Quando Jaden arriva in ritardo all'esame di ammissione alla Duel Academy deve andare oltre le aspettative per dimostrare che merita di fare il grande passo!

La classe entrante viene accolta alla Duel Academy, ma Jaden trova un'accoglienza non proprio calorosa da parte del matricola Chazz quando viene sfidato a un duello .

Quando Syrus inciampa nel dormitorio delle ragazze mette se stesso e Jaden in pericolo di essere espulso costringendo Jaden a vincere un duello per conquistare la loro libertà.

È il giorno del Duel Monsters Spirit Day all'Accademia, ma quando qualcuno che assomiglia molto alla Ragazza Mago Oscuro si presenta per l'annuale Duello in Costume Syrus fa follie.

Quando Jaden e la squadra si aggirano in un dormitorio abbandonato incontrano un misterioso duellante che sostiene di aver portato Alexis nel Regno delle Ombre, e a meno che Jaden non lo faccia duellare, la terrà lì.

Jaden continua il suo duello con il misterioso Duellante delle Ombre, combattendo ora non solo per l'anima di Alexis, ma anche per la sua!

Jaden e Syrus sono stati catturati per essersi introdotti nel dormitorio abbandonato e vengono condannati a un duello a squadre dove, se perdono, vengono espulsi, quindi per prepararsi al grande match decidono di sfidarsi a duello!

Per aiutare Syrus a superare alcuni seri problemi di fiducia che ha, Jaden guarda al duello di Zane, il fratello maggiore di Syrus e il miglior duellante della Duel Academy!

Quando il padre di Chumley viene a ritirarlo dalla Duel Academy, Jaden e Syrus stanno al fianco del loro amico e lo mettono alla prova quando cerca di sconfiggere il padre per poter rimanere.

Per essere stati sorpresi a trovarsi nella zona off limits dei vecchi dormitori di Obelisx, Jaden e Syrus devono affrontare 2 duellanti professionisti, i fratelli Paradox. Se perdono, sono fuori dall'accademia.

Il duello del tag team è in corso. Ci vorrà un lavoro di squadra per sconfiggere i fratelli Paradox. Syrus è ancora insicuro di se stesso, ma è determinato a non deludere il suo amico/partner Jaden

Dopo l'ultima sconfitta di Chazz da parte di Jaden, Crowler comincia a dubitare della capacità di duello di Chazz. Ha Bastion duello Chazz. Se Chazz può sconfiggere Bastion è ancora degno. Se Bastion vince, gli verrà offerto un posto a Obelisx blu.

Quando Chazz scompare improvvisamente, Jaden e la squadra vanno a cercarlo, ma invece di trovare Chazz, trovano una scimmia duellante che prende in ostaggio uno degli amici di Alexis.

Dopo che alcuni studenti hanno evocato per sbaglio un Mostro del Duello per davvero, spetta a Jaden sfidarlo a duello e riconquistare le loro anime.

Jaden e il capitano della squadra di tennis si affrontano in un duello. Il vincitore della partita diventa la fidanzata di Alexis

Dopo che un minaccioso Duel Giant viene visto in giro per il campus, il dottor Crowler convince Jaden a rintracciarlo, ma quando Jaden raggiunge il Titano, deve batterlo in un duello o diventare la sua prossima vittima.

Quando qualcuno ruba dal Card Shack, Jaden e la squadra vanno a farsi una bistecca per catturare il colpevole, ma quando il ladro si rivela essere un ex studente che vive nella giungla, ne consegue un vero e proprio selvaggio duello.

Un duellante imitatore ruba il mazzo e i manierismi di Yugi Muto, e Jaden deve duellare con lui per riconquistarlo.

Il duello di Jaden con l'imitatore continua. Jaden deve trovare il punto debole del mazzo di Yugi per sconfiggere l'avversario

Un nuovo studente arriva e si trasferisce con Jaden e Syrus. Presto Jaden becca il nuovo studente che si introduce nella stanza di Zane. Lo sfida a duello per scoprire cosa vuole veramente lo studente.

