Ο επιχειρηματίας Ρόκουρου Οκαζίμα έχει απαχθεί από πειρατές και θεωρείται νεκρός από την εταιρεία του. Στην πραγματικότητα, γίνεται μέλος ενός πειρατικού πληρώματος.

Ο Ροκ σχεδιάζει να καταστρέψει το αντιαρματικό όπλο που φέρεται να παγίδευσε το Black Lagoon. Η εταιρεία Lagoon δέχεται τον Ροκ ως νέο μέλος του πληρώματος.

Ένας μαφιόζος με το όνομα Τσιν οδηγεί τον Ντατς και το πλήρωμα του Black Lagoon σε μια ναυμαχία ενάντια στον Λουάκ, τον αρχηγό των αντίπαλων πειρατών.

Ενώ το Black Lagoon βρίσκεται σε αποστολή ανάκτησης ενός πολύτιμου πίνακα από ένα βυθισμένο υποβρύχιο, καταλαμβάνεται από Νεοναζί με τη βοήθεια πυραύλων.

Αφού βρίσκουν τον πίνακα στο βυθισμένο υποβρύχιο, ο Ροκ και η Ρέβι μαλώνουν αν πρέπει να ψάξουν και για άλλα λάφυρα, ενώ οι Νεοναζί δύτες πλησιάζουν στο ναυάγιο.

Η βίαιη επιδρομή του Ντατς και της Ρέβι στο νεοναζιστικό πλοίο οδηγεί σε εκπληκτικές αποκαλύψεις για την αποστολή εύρεσης του πίνακα της Ρέβι και του Black Lagoon.

Η δυσαρέσκεια της Ρέβι για την κοινή αποστολή με τον Ροκ μετριάζεται όταν εκείνος κατευνάζει τα πνεύματα κατά τη διάρκεια μιας συνδιαλλαγής με έναν έμπορο.

Το πλήρωμα του Black Lagoon πρέπει να παραδώσει έναν νεαρό όμηρο σε ένα κολομβιανό καρτέλ, αλλά ο Ντατς έχει κρίση συνείδησης όταν μαθαίνει την ταυτότητα του αγοριού.

Την ώρα που προσπαθούν να δραπετεύσουν με τον Γκαρσία, τα μέλη του πληρώματος ανακαλύπτουν, κάπως αργά, ότι η Ρομπέρτα αποτελεί μια ισχυρή αντίπαλο που καταζητείται.

Ο Ροκ μαθαίνει την αλήθεια για τους στρατιώτες της Μπαλαλάικα, όταν παρεμβαίνουν σε μια αντιπαράθεση μεταξύ της Ρέβι και της Ρομπέρτα.

Το πλήρωμα του Black Lagoon δέχεται επίθεση από τρομοκράτες, ενώ μεταφέρει σημαντικές πληροφορίες για μια τρομοκρατική οργάνωση στη CIA.

Ο Ροκ μαθαίνει την αλήθεια για τον Τακενάκα κατά τη διάρκεια μιας ανάκρισης και εκπλήσσεται ακόμα περισσότερο όταν διασώζεται από τη Ρέβι και τον Σεν Χουά.

Μια σειρά δολοφονιών με στόχο το Ξενοδοχείο Μόσχα οδηγεί σε μια συνάντηση των βαρόνων του εγκλήματος και οι υποψίες πέφτουν σε ένα ζευγάρι δίδυμων παιδιών.

Όταν ο Ροκ και ο Τσανγκ εντοπίζουν την προέλευση των διδύμων στη Ρουμανία, εμπλέκονται σε ένα θανατηφόρο παιχνίδι γάτας και ποντικιού με τα φονικά παιδιά.

Η Γκρέτελ κρατά όμηρο την Έντα, ζητώντας μια βάρκα για να αποδράσει η ίδια και ο αδελφός της. Ο Χάνσελ καταφέρνει να καθυστερήσει ολόκληρη την ομάδα της Μπαλαλάικα.

Η μαφία της Φλόριντα και διάφοροι κυνηγοί κεφαλών φτάνουν στην Εκκλησία της Βίας για να πιάσουν την Αμερικανίδα πλαστογράφο Τζέιν που αναζήτησε εκεί προστασία.

Η Έντα προσπαθεί να βοηθήσει την Τζέιν να γλιτώσει από τους κυνηγούς κεφαλών, αλλά τα σχέδιά της, όπως μια διαφυγή με το Black Lagoon, ανατρέπονται συνεχώς.

Ο Ντατς και ο Μπένι προσπαθούν να διασώσουν την Τζέιν και τους υπόλοιπους. Αναμένονται πολλές αποκαλύψεις μετά το τέλος του κυνηγητού από τους κυνηγούς κεφαλών.

Ο Ροκ κι η Ρέβι συνοδεύουν την Μπαλαλάικα στην Ιαπωνία, όπου αναλαμβάνουν μια δύσκολη αποστολή για να βγάλουν από τη μέση ένα μέλος της Γιακούζα για λογαριασμό τρίτων.

Ξεσπά πόλεμος μεταξύ της Μπαλαλάικα και της φατρίας Γουασίμιν και ο Ροκ κάνει μια σοκαριστική αποκάλυψη στη Γιούκιο, το κορίτσι που γνώρισε σε ένα φεστιβάλ.

Η Γιούκιο πέφτει θύμα απαγωγής μόλις παίρνει τον έλεγχο της φατρίας Γουασίμιν και ο Ροκ παρακαλά τον κύριο Γκίντζι να βοηθήσει εκείνον και τη Ρέβι να τη σώσουν.

Η Μπαλαλάικα έχει εξολοθρεύσει το μεγάλο μέρος της φατρίας Γουασίμιν, αλλά η Γιούκιο μαθαίνει την τεχνική του Ξενοδοχείου Μόσχα και τη χρησιμοποιεί προς όφελός της.

Ο Ροκ προσπαθεί να αποτραβήξει τη Γιούκιο από το έγκλημα, αλλά καταστάσεις που δεν ελέγχει ίσως σταθούν εμπόδιο στα σχέδιά του για το μέλλον της.