Dopo essere stato rapito da un gruppo di mercenari, Rokuro Okajima decide di cambiare vita unendosi ai suoi rapitori e diventando membro della Lagoon Company.

Dopo aver architettato un piano per liberare la Black Lagoon, Rock accetta l'offerta di diventare un membro della Lagoon Company.

Un gangster di nome Chin ingaggia il capo di una banda di mercenari rivale per attaccare la Black Lagoon e il suo equipaggio.

Durante una missione per recuperare un prezioso quadro da un sottomarino tedesco, la Black Lagoon viene assediata da un gruppo di neonazisti armati fino ai denti.

Dopo aver ritrovato il quadro, Revy insiste per cercare altri oggetti di valore nel sottomarino ignara dell'avvicinamento imminente di alcuni sub neonazisti.

La violenta incursione di Dutch e Revy sulla barca neonazista rivela fatti sconvolgenti sulla ragazza e sulla missione della Black Lagoon per recuperare il quadro.

L'equipaggio della Black Lagoon deve consegnare un giovane ostaggio a un cartello colombiano, ma l'identità del ragazzino mette in crisi Dutch.

Dopo aver scoperto che Roberta è un'avversaria spietata, l'equipaggio della Black Lagoon tenta la fuga insieme a Garcia.

Uno scontro a fuoco tra Revy e Roberta viene interrotto dall'arrivo di Balalaika e dei suoi soldati e Rock scopre la verità sulla ragazza.

L'equipaggio della Black Lagoon viene attaccato dai terroristi durante una missione per consegnare alla CIA informazioni riguardanti un'organizzazione criminale.

Durante l'interrogatorio con Takenaka, Rock scopre la verità ma per lui le sorprese non sono finite.

Una serie di omicidi sconvolge il gruppo Hotel Moscow. Durante una riunione dei maggiori esponenti del crimine organizzato, i principali sospetti ricadono su due bambini.

Dopo aver scoperto che i gemelli provengono dalla Romania, Rock e Chang vanno all'inseguimento dei pericolosi criminali.

Mentre Gretel prende in ostaggio Eda e chiede una barca per fuggire con suo fratello, Hansel affronta da solo gli uomini di Balalaika.

In fuga dalla mafia statunitense e da vari cacciatori di taglie, la contraffattrice di denaro Greenback Jane cerca rifugio nella Chiesa della violenza.

Eda cerca di aiutare Jane a eludere i cacciatori di taglie scappando sulla Black Lagoon, ma tutti i suoi tentativi falliscono.

Dopo l'inseguimento con i cacciatori di taglie per salvare Jane e gli altri, Dutch e Benny fanno una scioccante scoperta.

Rock e Revy accompagnano Balalaika in Giappone dove una famiglia della yakuza li incarica di annientare un clan rivale.

Mentre la faida tra Balalaika e il clan Washimine imperversa, Rock fa una scoperta sconvolgente su Yukio.

Yukio viene rapita subito dopo aver preso il controllo del clan Washimine, e Rock convince Ginji ad aiutare lui e Revy a cercarla.

Revy e Ginji prestano aiuto a Yukio che è impegnata in uno scontro contro Chaka. Più tardi la ragazza rimprovera Rock per aver tentato di salvarla da una vita criminale.

I soldati di Balalaika eliminano gran parte del clan Washimine, ma le tattiche usate dal gruppo Hotel Moscow durante l'attacco torneranno molto utili a Yukio.

Rock tenta di costringere Yukio a rinunciare alla vita criminale, ma incontra degli ostacoli che potrebbero rovinare i programmi che ha per lei.