여름 방학도 반 정도 지난 8월 16일. 나가라를 비롯한 36명의 학생들은 허공을 표류하는 학교에 갇히게 되었다. 원래 세계로 돌아갈 방법도 알지 못한 채 표류와 함께 발현한 불가사의한 능력을 사용해 놀고 있는 학생들. 그런 상황을 두고 볼 수 없었던 학생회의 호시와 캡 일행은, 학교의 질서를 되찾기 위해 몇 가지 규칙을 정하고 이를 학생들로 하여금 지키게 하려고 했다. 반발하는 아사카제나 노조미에겐 혹독한 벌이 내려졌고, 교내는 얼핏 보기엔 질서를 되찾은 것처럼 보였는데.

표류를 시작한 지 거의 한 달. 푸른 하늘 아래 바다에 둘러싸인 자그마한 섬에서 나가라와 일행들은 원래 세계로 돌아가기 위한 방법을 찾고 있었다. 그렇지만 당장 먹을 게 없어 곤란하지도 않고, 필요한 것이 있으면 미즈호의 능력을 쓰면 손에 넣을 수 있는 상황. 학생들 사이에선 어쩐지 느슨한 분위기가 흐르기 시작했지만, 갑자기 원인불명의 화재가 발생하고 말았다. 과연 불을 지른 건 누구일까. 학생들은 범인 찾기를 시작했는데.

각자의 능력을 살려서 새로운 세계를 찾는 나가라와 노조미, 아사카제 그리고 라지다니. 그러는 가운데 학생 중 한 명인 무라야마가 온몸이 까맣게 된 채 프리즈 상태로 발견되는 사건이 발생했다. 거기에 그치지 않고 행방불명이 된 학생들도 존재하는 모양이었다. 학생회장인 포니에게서 의뢰를 받아 조사를 진행하게 된 미즈호는 조수로서 나가라를 지명. 그 조사 중, 미즈호는 그녀의 능력이 표류하기 전부터 발현되었다고 밝혔다. 그 무렵, 노조미는 호시로부터 그만이 들을 수 있는 어느 '목소리'에 관한 이야기를 듣게 되었는데.

싱크홀로 다이빙하면서 다들 놀고 있는 와중에, 나가라는 자신에게 세계를 워프할 수 있는 능력이 있다는 걸 알게 되었다. 캡은 그런 그에게 야구 연습을 같이하자고 꼬드겼다. 장소는 캡이 직접 만들었다고 하는 야구장. 그런데 그곳에는 눈에 보이지 않는 원숭이들이 있다고 한다. 원숭이들이 존재하는 세계를 보기 위해선, 에이스가 가지고 있는 '원숭이 게터'라는 아이템이 필요한 상황. 나가라는 원숭이 게터를 걸고 에이스와 야구로 승부를 하게 되었는데.

원래 세계로 돌아가기 위해 나가라의 능력을 사용해 하나하나 새로운 세계를 탐색해보는 노조미와 아사카제, 라지다니 그리고 미즈호. 한편, 건축 중이던 셸터에 모인 학생들은 갑자기 나타난 아키 선생님으로부터 충격적인 말을 듣게 되었다. '네놈들은 이제 원래 세계에는 못 돌아간다!'라고. 표류 전부터 능력을 사용했던 학생들이 있다고 말하면서, 이 표류 또한 누군가가 능력을 사용한 결과가 아닌가, 라고 말하는 선생님. 학생들의 의심스러운 눈초리는 당연하기라도 한 듯 나가라에게 향했는데.

아키 선생님이 이끄는 학생들이 모습을 감춘 나가라 일행을 찾기 시작한 지 2개월. 그 무렵, 나가라와 라지다니는 영화관의 모습을 한 이 세계 '영화 제작자'에 도달했다. 그곳에서 상영되고 있는 영화는 전부 나가라의 시점인 영상들이라는 걸 깨닫는 라지다니. 나가라 일행이 그곳에서 필름을 가지고 와 이것저것 조사하기 시작한 가운데, 미즈호는 들개 한 마리를 데리고 돌아왔다. 야마비코라고 하는 이름의 그 개는 나가라 일행과 같은 표류자이자 같은 중학교의 선배라고 했는데.

이 세계의 진실을 알게 된 나가라 일행. 아키 선생님의 지시에 따르는 아사카제 일행이나 방주에 명운을 맡긴 호시 일행들은 각자의 여정을 떠나기 위한 준비를 하고 있었다. 그런 가운데, 캠프에 남아 있었던 나가라는 언덕 위에서 철봉을 발견했고, 호기심에 거꾸로 매달리기에 도전해보자 다음 순간에 정체불명의 세계에 떨어지고 말았다. 나가라는 그곳에서 후타츠보시라는 소년과 안면을 트고, 무한히 계속되는 바벨탑 공사 현장에서 그저 흘러가는대로 일하기 시작했는데.

설원이 끝없이 펼쳐져 있는 백은빛 세계. 그곳에는 소우와 세이지라는 쌍둥이 형제가 몇천 년에 걸쳐서 끊임없이 싸우고 있었다. 이 세계를 바꾸려면 소우와 세이지가 가지고 있는, 모든 것을 되돌려 세계를 초기화할 수 있는 '리셋'이란 힘이 필요하다고 아키 선생님은 말했다. 나가라 일행은 소우와 세이지의 싸움에 휘말려 곤란해하고 있는 학생들을 도와주게 되었다. 그러는 가운데, 야마비코는 미즈호가 기르고 있는 3마리의 고양이 중 한 마리, 사쿠라에게 무언가를 물었는데.

아키 선생님이 이끄는 그룹의 일원이었던 골절은, 수많은 사람들로 바글거리는 맨 끝의 기차역이라는 세계에 있었다. 지나가는 사람들의 마음속을 그녀의 진짜 능력인 모놀로그를 사용해 듣는 골절. 그녀는 짝사랑 상대인 아사카제와 지냈던 나날들을 되새겼다. 그가 노조미에게 호의를 품고 있는 걸 알고 있으면서도 그녀는 아무것도 할 수 없었고... 한편 그 무렵, 끝의 섬에 있는 나가라 일행은 3마리의 고양이들의 능력에 대해 어느 실험을 진행했는데.

골절이 보낸 편지로부터 노조미가 죽었다는 걸 알게 된 나가라와 미즈호. 추억이 담긴 물건들을 상자에 담고 액자에 그녀의 사진을 담아 둘은 조용히 노조미를 떠나보냈다. 그 후 나가라 일행이 크나큰 상실감에 사로잡힌 가운데도 원래 세계에 돌아가기 위한 '로빈슨 크루소 계획'을 진행하는 가운데, 그들 앞에 나타난 건 완전 다른 모습이 된 라지다니였다. 라지다니의 협력을 얻어 조금씩 발사대 제작을 진행하는 나가라. 노조미를 잊을 수 없는 그에게 라지다니는 '죽음'을 발명한 한 남자의 이야기를 들려주었는데.

우울한 비가 내리는 가운데, 공업 고등학교에 다니는 2학년 나가라는 2학기 시업식에서 빠져나왔다. 표류 같은 건 전혀 모르는 듯한 주위의 상황에 불편한 기분을 감출 수 없는 나가라. 미즈호와 재회했지만 쌀쌀맞은 대접을 받고 말았다. 그 표류는 과연 정말로 일어났던 일이었을까. 어두컴컴한 방에 홀로 돌아와 바늘이 빙글빙글 도는 컴퍼스를 바라보면서, 나가라는 우주로 나아간 이후의 일을 떠올렸는데.