男孩夏罗有一个经常做的梦。在一个梦中，一位女神出现在他面前，告诉他他有一个任务。 然而，夏罗仍然不知道这个梦意味着什么。当夏罗醒来时，他让在镇上乱跑的双胞胎姐妹科罗娜和巴德帮他采摘水果和喂养宠物，然后就去了多米纳镇。在那里，夏罗遇到了鲁丽，她正在寻找一个人，脸上带着绝望的表情。

　　夏罗跟随鲁里进入梅基布的山洞，但他先遇到了鲁里要找的人，珍珠公主。 出于某种原因，珍珠公主称夏罗为 "哥哥大人"，并且很崇拜他。 夏罗和珍珠公主继续穿过山洞寻找鲁里，但在他们知道之前，他们与珍珠公主分开了。 夏罗能够与鲁里见面，他们两个人开始一起寻找珍珠公主。 与此同时，珍珠公主遇到了一个巨大的怪物。

　　夏罗决定和博伊德警部一起从多米纳小镇前往断崖城镇加德。两人抵达加德后，立即造访接获宝石小偷预告信的疗愈寺院，而那里也是在过去发生妖精战争时，拯救了许多士兵的「疗愈之火」的所在之处。两人分头行动，博伊德警部负责寺院的警备，夏罗则去寻找胸前有着宝石的珠魅。

　　夏罗和博伊德警部遵照珠宝窃贼的警告信前往波尔波塔镇的海滨酒店。他们两人努力调查珠宝盗窃案并找到宝石。在镇上采访时，他遇到了正在调查帝国船沉没之谜的骑士托马。从镇民口中得知有神秘力量宝石的存在后，夏罗和朋友们前往扎鲁君所在的海滨酒店。

　　夏罗的好友瑟拉菲娜将身受重伤的夏罗送回巴德和可洛娜等待的家中，三人拚命照顾因高烧不断呻吟的夏罗。多亏如此，夏罗终于睁开双眼，不过瑟拉菲娜已经先离开了。夏罗收到博伊德警部的信，要他不要再插手宝石小偷的事件。但夏罗下定了决心，为了获得更强大的武器动身前往雷利斯之塔。

　　夏罗、瑟拉菲娜、瑠璃、珍珠公主和爱梅洛德5个人，为了寻找爱梅洛德姊姊的核来到玛德拉海岸。第一次近距离看海的珍珠公主兴奋不已，而瑠璃及爱梅洛德则感觉到了珠魅的气息。就在这时，有个声音叫住了夏罗，声音的主人是企鹅瓦蕾莉。她正在玛德拉海岸孵着自己与爱人戴维的蛋。夏罗从瓦蕾莉口中得知了有关核的情报。

　　珍珠公主从旅馆消失了！夏罗和瑠璃焦急不已。就在两人怀疑是瑟拉菲娜带走她的时候，他们发现遗留在房内的信。尽管怀疑是陷阱，夏罗和瑠璃还是前往了梅奇布洞窟，而在那里等着他们的是受到拘束的珍珠公主和宝石小偷珊卓。珊卓以压倒性地实力差距打倒夏罗和瑠璃，强行要珍珠公主流泪，但……

　　回到位于沙漠中废墟城镇里的基地，珊卓带着至今收集的宝石前往光辉都市找宝石王。另一方面，夏罗和瑠璃追着当他们面离去的黑珍珠骑士往雷利斯之塔上层前进。「你无法逃避真相，特别是那些你该知道的事…」想起爵尔说过的话，两人在塔的最上层和亡魂战鬼对峙──。

在魔法都市吉欧的宝石店裡，亚雷克斯打开狭小的箱子，握住因恶梦呻吟的萤石公主的手。另一方面，夏罗和瑟拉菲娜也追著瑠璃和珍珠来到魔法都市吉欧。4人会合后结伴前往克莉丝缇商会。在那裡，瑠璃让珍珠公主见了名叫蒂雅娜的珠魅，但珍珠公主依然一无所知。随后夏罗等人听蒂雅娜讲起有关珠魅的历史。

瑠璃、珍珠公主和萤石公主3人在魔法都市吉欧的宝石店相遇，珍珠公主因此变回了名为黑珍珠骑士的另一个样貌。黑珍珠骑士逐一解开各种谜团，她向众人道出为了拯救萤石公主，而背叛珠魅一族的亚雷克珊德尔──也就是珊卓的祕密。随后夏罗和瑠璃带著萤石公主的意念，动身前往光辉都市。

　　夏罗跟琉璃来到光辉都市，珊卓在那里现身。琉璃上前逼问为何她要夺取珠魅的核，珊卓于是开始说起剥夺珠魅性命的缘由。夏罗与琉璃为了阻止珊卓的计划因而拔剑，然而珊卓呼唤了凶狠的宝石兽。使用了命运之剑，2人终于脱离险境，此时瑟拉菲娜却出现在他们面前。并且，她手中还……