樹の実を食べようとするのを鬼のゴズとメズが見とがめる。しかし事情を聞いた２人は、蛇の道への抜け道を教える条件として悟空に鬼ごっこを挑んでくる。

クリリンらは神様の神殿で特訓を開始する。そして、蛇の道に戻った悟空は途中で館を発見、不思議な力で吸い込まれてしまう。しかも館の主である蛇姫が悟空にひと目ぼれ。なんとか引き止めようと様々な策を弄するが、悟空は誘惑をことごとくかわし先を急ごうとする。さらに悟空が結婚していると知った蛇姫は…!?

悟空が、ようやく全道程の半分を過ぎた頃、荒野で修行中の悟飯はホームシックにかかり、家に戻ろうとしていた。しかし砂漠を抜けてたどり着いた海岸をいくら走っても、元の場所に戻ってしまう。不思議に思った悟飯は山へ登り、自分のいる場所が島であることを知る。それでも諦めず、イカダで脱出を試みるが…。

嵐に巻き込まれ、海に投げ出された悟飯は、打ち上げられた海岸で見知らぬ子供たちに助けられる。最年長のピゲロを中心に子供だけで廃墟に暮らす彼らは、親を失った孤児たちであった。彼らは孤児院への収容を拒み逃げ続けていたのだ。だが、悟飯と出会った翌日、ピゲロと悟飯を残して全員が捕まってしまい…。

荒野に戻りいよいよ本格的な修行を開始したピッコロと悟飯。その後、なかなか稽古をつけてくれない神様に業を煮やしたクリリンたちは、すべての時間が混ざり合うという部屋に案内され、時の旅へと送り出される。時空を越えた４人は突然謎の２人組に襲われるが、手も足も出ず…。

切られてから半年が経ち、尻尾が再生した悟飯はまたも巨大な猿に変身！ピッコロは即座に月を破壊しようとするが、いくら攻撃しても壊すことができない。攻撃を受けつけない怪しい月の存在に気付いたピッコロは…。その頃、やっと蛇の道の終点までたどり着いた悟空は、そこにあるはずの界王の家を探すのだが…。

界王星でついに界王様と出会った悟空。超ダジャレ好きである界王のギャグ試練（？）をなんとか突破し、いよいよ界王星での修行が始まった。地球の10倍もの重力下で、界王のペット・バブルス君を追いかけること３週間。見事に重力を克服し、バブルスを捕まえた悟空に、界王はある期待を寄せるのであった。

悟空は界王星で修行を終え、界王様直伝の超技・元気玉の威力を試す。だがサイヤ人は、予定より早く地球に近づきつつあった。さらに界王の計算ミスが発覚し、急遽下界へ戻ることになった悟空は、ドラゴンボールで復活。フルパワーで蛇の道を駆け戻るのだが…。そしてついに、最凶の悪夢が天より来襲した！

地球に降り立ったサイヤ人・ベジータとナッパは、最も高い戦闘能力を探し、ピッコロと悟飯のいる場所へ飛んだ。彼らのもとにクリリンも駆けつけ、現れたベジータらと対峙する。戦闘態勢をとるピッコロたちを前に、ベジータはナッパにある命令を下した。ナッパが土にまいた種が、一瞬のうちに不気味に育ち…。

土中より現れた６匹のサイバイマンとピッコロたち３人が激突！火花散る戦場に、天津飯と餃子、そしてヤムチャが駆けつけた。集結した６人の戦士に、ベジータはゲームと称してサイバイマンとの一騎打ちをもちかける。先鋒を買って出た天津飯は、一瞬にしてサイバイマンを撃破!!続くヤムチャも攻勢に出るが…。

怒れるクリリンの放った一撃がベジータたちを猛襲!!３匹のサイバイマンを殲滅し、辛うじて避けた１匹もピッコロが倒した。だが直撃を受けたはずのベジータとナッパは無傷。ベジータの許可を得てついに参戦したナッパは、天津飯の腕を力まかせに断ち落とし、５人を相手に圧倒的なパワーを見せつける!!

餃子の捨て身の自爆もナッパには通用しなかった…。その死に怒る天津飯だが、奮戦虚しく深手を負ってしまう。ピッコロ、クリリン、悟飯はナッパなわずかなスキをつき奇襲をかけるも、悟飯が恐怖で動けずあえなく失敗。ナッパ怒濤の猛攻のさなか、天津飯は餃子の仇を討つべく、残された最後の力を解放する!!

あえて悟空の到着を待つことにしたベジータは、ピッコロに３時間の猶予を与えた。おさまりがつかないナッパは、やってきた地球の軍隊を相手に大暴れ。壊滅させたうえ、都市までも消し去ってしまう。悟空の到着を願うクリリンだが、叶わないままに３時間が経過。再びナッパと相まみえるピッコロたちの運命やいかに!?