Bastion crede di aver finalmente trovato un modo per sconfiggere Jaden. Bastion e Jaden si battono a duello davanti a tutta la scuola. Bastion ha trovato un modo per impedire a Jaden di evocare alcune delle sue carte più potenti.

Jaden sta lottando nel suo duello con Bastion. Il vincitore di questo duello sfiderà il campione di un'accademia duellante rivale.

Crowler odia l'idea che Jaden rappresenti l'Accademia al duello scolastico. Ha un duello studentesco speciale Jaden. Lo studente ha la capacità di far addormentare la gente.

Quando Chazz finisce naufragato in mare, si ritrova improvvisamente alle porte della North Academy e in un duello a cinquanta uomini per dimostrare il suo valore

Chazz e Jaden si affrontano nel duello della scuola. Chazz ha un nuovo mazzo di carte e i suoi fratelli sono venuti a metterlo sotto pressione. Il duello viene trasmesso in tutto il mondo.

La libertà è in gioco perché Jaden e Chazz continuano a battersi a duello per la scuola - e per l'orgoglio personale!

Quando Jaden e la squadra rimangono intrappolati in un mondo antico, spetta a Jaden vincere un duello o essere sepolto vivo con il resto dei suoi amici.

Jaden continua a combattere nel duello della sua vita per salvare i suoi amici e la possibilità di tornare nel suo mondo

Quando i Cavalieri dell'Ombra scendono sulla Duel Academy per scatenare le tre Sacre Carte della Bestia, Jaden è il primo a difendere la scuola.

Jaden continua il suo duello contro il Cavaliere dell'Ombra conosciuto come Nightshroud, che ha dei misteri in più!

Una vampira di nome Camula è la seconda Shadow Rider ad arrivare alla Duel Academy, ma non è lì per succhiare sangue, è lì per succhiare anime!

Camula continua a scatenare il caos alla Duel Academy, questa volta puntando su Zane.

Jaden si fa avanti per affrontare Camula con le anime del dottor Crowler e di Zane in gioco.

Jaden e la banda vengono risucchiati in uno strano vortice dove un duellante che assomiglia in modo impressionante a Kaiba costringe Jaden ad affrontare le sue peggiori paure o a farsi superare da loro!

I fratelli di Chazz sono tornati alla Duel Academy per vendicarsi, costringendo Chazz ad affrontarli in un duello dove se perde, l'atto di proprietà della Duel Academy passerà a loro!

La terza Shadow Rider arriva e usa tutte le sue astuzie femminili e il suo fascino per distrarre Bastion.

Jaden deve duellare con Tania per far uscire Bastion da uno stato di torpore e impedire ai Shadow Riders di vincere un'altra Spirit Key!

Un pirata sfida Jaden a un duello dove, se perde, sarà costretto a diventare il primo ufficiale di una nuova Duel Academy sul fondo dell'oceano!

Nel disperato tentativo di ottenere le rimanenti Spirit Keys, un'unità dei Shadow Riders chiamata gli Scorpioni Oscuri le rubano... ma finiscono per affrontare Chazz in un duello per sbloccare i loro poteri magici.

Il quinto Shadow Rider si scatena sulla Duel Academy, e con un record di duelli imbattuto e una reputazione leggendaria, è il più potente mai esistito... o no?

Titano il Duellante dell'Ombra convince Alexis a duellare con lui promettendo di restituire il ricordo del fratello a lei se vince... ma se perde, sarà lei a dover essere salvata!

È il giorno dello Spirito dei Mostri Duello all'Accademia, ma quando qualcuno che assomiglia molto alla Ragazza Mago Oscuro si presenta all'annuale Duello in Costume, Syrus diventa pazzo.

Un misterioso giocatore d'azzardo si presenta alla Duel Academy, ed è deciso a duellare Alexis per dimostrare le sue capacità e il suo... amore?

Quando Jaden e la squadra vanno alla ricerca del Professor Banner, trovano invece il settimo Shadow Rider, che è ancora più pericoloso di quanto abbiano mai temuto.

Jaden deve affrontare Amnael, il settimo Shadow Rider, in un match che deciderà non solo il suo destino ma anche il destino di tutti i suoi amici!

