日本の商社、旭日重工に勤めるしがないサラリーマン、岡島緑郎。取引先にディスクを届ける旅の途中、海賊まがいのダッチ、レヴィ、ベニーに捕らわれ、訳のわからぬうちに誘拐されてしまう。彼らの狙いは、緑郎の持っていたディスク。見知らぬ地に上陸した緑郎は、三人とともにとんでもない襲撃に巻き込まれてしまい…。

襲撃したのは、エクストラオーダー社という「戦争屋」から派遣された傭兵たちだった。岡島緑郎＝ロックは事実隠蔽のために会社から見放されたのだ。なんとか海へ逃げたラグーン号を傭兵たちの乗る戦闘ヘリが追撃する。圧倒的な戦力差に追い詰められるラグーン号。そんな中、ロックは正気とは思えない作戦を口にして…。

ラグーン号のクルーとなったロック。そして交渉役として一応の仕事をこなしていたある日、ロアナプラの街に構えたオフィスでひと時の休息を楽しんでいたラグーン商会に、横領品受け取りの依頼が舞い込む。だが、依頼はロシアンマフィアの元で仕事を受けるようになった彼らを逆恨みした者が仕掛けた罠だった…。

終戦間近のインド洋で連合軍によって撃沈された一隻のUボート。その艦内には『ブリュンヒルデに導かれし十二名の騎士』という絵画が残されていた。ラグーン商会の今回の仕事はその絵画を引き上げること。ダイビングの経験があると口を滑らせたため、回収作業をするハメになったロックはレヴィとサルベージを開始して…。

Uボートの艦内に侵入したロックとレヴィ。一方、ラグーン号は突然攻撃してきた船舶の様子をうかがっていた。彼らの目的はラグーン号同様、沈没したUボートの探索らしく、潜水ポッドを降ろし作業に入る。このままでは艦内のロックたちと鉢合わせてしまう。なす術のないダッチたちはチャンスをうかがうことに…。

不審船から潜入した一団の襲撃を受け、レヴィたちは目的の絵を奪われてしまった。その絵を奪った彼らはナチスの遺産であるその絵を狙う、ネオナチの一団。相手の充実した装備に加え、依頼に提示された異常に高いギャラに不審を抱きながらも、ダッチとレヴィは絵を取り戻すべく、ネオナチの船へ襲撃を試みるが…。

潜水艦での一件以来、ロックとレヴィの間は気まずいまま。険悪な雰囲気を漂わせたまま、二人はダッチの使いを黙々とこなす。最後に武器を受け取るべく訪れた教会では、ロックの機転で老獪なシスターを相手にした駆け引きに成功するも状況は変わらなかった。昼食の席で「もう謝らない」と宣言したロックにレヴィは…。

武器の受け渡しを終えたラグーン号が受け取った荷物は、白人の少年だった。戸惑うロックに、荷物に余計な感情移入は必要ないと言うダッチ。少年のかわいげのなさにキレたレヴィに代わって見張りをすることになったロックは、激しい反発にさらされながらも、彼が南米十三家族、ラブレス家の次期当主であると確信して…。

イエローフフラッグに現れたのは、ラブレス家に仕えるハウスメイドであるロベルタだった。自分を囲むコロンビア・カルテルを相手に物怖じもせずに対峙したロベルタは、彼らと大銃撃戦を展開する。ロックたちはこの件から手を引くことを決意、少年をその場に置いて、銃撃戦のただなかから抜け出そうとするが…。

イエローフラッグから辛くも脱出したラグーン号の面々だが、ロベルタの追撃は続く。夜のロアナプラを舞台に、派手なカーチェイスを繰り広げるロックたち。ついにロベルタに捉えられたロックたちの車は、埠頭に積まれたコンテナの山に突っ込んでしまう。それでも起き上がってくるロベルタに万事休すと思われたその時…。

テロリストによって事務所を爆破された香港マフィアの張から、ラグーン商会に緊急の依頼が舞い込む。内容はアメリカに対するテロ計画書の運送。この仕事には慎重を期して、それぞれに目的地が設定された五つのチームが用意されていた。依頼の最中、張の事務所に続き、ラグーン商会も容赦のない襲撃を受けるが…。

ホテル・モスクワ配下の店が何者かに襲撃される。各勢力が危ういバランスでひしめき合っているロアナプラにおいて、均衡を崩すべく動いているのは何者か。マフィアの連絡会は、よそ者の犯行と断定する。そんな中、またも事件が発生。生き残ったバーテンの証言によると、惨劇を巻き起こしたのは二人の少年少女だという…。

