同治十三年，同治皇帝驾崩，慈禧太后召众大臣商议立嗣之事，但她早已决定要醇亲王奕譞之子载湉过继成皇帝。载湉登基，改元光绪，慈安太后中途离去以表不满；其后奕譞为避嫌亦向慈禧请辞。慈禧不想光绪只顾玩乐，请来翁同龢教导光绪。慈安见光绪惦念母亲，让奕譞妻入宫探望，可是却被慈禧得悉，于是将光绪锁于房内。光绪感惊恐，偷偷逃去，却不慎跌倒，幸被路过的太监李莲英发现。慈安为此事质问慈禧，二人遂起争执，慈安拂袖而去。

慈安为表不欲与慈禧相争，拒见光绪。固伦好言相劝慈安，慈安终心软与光绪见面。李莲英梳头了得，被慈禧钦点服侍她。莲英成功令光绪自愿向慈禧请安，慈禧大喜。莲英受慈禧之命送礼物出宫，却遭午门护军阻止，莲英对路过的奕欣出言不逊，被奕欣重罚。慈禧为此革除三名护军之职，奕欣与慈禧理论，慈禧竟要罢免奕欣。慈安得知后，与慈禧争执，更警告莲英勿乱说话。慈禧往见活佛，法师推算慈禧此行有风险，还指「西风虽劲，东风更强」。

慈禧离开西山寺时遇强风，被抛出轿外，幸得巡城御史荣禄救驾。慈禧为《伊犁条约》烦恼之际，偶然看见「荣禄利我」四字，故赐封荣禄为内务府大臣。慈禧因长出白发而大动肝火，荣禄以布偶戏曲讨得她欢心。慈禧想起荣禄救驾之事，遂写下诗句，却被李莲英看见，他还向荣禄查问诗中含意。光绪穿着其母所赠的衣服，莲英遭慈禧斥责及赶走，荣禄遂自荐为慈禧按摩。荣禄得知慈禧寂寞，于是以春宫图成功慰解慈禧，并得慈禧主动倚靠其怀抱中。

慈禧四日不上朝，引众臣猜疑。李莲英见地位被荣禄抢走，借酒浇愁，酒后吐露慈禧与荣禄之事，让慈安听见；慈安撞破慈禧与荣禄的私情，欲以先帝遗诏教训她，却念及慈禧多年来为清廷劳心劳力而心软放过她。岂料慈禧竟动杀机，命莲英在慈安的食物下毒；慈安毒发身亡，被躲在暗处的光绪看见一切。事成后，慈禧即把慈安的遗体盖棺入殓，惹奕欣猜疑。慈禧心感被奕欣一直针对，于是藉着清廷与法国多次战败为由，将奕欣等人的官职革除。

慈禧杀死慈安后，经常产生幻觉，于是诚心礼佛，幻觉消失。光绪长大，但慈禧仍不愿还政予他。光绪微服出宫，遇上女扮男装的他他拉氏，光绪对她敢言的性格大表欣赏，并抬得其遗下的玉佩。慈禧暗示拒还政，翁同龢遂劝光绪向慈禧提出先训政三年才亲政，慈禧答允。慈禧打算安排光绪的表姐凤仪为后，光绪不悦。光绪重遇来选后的他他拉氏，她欲取回玉佩不果，与光绪起争执，却不知对方是皇上。选后时，光绪绕过凤仪，慈禧、固伦大表紧张。

光绪走在他他拉氏面前，慈禧大为紧张，光绪唯有走向凤仪，选她为隆裕皇后。慈禧指责光绪，光绪解释后，慈禧息怒，并接纳固伦建议，立他他拉氏两姊妹为瑾妃及珍妃。光绪冷待皇后，皇后表明心意，光绪终放开对皇后的偏见。慈禧要皇后将光绪与翁同龢的对话每日汇报，令光绪擢升大臣的计划被破坏。同龢怀疑皇后告密，光绪遂质问皇后，皇后赔罪，光绪愤而离去。皇后淋雨求光绪原谅，并指自己不敢违抗慈禧命令，光绪感同身受，原谅皇后。