Dopo aver appreso che il settimo Shadow Rider è in realtà il professor Banner, Jaden deve raggiungere un nuovo livello di competenza nel duello per vincere la partita ad alta posta in gioco.

Chazz organizza un duello con Alexis per dimostrarle il suo amore, ma Alexis ha altre idee.

Kagemaru, il leader dei Cavalieri dell'Ombra, scende sulla Duel Academy ed esige un duello con Jaden per poter svegliare le Bestie Sacre e conquistare il potere di governare il mondo!

Kagemaru e Jaden si sfidano a duello con tutte le loro forze, mentre il destino del mondo e gli spiriti dei mostri duellanti sono in bilico!

Il sogno di Chumly di diventare un designer di carte potrebbe diventare realtà. Una carta da lui disegnata è stata accettata dall'azienda di Pegusus. Ha solo bisogno di una raccomandazione da parte della scuola per ottenere il lavoro.

Il miglior studente diplomato può scegliere il suo avversario per un duello di fine anno scolastico. Zane chiede a Jaden di duellare con lui. Il duello non va così bene come sperava Zane, Jaden non sembra duellare nel suo solito stile.

Il duello tra Zane e Jaden continua. Jaden sta finalmente duellando come ha sempre fatto. Zane spiega perché ha scelto Jaden come avversario.

Il secondo anno alla Duel Academy inizia con un botto mentre una matricola sconosciuta sfida Jaden a duello!

Quando Syrus si imbatte nel dormitorio delle ragazze, mette se stesso e Jaden in pericolo di essere espulso, costringendo Jaden a vincere un duello per conquistare la loro libertà.

Jaden viene alle mani con un bullo della scuola per riconquistare i dischi del duello che ha rubato.

Syrus si schiera contro Missy, la duellante degli insetti, per la possibilità di avanzare a Ra Yellow!

Zane, ora un duellante professionista, si scontra con il professionista di alto livello Aster Phoenix, come riferisce di un misterioso "demone" che provoca uno spavento locale.

Aster accusa pubblicamente Jaden di aver copiato il suo gioco, pur non citandolo, e si dimostra il migliore sfidandolo a duello - ancora una volta, ma questa volta con un mazzo sorprendente.

Il duello raggiunge un punto inaspettato in cui Aster prende il sopravvento, in relazione al suo passato abbandonato, e sconfigge vendicativamente Jaden che cede alla disperazione.

Per fare pubblicità, Crowler cerca di trasformare Alexis e suo fratello Atticus in un duo di duellanti popstar!

Il sempre sinistro e sempre inquietante Sartorius arriva sull'isola dell'Accademia e punta su Chazz Princeton.

Incapace di duellare, Jaden parte alla ricerca di risposte e finisce in uno strano mondo abitato da... delfini parlanti?

Un bizzarro chef si scontra in un bizzarro duello contro Hassleberry per un assaggio della sua Pot Roast Surprise!

Dopo aver litigato per settimane su chi è il vero migliore amico di Jaden, Syrus e Hassleberry decidono di risolvere la questione con un duello!

Dopo aver toccato il fondo, Zane incontra il sinistro signor Sindone che lo convince ad unirsi ad una pericolosa lega di duelli clandestini!

Dopo aver vagato per giorni senza mangiare, Jaden inizia ad avere allucinazioni sui suoi duelli passati.

Nel suo trionfale ritorno alla Duel Academy, Jaden affronta Aster Phoenix in una battaglia per salvare il suo dormitorio.

Jaden ha molto da imparare sul suo nuovo mazzo di carte mentre gli Aster's Destiny Heroes continuano a devastarlo!

I capi della scuola vanno testa a testa mentre Crowler affronta Bonaparte per proteggere il dormitorio di Slifer Red dalla distruzione!

Chazz, ora sotto l'influenza del malvagio Maestro Sartorius, cerca di convincere Alexis ad aderire alla Società della Luce.

Jaden affronta il tre volte campione di videogiochi Lorenzo per proteggere il suo dormitorio. Ma Lorenzo lavora per il malvagio Maestro Sartorius?

Jaden affronta uno squallido avvocato, noto come X, la cui strategia è distruggere il mazzo del suo avversario!

