少年シャイロにはよく見る夢があった。女神が現れて、自分には使命があると語りかけてくる、そんな夢。しかし、シャイロには、その夢が意味するところはまだわからなかった。目が覚めたシャイロは、町で暴れた双子の姉弟コロナとバドに果物の収穫やペットへのエサやりを手伝ってもらい、それからドミナの町に出かけることに。そこでシャイロは、切羽詰まった表情で人捜しをしている瑠璃に出会う。

瑠璃を追いかけてメキブの洞窟に入ったシャイロだったが、瑠璃が探している人物、真珠姫と先に出会ってしまう。なぜか真珠姫に、「おにいさま」と呼ばれて慕われるシャイロ。シャイロは真珠姫と一緒に、瑠璃を探して洞窟の中を進んでいたが、いつの間にか真珠姫とはぐれてしまっていた。瑠璃と合流できたシャイロは、今度は二人で真珠姫を探しはじめる。その頃、真珠姫は巨大なモンスターに遭遇していた。

シャイロとボイド警部は、宝石泥棒からの予告状を追って、ポルポタの町にあるシーサイドホテルにやってきた。宝石泥棒事件の捜査と珠魅探しにはげむ二人。町での聞き込みの途中に帝国船沈没事件の謎を探っている騎士トーマと出会う。不思議な力を宿した宝石の存在を町の住人から教えてもらったシャイロ達は、ザル魚君のいるシーサイドホテルへ向かう。

大ケガをしたシャイロをバドとコロナが待つ家まで連れ帰ってくれたのは、シャイロの友達のセラフィナだった。熱にうなされるシャイロを、一所懸命看病するセラフィナたち3人。そのおかげでシャイロは目を覚ますが、もうセラフィナは立ち去ったあとだった。ボイド警部からは、宝石泥棒にはもう関わらないよう注意を受けたシャイロ。だが、シャイロは決意のもと、より強力な武器を手に入れるためにレイリスの塔へと向かう。

魔法都市ジオにある魔法学園に入学してたったの2ヶ月で、持ち前の明るさと元気ですっかり馴染んでみせたセラフィナ。エメロードという友人もでき、魔法の授業でも実力を発揮していた。そんなとき、セラフィナはジオを訪れていたシャイロと再会する。シャイロは一緒に行動していた瑠璃と真珠姫を、セラフィナは友人であるエメロードを引き合わせた。そこでセラフィナは、エメロードが珠魅であると知る。

シャイロ、セラフィナ、瑠璃、真珠姫、エメロードの5人は、エメロードの姉の核を探すためにマドラ海岸にやってきた。近くで海を見るのは初めてという真珠姫が嬉しそうにはしゃぐ中、瑠璃とエメロードは珠魅の気配を感じはじめていた。そのときシャイロが声をかけられた。その相手はペンギンのヴァレリ。マドラ海岸で愛するデイビッドとの卵をあたためていたところだった。シャイロはヴァレリから、核に関する情報を手に入れる。

宿屋から真珠姫がいなくなった！焦るシャイロと瑠璃。セラフィナが連れ去ったのでは、と二人が考えていた時、部屋に残された置き手紙を見つけた。罠を疑いつつもメキブの洞窟に呼び出されたシャイロと瑠璃を待ち受けていたのは、拘束された真珠姫と宝石泥棒サンドラだった。圧倒的な実力でシャイロと瑠璃を圧倒したサンドラは、真珠姫に対して涙を流すよう強要するが……。

砂漠に埋もれた廃墟の町。そこにあるアジトへ戻ったサンドラは、これまでに集めた宝石を持って、煌めきの都市にいる宝石王のもとへ向かう。一方、シャイロと瑠璃は自分たちの目の前から立ち去ったレディパールを追って、レイリスの塔を駆けあがっていた。本当のことを知るため突き進む二人は、塔の最上階でデスペインと対峙する──。

狭い箱の中で悪夢にうなされている蛍姫。その箱を開けて蛍姫の手を握るアレックス。それは魔法都市ジオの宝石店での出来事。一方、シャイロとセラフィナも瑠璃と真珠姫を追って、魔法都市ジオにいた。合流した4人は手を取り合い、クリスティ商会に向かう。そこで瑠璃はディアナという珠魅に真珠姫を会わせるが、真珠姫は何のことだかわからない。そしてシャイロたちは、珠魅にまつわる過去の歴史を聞くこととなる。

魔法都市ジオの宝石店での瑠璃、真珠姫、蛍姫という3人の珠魅の邂逅。それによって真珠姫はレディパールという、もうひとつの姿を取り戻す。レディパールはさまざまな謎を解きあかしていく。語られるのは、蛍姫を救おうとして珠魅の一族を裏切った、サンドラことアレクサンドルの秘密。そして、シャイロと瑠璃は蛍姫から託された思いを胸に、煌めきの都市へと向かう。

瑠璃と煌めきの都市に立ったシャイロ。そこへサンドラが現れる。詰めよる瑠璃。「なぜ、珠魅の核を……！」サンドラは珠魅の命を奪いつづける理由について話し始めた。そんなサンドラの計画を止めようとシャイロと瑠璃は剣をかまえるが、サンドラは獰猛なジュエルビーストを出現させる。運命の剣によってようやく危地を脱した2人の前にセラフィナが現れ、そして、その手には……