光绪多日不上朝，被慈禧责骂，散心时又被珍妃触怒，于是将珍妃囚于柴房内。光绪经固伦劝说后，回复上朝，但事事仍要听从慈禧之意。瑾妃为珍妃求情，光绪释放珍妃。皇后带病跪见光绪，光绪却指心内有刺，慨叹二人有缘无份。适时珍妃听到二人对话，开始对光绪改观。光绪召见珍妃，遭李莲英阻止，其后光绪在御花园遇见珍妃，珍妃得知光绪之难处，决惩罚常搬规矩压制光绪的莲英。固伦安慰皇后，并劝皇后礼待珍妃，可望令光绪改变心意。

珍妃与皇后争吵，光绪替她解围时误推跌了皇后，皇后伤心地将定情玉佩交还光绪。李莲英触怒慈禧而被弃用，曾受莲英培育之恩的寇连才向慈禧求情，慈禧要连才侍奉光绪。日本签署《天津条约》后仍常驻兵到朝鲜，军机大臣李鸿章建议以外交途径解决，将责任一力承担。奕譞在家中吐血而死，慈禧拒让光绪出宫见他，光绪伤心不已。荣禄向慈禧送礼，慈禧让他回宫担任侍卫内大臣。颐和园落成，慈禧决意带走珍妃，欲制造机会让光绪与皇后相处。

慈禧迁入颐和园，却对政事未感放心。光绪与皇后日夕相处后，心内芥蒂消除。珍妃病倒，固伦提议将珍妃送回宫中，慈禧答应。皇后见珍妃回宫感威胁，加上慈禧催促产龙裔，于是往拜观音求子。珍妃言谈间取笑慈禧，被慈禧问话，幸得寇连才巧言解释，平息事件。慈禧再要求皇后汇报光绪之一举一动，皇后哭求慈禧收回承命，慈禧答允。光绪向皇后倾诉怀缅慈安之话传到慈禧耳中，慈禧刻意让光绪误以为是皇后出卖他，令光绪再次冷落皇后。

皇后感染风寒，但光绪拒绝探望，让皇后心死。朝鲜爆发农民起义，牙山清军被日军包围，光绪决定出兵。光绪与珍妃向慈禧禀告事件，慈禧答应出兵。甲午战争爆发，但慈禧六十大寿将至，于是慈禧召见李鸿章，得知清兵处于劣势，命其退军，岂料光绪坚持出战，展开了黄海之战。大寿当日，慈禧不理战况，只顾看戏，珍妃、光绪冒死向慈禧提出节省大寿开支来拨往军费，可惜不被接纳，还得悉黄海一战伤亡惨重，光绪悲痛不已，慈禧却无动于衷。

光绪责问李鸿章黄海战败之罪，因而得知大部分军费拨至建颐和园。慈禧表明停战后，光绪却继续再战，令慈禧不满，光绪愤而提出废帝，慈禧拒绝。皇后与李莲英设计陷害珍妃，怎料日军此时攻打天津，慈禧无心处理此事，放过珍妃。日本开出苛刻条款，逼鸿章签订《马关条约》。光绪在翁同龢的建议下，先行签署条约，再伺机参考南海举人康有为等人所建议变革图强。浙江军主导袁世凯认同有为的改革言论，可是却听到荣禄有意封杀有为等人。

清廷签了《中俄密约》，国内四分五裂。珍妃兄长及老师上书要求恭亲王复出，李莲英建议皇后藉此铲除珍妃，最后慈禧将珍妃降为贵人。光绪猜到是皇后陷害珍妃，怒掴皇后。皇后在慈禧面前哭诉，慈禧却警告她不要再搞事。翁同龢向有为请教治国之道，光绪对其「行新政、用新人」的意见大表赞同，可是向慈禧提出却换来一脸讨厌，慈禧还罢去同龢之差事。奕欣临终前劝慈禧放手予光绪治国，慈禧思前想后，决定封荣禄为大学士扶助光绪。