Nella sua continua ricerca di potenti duellanti, Sartorius punta su Hassleberry. Ma Sartorius non sa che questo duellante dino ha un segreto sorprendente!

Sartorius manda la sua squadra di duellanti per far fuori i migliori amici di Jaden.

Syrus e Hassleberry sono in pericolo per il brutto tempo; Frost e Thunder continuano il loro feroce attacco.

L'ultimo membro superstite della Brigata Leggera assume Jaden. Ma chi c'è davvero dietro questo duello?

Jaden e Aster combattono contro Sarina e la sua compagna di duello.

Il duello continua tra Aster; Jaden e Sarina.

Jaden viene sfidato a duello da una misteriosa ragazza con un segreto scioccante!

Il fanatico del game show Bob Banter sfida Jaden a duello per impressionare Alexis.

Alla disperata ricerca di attenzione, Bastion irrompe nel dormitorio bianco e chiede di essere ammesso come membro.

Zane sale in "cima al mondo" per affrontare il suo ex maestro... il Cancelliere Sheppard!

Il Cancelliere Shepphard dichiara l'apertura del Torneo GX. Si tratta di un importante torneo a cui parteciperanno i pro duellanti mondiali e gli studenti della Duel Academy Island. Sartorious si avvicina quindi al duello contro un campione europeo, il principe Ojin.

Qualcuno ha rubato il Drago Alato di Ra e lo sta usando per causare caos e distruzione alla Duel Academy!

Il duellante professionista e star di Broadway Orlando affronta Jaden in un duello che è un vero e proprio showtopper!

Jaden combatte Chazz nel tentativo di spezzare la presa di Sartorius su di lui.

Jaden, con l'aiuto della OJAMAS, cerca di dare un po' di buon senso a Chazz.

L'alter ego di Atticus torna ad affrontare Zane in un gioco di ombre!

Nel tentativo di salvare la loro carriera, Crowler e Bonaparte si avvalgono dell'aiuto di due vecchi amici, Damon e il Piccolo Belowski!

Un duellante della North Academy sta usando la potenza del Grim Reaper per vincere i duelli in una sola mossa!

Mentre il Dr. Crowler e il Vice Preside Bonaparte vengono sgridati dal Cancelliere Sheppard, la prendono nel modo sbagliato e credono di essere stati licenziati. Questo accade proprio mentre Pegasus, il presidente della I2 Corporation, si presenta ad un incontro con il Cancelliere Sheppard. Il dottor Crowler e il vice preside Bonaparte implorano la Pegasus di assumerli e viene proposto un duello per stabilire se otterranno o meno il lavoro.

Jaden combatte contro Alexis nel tentativo di riconquistare la sua amicizia

Jaden continua la sua lotta per risvegliare Alexis dal suo stato di lavaggio del cervello.

Syrus affronta finalmente il fratello maggiore Zane in un duello più doloroso di quanto avesse mai immaginato!

Il fisico duellante di fama mondiale Eisenstein affronta Jaden per dimostrare che la scienza è più potente della fortuna.

Il campione del mondo della Lega Duellante, The D, difende il suo titolo per la prima volta in 10 anni contro il genio del crimine, The Collector.

Aster si trova a faccia a faccia contro il D e scopre che il suo patrigno nasconde alcuni demoni interiori!

Il Principe Ojin sfida Jaden a un duello in cui il vincitore riceve la chiave di un satellite distruttivo!

Aster e il suo ex manager, Sartorius, hanno un confronto sugli eventi accaduti più o meno nello stesso periodo della scomparsa del padre.

La battaglia tra Aster e Sartorius infuria e il destino del pianeta è in pericolo.

Un alieno malvagio ha posseduto Sartorius, e Jaden deve sconfiggerlo per salvare il popolo della Terra dal diventare zombie senza cervello!

A Jaden viene mostrata una visione inquietante del destino del pianeta se dovesse perdere contro la Luce della Distruzione

Il futuro sembra tetro quando la Luce della Distruzione continua a travolgere Jaden mentre un satellite per il lavaggio del cervello che punta verso la Terra viene attivato!

