Detektyw przebywa w angielskim mieście Bristol, gdzie oskarżony jest o zabójstwo i ścigany przez agentów brytyjskiego wywiadu. W dodatku Murdoch nie pamięta kim jest, co się wydarzyło i jak znalazł się w Anglii. Schronienie znajduje w lokalnym pubie. Po wysłuchaniu jego niewiarygodnej historii, właścicielka baru Anna Fulford postanawia mu pomóc. Wspólnie próbują się dowiedzieć, kim jest Murdoch, czy rzeczywiście miał związek z popełnionym morderstwem i dlaczego agenci brytyjskiego wywiadu chcą go zabić.

Detektyw Murdoch prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa policjanta. Wyniki dochodzenia mogą jednak zagrozić jego karierze. Policjant został zamordowany w dzielnicy Chinatown. Sekcja zwłok wykazuje, że w organizmie policjanta znajdowały się podejrzane substancje.

W loży masońskiej zostaje zamordowany mężczyzna. Śledztwo wykazuje, że prowadził podwójne życie. Podczas ceremonii inicjacji do wspólnoty masońskiej, ginie jeden z jej nowych członków - Victor Bernard . Rozpoczyna się śledztwo. Komplikuje je fakt, że bractwo, w którego skład wchodzą najbardziej wpływowi mieszkańcy miasta, nie chce wyrazić zgody.

Syn inspektora Brackenreida zostaje porwany. Detektyw Murdoch ma niewiele czasu, aby odnaleźć chłopca.

Podczas nieuwagi żony inspektora, Bobby zostaje uprowadzony. Murdoch próbuje odnaleźć chłopca, jednak pracę utrudnia mu zrozpaczony Brackenreid . Okazuje się, że porywacze popełnili błąd i uprowadzili niewłaściwe dziecko. Ich celem był bowiem kolega Bobby’ego, syn bogatego biznesmena. Brackenreid i Murdoch zdają sobie sprawę z tego, że jeśli porywacze odkryją, że ich ofiarą jest dziecko biednego policjanta, mogą je zabić. Wkrótce okaże się, że kidnaperom chodzi nie tylko o pieniądze.

Detektyw Murdoch zajmuje się sprawą zabójstwa farmera. Do popełnienia zbrodni przyznaje się jego córka Charlotte. Murdoch podejrzewa, że sprawa jest jednak bardziej skomplikowana...

Murdoch prowadzi śledztwo w sprawie kradzieży obrazu Rembrandta i zabójstwa pilnującego go strażnika. Dzieło sztuki należało do wpływowej pary Jamesa i Sally Pendricków.

Jedna z artystek wędrownego cyrku ginie na arenie. Murdoch aresztuje całą trupę, aby odnaleźć winnego tragedii.

Sally i James Pendrickowie, których Murdoch poznał podczas poszukiwań zaginionego obrazu Rembrandta, powracają. Próbują przekonać detektywa do wstąpienia w szeregi towarzystwa eugenicznego.

Podczas budowy podpory mostu, budowniczy odkrywają doskonale zakonserwowane ciała kobiety i mężczyzny. Murdoch i doktor Ogden podejrzewają, że para została otruta. Wkrótce budowniczy odnajdują trzecie zwłoki należące do małego chłopca. Doktor Ogden przeprowadza skomplikowane testy, które dowodzą, że ciała zostały zakonserwowane przez kwaśne bagna otaczające rzekę Don River.

Cecil Fox , skazany za zabójstwo sędziego, trafia do więzienia, w którym ma zostać powieszony. Gdy egzekucja nie udaje się, Murdoch rozpoczyna ponowne śledztwo. Przesłuchuje kata, Theodore'a Pleasanta , prywatnie przyjaciela inspektora Brackenreida . Inspektor zdecydowanie odrzuca podejrzenia Murdocha, że Pleasant może mieć coś wspólnego z felerną egzekucją. Jednak w śledztwie pojawiają się nowe poszlaki, które potwierdzają podejrzenia Murdocha.

O dokonanie zabójstwa podejrzany jest fotograf Marcus Evans. Dochodzenie komplikuje fakt, że ofiara była zamieszana w ciemne interesy, w tym w szantażowanie - wraz z innym fotografem Collinem McTavishem - ważnego mieszkańca Toronto. Podczas szukania kolejnych śladów zbrodni, Murdoch natrafia na zaskakujące zdjęcia Sally Pendrick (Kate Greenhouse). W międzyczasie dochodzi do kolejnego morderstwa - ofiarą jest Collin McTavish.

W finałowym odcinku trzeciej serii Murdoch prowadzi dochodzenie w sprawie nietuzinkowej śmierci Morrisa Garbuta. Ciało mężczyzny wydaje się „ugotowane od środka”. Z pomocą wynalazcy Nicoli Tesli Murdoch dochodzi do wniosku, że Garbut był ofiarą nowego typu broni, wzorowanej na teoriach naukowych Tesli.