慈禧答应让光绪维新变法，自己则搬往颐和园休养。光绪召见康有为共商改革之事，并任命他为总理衙门章京，筹备变法事宜。光绪24年，清廷开始修政，光绪取消修葺紫禁城的拨款，引起众旧军机大臣不满，以罢工威胁。光绪听从翁同龢指示，与众大臣言和及作出让步，但大臣们竟要求光绪停用众汉人，光绪气得罢免四人职务。荣禄等人直闯颐和园，慈禧得知后要光绪废新政，光绪拒绝。荣禄向慈禧建议削新党势力之办法，更提出让同龢回乡。

光绪得知慈禧有意将他的帝位废除，与康有为等人商量后决定先杀荣禄，再派兵要求慈禧交出政权，并将此事交由袁世凯执行。岂料世凯被荣禄游说成功，还伪造手谕，指光绪有意谋害慈禧。慈禧与光绪对质，珍妃为光绪承担一切罪行，慈禧遂命人拉走珍妃，软禁光绪，并下旨缉拿与新政有关的人。固伦为光绪向慈禧求情，使慈禧猜到假手谕是荣禄捏造，但她念在能重夺大权，于是放过荣禄。戊戌维新失败，光绪茶饭不思，珍妃着连才带书信给光绪。

皇后见珍妃愿意为光绪顶罪，自愧不如，遂安排光绪与珍妃见面，岂料慈禧来至，更谎称是自己悉心安排，让光绪加深对皇后的误会。溥儁见一洋人持刀走进御花园，出手制止，使慈禧大为欣赏。荣禄使计令慈禧决定立溥儁为大阿哥，废除光绪之帝位。寇连才漏夜写下奏摺，冒死向慈禧进谏，求慈禧收回废帝的决定。光绪得知连才已死的消息，当场晕倒。西洋各国不满朝廷另立大阿哥，荣禄献计提议慈禧请光绪亲自主持溥儁的加冠大典，光绪竟答应。

光绪为溥儁加冠，却遭慈禧暗讽。民间组织义和拳杀害境内洋人，自称刀枪不入，还要取「一龙二虎」之人头，有大臣遂提议慈禧向他们招安，慈禧却决定围剿义和拳。载漪从中作梗，成功令慈禧召义和拳入宫，并将拳民编制，名为义和团。日本及德国公使要见光绪，溥儁阻挡两人的去路，并不满洋人的态度，于是要义和团教训二人。怎料义和团杀死两名公使，使大清与洋人关系势成水火。慈禧收到洋人的诏令，对其要求感无理，决定开战解决事件！

慈禧向八国宣战，珍妃担心载漪父子对光绪不利，遂请求固伦及皇后帮忙。皇后千辛万苦带走光绪，但光绪得悉要倚靠洋人相救后，竟拒离开，此时慈禧率众来至，将众人押回宫中。联军攻占天津，继而攻入北京，载漪建议慈禧避走西安，并带走光绪，免受洋人支持的光绪藉此重夺政权。光绪拒离开，慈禧求珍妃帮忙劝说，珍妃假意答应，实质劝光绪不要退避。慈禧临离开前，力数珍妃罪行，并命人推珍妃下井，珍妃反痛骂慈禧，然后自行投井自尽。

慈禧以光绪性命威胁皇后哄骗光绪离京；光绪惦念着珍妃，皇后道出珍妃已死，光绪愤然往杀慈禧惜不果，遂上吊自杀，幸得皇后相救，并答应皇后不再寻死。慈禧、光绪、皇后与众人失散，只好跟着民众逃难，更险遭义和团洗劫，幸清兵及时赶至相救。载漪劝溥儁不要再恃权闹事，怕其大阿哥地位不保，溥儁竟萌起杀光绪的念头。行刺失败，溥儁虽免一死，但遭慈禧废除其大阿哥之名号。李鸿章代表清廷与八国签订《辛丑条约》后，慈禧决定回京。