È iniziato un nuovo anno all'Accademia del Duellante, e dopo l'attacco di Sartorius riprende la vita normale di tutti i giorni, ma ci sono delle novità.

All'accademia arrivano dei nuovi studenti tra cui: Adrian Gecko, Jim Crocodile Cook, Jesse Andersen, Axel Brodie, il professore Thelonius Viper e infine una vecchia conoscenza, la giovane Blair Flannigan. Inizia così il duello tra Jaden Yuki e Jesse, ovvero un duello tra i mostri Neo-Spaziali e le Bestie Cristallo.

Prosegue il duello tra Jaden e Jesse dove vediamo che anche quest'ultimo può parlare con gli spiriti delle proprie carte. Nel frattempo Viper sembra nascondere un segreto, e sembra essere molto interessato all'energia che gli studenti sprigionano durante i duelli; il duello finisce con la vittoria di Jaden.

Viper costruisce dei braccialetti per tutta la scuola, infatti sembra che questi oggetti risucchiano l'energia dei duellanti, infatti dopo il duello tra Jim Crocodile Cook e Hassleberry i due cadono a terra svenuti.

Axel Brodie, per ordine di Viper, rapisce Syrus Truesdale, il migliore amico di Jaden, per costringere quest'ultimo a duellare con lui.

Continua il duello tra Axel e Jaden, che vede quest'ultimo in svantaggio contro il deck fuoco di Axel. Nel frattempo Hassleberry e Jesse liberano Syrus, e Jaden riesce a vincere il duello ma, sia lui che Axel cadono a terra svenuti.

Adrian Gecko è l'unico duellante di tutta l'accademia a non avere ancora duellato, così Viper lo costringe a farlo. Adrian però avendo capito che Viper trama qualcosa organizza una festa alla quale vengono invitati i ragazzi dei dormitori Ra Giallo e Obelisk Blu. Inizia così il duello tra Adrian e Chazz.

Continua il duello tra Chazz e Adrian, mentre gli altri studenti sono impegnati in un torneo organizzato da quest'ultimo ma tutti cadono a terra privi di energia a causa dei braccialetti che risucchiano l'energia. Il duello finisce con la sconfitta di Chazz, ma sia lui che Adrian svengono.

Axel Brodie scopre dove si nasconde Viper ed entra per scoprire cosa stia tramando, ma cade in trappola. Intanto anche Jaden e gli altri raggiungono il nascondiglio. Qui inizia un duello tra lo stesso Jaden e Stein, il suo professore di storia dei duelli.

Entrati nel nascondiglio di Viper, Jaden e Co. si dividono in gruppi e ognuno di loro si trova ad affrontare vari pericoli.

Jaden sconfigge il professor Stein e si trova privo di energie. Intanto il Pegaso zaffiro di Jesse viene catturato da Trapper, un ladro di carte il cui unico scopo è rubare le carte più preziose ai duellanti e di conseguenza i loro spiriti.

Jesse si trova in difficoltà, dal momento che deve scegliere se salvare lo spirito di Pegaso oppure rinunciarci per salvare una carta (rubata ad un ragazzo e che lo stesso Jesse ha promesso di recuperare) che Trapper minaccia di strappare. Però grazie a Jaden che riesce a salvare la carta, Jesse vince il duello e libera Pegaso zaffiro, e insieme vanno in cerca di Viper per il duello finale.

Adrian Gecko entra nel nascondiglio e trova Viper, ingaggiano una lotta, ma una forza misteriosa lo blocca e Viper va a duellare con Jaden. Intanto Adrian parla con una misteriosa creatura, la quale risveglia in lui i ricordi della sua infanzia.

Continua il duello tra Jaden e Viper il quale ha attivato la palude dei serpenti che riesce a distruggere ogni mostro che Jaden evoca. Durante il duello si scopre che Viper sta aiutando una creatura a tornare in piena forma con l'energia dei duellanti, perché quest'ultima gli ha promesso di guarire il figlio colpito da una malattia.

Jaden è in difficoltà ma grazie all'aiuto di Magma Neos riesce a vincere il duello. Improvvisamente un fascio di luce circonda l'accademia e tutti gli studenti si ritrovano in un luogo desolato.