バラライカは直属部隊「遊撃隊」を投入し、事態の解決に本腰を入れ始める。手掛かりとなったのは、二人の子供が残した言葉。そこからロックが割り出した情報をヒントに、ついにバラライカは解決の糸口を見つけ出す。賞金を狙う殺し屋たちがひしめく街で、実行犯である二人の子供たちは餌を求めるように再び動き始める…。

双子と遭遇したレヴィとエダは、取引を持ちかけられるが、ホテル・モスクワも巻き込んだ銃撃戦に発展、双子を逃がしてしまう。しかし遊撃隊は混乱していると見せかけて双子をある地点へと追い込んでいたのだ。ついに対面するバラライカと双子の片割れ。一方、エダは双子の一人に逃がし屋を紹介するよう脅されていた…。

フロリダのヌエヴォ・ラレド・カルテルから旧ドル紙幣の偽札作りを依頼されたジェーンは、原版の完成を急がされていた。偽札の完成度にしか興味のない彼女たちに、業を煮やしたカルテルのエルヴィスは仲間の一人であるテオを撃ち殺す。チームの要である彼を殺されたことで、カルテルに愛想を尽かしたジェーンは…。

ジェーンと偽札の原版の回収を依頼されたシェンホアらロアナプラの仕事師たち。ジェーンの泊まるモーテルに踏み込んだ彼らは、ジェーンをとり逃してしまう。ジェーンを金づるとにらんだエダが援助を断った彼女の気を変えるために流した情報に騙されたためだった。ジェーンを確保してラグーン号に向かうレヴィたちだが…。

シェンホアら仕事師との戦いで焼け落ちるラグーン商会の乾ドック。彼女らから辛くも逃れたロックとジェーンは、同じくシェンホアから逃れたレヴィとエダと合流して、崩壊するドックから脱出する。仕事を終え、ロアナプラへと戻るラグーン号では、ダッチとベニーが異変を察知、レヴィたちと合流すべく行動を開始するが…。

バラライカの通訳として、再び日本の土を踏むことになったロック。そのバラライカは新宿・歌舞伎町にシマを持つ鷲峰組の坂東という男から会談を申し込まれていた。そして会談の後、立ち寄った神社の高市で、レヴィが的屋ともめてしまう。その騒ぎに引き寄せられるように、背の高い男と女学生が現れるが…。

香砂会に対して容赦なく攻撃を加え、資金源をつぶしていくホテル・モスクワ。鷲峰組との会談で、香砂会への次なる攻撃について語るバラライカに坂東たちは慌て始める。そんな中、レヴィに興味を示した鷲峰組組員、チャカは、彼女に軽くいなされた腹いせにロックに手を出し、その場はことなきを得るも遺恨を残すことに…。

鷲峰組と訣別したバラライカは遠い過去に思いを馳せ、任務を冷徹にこなす。一方、鷲峰組の跡目を継ぐことを決意した雪緒はバラライカの行方を追う。ホテル・モスクワへの反撃を開始した鷲峰組は、東京を取り仕切っているラプチェフを襲撃。厚木を訪れていたロックたちは抗争のニュースを聞き、雪緒の元へ向かうが…。

鷲峰組の屋敷からチャカたちに拉致された雪緒を追って、レヴィとロック、そして銀次はとあるボウリング場へと向かう。正面から突入し、チャカの配下のチンピラたちを蹴散らすレヴィと銀次。レヴィとの勝負を望むチャカは、お膳立てのために雪緒を連れて逃げる。だが途中、ロックに阻まれ、雪緒を取り逃がすことに…。

バラライカと配下のヴィソトニキによる鷲峰組への攻撃は熾烈を極める。相手の正体に気付き、歯噛みする雪緒だが、香砂会との会談も物別れに終わり、和平会の調停もあてにならない状況で、思いも寄らぬ反撃に出る。一方、助けたはずの雪緒の口に紡がれた意外な言葉に思い悩みロックはレヴィに苦い思いをぶつけてしまい…。

手打ちを持ちかけてきた香砂会との会談に臨んだバラライカは、彼らとの共闘を断り、屋敷を取り囲む機動隊を尻目に脱出した。バラライカから鷲峰組との抗争終結を告げられたロックは、雪緒に知らせるため、レヴィとバイクを走らせる。そんな二人と遭遇した雪緒は、ロックの説得も虚しくバラライカへの報復を口にして…。