慈禧执意重用新任直隶总督的袁世凯。固伦以慈安死因的真相，威胁慈禧交出政权予光绪不果，反被困天牢。光绪为珍妃之死感内疚，表明难与皇后再一起，皇后遂跳井自尽，却被崔玉贵阻止。日本战胜俄国，载沣指日本得人心与其立宪制度有关，慈禧有意跟随。光绪弄断皇后之发钗，害在场的瑾妃被罚，光绪与慈禧理论之际，突然晕倒；光绪醒后，慈禧表示将来把政权交还予他，但光绪表明已心灰意冷。奕匡与世凯密谋立奕匡之贝勒为皇位继承人。

光绪前往探望固伦，却遭李莲英阻挠，光绪愤然怒掴莲英。袁世凯趁机游说莲英对付光绪，令慈禧废光绪皇位。慈禧因吸食过量鸦片致身体虚弱，决定戒烟，但莲英仍在慈禧的茶中加入鸦片，使慈禧病情恶化。慈禧向光绪表明于他寿辰日还政予他，光绪却无意再执政，更有意削发为僧。莲英谎称固伦已向光绪说出慈禧杀死慈安的秘密，慈禧为保清誉，决定向光绪下毒手。光绪驾崩后，慈禧立醇亲王之子溥仪为皇嗣后，气绝身亡。溥仪继位，改元宣统。

宣统成为皇帝，政事由载沣摄政，隆裕则效法慈禧垂帘听政，与载沣展开明争暗斗。孙文领导的革命军在武昌起义，载沣起用袁世凯对抗，世凯却向孙文提出共和，以保紫禁城内不变。中华民国成立，世凯成为第一任大总统，处处为难载沣。隆裕病重，但仍痛斥载沣未有为清廷尽力，终气愤离世。禁宫改由瑨妃、瑜妃、珣妃及瑾妃「四太妃」掌管，瑾妃升为端康太妃控制着宣统的生活，还要溥仪亲弟溥杰及堂弟溥佳进宫一同学习，岂料三人只顾玩乐。

众大臣决定联名上表宣统恩准袁世凯称帝，载沣虽极力反对，但最终无奈答允。世凯改元称帝，并自命「中华帝国洪宪皇帝」，可是不足百日，世凯被各方讨伐，气愤下一病不起。张勋率师于1917年回京复辟，可惜不足12日复辟失败，民国政府仍然掌控大权。民国政府为长大成人的宣统请来洋人老师庄士敦，庄士敦劝宣统亲政，宣统主动了解新文化运动的思想，更愿意接受外国文化及先进科技，并决定剪去长辫，端康赶来看见，气得当场晕倒。

宣统剪辫，令端康大怒，她遂将袁公公逐出宫，改由张谦和服侍宣统。端康与宣统为谦和起争执，二人不欢而散。六福晋要求宣统向端康赔罪，反被宣统指责，其后又被端康奚落，再加上回家后看见载沣与侍婢有私情，伤心下自杀。民国总统黎元洪派人向宣统提亲，宣统无奈接受，最后立婉容为后，文綉为妃。庄士敦表示有办法带宣统出宫见识世界，宣统经文綉鼓励后，决定与溥杰、溥佳出宫，可惜被载沣截获。在载沣的跪求下，宣统答应不离宫。

（大结局）宣统发现太监与大臣勾结变卖宫中文物牟利，于是将所有太监革职赶离宫，顺道减少内务府的开支。岂料内务府开支并未减少，宣统决定封驻日本大使郑孝胥为内务总管大臣，进行改革。端康病重，临终前劝宣统勿太信任孝胥。端康离世后，宣统自知难有作为，终日吃喝玩乐。1924年11月5日，民国代表鹿钟麟率兵闯入紫禁城，要宣统签纸退位，永远废除宣统的称号，并立即迁出紫禁城。最后宣统与各人缓缓步出紫禁城，依依不舍。