Tutta l'Accademia si ritrova in mezzo a un deserto, dove per qualche strano motivo i mostri sono veri e attaccano i nostri eroi.

Quando Blair si ammala, i nostri eroi partono alla ricerca di un sottomarino dove dovrebbero esserci delle medicine. Ma la loro ricerca è bloccata da uno spirito dei duelli che li sfida.

Mentre un esercito di Duel Ghouls si impadronisce lentamente della Duel Academy, Jaden e i suoi amici possono trovare un modo per duellare questi demoni, o verranno tutti addestrati nel processo?

È una battaglia a tutto campo con i Duel Ghouls mentre Jaden cerca di dare a Blair la medicina di cui ha bisogno. Riuscirà ad ottenere il primo soccorso in tempo o i Duel Ghouls le hanno prescritto un altro tipo di trattamento?

Quando tre studenti ribelli vanno in cerca di cibo, finiscono per mangiare più di quanto non riescano a digerire. E quando Jaden viene sfidato, diventa presto una battaglia con il triplo dell'azione, il triplo dei duelli e il triplo del pericolo!

Con Jesse, Jim e Axel che si affrontano contro tre duellanti mascherati, non si può dire cosa potrebbe succedere. È una battaglia a tutto campo in cui i vincitori ricevono il loro giusto dessert e i perdenti hanno solo fame!

Jaden si confronta infine con lo studente formalmente conosciuto come Marcel. Ma prima che Jaden riesca a scoprire chi è chi, un boato fragoroso comincia a scatenarsi!

Mentre Jaden cerca di impedire la liberazione delle Tre Bestie Sacre, inizia una battaglia per le bestie, mentre Adrian Gecko decide di prendere le carte in mano!

Si tratta di un duello tra due dimensioni, mentre Zane e Jesse si affrontano in un testa a testa per tornare a casa.

Jaiden si confronta con il leader dei mostri che mettono in pericolo la sua vita e quella del suo amico.

Continua il duello tra Jaiden e il leader dei mostri.

La maggior parte degli studenti è tornata dall'universo alternativo solo per scoprire che alcuni dei loro amici sono rimasti indietro. Pieno di sensi di colpa, Jaden escogita un piano pericoloso per riaverli indietro.

Avendo accettato di andare a cercare Jesse, Jaden e la squadra si ritrovano a viaggiare in uno strano mondo oscuro, in cui il tuo gioco comporta il rischio di rischiare più dei tuoi punti vita!

La ricerca di Jesse continua mentre Jaden combatte contro un demone di nome Scarr. Può Jaden sconfiggere questo membro dell'Esercito Oscuro, o questo duello lo manderà alle stelle?

Dopo aver saputo che Jesse potrebbe essere imprigionato in un campo vicino, Jaden decide di rischiare tutto per cercare di liberare il suo amico.

Jaiden duella contro un altro leader mettendo di nuovo in pericolo la sua vita e quella dei suoi amici. Per ogni suo attacco, uno dei suoi amici va verso le stelle.

Jaiden continua la lotta contro il nuovo leader da solo quando i suoi amici vengono mandati alle stelle e axel, Jimmy e Syrus lo lasciano.

Dopo aver assistito all'invio dei suoi amici più cari alle stelle, Syrus si trova a mettere in discussione le azioni del suo migliore amico Jaden. È finita la partita per questa amicizia, o Syrus sarà disposto a dare una nuova mano al suo amico?

Axel e Jim partono per affrontare il Re Supremo, e dopo averlo sfidato a duello, scoprono ben presto che questo misterioso sovrano è un amico troppo familiare... amico?!

Dopo aver scoperto che il Re Supremo e Jaden sono la stessa persona, Jim cerca di fissare l'oscurità che controlla il suo amico e di sconfiggerla con un dono che gli è stato fatto molto tempo fa!

Con l'aiuto dell'Occhio di Orichalcum, Jim prende di mira il malvagio Jaden!

Dopo essere stato testimone dei poteri oscuri del Re Supremo, Axel si trova ad avere paura per la prima volta in vita sua. Può Axel affrontare le sue paure, o il senso di colpa lo costringerà a rinunciare al duello per sempre?