打倒サイヤ人の最後の秘策を胸に、ピッコロたち３人はナッパに襲いかかる。だがやっと掴んだ弱点の尻尾は、鍛錬により克服されていた。クリリン必殺の気円斬もかわされ、絶望の淵へと追い込まれたその刹那、ようやく戦場に近づく悟空の気配が…!!その予想外の戦闘力に焦るベジータは、３人の抹殺をナッパに命じる！

ナッパのエネルギー弾から悟飯を守り、ピッコロは荒野に散った…。悲しみ怒る悟飯が放った魔閃光も、ナッパを倒すには至らない。力のすべてを使い果たした悟飯に迫る、死の足音。身動きのとれない悟飯に、ナッパのトドメの一撃が振り下ろされた。だが次の瞬間、悟飯が目にしたのは、ついに到着した悟空の姿だった！

悟空は攻防あらゆる面でナッパを圧倒し、まったくツケ入るスキを与えない。怒りのあまり我を失うナッパをベジータは諫めるが、冷静になったナッパが放った最高の技さえも、悟空はかめはめ波で切り返してしまう！いら立つベジータに交代を命じられたナッパは、その怒りの矛先を悟飯とクリリンに向ける！

皆の仇討ちにはやる悟飯とクリリンをカメハウスへ帰し、悟空はベジータとただ２人、新たなる戦場に立った。悟空対ベジータ、天下分け目の超決戦がついに開始！悟空を遙かに上回る実力で圧倒するベジータに、悟空は界王拳で対抗する。だが２倍界王拳を持ってしても、その動きを捉えることができない。

限界を超えた３倍界王拳を駆使し、ベジータを猛襲する悟空。その力はベジータを凌いだものの、悟空の体も過大な負荷に耐えかねていた。プライドを傷つけられ逆上したベジータは、地球もろとも悟空を倒そうと、渾身のギャリック砲を撃つ。これに対抗するべく、運命を賭けた悟空のかめはめ波がベジータに向け放たれる！

自らの手で月を造り出し、大猿に変身したベジータ。通常時の10倍に達する戦闘力で襲いかかるベジータに立ち向かう術はただ１つ、元気玉だ。だが元気玉を作るには、精神を集中させるための時間を稼がなくてはならない。とっさに太陽拳を放ち、ベジータの目をくらませた悟空。地球全ての元気をその身に集めるが…。

戦場に駆けつけた悟飯とクリリンが目にしたのは、大猿の手に掴まれた瀕死の悟空だった。悟空を救うべく悟飯たちは大猿の尻尾を狙うが、決死の陽動作戦も失敗に終わる。絶体絶命と思われたその刹那、ヤジロベーの刀が、見事尻尾を切断！人間の姿に戻ったベジータだが、それでも悟飯たちの敵う相手ではなかった…。

悟空から元気玉を託されたクリリンは、悟飯と闘うベジータのスキを必死にうかがっていた。界王様の助言を受け、ついにベジータの悪の気をとらえたクリリン。だがヤジロベーの余計な一言が、ベジータにその気配を感づかせてしまう。ギリギリのところで避けられた、希望の一撃。非情にもその元気玉は悟飯の立つ方向へ…！

ベジータの衝撃を受け瀕死の悟飯だが、尻尾が再生していた！ベジータがヤジロベーと闘う間に大猿に変身した悟飯。理性を失い暴れる大猿だが、悟空からの必死の呼びかけが届いたのか、ついにベジータを急襲！ベジータはなんとか大猿の尻尾を切るが、倒れてくる巨体を避けられずに押し潰されてしまう。

長き死闘の果てに、ついにベジータを撃退した悟空たち。傷つき倒れる彼らをブルマたちが救出した。ピッコロが死んだため、神様もドラゴンボールも消滅。失われた命はもう戻らない。消沈するブルマたちだが、クリリンはある１つの可能性を考えていた。ベジータたちが言っていた、ナメック星のドラゴンボールとは？

ベジータとの闘いで生き残ったものの、大ケガを負って入院する悟空たち。また、ナメック星に行くための手段を探していたブルマは、サイヤ人の宇宙船を動かそうとして破壊してしまう。途方にくれる彼らに、ミスター・ポポが手を差しのべた。ポポとともに、地球の果てまでやって来たブルマたちが見たものとは…!?

ユンザビット高地にあった神様の宇宙船は、ブルマの家で改造が進められていた。あとは、誰が行くかを決めるだけ。しかし、頼りのミスター・ポポは、神様の神殿を留守にはできないと断る。メカにくわしいブルマとボディーガード役のクリリンが行くことになり、恩人のピッコロを生き返らせたい悟飯も名乗りを上げる。

１か月間の宇宙旅行がついにスタート。不安だらけで出発したものの、最初の１週間はトラブルもなく、クリリンと悟飯はイメージトレーニングに励み、ブルマは退屈を持て余していた。だが突然、ナゾの敵から攻撃を受け、一同はワナだらけの敵宇宙船内に取り込まれてしまう。脱出しようとするが、ブルマが敵の手に落ち…。