Cercando di vincere le sue paure e di affrontarle a testa alta, Axel fa squadra con Aster e Zane in un ultimo tentativo di salvare il loro amico Jaden!

Con il Re Supremo che rafforza la sua presa su Jaden, Axel scatena un assalto a tutto campo nella speranza di liberare finalmente il suo amico dalle profondità dell'oscurità!

Nella sua ricerca del potere finale, Adrian Gecko si trova a dover chiedere ad un caro amico di pagare il prezzo finale!

Con l'ultima energia del duello di Echo in gioco, Aster Phoenix cerca di cambiare il suo destino con il suo mazzo di Destiny Heroes.

Sperando di insegnare all'amico una preziosa lezione, Zane sfida Jaden a un duello di dimensioni sconvolgenti.

Sotto le mentite spoglie di Jesse, Yubel si scontra con Zane in un confronto che finisce per avere conseguenze strazianti!

Mentre la battaglia volge al termine, Zane cerca di dare un'ultima spinta per liberare Jesse dalle grinfie di Yubel che controllano la mente prima che il suo cuore lo costringa a gettare la spugna!

Con il potere di Exodia al suo fianco, Adrian Gecko affronta Yubel in un duello per vincere!

Lo scontro tra Adrian e Yubel continua mentre Adrian tenta di scatenare l'Ultimate Forbidden One!

Jaden duella con Jesse nel tentativo di spezzare la presa di Yubel su di lui.

Jaden, con l'aiuto dei suoi Elemental Heroes, cerca di liberare lo spirito di Jesse dal controllo di Yubel.

Con Jesse sano e salvo, Jaden accetta di regolare i conti una volta per tutte con Yubel!

Con l'aiuto del mazzo di Jesse e il potere del Re Supremo, Jaden cerca di infliggere un colpo finale a Yubel e di liberare i suoi amici dalle loro prigioni dimensionali!

Per liberare i suoi amici, Jaden deve prima trovare un modo per distruggere l'ultima incarnazione di Yubel! Può Jaden fermare l'inarrestabile, o questo incubo di una bestia metterà a tacere tutti i sogni di un salvataggio?

Gli amici di Jaden sono tornati alla Duel Academy, anche se Jaden stesso non lo fa. Ricordano gli eventi degli ultimi tre anni e i loro ricordi di Jaden.

Terminato il conflitto con Yubel, Jaden torna alla Duel Academy per completarvi il suo terzo e ultimo anno. I dischi Duel cessano di funzionare correttamente e appare un nuovo nemico.

Jaden pensa di lasciare la Duel Academy, mentre i suoi amici indagano su chi ha bruciato la stanza delle carte "difettose". Jaden torna a Duel l'uomo vestito di nero, che si fa chiamare Trueman. Altrove, Atticus sembra avere incubi, e Yusuke Fujiwara continua la sua misteriosa attività.

Atticus cerca di recuperare i suoi ricordi perduti di ciò che è accaduto nel dormitorio abbandonato, e duella Jaden in quel luogo con il "Red-Eyes Darkness Dragon" di Nightshroud nella speranza che funga da stimolo per i suoi ricordi. Yusuke Fujiwara continua le sue misteriose attività.

Yusuke Fujiwara si rivela essere lo Spirito Duello dell'Onesto, che in precedenza era il vero Partner dello Spirito di Fujiwara. Giura di vendicare il suo padrone, ma alla fine Jaden lo dissuade. Trueman attacca di nuovo e Jaden usa i poteri di Honest nel suo Duello contro di lui.

Gli studenti junior della Duel Academy organizzano un torneo Tag Dueling, dove gli studenti senior duellano contro gli studenti junior.

Il torneo Tag Dueling raggiunge la sua finale: Jaden e Alexis contro Hassleberry e Blair. Jaden e Alexis non collaborano ancora bene, e Blair attiva una carta che permette loro di cambiare partner. Alexis lotta con la sua decisione su cosa fare dopo il diploma e con i suoi sentimenti per Jaden, che quest'ultimo sembra ignorare.

Zane si ritrova sulla spiaggia intorno alla Duel Academy, in qualche modo ancora vivo. Un duellante di nome Makoto Inotsume sconfigge il Cancelliere Sheppard e desidera che Zane distrugga una volta per tutte la Cyber Art.

Syrus prende il mazzo di suo fratello per salvare la Cyber Art dal duellante d'arte Jinzo Makoto Inotsume. Durante l'allenamento, non riesce a far funzionare correttamente il Deck per lui, ma scopre qualcosa sulle condizioni cardiache di Zane nel frattempo.

Chazz mira a diventare un duellante della Pro League, ma non può acquisire uno sponsor. Il dottor Crowler fa in modo che diventi l'assistente di Aster nel tentativo di aiutarlo a diventare un duellante migliore e ad apprendere le basi della Pro League.

Chazz Duels Aster in un finto duello organizzato da Mike, il finto produttore televisivo. Chazz chiede l'aiuto di Jaden per pareggiare i conti, come se volesse sconfiggere Aster, poi vuole farlo da solo, non per l'interferenza di Mike.

Con l'avvicinarsi della laurea, il dottor Crowler comincia a tornare alle sue vecchie abitudini, e Jaden lo sfida per capire perché.

Inizia il Duel Academy's Graduation Duels, e Jaden duella con uno studente del secondo anno di nome Daigo Sorano. Nel frattempo, l'attacco di Trueman inizia a Domino City, dove inizia ad assorbire i residenti nel Mondo delle Tenebre.

Axel si ritrova a duellare con Trueman, che usa la guerra psicologica e le allucinazioni per creare l'oscurità nel cuore di Axel, assumendo le sembianze del padre di Axel.

Jaden viene salvato da Trueman da Sartorius, ma quest'ultimo è solo una parte della faccenda, essendo costretto a Duel Jaden per salvare sua sorella, Sarina.

Continua il Duello di Jaden con Sartorius, con quest'ultimo intento a salvare la sorella Sarina

Jaden ha le allucinazioni, ma comincia a tornare alla Duel Academy. Sull'isola, Trueman ha preso le sembianze e il mazzo di Daigo Sorano e lo sta usando per sconfiggere vari studenti, continuando il suo assedio, e assorbendo la gente nel Mondo delle Tenebre.

L'assedio di Trueman continua e tutta la scuola, tranne Atticus, viene assorbita nel Mondo delle Tenebre. Nel tentativo di liberarli, Atticus affronta Nightshroud.

Atticus continua il suo Duello con Nightshroud perché quest'ultimo rivela di aver posseduto Yusuke Fujiwara.

Nightshroud inizia una Battle Royal con Jaden e Jesse, cercando di mettere Jesse contro Jaden. Jaden giura di salvare Yusuke Fujiwara da Nightshroud per conto di Honest.

Jaden e Jesse continuano il loro Duello contro Nightshroud per salvare Yusuke Fujiwara. Nightshroud usa le Carte Trappola per manipolare gli attacchi e gli attributi dei mostri del suo avversario, mentre Jaden e Jesse evitano per un pelo la sconfitta.

Jaden sembra essere l'ultimo umano rimasto sulla Terra, con solo il faraone e lo spirito del professor Banner a far compagnia. Nightshroud rivela la sua vera forma, così come le origini dell'universo. Jaden e Nightshroud iniziano il loro confronto finale.

Jaden continua il suo confronto con Nightshroud mentre quest'ultimo trova il modo di contrastare il "Neos Wiseman" di Jaden. Coloro che sono intrappolati nel mondo delle tenebre cominciano a riacquistare i loro ricordi e le loro emozioni mentre Jaden cerca di trovare un modo per vincere.

Jaden partecipa alla sua cerimonia di diploma e finisce per viaggiare indietro nel tempo, dove duella con Yugi Muto quando era al massimo della sua forza - subito dopo aver vinto il torneo di Battle City e aver acquisito le carte del Dio egiziano.

Jaden torna a Domino City e affronta il Re dei Giochi in persona, Yugi Muto (o si tratta di Yami Yugi nella persona di Yugi? )